# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.006 0.002 0.008 0.045 0.010 0.014 0.917 2 L 0.049 0.031 0.081 0.202 0.024 0.106 0.507 3 L 0.027 0.027 0.107 0.201 0.115 0.137 0.386 4 K 0.017 0.015 0.083 0.168 0.179 0.206 0.332 5 N 0.005 0.008 0.006 0.039 0.226 0.012 0.703 6 P 0.001 0.001 0.046 0.707 0.017 0.198 0.031 7 G 0.001 0.001 0.019 0.877 0.007 0.087 0.007 8 I 0.001 0.002 0.010 0.964 0.002 0.012 0.011 9 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 10 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 13 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.001 14 Y 0.002 0.001 0.004 0.964 0.001 0.028 0.001 15 A 0.002 0.001 0.014 0.865 0.003 0.103 0.011 16 A 0.004 0.003 0.022 0.464 0.085 0.304 0.117 17 K 0.018 0.019 0.015 0.069 0.052 0.321 0.507 18 I 0.011 0.021 0.003 0.007 0.044 0.007 0.907 19 K 0.013 0.003 0.008 0.007 0.044 0.020 0.905 20 S 0.004 0.003 0.087 0.041 0.108 0.711 0.047 21 S 0.014 0.001 0.061 0.013 0.160 0.683 0.068 22 D 0.121 0.008 0.019 0.006 0.269 0.070 0.506 23 I 0.823 0.010 0.002 0.004 0.034 0.011 0.116 24 V 0.969 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 25 L 0.978 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 26 E 0.936 0.004 0.004 0.006 0.007 0.002 0.042 27 I 0.741 0.008 0.012 0.008 0.030 0.022 0.178 28 G 0.263 0.014 0.023 0.006 0.185 0.080 0.431 29 C 0.074 0.028 0.023 0.015 0.413 0.113 0.335 30 G 0.036 0.030 0.012 0.020 0.555 0.124 0.224 31 T 0.014 0.008 0.084 0.332 0.136 0.204 0.223 32 G 0.004 0.002 0.080 0.776 0.057 0.050 0.031 33 N 0.002 0.003 0.058 0.881 0.017 0.028 0.012 34 L 0.003 0.002 0.069 0.881 0.007 0.032 0.005 35 T 0.006 0.004 0.070 0.861 0.005 0.044 0.010 36 V 0.003 0.002 0.146 0.801 0.006 0.037 0.006 37 K 0.004 0.002 0.258 0.567 0.012 0.151 0.007 38 L 0.004 0.006 0.293 0.455 0.009 0.217 0.016 39 L 0.006 0.005 0.438 0.254 0.075 0.070 0.152 40 P 0.005 0.002 0.553 0.145 0.035 0.209 0.052 41 L 0.010 0.007 0.485 0.038 0.059 0.334 0.067 42 A 0.066 0.008 0.206 0.010 0.108 0.114 0.488 43 K 0.106 0.002 0.053 0.005 0.486 0.137 0.212 44 K 0.859 0.003 0.005 0.001 0.029 0.020 0.084 45 V 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 46 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 47 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 48 I 0.939 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.046 49 D 0.707 0.010 0.003 0.001 0.049 0.007 0.224 50 I 0.101 0.022 0.008 0.002 0.260 0.048 0.558 51 D 0.013 0.005 0.002 0.002 0.208 0.006 0.763 52 S 0.001 0.001 0.128 0.765 0.013 0.085 0.009 53 R 0.001 0.001 0.051 0.904 0.002 0.040 0.002 54 M 0.001 0.001 0.020 0.967 0.001 0.011 0.002 55 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.012 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.016 0.001 62 C 0.001 0.001 0.003 0.973 0.002 0.012 0.009 63 L 0.001 0.001 0.019 0.931 0.004 0.040 0.004 64 Y 0.001 0.001 0.034 0.872 0.011 