# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.026 0.009 0.019 0.033 0.262 0.651 2 L 0.097 0.033 0.039 0.078 0.352 0.401 3 L 0.083 0.061 0.035 0.042 0.333 0.446 4 K 0.058 0.070 0.016 0.047 0.331 0.478 5 N 0.016 0.009 0.003 0.034 0.251 0.687 6 P 0.001 0.001 0.031 0.925 0.030 0.013 7 G 0.001 0.001 0.028 0.942 0.021 0.007 8 I 0.001 0.001 0.021 0.969 0.007 0.002 9 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.003 0.004 10 D 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 11 K 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.003 12 I 0.002 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 13 I 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.002 14 Y 0.002 0.001 0.013 0.972 0.008 0.006 15 A 0.003 0.001 0.017 0.934 0.014 0.032 16 A 0.006 0.005 0.019 0.763 0.041 0.166 17 K 0.014 0.004 0.015 0.056 0.113 0.798 18 I 0.036 0.019 0.010 0.010 0.137 0.788 19 K 0.055 0.022 0.022 0.009 0.766 0.125 20 S 0.028 0.008 0.025 0.007 0.847 0.086 21 S 0.011 0.003 0.009 0.002 0.889 0.086 22 D 0.136 0.008 0.004 0.001 0.724 0.129 23 I 0.728 0.015 0.001 0.001 0.053 0.202 24 V 0.969 0.008 0.001 0.001 0.007 0.015 25 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 26 E 0.933 0.003 0.001 0.001 0.012 0.050 27 I 0.549 0.012 0.002 0.003 0.071 0.363 28 G 0.137 0.018 0.003 0.004 0.223 0.614 29 C 0.046 0.029 0.007 0.017 0.417 0.485 30 G 0.015 0.024 0.014 0.063 0.547 0.336 31 T 0.016 0.022 0.020 0.356 0.348 0.237 32 G 0.005 0.004 0.024 0.767 0.132 0.068 33 N 0.004 0.004 0.017 0.912 0.040 0.024 34 L 0.003 0.004 0.022 0.934 0.025 0.011 35 T 0.005 0.003 0.034 0.911 0.030 0.016 36 V 0.006 0.001 0.072 0.831 0.066 0.023 37 K 0.008 0.003 0.051 0.850 0.052 0.035 38 L 0.002 0.001 0.022 0.945 0.017 0.014 39 L 0.010 0.003 0.060 0.731 0.103 0.092 40 P 0.004 0.001 0.128 0.657 0.152 0.057 41 L 0.026 0.005 0.133 0.481 0.224 0.131 42 A 0.034 0.007 0.058 0.344 0.317 0.239 43 K 0.052 0.002 0.030 0.070 0.290 0.557 44 K 0.338 0.007 0.017 0.063 0.145 0.430 45 V 0.875 0.004 0.005 0.023 0.036 0.058 46 I 0.932 0.002 0.002 0.019 0.011 0.034 47 T 0.909 0.001 0.002 0.017 0.012 0.059 48 I 0.801 0.006 0.004 0.014 0.024 0.153 49 D 0.472 0.010 0.006 0.009 0.117 0.386 50 I 0.057 0.014 0.009 0.018 0.221 0.683 51 D 0.010 0.004 0.006 0.027 0.239 0.715 52 S 0.001 0.001 0.080 0.876 0.037 0.006 53 R 0.001 0.001 0.086 0.887 0.022 0.004 54 M 0.001 0.001 0.052 0.931 0.014 0.003 55 I 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.006 56 S 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 57 E 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 58 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 