# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.157 0.139 0.176 0.154 0.059 0.071 0.157 0.011 0.070 0.004 0.001 2 L 0.503 0.116 0.105 0.173 0.027 0.022 0.026 0.009 0.014 0.004 0.001 3 L 0.350 0.176 0.204 0.146 0.035 0.047 0.019 0.006 0.012 0.005 0.001 4 K 0.169 0.291 0.223 0.215 0.026 0.039 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 5 N 0.018 0.121 0.528 0.003 0.023 0.069 0.004 0.001 0.229 0.004 0.001 6 P 0.965 0.001 0.020 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 G 0.888 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.006 0.058 0.001 0.005 0.001 8 I 0.939 0.001 0.003 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.723 0.001 0.002 0.273 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.345 0.041 0.203 0.342 0.009 0.010 0.011 0.007 0.030 0.001 0.001 17 K 0.155 0.034 0.175 0.106 0.010 0.127 0.358 0.006 0.026 0.003 0.001 18 I 0.135 0.156 0.581 0.053 0.009 0.053 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 19 K 0.123 0.187 0.466 0.068 0.042 0.050 0.010 0.002 0.046 0.005 0.001 20 S 0.332 0.051 0.465 0.074 0.020 0.019 0.015 0.005 0.007 0.009 0.002 21 S 0.225 0.035 0.082 0.308 0.036 0.012 0.067 0.212 0.009 0.014 0.001 22 D 0.036 0.158 0.565 0.091 0.030 0.053 0.036 0.007 0.022 0.001 0.001 23 I 0.011 0.626 0.300 0.008 0.034 0.013 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 24 V 0.013 0.827 0.103 0.003 0.018 0.015 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 25 L 0.017 0.719 0.176 0.004 0.020 0.029 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 26 E 0.021 0.330 0.447 0.003 0.020 0.144 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 27 I 0.089 0.461 0.222 0.096 0.018 0.055 0.005 0.001 0.051 0.001 0.001 28 G 0.054 0.048 0.145 0.008 0.256 0.008 0.036 0.058 0.009 0.378 0.001 29 C 0.338 0.065 0.316 0.196 0.033 0.026 0.005 0.003 0.006 0.005 0.007 30 G 0.165 0.015 0.077 0.029 0.092 0.005 0.018 0.084 0.004 0.510 0.001 31 T 0.729 0.015 0.050 0.176 0.005 0.013 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 32 G 0.824 0.004 0.027 0.015 0.013 0.003 0.009 0.054 0.001 0.050 0.001 33 N 0.961 0.001 0.003 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.979 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.874 0.001 0.001 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.889 0.009 0.059 0.014 0.002 0.008 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 40 P 0.947 0.001 0.018 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.512 0.012 0.020 0.444 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 A 0.267 0.062 0.333 0.111 0.027 0.043 0.076 0.048 0.025 0.006 0.001 43 K 0.318 0.130 0.187 0.212 0.088 0.011 0.023 0.013 0.007 0.012 0.001 44 K 0.057 0.411 0.346 0.055 0.045 0.045 0.019 0.001 0.019 0.001 0.001 45 V 0.008 0.553 0.357 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 46 I 0.279 0.407 0.140 0.080 0.003 0.065 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 47 T 0.005 0.694 0.102 0.004 0.156 0.017 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 48 I 0.011 0.854 0.045 0.009 0.024 0.017 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 49 D 0.008 0.360 0.364 0.005 0.091 0.122 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 50 I 0.314 0.074 0.122 0.424 0.011 0.045 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 51 D 0.013 0.161 0.551 0.004 0.160 0.054 0.001 0.001 0.051 0.005 0.001 52 S 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.986 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.940 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 C 0.941 0.004 0.013 0.028 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 63 L 0.963 0.005 0.008 0.015 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.889 0.015 0.011 0.070 0.004 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 65 E 0.226 0.018 0.036 0.685 0.008 0.003 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 66 G 0.020 0.001 0.005 0.015 0.005 0.001 0.232 0.691 0.001 0.028 0.001 67 Y 0.063 0.326 0.446 0.044 0.015 0.065 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 68 N 0.349 0.094 0.265 0.202 0.018 0.026 0.027 0.003 0.006 0.009 0.001 69 N 0.038 0.049 0.035 0.237 0.061 0.038 0.470 0.036 0.033 0.003 0.001 70 L 0.008 0.622 0.318 0.004 0.032 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 71 E 0.011 0.639 0.281 0.002 0.008 0.044 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 