# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.130 0.223 0.086 0.009 0.300 0.005 0.022 0.086 0.051 0.047 0.042 2 L 0.103 0.117 0.026 0.007 0.201 0.010 0.037 0.208 0.177 0.068 0.046 3 L 0.085 0.139 0.032 0.007 0.160 0.016 0.074 0.218 0.140 0.091 0.039 4 K 0.058 0.151 0.122 0.050 0.113 0.063 0.098 0.079 0.054 0.148 0.064 5 N 0.215 0.216 0.082 0.004 0.401 0.001 0.002 0.013 0.005 0.011 0.050 6 P 0.003 0.018 0.009 0.003 0.007 0.016 0.017 0.494 0.402 0.027 0.003 7 G 0.003 0.012 0.010 0.009 0.007 0.010 0.033 0.662 0.127 0.115 0.010 8 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.819 0.112 0.055 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.073 0.005 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.033 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.023 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.049 0.008 0.001 13 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.840 0.135 0.009 0.001 14 Y 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.079 0.771 0.121 0.016 0.002 15 A 0.005 0.006 0.003 0.001 0.007 0.006 0.125 0.439 0.241 0.162 0.005 16 A 0.024 0.656 0.113 0.001 0.174 0.001 0.003 0.011 0.006 0.005 0.005 17 K 0.234 0.107 0.040 0.006 0.185 0.008 0.015 0.038 0.035 0.174 0.158 18 I 0.145 0.313 0.082 0.008 0.272 0.006 0.016 0.041 0.027 0.042 0.048 19 K 0.026 0.182 0.437 0.111 0.078 0.045 0.023 0.033 0.029 0.021 0.016 20 S 0.023 0.051 0.041 0.052 0.033 0.068 0.317 0.244 0.126 0.029 0.017 21 S 0.045 0.072 0.041 0.018 0.070 0.012 0.019 0.032 0.117 0.431 0.143 22 D 0.056 0.227 0.026 0.010 0.207 0.016 0.043 0.064 0.090 0.224 0.037 23 I 0.357 0.054 0.005 0.001 0.515 0.001 0.002 0.003 0.005 0.019 0.039 24 V 0.170 0.076 0.004 0.002 0.737 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 L 0.156 0.080 0.003 0.001 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 26 E 0.452 0.037 0.007 0.001 0.408 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.089 27 I 0.094 0.099 0.029 0.042 0.107 0.063 0.112 0.056 0.041 0.229 0.129 28 G 0.037 0.150 0.261 0.232 0.078 0.068 0.024 0.023 0.026 0.067 0.034 29 C 0.051 0.080 0.078 0.076 0.073 0.053 0.109 0.137 0.144 0.148 0.051 30 G 0.023 0.057 0.144 0.159 0.037 0.137 0.071 0.085 0.076 0.166 0.045 31 T 0.055 0.179 0.055 0.026 0.127 0.015 0.042 0.243 0.121 0.104 0.032 32 G 0.008 0.023 0.034 0.032 0.014 0.039 0.024 0.367 0.255 0.185 0.018 33 N 0.019 0.016 0.005 0.004 0.032 0.004 0.028 0.711 0.124 0.031 0.026 34 L 0.008 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.005 0.772 0.168 0.023 0.003 35 T 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.850 0.116 0.015 0.001 36 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.831 0.150 0.003 0.001 37 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.893 0.067 0.003 0.001 38 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.032 0.244 0.243 0.465 0.004 39 L 0.029 0.116 0.024 0.002 0.067 0.002 0.009 0.440 0.278 0.018 0.016 40 P 0.005 0.025 0.010 0.002 0.009 0.016 0.088 0.552 0.274 0.015 0.003 41 L 0.006 0.012 0.005 0.006 0.010 0.006 0.101 0.254 0.243 0.349 0.009 42 A 0.276 0.060 0.013 0.007 0.146 0.010 0.021 0.042 0.095 0.133 0.198 43 K 0.006 0.065 0.021 0.021 0.039 0.080 0.195 0.371 0.179 0.019 0.004 44 K 0.270 0.082 0.021 0.001 0.362 0.001 0.014 0.036 0.042 0.128 0.043 45 V 0.353 0.082 0.008 0.001 0.507 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.040 46 I 0.200 0.050 