# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.107 0.072 0.057 0.123 0.119 0.124 0.148 0.092 0.078 0.051 0.029 2 L 0.054 0.044 0.035 0.084 0.084 0.092 0.159 0.134 0.133 0.102 0.079 3 L 0.049 0.042 0.048 0.068 0.064 0.082 0.142 0.131 0.142 0.122 0.110 4 K 0.074 0.155 0.104 0.189 0.140 0.111 0.097 0.053 0.036 0.023 0.017 5 N 0.093 0.097 0.048 0.108 0.102 0.109 0.150 0.099 0.089 0.063 0.041 6 P 0.395 0.132 0.043 0.136 0.102 0.070 0.054 0.028 0.022 0.011 0.006 7 G 0.494 0.155 0.079 0.119 0.060 0.039 0.026 0.012 0.010 0.004 0.002 8 I 0.017 0.056 0.025 0.076 0.093 0.114 0.202 0.144 0.114 0.091 0.068 9 L 0.011 0.026 0.024 0.057 0.067 0.111 0.208 0.154 0.146 0.107 0.089 10 D 0.100 0.079 0.231 0.242 0.154 0.094 0.054 0.022 0.013 0.006 0.002 11 K 0.021 0.034 0.079 0.195 0.205 0.185 0.168 0.072 0.025 0.012 0.004 12 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.031 0.081 0.254 0.325 0.296 13 I 0.001 0.002 0.011 0.017 0.045 0.090 0.211 0.186 0.179 0.156 0.101 14 Y 0.005 0.024 0.375 0.190 0.125 0.091 0.091 0.044 0.028 0.020 0.008 15 A 0.002 0.007 0.033 0.075 0.109 0.171 0.290 0.166 0.079 0.048 0.020 16 A 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.009 0.050 0.104 0.255 0.322 0.248 17 K 0.076 0.126 0.136 0.278 0.193 0.102 0.058 0.019 0.008 0.004 0.001 18 I 0.016 0.021 0.035 0.029 0.041 0.079 0.167 0.177 0.168 0.156 0.111 19 K 0.241 0.265 0.059 0.168 0.100 0.068 0.054 0.024 0.011 0.005 0.004 20 S 0.340 0.251 0.057 0.120 0.076 0.054 0.045 0.025 0.018 0.010 0.005 21 S 0.382 0.172 0.044 0.128 0.108 0.069 0.043 0.023 0.017 0.009 0.005 22 D 0.312 0.126 0.049 0.142 0.105 0.094 0.080 0.035 0.033 0.014 0.008 23 I 0.023 0.045 0.037 0.147 0.154 0.141 0.194 0.111 0.070 0.050 0.029 24 V 0.002 0.004 0.012 0.017 0.018 0.026 0.078 0.122 0.187 0.250 0.285 25 L 0.002 0.003 0.012 0.018 0.032 0.059 0.129 0.180 0.208 0.196 0.160 26 E 0.017 0.044 0.098 0.171 0.187 0.151 0.119 0.094 0.063 0.037 0.019 27 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.023 0.068 0.103 0.216 0.267 0.301 28 G 0.023 0.024 0.015 0.048 0.064 0.081 0.143 0.163 0.190 0.143 0.106 29 C 0.008 0.016 0.016 0.058 0.058 0.078 0.151 0.139 0.159 0.159 0.158 30 G 0.015 0.024 0.019 0.049 0.068 0.103 0.170 0.147 0.149 0.133 0.125 31 T 0.014 0.034 0.015 0.077 0.083 0.094 0.146 0.130 0.156 0.136 0.114 32 G 0.013 0.014 0.010 0.042 0.056 0.090 0.169 0.124 0.179 0.159 0.144 33 N 0.033 0.032 0.026 0.147 0.121 0.115 0.181 0.112 0.096 0.077 0.060 34 L 0.001 0.004 0.004 0.016 0.032 0.046 0.140 0.172 0.198 0.213 0.175 35 T 0.001 0.001 0.003 0.007 0.009 0.014 0.046 0.092 0.222 0.270 0.335 36 V 0.007 0.006 0.025 0.046 0.089 0.120 0.205 0.153 0.160 0.118 0.072 