# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.124 0.152 0.066 0.013 0.222 0.010 0.041 0.113 0.086 0.108 0.065 2 L 0.102 0.183 0.049 0.008 0.252 0.009 0.028 0.148 0.112 0.067 0.043 3 L 0.115 0.186 0.040 0.005 0.208 0.014 0.057 0.161 0.095 0.071 0.048 4 K 0.058 0.144 0.134 0.056 0.103 0.063 0.090 0.065 0.051 0.163 0.072 5 N 0.164 0.272 0.125 0.006 0.355 0.001 0.002 0.016 0.006 0.013 0.041 6 P 0.003 0.016 0.009 0.003 0.006 0.014 0.015 0.540 0.365 0.026 0.003 7 G 0.002 0.010 0.009 0.008 0.005 0.007 0.024 0.747 0.105 0.076 0.006 8 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.088 0.038 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.057 0.003 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.024 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.055 0.008 0.001 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.834 0.140 0.009 0.001 14 Y 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.080 0.742 0.139 0.023 0.002 15 A 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.008 0.121 0.435 0.250 0.155 0.006 16 A 0.035 0.584 0.112 0.003 0.186 0.002 0.007 0.031 0.019 0.012 0.010 17 K 0.208 0.100 0.039 0.008 0.174 0.012 0.025 0.061 0.052 0.186 0.136 18 I 0.149 0.247 0.072 0.010 0.250 0.009 0.025 0.067 0.046 0.068 0.057 19 K 0.040 0.171 0.292 0.097 0.092 0.056 0.045 0.071 0.060 0.047 0.028 20 S 0.040 0.095 0.073 0.060 0.066 0.057 0.212 0.197 0.125 0.048 0.025 21 S 0.056 0.080 0.046 0.020 0.089 0.015 0.027 0.044 0.128 0.366 0.128 22 D 0.060 0.216 0.027 0.011 0.205 0.019 0.051 0.077 0.088 0.206 0.040 23 I 0.337 0.063 0.006 0.001 0.529 0.001 0.003 0.003 0.004 0.017 0.036 24 V 0.169 0.074 0.004 0.002 0.742 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 L 0.157 0.080 0.003 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 26 E 0.441 0.037 0.007 0.001 0.419 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 27 I 0.087 0.096 0.028 0.042 0.102 0.068 0.131 0.067 0.045 0.214 0.118 28 G 0.041 0.157 0.260 0.199 0.085 0.063 0.025 0.026 0.029 0.075 0.040 29 C 0.055 0.082 0.072 0.068 0.074 0.053 0.107 0.135 0.143 0.153 0.059 30 G 0.026 0.063 0.144 0.159 0.042 0.131 0.070 0.078 0.071 0.170 0.047 31 T 0.060 0.227 0.069 0.027 0.146 0.013 0.034 0.189 0.096 0.107 0.033 32 G 0.007 0.023 0.036 0.033 0.014 0.039 0.025 0.387 0.242 0.175 0.018 33 N 0.017 0.014 0.005 0.003 0.028 0.004 0.026 0.731 0.118 0.030 0.023 34 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 0.781 0.167 0.024 0.002 35 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.869 0.104 0.013 0.001 36 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.854 0.129 0.003 0.001 37 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.901 0.061 0.003 0.001 38 L 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.029 0.330 0.259 0.365 0.004 39 L 0.018 0.081 0.016 0.002 0.042 0.002 0.010 0.502 0.298 0.018 0.011 40 P 0.004 0.020 0.008 0.002 0.008 0.014 0.085 0.542 0.295 0.019 0.003 41 L 0.005 0.013 0.005 0.006 0.010 0.007 0.117 0.253 0.251 0.326 0.008 42 A 0.296 0.057 0.012 0.005 0.151 0.008 0.017 0.034 0.082 0.129 0.209 43 K 0.007 0.074 0.024 0.025 0.044 0.092 0.208 0.349 0.154 0.018 0.005 44 K 0.286 0.070 0.019 0.002 0.350 0.002 0.015 0.034 0.040 0.129 0.053 45 V 0.351 0.083 0.007 0.001 0.514 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 46 