# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3565 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.399 0.259 0.145 0.098 0.061 0.032 0.005 2 L 0.182 0.169 0.176 0.203 0.169 0.089 0.013 3 L 0.150 0.138 0.152 0.216 0.191 0.129 0.024 4 K 0.200 0.297 0.226 0.156 0.077 0.036 0.009 5 N 0.189 0.251 0.248 0.188 0.091 0.029 0.005 6 P 0.340 0.304 0.199 0.102 0.041 0.011 0.002 7 G 0.314 0.404 0.190 0.062 0.022 0.007 0.001 8 I 0.012 0.040 0.106 0.246 0.380 0.204 0.013 9 L 0.011 0.035 0.082 0.234 0.360 0.250 0.028 10 D 0.055 0.283 0.348 0.226 0.069 0.017 0.001 11 K 0.018 0.091 0.290 0.370 0.190 0.039 0.002 12 I 0.006 0.006 0.013 0.058 0.252 0.586 0.079 13 I 0.003 0.015 0.063 0.230 0.406 0.262 0.021 14 Y 0.098 0.337 0.298 0.171 0.070 0.024 0.003 15 A 0.025 0.119 0.239 0.317 0.217 0.078 0.005 16 A 0.012 0.031 0.097 0.253 0.377 0.215 0.017 17 K 0.201 0.467 0.209 0.083 0.029 0.010 0.001 18 I 0.066 0.131 0.234 0.333 0.201 0.034 0.001 19 K 0.345 0.340 0.190 0.089 0.030 0.005 0.001 20 S 0.638 0.257 0.074 0.025 0.005 0.001 0.001 21 S 0.423 0.313 0.165 0.076 0.020 0.003 0.001 22 D 0.057 0.234 0.300 0.268 0.118 0.022 0.001 23 I 0.001 0.013 0.077 0.281 0.428 0.187 0.013 24 V 0.001 0.001 0.004 0.024 0.131 0.560 0.280 25 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.347 0.606 26 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.149 0.826 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.082 0.912 28 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.205 0.761 29 C 0.001 0.001 0.004 0.017 0.075 0.305 0.597 30 G 0.001 0.005 0.015 0.062 0.174 0.429 0.315 31 T 0.002 0.010 0.025 0.069 0.161 0.382 0.351 32 G 0.002 0.016 0.058 0.158 0.297 0.338 0.131 33 N 0.006 0.028 0.103 0.234 0.344 0.224 0.061 34 L 0.001 0.002 0.006 0.024 0.115 0.507 0.344 35 T 0.001 0.002 0.002 0.008 0.051 0.402 0.534 36 V 0.002 0.019 0.083 0.226 0.315 0.278 0.077 37 K 0.001 0.020 0.109 0.327 0.341 0.168 0.034 38 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.080 0.614 0.294 39 L 0.002 0.017 0.062 0.220 0.392 0.289 0.018 40 P 0.061 0.339 0.343 0.180 0.064 0.012 0.001 41 L 0.029 0.121 0.285 0.377 0.162 0.026 0.001 42 A 0.032 0.099 0.185 0.302 0.273 0.104 0.006 43 K 0.121 0.356 0.282 0.165 0.063 0.012 0.001 44 K 0.088 0.257 0.340 0.228 0.073 0.014 0.001 45 V 0.002 0.012 0.041 0.119 0.313 0.448 0.064 46 I 0.001 0.004 0.020 0.106 0.314 0.472 0.083 47 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.430 0.508 48 I 0.001 0.005 0.010 0.047 0.196 0.488 0.253 49 D 0.001 0.018 0.078 0.201 0.288 0.321 0.092 50 I 0.002 0.022 0.073 0.210 0.379 0.274 0.041 51 D 0.025 0.108 0.167 0.230 0.255 0.190 0.026 52 S 0.207 0.312 0.246 0.146 0.068 0.019 0.001 53 R 0.104 0.378 0.350 0.132 0.031 0.005 0.001 54 M 0.005 0.014 0.040 0.183 0.436 0.308 0.015 55 I 0.005 0.042 0.141 0.359 0.326 0.120 0.007 56 S 0.107 0.532 0.268 0.077 0.014 0.002 0.001 57 E 0.009 0.069 0.315 0.446 0.147 0.014 0.001 58 V 0.001 0.001 0.005 0.044 0.336 0.583 0.031 59 K 0.006 0.075 0.320 