37 K 0.008 0.022 0.060 0.189 0.197 0.163 0.193 0.091 0.044 0.022 0.010 38 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.038 0.083 0.229 0.313 0.323 39 L 0.002 0.002 0.005 0.009 0.023 0.051 0.161 0.204 0.222 0.194 0.129 40 P 0.043 0.069 0.452 0.217 0.109 0.056 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 41 L 0.007 0.025 0.031 0.088 0.132 0.209 0.298 0.127 0.048 0.024 0.011 42 A 0.008 0.008 0.008 0.012 0.013 0.023 0.088 0.133 0.233 0.242 0.232 43 K 0.049 0.056 0.058 0.175 0.173 0.168 0.178 0.064 0.040 0.025 0.014 44 K 0.050 0.084 0.191 0.244 0.205 0.116 0.060 0.027 0.015 0.006 0.002 45 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.074 0.106 0.207 0.259 0.326 46 I 0.005 0.008 0.011 0.032 0.050 0.075 0.188 0.223 0.182 0.132 0.094 47 T 0.002 0.005 0.038 0.036 0.037 0.041 0.091 0.133 0.200 0.217 0.200 48 I 0.007 0.006 0.023 0.023 0.047 0.084 0.185 0.168 0.183 0.142 0.132 49 D 0.120 0.128 0.098 0.242 0.122 0.081 0.085 0.050 0.040 0.021 0.012 50 I 0.010 0.035 0.011 0.036 0.050 0.087 0.204 0.174 0.160 0.129 0.104 51 D 0.130 0.228 0.043 0.158 0.127 0.113 0.097 0.054 0.032 0.012 0.007 52 S 0.478 0.103 0.083 0.151 0.093 0.049 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 53 R 0.389 0.108 0.127 0.193 0.094 0.050 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 54 M 0.001 0.007 0.009 0.010 0.014 0.029 0.108 0.179 0.288 0.216 0.138 55 I 0.001 0.001 0.007 0.012 0.036 0.129 0.301 0.211 0.142 0.101 0.060 56 S 0.017 0.022 0.735 0.140 0.054 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.003 0.011 0.076 0.202 0.198 0.252 0.195 0.052 0.008 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.170 0.377 0.431 59 K 0.001 0.002 0.015 0.036 0.169 0.334 0.329 0.072 0.025 0.014 0.003 60 K 0.001 0.006 0.930 0.044 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.002 0.005 0.035 0.096 0.101 0.221 0.441 0.082 0.013 0.005 0.001 62 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.075 0.216 0.353 0.326 63 L 0.017 0.064 0.162 0.235 0.184 0.141 0.130 0.034 0.017 0.011 0.006 64 Y 0.065 0.104 0.439 0.157 0.096 0.059 0.040 0.017 0.011 0.008 0.003 65 E 0.230 0.113 0.070 0.133 0.107 0.108 0.121 0.057 0.035 0.018 0.010 66 G 0.380 0.306 0.037 0.102 0.061 0.042 0.032 0.021 0.012 0.004 0.002 67 Y 0.018 0.011 0.007 0.019 0.031 0.056 0.123 0.134 0.182 0.191 0.228 68 N 0.174 0.240 0.134 0.234 0.119 0.052 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 69 N 0.021 0.044 0.050 0.196 0.172 0.143 0.156 0.098 0.062 0.041 0.017 70 L 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.047 0.104 0.222 0.287 0.315 71 E 0.035 0.064 0.050 0.243 0.224 0.161 0.114 0.064 0.030 0.011 0.005 72 V 0.001 