0.008 0.023 0.556 0.023 0.035 0.014 0.008 0.016 0.067 47 T 0.172 0.140 0.021 0.002 0.642 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 48 I 0.130 0.174 0.010 0.003 0.613 0.004 0.008 0.008 0.005 0.013 0.033 49 D 0.251 0.132 0.012 0.001 0.522 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.068 50 I 0.037 0.128 0.040 0.017 0.072 0.036 0.032 0.021 0.063 0.426 0.128 51 D 0.097 0.364 0.145 0.003 0.371 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.011 52 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.465 0.525 0.007 0.001 53 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.847 0.103 0.026 0.001 54 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.082 0.058 0.001 55 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.051 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.018 0.003 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.039 0.003 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.056 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.938 0.030 0.004 0.001 61 R 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.905 0.044 0.027 0.001 62 C 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.834 0.110 0.035 0.004 63 L 0.004 0.010 0.003 0.002 0.005 0.004 0.030 0.744 0.187 0.009 0.003 64 Y 0.005 0.011 0.009 0.006 0.010 0.008 0.142 0.615 0.155 0.034 0.004 65 E 0.005 0.464 0.393 0.014 0.053 0.007 0.022 0.022 0.012 0.006 0.002 66 G 0.058 0.006 0.005 0.005 0.008 0.004 0.007 0.020 0.029 0.541 0.316 67 Y 0.209 0.229 0.070 0.022 0.303 0.013 0.005 0.010 0.012 0.027 0.101 68 N 0.001 0.008 0.009 0.084 0.004 0.286 0.315 0.180 0.082 0.025 0.005 69 N 0.227 0.055 0.032 0.007 0.166 0.003 0.005 0.023 0.066 0.256 0.158 70 L 0.326 0.071 0.005 0.001 0.494 0.001 0.001 0.009 0.015 0.017 0.061 71 E 0.080 0.208 0.023 0.002 0.633 0.002 0.006 0.013 0.008 0.011 0.014 72 V 0.517 0.051 0.005 0.001 0.357 0.001 0.003 0.005 0.002 0.006 0.053 73 Y 0.146 0.122 0.052 0.079 0.359 0.074 0.050 0.034 0.010 0.030 0.046 74 E 0.266 0.079 0.031 0.029 0.245 0.027 0.045 0.086 0.029 0.044 0.118 75 G 0.055 0.175 0.114 0.098 0.131 0.092 0.042 0.116 0.067 0.070 0.041 76 D 0.216 0.131 0.046 0.012 0.276 0.004 0.010 0.067 0.045 0.091 0.102 77 A 0.104 0.052 0.012 0.008 0.106 0.017 0.027 0.269 0.264 0.097 0.045 78 I 0.054 0.136 0.029 0.022 0.151 0.039 0.099 0.223 0.163 0.059 0.026 79 K 0.198 0.059 0.020 0.006 0.194 0.007 0.045 0.105 0.095 0.177 0.093 80 T 0.089 0.304 0.114 0.007 0.299 0.007 0.023 0.068 0.044 0.026 0.018 81 V 0.195 0.107 0.045 0.014 0.210 0.016 0.035 0.064 0.073 0.114 0.126 82 F 0.096 0.304 0.119 0.032 0.186 0.012 0.018 0.063 0.067 0.051 0.051 83 P 0.016 0.048 0.047 0.023 0.041 0.038 0.093 0.289 0.313 0.078 0.014 84 K 0.084 0.073 0.027 0.004 0.120 0.007 0.064 0.110 0.216 0.248 0.047 85 F 0.257 0.131 0.039 0.003 0.412 0.001 0.001 0.003 0.009 0.036 0.108 86 D 0.040 0.011 0.004 0.027 0.074 0.164 0.505 0.103 0.039 0.017 0.015 87 V 0.183 0.114 0.011 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 88 C 0.269 0.029 0.001 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 89 T 0.373 0.026 0.004 0.003 0.456 0.002 0.002 0.003 0.001 0.015 0.114 90 A 0.126 0.188 0.081 0.059 0.288 0.025 0.016 0.014 0.014 0.098 0.091 91 N 0.123 0.127 0.083 0.069 0.130 0.029 0.034 0.023 0.033 0.267 0.084 92 I 0.043 0.327 0.310 0.027 0.164 0.008 0.013 0.048 0.027 0.015 0.016 93 P 0.121 0.187 0.045 0.012 0.210 0.025 0.051 0.119 