0.422 0.159 0.016 0.001 60 K 0.137 0.647 0.177 0.033 0.005 0.001 0.001 61 R 0.007 0.069 0.248 0.436 0.208 0.032 0.001 62 C 0.015 0.049 0.149 0.386 0.337 0.062 0.001 63 L 0.292 0.479 0.184 0.039 0.006 0.001 0.001 64 Y 0.670 0.232 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 65 E 0.346 0.342 0.202 0.087 0.021 0.003 0.001 66 G 0.662 0.252 0.064 0.018 0.003 0.001 0.001 67 Y 0.035 0.087 0.283 0.414 0.165 0.015 0.001 68 N 0.341 0.476 0.141 0.033 0.007 0.001 0.001 69 N 0.073 0.198 0.295 0.288 0.124 0.022 0.001 70 L 0.014 0.031 0.079 0.217 0.374 0.268 0.017 71 E 0.026 0.164 0.284 0.299 0.166 0.056 0.006 72 V 0.013 0.024 0.054 0.148 0.281 0.384 0.096 73 Y 0.006 0.032 0.080 0.212 0.335 0.291 0.044 74 E 0.027 0.102 0.189 0.251 0.234 0.165 0.031 75 G 0.053 0.127 0.188 0.233 0.219 0.148 0.033 76 D 0.050 0.136 0.218 0.253 0.209 0.120 0.014 77 A 0.049 0.050 0.085 0.189 0.320 0.271 0.036 78 I 0.100 0.166 0.227 0.270 0.171 0.062 0.004 79 K 0.288 0.372 0.202 0.089 0.036 0.012 0.002 80 T 0.079 0.136 0.223 0.301 0.197 0.059 0.005 81 V 0.259 0.362 0.208 0.106 0.047 0.016 0.002 82 F 0.057 0.098 0.197 0.338 0.244 0.061 0.003 83 P 0.426 0.334 0.141 0.066 0.026 0.007 0.001 84 K 0.236 0.378 0.234 0.108 0.034 0.008 0.002 85 F 0.006 0.029 0.099 0.279 0.347 0.212 0.027 86 D 0.004 0.024 0.075 0.194 0.336 0.298 0.070 87 V 0.001 0.004 0.014 0.052 0.176 0.448 0.305 88 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.036 0.315 0.640 89 T 0.001 0.001 0.003 0.012 0.047 0.206 0.731 90 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.204 0.750 91 N 0.001 0.004 0.011 0.038 0.115 0.339 0.492 92 I 0.002 0.007 0.021 0.063 0.157 0.373 0.375 93 P 0.005 0.015 0.027 0.058 0.141 0.384 0.370 94 Y 0.021 0.033 0.057 0.127 0.225 0.349 0.189 95 K 0.032 0.072 0.108 0.168 0.219 0.272 0.129 96 I 0.036 0.066 0.096 0.166 0.239 0.283 0.114 97 S 0.031 0.064 0.107 0.181 0.245 0.275 0.096 98 S 0.109 0.164 0.196 0.216 0.173 0.108 0.035 99 P 0.192 0.301 0.211 0.139 0.084 0.051 0.021 100 L 0.025 0.045 0.095 0.215 0.319 0.251 0.049 101 I 0.053 0.145 0.213 0.248 0.197 0.122 0.022 102 F 0.060 0.186 0.258 0.241 0.164 0.078 0.013 103 K 0.015 0.063 0.166 0.285 0.288 0.160 0.022 104 L 0.004 0.006 0.014 0.068 0.263 0.527 0.117 105 I 0.045 0.188 0.294 0.293 0.136 0.041 0.004 106 S 0.066 0.299 0.334 0.202 0.075 0.021 0.003 107 H 0.008 0.024 0.054 0.148 0.326 0.381 0.059 108 R 0.014 0.054 0.147 0.317 0.315 0.140 0.013 109 P 0.094 0.345 0.307 0.167 0.064 0.021 0.003 110 L 0.016 0.066 0.166 0.304 0.290 0.143 0.015 111 F 0.004 0.009 0.025 0.105 0.311 0.454 0.091 112 K 0.027 0.136 0.235 0.277 0.204 0.100 0.021 113 C 0.058 0.182 0.223 0.237 0.170 0.101 0.029 114 A 0.029 0.096 0.153 0.208 0.222 0.213 0.078 115 V 0.006 0.019 0.062 0.151 0.287 0.357 0.117 116 L 0.005 0.015 0.049 0.136 0.275 0.378 0.141 117 M 0.003 0.005 0.008 0.022 0.092 0.456 0.413 118 F 0.002 0.005 0.008 0.028 0.120 0.435 0.402 119 Q 0.003 0.009 0.025 0.084 0.210 0.410 0.260 120 K 0.024 0.117 0.203 0.274 