0.003 0.016 0.013 0.014 0.022 0.060 0.091 0.186 0.288 0.306 73 Y 0.009 0.024 0.026 0.053 0.081 0.112 0.209 0.165 0.141 0.100 0.080 74 E 0.021 0.043 0.039 0.121 0.107 0.125 0.179 0.131 0.115 0.078 0.040 75 G 0.067 0.053 0.068 0.108 0.129 0.146 0.151 0.107 0.083 0.055 0.033 76 D 0.074 0.092 0.037 0.175 0.146 0.128 0.154 0.094 0.058 0.028 0.014 77 A 0.005 0.005 0.008 0.014 0.016 0.024 0.072 0.094 0.199 0.267 0.295 78 I 0.024 0.030 0.052 0.101 0.125 0.131 0.215 0.108 0.093 0.073 0.049 79 K 0.048 0.076 0.180 0.261 0.171 0.104 0.081 0.037 0.023 0.014 0.006 80 T 0.014 0.012 0.019 0.026 0.036 0.072 0.175 0.176 0.179 0.167 0.125 81 V 0.139 0.204 0.058 0.150 0.111 0.087 0.091 0.077 0.045 0.024 0.014 82 F 0.069 0.060 0.025 0.054 0.071 0.099 0.148 0.149 0.135 0.108 0.083 83 P 0.463 0.231 0.069 0.120 0.067 0.029 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 84 K 0.247 0.167 0.043 0.158 0.125 0.094 0.077 0.036 0.030 0.016 0.007 85 F 0.026 0.029 0.011 0.054 0.067 0.091 0.158 0.134 0.151 0.142 0.136 86 D 0.012 0.021 0.018 0.064 0.074 0.112 0.200 0.148 0.152 0.111 0.087 87 V 0.008 0.021 0.051 0.140 0.144 0.139 0.163 0.122 0.089 0.074 0.050 88 C 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.019 0.066 0.113 0.208 0.279 0.292 89 T 0.002 0.004 0.006 0.021 0.035 0.045 0.108 0.170 0.216 0.206 0.188 90 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.013 0.023 0.068 0.110 0.232 0.266 0.272 91 N 0.008 0.014 0.026 0.067 0.103 0.128 0.186 0.153 0.140 0.099 0.077 92 I 0.003 0.007 0.008 0.031 0.045 0.071 0.176 0.170 0.190 0.167 0.129 93 P 0.008 0.012 0.013 0.034 0.039 0.050 0.114 0.137 0.203 0.201 0.189 94 Y 0.010 0.009 0.012 0.029 0.044 0.068 0.160 0.144 0.191 0.177 0.156 95 K 0.052 0.068 0.085 0.168 0.140 0.118 0.139 0.077 0.069 0.049 0.036 96 I 0.014 0.022 0.019 0.052 0.061 0.090 0.199 0.149 0.152 0.132 0.110 97 S 0.052 0.054 0.032 0.068 0.069 0.083 0.149 0.135 0.144 0.118 0.097 98 S 0.160 0.130 0.071 0.175 0.132 0.107 0.100 0.051 0.038 0.022 0.013 99 P 0.216 0.131 0.087 0.147 0.115 0.096 0.087 0.046 0.038 0.023 0.013 100 L 0.059 0.092 0.036 0.106 0.108 0.117 0.169 0.108 0.099 0.063 0.041 101 I 0.048 0.056 0.046 0.117 0.112 0.133 0.187 0.106 0.095 0.061 0.039 102 F 0.078 0.056 0.138 0.169 0.126 0.114 0.132 0.068 0.055 0.041 0.023 103 K 0.023 0.058 0.089 0.175 0.163 0.159 0.174 0.084 0.044 0.022 0.009 104 L 0.003 0.004 0.015 0.015 0.017 0.029 0.102 0.123 0.226 0.252 0.215 105 I 0.042 0.032 0.110 0.111 0.132 0.143 0.189 0.100 0.068 0.049 0.023 106 S 0.035 0.094 0.252 0.250 0.142 0.098 0.071 0.030 0.017 0.008 0.003 107 H 0.009 0.017 0.031 0.032 0.042 0.087 0.211 0.181 0.175 0.132 0.083 108 R 0.061 0.053 0.053 