0.074 0.007 65 E 0.001 0.001 0.030 0.352 0.021 0.587 0.009 66 G 0.001 0.002 0.008 0.024 0.028 0.897 0.040 67 Y 0.012 0.007 0.009 0.002 0.061 0.020 0.889 68 N 0.050 0.007 0.019 0.003 0.358 0.146 0.416 69 N 0.228 0.009 0.024 0.002 0.154 0.232 0.350 70 L 0.595 0.004 0.003 0.003 0.031 0.003 0.361 71 E 0.953 0.004 0.001 0.003 0.007 0.001 0.032 72 V 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 73 Y 0.956 0.002 0.001 0.006 0.005 0.001 0.029 74 E 0.825 0.002 0.004 0.019 0.028 0.009 0.114 75 G 0.369 0.005 0.010 0.018 0.229 0.032 0.336 76 D 0.328 0.013 0.017 0.036 0.164 0.031 0.411 77 A 0.146 0.016 0.209 0.249 0.084 0.164 0.132 78 I 0.117 0.014 0.311 0.225 0.054 0.196 0.083 79 K 0.086 0.012 0.310 0.169 0.087 0.185 0.150 80 T 0.083 0.018 0.104 0.068 0.283 0.122 0.321 81 V 0.078 0.055 0.042 0.020 0.257 0.116 0.432 82 F 0.030 0.014 0.032 0.009 0.151 0.036 0.727 83 P 0.040 0.006 0.079 0.021 0.198 0.261 0.395 84 K 0.048 0.019 0.082 0.010 0.166 0.338 0.337 85 F 0.087 0.005 0.018 0.002 0.056 0.024 0.808 86 D 0.159 0.003 0.009 0.002 0.539 0.026 0.262 87 V 0.954 0.002 0.005 0.001 0.008 0.007 0.023 88 C 0.983 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 89 T 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 90 A 0.836 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.151 91 N 0.215 0.002 0.002 0.001 0.195 0.014 0.571 92 I 0.112 0.003 0.017 0.010 0.458 0.030 0.370 93 P 0.119 0.013 0.176 0.090 0.124 0.106 0.373 94 Y 0.197 0.028 0.275 0.158 0.075 0.152 0.114 95 K 0.197 0.033 0.202 0.179 0.096 0.189 0.103 96 I 0.126 0.026 0.093 0.119 0.112 0.247 0.278 97 S 0.053 0.012 0.021 0.079 0.260 0.134 0.442 98 S 0.018 0.008 0.011 0.216 0.376 0.040 0.331 99 P 0.002 0.001 0.019 0.898 0.018 0.027 0.035 100 L 0.001 0.001 0.012 0.962 0.003 0.014 0.008 101 I 0.001 0.001 0.009 0.972 0.002 0.007 0.008 102 F 0.001 0.001 0.009 0.978 0.002 0.005 0.004 103 K 0.001 0.001 0.010 0.968 0.002 0.016 0.002 104 L 0.004 0.001 0.024 0.889 0.005 0.070 0.007 105 I 0.004 0.002 0.052 0.761 0.014 0.153 0.013 106 S 0.006 0.006 0.082 0.556 0.013 0.309 0.028 107 H 0.005 0.005 0.091 0.543 0.055 0.210 0.090 108 R 0.006 0.003 0.182 0.354 0.152 0.066 0.237 109 P 0.003 0.003 0.370 0.325 0.047 0.198 0.054 110 L 0.010 0.006 0.369 0.272 0.055 0.229 0.059 111 F 0.058 0.021 0.070 0.203 0.273 0.059 0.316 112 K 0.065 0.016 0.045 0.200 0.076 0.081 0.517 113 C 0.055 0.006 0.051 0.317 0.206 0.228 0.136 114 A 0.092 0.003 0.039 0.288 0.148 0.309 0.121 115 V 0.539 0.010 0.019 0.266 0.024 0.038 0.104 116 L 0.750 0.006 0.003 0.196 0.008 0.005 0.033 117 M 0.726 0.003 0.005 0.231 0.008 0.007 0.020 118 F 0.595 0.008 0.007 0.284 0.010 0.014 0.083 119 Q 0.244 0.002 0.021 0.525 0.036 0.022 0.150 120 K 0.061 0.001 0.037 0.758 0.061 0.024 0.058 121 E 0.021 0.003 0.028 0.876 0.017 0.021 0.034 122 F 0.008 0.002 0.018 0.923 0.007 0.020 0.022 123 A 0.006 0.002 0.017 0.937 0.006 