72 V 0.016 0.713 0.199 0.002 0.016 0.035 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 73 Y 0.073 0.693 0.094 0.018 0.037 0.050 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 74 E 0.054 0.559 0.172 0.040 0.085 0.041 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 75 G 0.131 0.115 0.131 0.024 0.390 0.010 0.031 0.073 0.008 0.086 0.001 76 D 0.139 0.164 0.223 0.092 0.098 0.148 0.030 0.003 0.094 0.006 0.003 77 A 0.725 0.056 0.055 0.115 0.014 0.017 0.006 0.003 0.006 0.002 0.001 78 I 0.660 0.089 0.072 0.146 0.012 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 79 K 0.350 0.125 0.133 0.232 0.045 0.025 0.048 0.007 0.032 0.001 0.001 80 T 0.227 0.194 0.389 0.076 0.037 0.033 0.016 0.003 0.023 0.002 0.001 81 V 0.268 0.186 0.200 0.196 0.014 0.084 0.017 0.002 0.031 0.002 0.001 82 F 0.085 0.185 0.372 0.020 0.023 0.048 0.043 0.004 0.212 0.007 0.001 83 P 0.475 0.013 0.410 0.017 0.008 0.013 0.004 0.007 0.001 0.006 0.045 84 K 0.349 0.083 0.090 0.366 0.019 0.020 0.036 0.022 0.010 0.003 0.002 85 F 0.049 0.177 0.558 0.013 0.110 0.054 0.011 0.006 0.017 0.004 0.001 86 D 0.600 0.003 0.006 0.381 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.004 0.789 0.012 0.004 0.185 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 88 C 0.006 0.899 0.046 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 89 T 0.008 0.814 0.048 0.002 0.019 0.026 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 90 A 0.034 0.491 0.124 0.031 0.107 0.133 0.016 0.002 0.054 0.007 0.001 91 N 0.083 0.191 0.207 0.106 0.082 0.132 0.054 0.009 0.115 0.017 0.004 92 I 0.073 0.243 0.343 0.007 0.056 0.062 0.097 0.001 0.105 0.005 0.009 93 P 0.278 0.014 0.513 0.017 0.001 0.075 0.002 0.001 0.003 0.001 0.095 94 Y 0.410 0.140 0.146 0.146 0.046 0.034 0.044 0.011 0.018 0.003 0.002 95 K 0.312 0.141 0.125 0.095 0.066 0.074 0.129 0.020 0.029 0.008 0.001 96 I 0.254 0.193 0.138 0.296 0.017 0.055 0.013 0.002 0.030 0.001 0.001 97 S 0.195 0.215 0.291 0.120 0.079 0.033 0.021 0.005 0.025 0.016 0.001 98 S 0.320 0.058 0.409 0.006 0.067 0.018 0.013 0.014 0.026 0.065 0.004 99 P 0.820 0.002 0.092 0.018 0.001 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.038 100 L 0.954 0.004 0.013 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 I 0.977 0.003 0.007 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.984 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.973 0.003 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.970 0.002 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 I 0.977 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 S 0.950 0.005 0.005 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 H 0.786 0.006 0.011 0.189 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.761 0.032 0.090 0.006 0.010 0.005 0.015 0.003 0.067 0.011 0.001 109 P 0.935 0.001 0.032 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 110 L 0.772 0.020 0.027 0.164 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 111 F 0.310 0.122 0.263 0.206 0.019 0.050 0.008 0.003 0.018 0.001 0.001 112 K 0.440 0.154 0.171 0.064 0.031 0.030 0.052 0.006 0.043 0.007 0.001 113 C 0.393 0.111 0.302 0.103 0.052 0.013 0.007 0.005 0.004 0.008 0.002 114 A 0.345 0.057 0.084 0.225 0.063 0.017 0.076 0.102 0.011 0.018 0.001 115 V 0.128 0.472 0.266 0.020 0.072 0.017 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 116 L 0.230 0.444 0.244 0.012 0.012 0.040 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 117 M 0.366 0.411 0.123 0.016 0.018 0.035 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 118 F 0.311 0.422 0.098 0.035 0.037 0.053 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 119 Q 0.486 0.203 0.154 0.031 0.025 0.070 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 120 K 0.813 0.054 0.045 0.038 0.018 0.016 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 121 E 0.871 0.027 0.030 0.031 0.013 0.009 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 122 F 0.905 0.015 0.011 0.055 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 123 A 0.925 0.014 0.019 0.025 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 124 E 0.950 0.008 0.012 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 R 0.893 0.015 0.022 0.056 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 126 M 0.834 0.023 0.031 0.096 0.004 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 127 L 0.673 0.056 0.062 0.150 0.009 0.021 