59 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 61 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 62 C 0.001 0.001 0.018 0.938 0.027 0.016 63 L 0.002 0.001 0.077 0.845 0.051 0.023 64 Y 0.002 0.002 0.125 0.793 0.062 0.016 65 E 0.003 0.002 0.121 0.730 0.080 0.063 66 G 0.003 0.002 0.025 0.020 0.124 0.826 67 Y 0.039 0.041 0.129 0.015 0.469 0.307 68 N 0.125 0.020 0.071 0.007 0.554 0.222 69 N 0.193 0.007 0.048 0.008 0.540 0.204 70 L 0.723 0.006 0.004 0.002 0.148 0.117 71 E 0.950 0.002 0.001 0.001 0.015 0.032 72 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 73 Y 0.969 0.002 0.001 0.003 0.008 0.018 74 E 0.864 0.003 0.001 0.006 0.026 0.100 75 G 0.563 0.006 0.007 0.013 0.114 0.298 76 D 0.245 0.020 0.039 0.035 0.294 0.368 77 A 0.061 0.010 0.395 0.155 0.290 0.089 78 I 0.051 0.007 0.472 0.166 0.232 0.073 79 K 0.056 0.007 0.486 0.163 0.209 0.080 80 T 0.055 0.018 0.098 0.165 0.251 0.414 81 V 0.032 0.020 0.036 0.053 0.249 0.609 82 F 0.022 0.022 0.023 0.011 0.418 0.504 83 P 0.020 0.006 0.055 0.009 0.600 0.310 84 K 0.029 0.010 0.063 0.007 0.602 0.290 85 F 0.072 0.009 0.016 0.003 0.548 0.353 86 D 0.215 0.004 0.004 0.001 0.257 0.518 87 V 0.948 0.008 0.001 0.001 0.012 0.030 88 C 0.992 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 89 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 90 A 0.938 0.002 0.001 0.002 0.021 0.036 91 N 0.314 0.005 0.004 0.005 0.238 0.434 92 I 0.153 0.015 0.008 0.007 0.409 0.407 93 P 0.108 0.021 0.048 0.027 0.385 0.412 94 Y 0.153 0.025 0.187 0.091 0.374 0.171 95 K 0.139 0.023 0.182 0.108 0.385 0.164 96 I 0.119 0.037 0.086 0.147 0.345 0.266 97 S 0.055 0.024 0.013 0.085 0.358 0.464 98 S 0.015 0.006 0.004 0.101 0.285 0.589 99 P 0.005 0.003 0.015 0.705 0.138 0.134 100 L 0.003 0.001 0.015 0.944 0.026 0.012 101 I 0.005 0.001 0.014 0.946 0.024 0.010 102 F 0.007 0.001 0.017 0.936 0.025 0.014 103 K 0.010 0.002 0.027 0.920 0.025 0.016 104 L 0.007 0.001 0.035 0.907 0.032 0.017 105 I 0.006 0.001 0.035 0.894 0.037 0.026 106 S 0.005 0.002 0.026 0.877 0.039 0.050 107 H 0.011 0.008 0.038 0.642 0.092 0.209 108 R 0.018 0.007 0.081 0.270 0.254 0.370 109 P 0.022 0.004 0.215 0.215 0.327 0.216 110 L 0.046 0.010 0.272 0.230 0.241 0.201 111 F 0.088 0.027 0.091 0.240 0.237 0.317 112 K 0.089 0.016 0.034 0.230 0.267 0.364 113 C 0.018 0.003 0.016 0.771 0.107 0.086 114 A 0.027 0.003 0.024 0.734 0.116 0.095 115 V 0.060 0.003 0.018 0.865 0.027 0.028 116 L 0.075 0.001 0.008 0.889 0.010 0.016 117 M 0.100 0.001 0.012 0.866 0.012 0.009 118 F 0.159 0.002 0.017 0.788 0.019 0.015 119 Q 0.108 0.002 0.025 0.817 0.026 0.022 120 K 0.079 0.002 0.055 0.799 