0.015 0.016 124 E 0.006 0.001 0.016 0.946 0.006 0.017 0.008 125 R 0.004 0.001 0.020 0.927 0.005 0.033 0.009 126 M 0.010 0.003 0.021 0.847 0.014 0.087 0.019 127 L 0.022 0.007 0.040 0.703 0.026 0.141 0.061 128 A 0.049 0.008 0.041 0.520 0.099 0.093 0.191 129 N 0.046 0.014 0.028 0.229 0.088 0.112 0.483 130 V 0.009 0.010 0.059 0.222 0.087 0.389 0.224 131 G 0.014 0.013 0.056 0.140 0.152 0.324 0.301 132 D 0.014 0.010 0.061 0.067 0.227 0.057 0.565 133 S 0.008 0.005 0.197 0.218 0.087 0.383 0.102 134 N 0.019 0.011 0.212 0.272 0.064 0.337 0.085 135 Y 0.034 0.017 0.210 0.333 0.072 0.141 0.193 136 S 0.051 0.014 0.084 0.396 0.088 0.144 0.223 137 R 0.077 0.012 0.082 0.515 0.078 0.102 0.134 138 L 0.153 0.012 0.034 0.504 0.055 0.055 0.186 139 T 0.230 0.008 0.015 0.470 0.042 0.049 0.186 140 I 0.418 0.008 0.010 0.359 0.053 0.039 0.111 141 N 0.500 0.006 0.007 0.337 0.034 0.038 0.079 142 V 0.609 0.009 0.007 0.264 0.024 0.023 0.065 143 K 0.586 0.007 0.008 0.244 0.039 0.024 0.091 144 L 0.523 0.004 0.013 0.277 0.037 0.036 0.111 145 F 0.519 0.011 0.013 0.223 0.035 0.068 0.132 146 C 0.472 0.010 0.012 0.118 0.076 0.112 0.199 147 K 0.488 0.005 0.008 0.048 0.104 0.128 0.219 148 V 0.594 0.013 0.006 0.038 0.041 0.021 0.287 149 T 0.730 0.011 0.010 0.035 0.036 0.018 0.160 150 K 0.799 0.010 0.016 0.039 0.027 0.021 0.088 151 V 0.695 0.011 0.024 0.033 0.031 0.027 0.177 152 C 0.616 0.012 0.026 0.028 0.078 0.057 0.182 153 N 0.491 0.021 0.021 0.013 0.103 0.070 0.281 154 V 0.234 0.045 0.006 0.005 0.263 0.017 0.430 155 N 0.080 0.016 0.012 0.003 0.056 0.014 0.819 156 R 0.004 0.002 0.641 0.059 0.022 0.238 0.034 157 S 0.003 0.001 0.662 0.055 0.014 0.245 0.020 158 S 0.010 0.006 0.651 0.052 0.035 0.165 0.081 159 F 0.062 0.053 0.087 0.043 0.219 0.191 0.344 160 N 0.062 0.022 0.008 0.004 0.382 0.046 0.476 161 P 0.040 0.018 0.002 0.002 0.124 0.014 0.801 162 P 0.021 0.008 0.001 0.001 0.025 0.003 0.942 163 P 0.072 0.013 0.008 0.003 0.094 0.019 0.790 164 K 0.243 0.028 0.029 0.003 0.161 0.047 0.489 165 V 0.385 0.012 0.016 0.002 0.089 0.018 0.477 166 D 0.513 0.003 0.007 0.001 0.255 0.022 0.200 167 S 0.918 0.002 0.002 0.001 0.009 0.003 0.065 168 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 169 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 170 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 171 K 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 172 L 0.919 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.073 173 I 0.694 0.008 0.001 0.001 0.035 0.002 0.259 174 P 0.533 0.024 0.002 0.003 0.048 0.006 0.383 175 K 0.095 0.015 0.014 0.005 0.223 0.084 0.563 176 E 0.031 0.009 0.047 0.017 0.306 0.167 0.422 177 S 0.019 0.004 0.101 0.038 0.229 0.156 0.454 178 S 0.022 0.012 0.188 0.080 0.138 0.217 0.343 179 F 0.054 0.019 0.152 0.078 0.159 0.273 0.264 180 L 0.076 0.036 0.043 0.063 0.089 0.081 0.613 181 T 0.024 0.005 0.010 0.023 0.030 0.021 0.886