0.014 0.002 0.011 0.001 0.001 128 A 0.532 0.126 0.188 0.084 0.033 0.014 0.006 0.003 0.010 0.006 0.001 129 N 0.264 0.117 0.391 0.078 0.017 0.067 0.022 0.002 0.038 0.001 0.002 130 V 0.448 0.068 0.311 0.140 0.006 0.012 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 131 G 0.095 0.007 0.047 0.059 0.033 0.006 0.096 0.501 0.004 0.152 0.001 132 D 0.143 0.104 0.533 0.083 0.020 0.071 0.009 0.003 0.029 0.003 0.001 133 S 0.592 0.066 0.137 0.148 0.017 0.010 0.014 0.008 0.004 0.004 0.001 134 N 0.315 0.124 0.120 0.295 0.027 0.036 0.038 0.008 0.036 0.002 0.001 135 Y 0.258 0.188 0.195 0.194 0.051 0.025 0.052 0.009 0.021 0.006 0.001 136 S 0.319 0.123 0.189 0.133 0.080 0.038 0.058 0.025 0.015 0.019 0.001 137 R 0.207 0.443 0.181 0.051 0.045 0.022 0.008 0.001 0.039 0.001 0.001 138 L 0.150 0.131 0.593 0.035 0.008 0.062 0.007 0.001 0.010 0.001 0.002 139 T 0.161 0.480 0.166 0.036 0.113 0.017 0.006 0.004 0.013 0.003 0.001 140 I 0.160 0.580 0.094 0.027 0.115 0.009 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 141 N 0.146 0.491 0.209 0.028 0.034 0.055 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 142 V 0.148 0.600 0.104 0.040 0.053 0.026 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 143 K 0.145 0.501 0.177 0.017 0.039 0.041 0.012 0.001 0.065 0.001 0.001 144 L 0.276 0.321 0.295 0.025 0.029 0.036 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 145 F 0.286 0.278 0.144 0.143 0.034 0.052 0.021 0.003 0.037 0.002 0.001 146 C 0.167 0.326 0.205 0.089 0.156 0.011 0.017 0.008 0.013 0.009 0.001 147 K 0.111 0.169 0.190 0.108 0.056 0.103 0.196 0.014 0.048 0.005 0.001 148 V 0.118 0.390 0.371 0.032 0.029 0.040 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 149 T 0.273 0.464 0.093 0.081 0.038 0.016 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 150 K 0.113 0.341 0.441 0.013 0.040 0.031 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 151 V 0.219 0.429 0.134 0.110 0.026 0.032 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 152 C 0.231 0.265 0.178 0.080 0.144 0.022 0.028 0.009 0.028 0.016 0.001 153 N 0.088 0.138 0.269 0.166 0.044 0.110 0.120 0.011 0.047 0.003 0.005 154 V 0.043 0.462 0.401 0.035 0.022 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 155 N 0.010 0.116 0.664 0.004 0.036 0.124 0.004 0.001 0.039 0.003 0.001 156 R 0.881 0.010 0.017 0.071 0.004 0.005 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 157 S 0.722 0.029 0.028 0.190 0.010 0.002 0.007 0.006 0.003 0.002 0.001 158 S 0.430 0.093 0.047 0.387 0.023 0.003 0.006 0.005 0.005 0.001 0.001 159 F 0.110 0.198 0.363 0.123 0.053 0.036 0.070 0.013 0.015 0.019 0.001 160 N 0.007 0.421 0.250 0.001 0.015 0.016 0.011 0.001 0.279 0.001 0.001 161 P 0.009 0.002 0.854 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.124 162 P 0.009 0.002 0.891 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.091 163 P 0.085 0.006 0.787 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 164 K 0.102 0.237 0.300 0.088 0.068 0.091 0.046 0.022 0.043 0.002 0.001 165 V 0.051 0.530 0.281 0.023 0.026 0.054 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 166 D 0.279 0.235 0.164 0.199 0.035 0.057 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 167 S 0.063 0.381 0.088 0.054 0.390 0.005 0.005 0.005 0.005 0.003 0.001 168 V 0.014 0.688 0.130 0.012 0.126 0.010 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 169 I 0.005 0.740 0.195 0.002 0.025 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 170 V 0.008 0.859 0.059 0.007 0.035 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 171 K 0.002 0.697 0.238 0.001 0.022 0.024 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 172 L 0.006 0.440 0.460 0.003 0.009 0.054 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 173 I 0.002 0.640 0.188 0.001 0.012 0.015 0.002 0.001 0.142 0.001 0.001 174 P 0.027 0.012 0.922 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 175 K 0.073 0.298 0.433 0.028 0.062 0.049 0.011 0.003 0.039 0.003 0.001 176 E 0.392 0.110 0.260 0.083 0.040 0.042 0.029 0.009 0.015 0.016 0.003 177 S 0.226 0.151 0.257 0.173 0.095 0.032 0.021 0.006 0.031 0.006 0.001 178 S 0.515 0.072 0.188 0.142 0.035 0.017 0.011 0.007 0.006 0.004 0.002 179 F 0.334 0.172 0.174 0.202 0.037 0.032 0.015 0.006 0.025 0.003 0.001 180 L 0.228 0.217 0.285 0.140 0.027 0.048 0.015 0.004 0.033 0.003 0.001 181 T 0.229 0.242 0.236 0.104 0.081 0.029 0.027 0.012 0.024 0.016 0.001