0.119 0.133 0.150 0.194 0.095 0.071 0.046 0.025 109 P 0.206 0.118 0.293 0.196 0.090 0.049 0.028 0.010 0.006 0.003 0.001 110 L 0.027 0.036 0.064 0.110 0.111 0.132 0.221 0.129 0.081 0.056 0.033 111 F 0.006 0.008 0.010 0.012 0.017 0.038 0.122 0.162 0.226 0.211 0.187 112 K 0.051 0.097 0.178 0.248 0.175 0.113 0.073 0.030 0.019 0.011 0.006 113 C 0.049 0.070 0.150 0.164 0.138 0.138 0.132 0.069 0.044 0.031 0.015 114 A 0.030 0.039 0.026 0.087 0.100 0.130 0.190 0.146 0.127 0.078 0.047 115 V 0.008 0.008 0.009 0.021 0.027 0.055 0.138 0.149 0.231 0.196 0.159 116 L 0.017 0.026 0.062 0.141 0.154 0.137 0.177 0.107 0.082 0.058 0.038 117 M 0.005 0.007 0.028 0.038 0.040 0.054 0.147 0.145 0.177 0.189 0.171 118 F 0.004 0.010 0.019 0.031 0.037 0.050 0.127 0.155 0.202 0.191 0.173 119 Q 0.010 0.021 0.032 0.052 0.063 0.091 0.179 0.159 0.170 0.133 0.089 120 K 0.072 0.073 0.102 0.190 0.181 0.149 0.120 0.049 0.035 0.020 0.010 121 E 0.204 0.125 0.115 0.181 0.121 0.098 0.083 0.036 0.022 0.010 0.003 122 F 0.022 0.032 0.022 0.062 0.059 0.081 0.193 0.168 0.153 0.124 0.083 123 A 0.012 0.019 0.023 0.032 0.049 0.089 0.189 0.169 0.167 0.139 0.110 124 E 0.061 0.103 0.232 0.264 0.163 0.090 0.051 0.018 0.011 0.006 0.002 125 R 0.059 0.051 0.142 0.171 0.146 0.143 0.147 0.063 0.040 0.026 0.012 126 M 0.022 0.020 0.027 0.055 0.051 0.070 0.197 0.150 0.168 0.142 0.097 127 L 0.030 0.042 0.052 0.095 0.093 0.109 0.189 0.144 0.113 0.085 0.048 128 A 0.036 0.046 0.120 0.095 0.103 0.115 0.147 0.108 0.098 0.081 0.053 129 N 0.194 0.185 0.157 0.207 0.119 0.069 0.041 0.016 0.008 0.003 0.002 130 V 0.118 0.074 0.034 0.074 0.078 0.096 0.153 0.128 0.112 0.082 0.050 131 G 0.285 0.192 0.046 0.111 0.093 0.078 0.076 0.051 0.037 0.019 0.012 132 D 0.287 0.175 0.084 0.161 0.106 0.071 0.052 0.026 0.021 0.011 0.006 133 S 0.237 0.142 0.102 0.146 0.119 0.089 0.072 0.037 0.028 0.017 0.010 134 N 0.125 0.134 0.063 0.163 0.122 0.109 0.123 0.071 0.050 0.026 0.015 135 Y 0.036 0.036 0.035 0.070 0.076 0.103 0.175 0.140 0.131 0.110 0.088 136 S 0.122 0.122 0.132 0.190 0.127 0.098 0.090 0.050 0.036 0.021 0.012 137 R 0.070 0.088 0.106 0.182 0.144 0.122 0.119 0.067 0.051 0.034 0.018 138 L 0.023 0.028 0.023 0.044 0.058 0.092 0.177 0.158 0.169 0.136 0.092 139 T 0.109 0.122 0.090 0.211 0.157 0.115 0.087 0.049 0.033 0.018 0.009 140 I 0.033 0.037 0.045 0.074 0.081 0.114 0.174 0.149 0.130 0.103 0.061 141 N 0.035 0.082 0.062 0.161 0.160 0.137 0.138 0.094 0.067 0.039 0.025 142 V 0.005 0.006 0.009 0.020 0.025 0.050 0.140 0.142 0.217 0.218 0.168 143 K 0.051 0.063 0.117 0.227 0.210 0.137 0.096 0.044 0.030 0.017 0.008 144 L 0.003 0.007 0.019 0.037 0.040 0.070 0.199 0.162 0.180 0.170 0.112 145 F 0.010 