I 0.203 0.049 0.007 0.019 0.583 0.018 0.025 0.011 0.006 0.014 0.065 47 T 0.180 0.130 0.021 0.002 0.645 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 48 I 0.133 0.182 0.011 0.003 0.601 0.004 0.008 0.008 0.004 0.013 0.035 49 D 0.244 0.141 0.012 0.001 0.523 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.066 50 I 0.039 0.119 0.035 0.015 0.073 0.036 0.028 0.021 0.061 0.440 0.132 51 D 0.105 0.345 0.144 0.003 0.382 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 52 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.505 0.008 0.001 53 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.855 0.101 0.021 0.001 54 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.078 0.050 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.050 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.019 0.004 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.040 0.004 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.060 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.935 0.033 0.005 0.001 61 R 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.900 0.047 0.025 0.001 62 C 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.814 0.120 0.040 0.005 63 L 0.004 0.010 0.003 0.002 0.005 0.004 0.036 0.732 0.190 0.011 0.003 64 Y 0.006 0.014 0.012 0.007 0.013 0.010 0.158 0.576 0.155 0.043 0.006 65 E 0.006 0.476 0.365 0.016 0.060 0.009 0.024 0.022 0.013 0.008 0.002 66 G 0.059 0.007 0.005 0.006 0.009 0.004 0.007 0.018 0.028 0.547 0.309 67 Y 0.196 0.231 0.085 0.025 0.300 0.013 0.005 0.009 0.012 0.028 0.095 68 N 0.002 0.009 0.009 0.081 0.005 0.282 0.314 0.183 0.084 0.025 0.005 69 N 0.222 0.053 0.029 0.007 0.160 0.003 0.005 0.021 0.064 0.271 0.166 70 L 0.311 0.078 0.006 0.001 0.518 0.001 0.001 0.006 0.011 0.013 0.053 71 E 0.075 0.221 0.024 0.002 0.637 0.001 0.004 0.009 0.006 0.009 0.012 72 V 0.534 0.047 0.005 0.001 0.339 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.059 73 Y 0.130 0.119 0.062 0.097 0.317 0.095 0.061 0.032 0.010 0.031 0.047 74 E 0.254 0.080 0.038 0.037 0.230 0.028 0.044 0.072 0.029 0.054 0.134 75 G 0.044 0.168 0.128 0.115 0.115 0.106 0.041 0.112 0.070 0.067 0.035 76 D 0.212 0.137 0.051 0.011 0.273 0.004 0.008 0.065 0.044 0.093 0.102 77 A 0.102 0.044 0.010 0.008 0.099 0.015 0.023 0.265 0.288 0.099 0.049 78 I 0.038 0.110 0.022 0.022 0.114 0.046 0.112 0.277 0.191 0.049 0.020 79 K 0.163 0.039 0.013 0.005 0.140 0.006 0.048 0.123 0.124 0.244 0.095 80 T 0.089 0.300 0.107 0.007 0.312 0.006 0.021 0.060 0.044 0.033 0.020 81 V 0.210 0.101 0.037 0.010 0.215 0.011 0.027 0.056 0.069 0.115 0.149 82 F 0.097 0.316 0.121 0.024 0.187 0.009 0.012 0.057 0.072 0.051 0.055 83 P 0.014 0.052 0.047 0.019 0.041 0.035 0.113 0.347 0.283 0.040 0.009 84 K 0.086 0.052 0.016 0.003 0.098 0.005 0.049 0.105 0.243 0.288 0.055 85 F 0.248 0.142 0.039 0.002 0.432 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.098 86 D 0.031 0.007 0.002 0.025 0.051 0.172 0.540 0.106 0.038 0.015 0.013 87 V 0.197 0.110 0.011 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 88 C 0.259 0.029 0.001 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 89 T 0.374 0.026 0.004 0.003 0.457 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.115 90 A 0.121 0.200 0.078 0.057 0.289 0.025 0.016 0.015 0.014 0.095 0.090 91 N 0.109 0.129 0.083 0.071 0.123 0.030 