0.046 0.020 121 E 0.062 0.002 0.046 0.805 0.054 0.031 122 F 0.022 0.003 0.027 0.798 0.055 0.095 123 A 0.014 0.004 0.032 0.850 0.044 0.057 124 E 0.021 0.002 0.047 0.823 0.063 0.044 125 R 0.018 0.001 0.041 0.846 0.050 0.044 126 M 0.029 0.004 0.037 0.774 0.059 0.096 127 L 0.043 0.006 0.042 0.661 0.086 0.163 128 A 0.056 0.009 0.044 0.426 0.115 0.350 129 N 0.058 0.016 0.029 0.202 0.329 0.366 130 V 0.023 0.010 0.044 0.211 0.394 0.318 131 G 0.012 0.009 0.029 0.051 0.537 0.362 132 D 0.011 0.011 0.108 0.058 0.661 0.150 133 S 0.012 0.009 0.229 0.099 0.475 0.176 134 N 0.018 0.012 0.270 0.102 0.459 0.139 135 Y 0.039 0.019 0.215 0.122 0.406 0.199 136 S 0.102 0.017 0.081 0.114 0.321 0.365 137 R 0.170 0.018 0.064 0.152 0.290 0.306 138 L 0.273 0.015 0.032 0.189 0.217 0.274 139 T 0.403 0.009 0.021 0.191 0.134 0.241 140 I 0.539 0.006 0.023 0.258 0.076 0.099 141 N 0.645 0.005 0.014 0.200 0.051 0.085 142 V 0.709 0.005 0.014 0.195 0.030 0.048 143 K 0.701 0.004 0.015 0.148 0.050 0.083 144 L 0.666 0.004 0.027 0.151 0.063 0.090 145 F 0.643 0.008 0.025 0.094 0.102 0.127 146 C 0.563 0.009 0.022 0.096 0.136 0.172 147 K 0.405 0.004 0.020 0.074 0.162 0.335 148 V 0.560 0.009 0.026 0.109 0.114 0.182 149 T 0.690 0.009 0.022 0.080 0.067 0.132 150 K 0.773 0.008 0.038 0.072 0.037 0.071 151 V 0.650 0.013 0.072 0.124 0.067 0.075 152 C 0.602 0.009 0.080 0.089 0.099 0.121 153 N 0.359 0.016 0.041 0.060 0.210 0.314 154 V 0.207 0.059 0.014 0.031 0.235 0.454 155 N 0.100 0.027 0.021 0.020 0.444 0.388 156 R 0.010 0.003 0.581 0.053 0.303 0.049 157 S 0.012 0.003 0.648 0.056 0.244 0.037 158 S 0.032 0.016 0.604 0.063 0.245 0.039 159 F 0.078 0.042 0.043 0.052 0.324 0.461 160 N 0.062 0.030 0.011 0.021 0.295 0.581 161 P 0.030 0.012 0.004 0.008 0.298 0.647 162 P 0.035 0.014 0.008 0.004 0.302 0.636 163 P 0.077 0.027 0.016 0.004 0.246 0.630 164 K 0.178 0.020 0.028 0.003 0.228 0.542 165 V 0.393 0.021 0.034 0.005 0.184 0.364 166 D 0.554 0.007 0.014 0.003 0.130 0.293 167 S 0.764 0.003 0.006 0.003 0.089 0.136 168 V 0.930 0.002 0.001 0.002 0.023 0.043 169 I 0.981 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 170 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 171 K 0.963 0.001 0.001 0.004 0.007 0.025 172 L 0.866 0.003 0.001 0.003 0.021 0.107 173 I 0.544 0.009 0.003 0.003 0.084 0.358 174 P 0.216 0.010 0.006 0.004 0.329 0.436 175 K 0.051 0.007 0.062 0.022 0.562 0.296 176 E 0.035 0.011 0.096 0.037 0.524 0.298 177 S 0.023 0.009 0.162 0.038 0.579 0.189 178 S 0.018 0.006 0.127 0.080 0.431 0.337 179 F 0.028 0.021 0.082 0.076 0.311 0.482 180 L 0.042 0.047 0.024 0.070 0.197 0.620 181 T 0.033 0.010 0.003 0.021 0.077 0.856