0.208 0.123 0.051 121 E 0.060 0.236 0.270 0.222 0.126 0.067 0.019 122 F 0.026 0.055 0.088 0.163 0.281 0.309 0.077 123 A 0.048 0.053 0.092 0.192 0.284 0.273 0.057 124 E 0.118 0.218 0.252 0.216 0.119 0.063 0.015 125 R 0.071 0.130 0.178 0.234 0.195 0.149 0.042 126 M 0.030 0.047 0.080 0.153 0.266 0.321 0.103 127 L 0.088 0.126 0.159 0.195 0.198 0.173 0.061 128 A 0.207 0.174 0.157 0.175 0.151 0.106 0.031 129 N 0.235 0.261 0.191 0.150 0.098 0.053 0.012 130 V 0.273 0.220 0.198 0.177 0.095 0.031 0.005 131 G 0.558 0.252 0.102 0.054 0.023 0.009 0.002 132 D 0.511 0.231 0.131 0.078 0.035 0.012 0.002 133 S 0.409 0.281 0.155 0.091 0.042 0.019 0.004 134 N 0.276 0.224 0.174 0.157 0.105 0.053 0.012 135 Y 0.116 0.138 0.171 0.221 0.195 0.126 0.034 136 S 0.172 0.197 0.193 0.191 0.131 0.089 0.026 137 R 0.090 0.149 0.173 0.198 0.185 0.150 0.055 138 L 0.036 0.039 0.069 0.142 0.237 0.311 0.165 139 T 0.073 0.126 0.158 0.189 0.186 0.184 0.084 140 I 0.077 0.106 0.144 0.186 0.192 0.202 0.095 141 N 0.092 0.106 0.116 0.164 0.200 0.222 0.099 142 V 0.068 0.070 0.100 0.154 0.200 0.274 0.133 143 K 0.121 0.169 0.179 0.200 0.158 0.121 0.051 144 L 0.082 0.096 0.123 0.177 0.213 0.225 0.085 145 F 0.064 0.094 0.110 0.159 0.207 0.254 0.110 146 C 0.066 0.070 0.108 0.186 0.245 0.248 0.078 147 K 0.171 0.314 0.256 0.159 0.070 0.025 0.006 148 V 0.066 0.076 0.129 0.227 0.282 0.187 0.034 149 T 0.184 0.289 0.241 0.161 0.086 0.033 0.006 150 K 0.140 0.212 0.224 0.210 0.142 0.064 0.009 151 V 0.093 0.124 0.171 0.251 0.237 0.110 0.014 152 C 0.078 0.131 0.188 0.259 0.228 0.105 0.011 153 N 0.241 0.360 0.233 0.115 0.038 0.011 0.001 154 V 0.067 0.094 0.170 0.315 0.269 0.081 0.005 155 N 0.434 0.357 0.146 0.047 0.012 0.003 0.001 156 R 0.367 0.338 0.193 0.078 0.020 0.003 0.001 157 S 0.473 0.283 0.145 0.069 0.024 0.005 0.001 158 S 0.169 0.300 0.274 0.176 0.068 0.013 0.001 159 F 0.073 0.103 0.181 0.300 0.256 0.083 0.004 160 N 0.192 0.317 0.264 0.157 0.056 0.012 0.001 161 P 0.207 0.299 0.246 0.165 0.065 0.016 0.002 162 P 0.287 0.291 0.205 0.143 0.058 0.014 0.001 163 P 0.197 0.244 0.250 0.190 0.091 0.025 0.003 164 K 0.189 0.318 0.263 0.153 0.057 0.018 0.002 165 V 0.047 0.056 0.098 0.226 0.325 0.222 0.026 166 D 0.119 0.228 0.259 0.215 0.116 0.054 0.009 167 S 0.093 0.195 0.232 0.209 0.148 0.104 0.020 168 V 0.043 0.067 0.120 0.209 0.258 0.251 0.051 169 I 0.035 0.076 0.138 0.210 0.244 0.236 0.062 170 V 0.056 0.072 0.101 0.172 0.252 0.281 0.066 171 K 0.058 0.159 0.249 0.264 0.183 0.078 0.010 172 L 0.037 0.047 0.098 0.210 0.357 0.226 0.024 173 I 0.140 0.264 0.263 0.204 0.097 0.031 0.002 174 P 0.303 0.308 0.200 0.126 0.052 0.010 0.001 175 K 0.518 0.261 0.143 0.062 0.015 0.002 0.001 176 E 0.856 0.116 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 177 S 0.759 0.149 0.059 0.025 0.007 0.001 0.001 178 S 0.747 0.172 0.053 0.021 0.005 0.001 0.001 179 F 0.637 0.202 0.098 0.047 0.014 0.002 0.001 180 L 0.698 0.181 0.075 0.035 0.010 0.002 0.001 181 T 0.765 0.152 0.054 0.021 0.006 0.001 0.001