0.035 0.024 0.035 0.281 0.080 92 I 0.039 0.314 0.324 0.028 0.150 0.008 0.014 0.058 0.033 0.016 0.016 93 P 0.094 0.191 0.048 0.013 0.172 0.026 0.054 0.152 0.140 0.073 0.037 94 Y 0.088 0.164 0.045 0.020 0.178 0.029 0.050 0.137 0.166 0.089 0.034 95 K 0.103 0.138 0.049 0.009 0.221 0.016 0.037 0.212 0.091 0.073 0.051 96 I 0.097 0.086 0.019 0.010 0.120 0.020 0.061 0.176 0.137 0.211 0.064 97 S 0.075 0.166 0.135 0.049 0.142 0.023 0.037 0.101 0.087 0.138 0.048 98 S 0.011 0.325 0.317 0.028 0.055 0.010 0.018 0.160 0.045 0.025 0.007 99 P 0.019 0.069 0.023 0.002 0.046 0.001 0.012 0.631 0.164 0.022 0.011 100 L 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.789 0.167 0.020 0.003 101 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.883 0.092 0.011 0.001 102 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.920 0.062 0.004 0.001 103 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.855 0.093 0.031 0.002 104 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.769 0.172 0.037 0.003 105 I 0.001 0.008 0.002 0.002 0.003 0.014 0.063 0.638 0.256 0.011 0.001 106 S 0.004 0.005 0.003 0.004 0.004 0.004 0.110 0.614 0.148 0.098 0.005 107 H 0.013 0.031 0.021 0.008 0.021 0.018 0.076 0.215 0.211 0.370 0.015 108 R 0.043 0.160 0.030 0.006 0.129 0.003 0.008 0.364 0.222 0.017 0.017 109 P 0.006 0.015 0.006 0.002 0.012 0.005 0.029 0.589 0.316 0.016 0.003 110 L 0.007 0.013 0.005 0.004 0.014 0.010 0.087 0.407 0.188 0.260 0.007 111 F 0.151 0.098 0.026 0.008 0.120 0.006 0.025 0.193 0.105 0.185 0.083 112 K 0.009 0.101 0.232 0.175 0.033 0.120 0.053 0.134 0.078 0.057 0.009 113 C 0.017 0.072 0.051 0.030 0.044 0.041 0.182 0.361 0.122 0.066 0.014 114 A 0.066 0.050 0.033 0.021 0.072 0.018 0.029 0.080 0.120 0.409 0.101 115 V 0.060 0.398 0.060 0.006 0.426 0.004 0.005 0.016 0.007 0.010 0.008 116 L 0.201 0.086 0.007 0.001 0.667 0.001 0.004 0.007 0.002 0.003 0.021 117 M 0.256 0.118 0.017 0.003 0.542 0.003 0.007 0.011 0.004 0.006 0.035 118 F 0.133 0.277 0.046 0.008 0.403 0.004 0.008 0.051 0.015 0.018 0.037 119 Q 0.192 0.217 0.040 0.007 0.292 0.007 0.016 0.127 0.025 0.022 0.053 120 K 0.058 0.155 0.036 0.012 0.137 0.026 0.051 0.360 0.086 0.049 0.030 121 E 0.136 0.114 0.038 0.009 0.171 0.010 0.036 0.359 0.048 0.037 0.040 122 F 0.036 0.040 0.022 0.022 0.027 0.019 0.018 0.610 0.117 0.070 0.019 123 A 0.017 0.050 0.023 0.032 0.031 0.024 0.027 0.643 0.111 0.033 0.008 124 E 0.015 0.045 0.016 0.012 0.033 0.020 0.056 0.634 0.135 0.024 0.009 125 R 0.029 0.027 0.018 0.015 0.043 0.020 0.100 0.579 0.100 0.050 0.018 126 M 0.051 0.043 0.019 0.011 0.061 0.025 0.084 0.452 0.134 0.089 0.031 127 L 0.089 0.093 0.043 0.015 0.120 0.013 0.033 0.277 0.142 0.131 0.043 128 A 0.024 0.201 0.109 0.024 0.067 0.036 0.091 0.305 0.100 0.032 0.011 129 N 0.071 0.143 0.155 0.026 0.120 0.017 0.043 0.164 0.081 0.127 0.054 130 V 0.052 0.185 0.049 0.027 0.096 0.050 0.131 0.225 0.099 0.057 0.029 131 G 0.025 0.043 0.050 0.083 0.029 0.048 0.027 0.046 0.073 0.489 0.087 132 D 0.135 0.170 0.066 0.017 0.333 0.010 0.024 0.064 0.060 0.079 0.043 133 S 0.045 0.046 0.032 0.011 0.050 0.014 0.028 0.287 0.296 0.150 0.039 134 N 0.048 0.081 0.030 0.023 0.083 0.027 0.094 0.332 0.131 0.118 0.034 135 Y 0.135 0.092 0.014 0.010 0.159 0.014 0.025 0.213 0.123 0.150 0.064 136 S 0.063 0.113 0.054 0.022 0.139 0.027 0.042 0.303 0.111 