0.019 0.036 0.066 0.071 0.080 0.156 0.165 0.160 0.142 0.095 146 C 0.006 0.007 0.015 0.018 0.028 0.059 0.147 0.188 0.212 0.193 0.127 147 K 0.059 0.173 0.165 0.246 0.178 0.097 0.045 0.021 0.010 0.004 0.002 148 V 0.015 0.016 0.015 0.035 0.042 0.079 0.194 0.154 0.183 0.157 0.111 149 T 0.183 0.115 0.078 0.172 0.133 0.092 0.096 0.048 0.040 0.026 0.016 150 K 0.066 0.088 0.081 0.208 0.139 0.126 0.155 0.063 0.041 0.023 0.010 151 V 0.027 0.030 0.063 0.075 0.079 0.092 0.154 0.127 0.133 0.126 0.093 152 C 0.035 0.035 0.045 0.081 0.085 0.118 0.220 0.132 0.113 0.082 0.053 153 N 0.116 0.153 0.190 0.227 0.132 0.073 0.051 0.029 0.016 0.009 0.004 154 V 0.018 0.017 0.014 0.025 0.039 0.071 0.166 0.173 0.173 0.161 0.143 155 N 0.300 0.244 0.064 0.149 0.099 0.058 0.038 0.023 0.015 0.006 0.003 156 R 0.190 0.108 0.068 0.150 0.122 0.097 0.099 0.054 0.052 0.037 0.023 157 S 0.278 0.152 0.071 0.141 0.117 0.082 0.072 0.036 0.027 0.015 0.009 158 S 0.125 0.102 0.051 0.150 0.114 0.099 0.127 0.087 0.072 0.046 0.026 159 F 0.062 0.052 0.038 0.066 0.081 0.104 0.155 0.144 0.124 0.100 0.074 160 N 0.161 0.175 0.113 0.193 0.126 0.082 0.060 0.037 0.026 0.015 0.010 161 P 0.095 0.094 0.042 0.105 0.106 0.111 0.144 0.107 0.088 0.067 0.043 162 P 0.239 0.159 0.044 0.136 0.123 0.089 0.073 0.054 0.042 0.025 0.016 163 P 0.219 0.111 0.041 0.115 0.096 0.094 0.107 0.071 0.071 0.047 0.030 164 K 0.196 0.195 0.062 0.197 0.142 0.084 0.052 0.033 0.021 0.012 0.006 165 V 0.010 0.013 0.006 0.018 0.028 0.055 0.128 0.155 0.202 0.200 0.185 166 D 0.082 0.144 0.047 0.212 0.165 0.122 0.094 0.060 0.037 0.021 0.015 167 S 0.046 0.039 0.040 0.089 0.092 0.105 0.140 0.117 0.139 0.115 0.078 168 V 0.044 0.056 0.032 0.119 0.128 0.116 0.152 0.121 0.103 0.075 0.055 169 I 0.009 0.012 0.010 0.039 0.045 0.059 0.141 0.148 0.209 0.183 0.146 170 V 0.017 0.016 0.035 0.049 0.058 0.065 0.124 0.123 0.175 0.184 0.154 171 K 0.043 0.072 0.099 0.209 0.179 0.136 0.132 0.062 0.039 0.020 0.010 172 L 0.016 0.017 0.026 0.039 0.044 0.065 0.151 0.153 0.180 0.177 0.133 173 I 0.103 0.097 0.046 0.123 0.120 0.122 0.163 0.098 0.064 0.038 0.025 174 P 0.260 0.201 0.117 0.161 0.095 0.059 0.047 0.026 0.019 0.010 0.005 175 K 0.233 0.131 0.057 0.118 0.117 0.105 0.107 0.056 0.038 0.023 0.014 176 E 0.402 0.203 0.057 0.121 0.081 0.053 0.039 0.020 0.014 0.006 0.003 177 S 0.239 0.125 0.071 0.142 0.109 0.092 0.096 0.051 0.038 0.023 0.013 178 S 0.216 0.144 0.105 0.149 0.111 0.086 0.082 0.045 0.032 0.018 0.011 179 F 0.112 0.104 0.084 0.139 0.114 0.112 0.131 0.081 0.063 0.038 0.023 180 L 0.115 0.119 0.098 0.153 0.124 0.111 0.117 0.068 0.047 0.029 0.018 181 T 0.171 0.136 0.106 0.169 0.120 0.095 0.089 0.048 0.035 0.020 0.010