0.093 0.034 137 R 0.174 0.121 0.024 0.006 0.257 0.008 0.023 0.239 0.058 0.058 0.033 138 L 0.214 0.135 0.019 0.006 0.361 0.006 0.011 0.160 0.030 0.024 0.035 139 T 0.172 0.092 0.014 0.008 0.353 0.014 0.031 0.241 0.025 0.017 0.032 140 I 0.211 0.126 0.022 0.007 0.320 0.009 0.013 0.212 0.028 0.020 0.032 141 N 0.197 0.078 0.014 0.010 0.234 0.010 0.020 0.326 0.031 0.039 0.042 142 V 0.214 0.110 0.012 0.004 0.276 0.005 0.012 0.198 0.055 0.068 0.047 143 K 0.129 0.110 0.023 0.010 0.239 0.017 0.050 0.284 0.075 0.037 0.026 144 L 0.149 0.119 0.038 0.013 0.260 0.023 0.060 0.240 0.044 0.023 0.030 145 F 0.204 0.060 0.020 0.020 0.181 0.025 0.063 0.168 0.068 0.121 0.071 146 C 0.144 0.323 0.044 0.007 0.341 0.009 0.012 0.048 0.019 0.024 0.031 147 K 0.170 0.224 0.045 0.004 0.384 0.003 0.010 0.056 0.019 0.042 0.043 148 V 0.386 0.073 0.018 0.005 0.258 0.006 0.017 0.045 0.044 0.061 0.087 149 T 0.044 0.362 0.126 0.042 0.228 0.049 0.047 0.061 0.026 0.009 0.006 150 K 0.324 0.098 0.022 0.004 0.382 0.003 0.012 0.037 0.016 0.031 0.071 151 V 0.189 0.133 0.042 0.024 0.304 0.042 0.060 0.055 0.047 0.048 0.055 152 C 0.065 0.316 0.066 0.023 0.353 0.032 0.038 0.050 0.023 0.015 0.018 153 N 0.332 0.069 0.020 0.001 0.272 0.001 0.005 0.015 0.014 0.108 0.161 154 V 0.046 0.468 0.165 0.024 0.207 0.011 0.016 0.017 0.011 0.016 0.019 155 N 0.080 0.403 0.213 0.007 0.268 0.002 0.003 0.006 0.004 0.003 0.013 156 R 0.010 0.010 0.002 0.001 0.013 0.002 0.007 0.220 0.664 0.058 0.012 157 S 0.010 0.020 0.009 0.005 0.020 0.011 0.049 0.349 0.405 0.113 0.011 158 S 0.029 0.057 0.014 0.005 0.063 0.008 0.061 0.345 0.204 0.204 0.009 159 F 0.185 0.090 0.057 0.013 0.207 0.011 0.031 0.086 0.063 0.161 0.095 160 N 0.032 0.156 0.381 0.114 0.071 0.061 0.052 0.063 0.023 0.027 0.019 161 P 0.012 0.376 0.476 0.026 0.067 0.004 0.006 0.013 0.006 0.009 0.006 162 P 0.033 0.468 0.281 0.027 0.103 0.010 0.011 0.027 0.014 0.013 0.014 163 P 0.043 0.386 0.138 0.008 0.222 0.012 0.029 0.071 0.056 0.019 0.015 164 K 0.132 0.220 0.065 0.005 0.282 0.010 0.029 0.072 0.074 0.069 0.041 165 V 0.245 0.171 0.054 0.009 0.331 0.007 0.010 0.021 0.022 0.047 0.081 166 D 0.063 0.053 0.028 0.069 0.105 0.126 0.215 0.130 0.072 0.105 0.034 167 S 0.303 0.131 0.031 0.005 0.403 0.003 0.005 0.011 0.013 0.041 0.053 168 V 0.157 0.144 0.014 0.003 0.656 0.004 0.003 0.004 0.002 0.004 0.012 169 I 0.392 0.030 0.004 0.001 0.516 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.044 170 V 0.172 0.184 0.017 0.003 0.578 0.006 0.004 0.004 0.001 0.004 0.025 171 K 0.250 0.116 0.014 0.001 0.551 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.048 172 L 0.261 0.192 0.033 0.005 0.401 0.007 0.009 0.012 0.009 0.017 0.053 173 I 0.028 0.472 0.274 0.008 0.199 0.002 0.003 0.006 0.003 0.002 0.003 174 P 0.112 0.318 0.114 0.014 0.234 0.013 0.034 0.061 0.032 0.029 0.038 175 K 0.035 0.366 0.201 0.030 0.154 0.024 0.045 0.071 0.042 0.019 0.012 176 E 0.070 0.142 0.084 0.033 0.123 0.046 0.082 0.128 0.112 0.119 0.062 177 S 0.085 0.275 0.144 0.019 0.249 0.007 0.021 0.062 0.056 0.047 0.033 178 S 0.044 0.062 0.027 0.009 0.068 0.016 0.042 0.272 0.303 0.126 0.031 179 F 0.057 0.112 0.038 0.010 0.112 0.014 0.064 0.220 0.159 0.176 0.038 180 L 0.159 0.123 0.035 0.012 0.179 0.016 0.038 0.149 0.090 0.114 0.085 181 T 0.071 0.209 0.112 0.026 0.173 0.023 0.038 0.153 0.081 0.077 0.037