0.118 0.070 0.042 94 Y 0.120 0.185 0.041 0.016 0.251 0.027 0.044 0.104 0.115 0.064 0.034 95 K 0.139 0.162 0.049 0.006 0.320 0.010 0.024 0.128 0.053 0.056 0.052 96 I 0.128 0.100 0.023 0.013 0.145 0.027 0.058 0.131 0.102 0.195 0.077 97 S 0.060 0.212 0.203 0.071 0.154 0.025 0.038 0.073 0.054 0.078 0.033 98 S 0.008 0.381 0.377 0.021 0.044 0.005 0.009 0.094 0.029 0.026 0.006 99 P 0.012 0.050 0.016 0.001 0.036 0.001 0.011 0.652 0.199 0.014 0.007 100 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.792 0.172 0.016 0.002 101 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.857 0.110 0.020 0.001 102 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.897 0.085 0.006 0.001 103 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.806 0.124 0.045 0.002 104 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.724 0.199 0.051 0.003 105 I 0.002 0.010 0.003 0.002 0.004 0.011 0.050 0.609 0.297 0.011 0.002 106 S 0.003 0.005 0.003 0.004 0.004 0.004 0.114 0.607 0.157 0.093 0.005 107 H 0.013 0.027 0.017 0.007 0.022 0.017 0.077 0.177 0.204 0.423 0.016 108 R 0.050 0.202 0.044 0.007 0.154 0.004 0.009 0.308 0.181 0.020 0.021 109 P 0.010 0.024 0.010 0.002 0.020 0.006 0.034 0.533 0.329 0.027 0.004 110 L 0.011 0.024 0.008 0.004 0.024 0.010 0.096 0.402 0.187 0.224 0.009 111 F 0.145 0.113 0.033 0.009 0.137 0.009 0.030 0.183 0.101 0.159 0.080 112 K 0.008 0.099 0.176 0.142 0.034 0.111 0.079 0.222 0.085 0.036 0.007 113 C 0.025 0.074 0.049 0.023 0.052 0.030 0.111 0.402 0.134 0.083 0.018 114 A 0.072 0.072 0.040 0.027 0.093 0.022 0.035 0.164 0.148 0.261 0.067 115 V 0.080 0.292 0.043 0.011 0.396 0.012 0.013 0.091 0.025 0.022 0.015 116 L 0.228 0.086 0.008 0.003 0.536 0.004 0.017 0.054 0.013 0.010 0.041 117 M 0.226 0.139 0.022 0.005 0.429 0.007 0.020 0.076 0.018 0.016 0.043 118 F 0.094 0.244 0.045 0.008 0.277 0.005 0.015 0.217 0.043 0.024 0.027 119 Q 0.179 0.128 0.019 0.005 0.188 0.006 0.015 0.309 0.059 0.034 0.058 120 K 0.015 0.049 0.013 0.008 0.035 0.027 0.048 0.627 0.134 0.031 0.011 121 E 0.062 0.054 0.019 0.006 0.075 0.007 0.035 0.624 0.059 0.037 0.023 122 F 0.012 0.012 0.005 0.006 0.008 0.007 0.011 0.767 0.110 0.055 0.008 123 A 0.008 0.021 0.009 0.011 0.014 0.012 0.016 0.774 0.113 0.019 0.004 124 E 0.007 0.023 0.008 0.006 0.017 0.009 0.035 0.752 0.124 0.015 0.005 125 R 0.012 0.016 0.011 0.008 0.022 0.014 0.091 0.680 0.105 0.034 0.007 126 M 0.029 0.029 0.014 0.008 0.038 0.018 0.083 0.560 0.133 0.069 0.019 127 L 0.064 0.043 0.016 0.009 0.061 0.014 0.054 0.331 0.172 0.197 0.039 128 A 0.023 0.267 0.141 0.031 0.076 0.030 0.069 0.223 0.081 0.045 0.014 129 N 0.054 0.196 0.215 0.035 0.126 0.018 0.033 0.136 0.068 0.080 0.039 130 V 0.031 0.126 0.038 0.022 0.059 0.058 0.192 0.286 0.122 0.046 0.019 131 G 0.024 0.043 0.043 0.052 0.029 0.027 0.022 0.042 0.071 0.558 0.088 132 D 0.099 0.235 0.088 0.015 0.299 0.010 0.022 0.071 0.062 0.070 0.030 133 S 0.038 0.047 0.035 0.012 0.048 0.016 0.032 0.335 0.304 0.101 0.031 134 N 0.039 0.055 0.028 0.027 0.057 0.030 0.095 0.360 0.153 0.123 0.033 135 Y 0.093 0.104 0.017 0.014 0.130 0.018 0.035 0.250 0.133 0.159 0.047 136 S 0.063 0.078 0.037 0.020 0.109 0.026 0.044 0.275 0.150 0.148 0.049 137 R 0.138 0.139 0.034 0.008 0.239 0.011 0.036 0.202 0.081 0.083 0.029 138 L 0.199 0.167 0.031 0.008 0.346 0.006 0.015 0.116 0.035 0.037 0.040 139 T 0.193 0.105 0.022 0.015 0.325 0.021 0.044 0.179 0.031 0.026 0.040 140 I 0.206 0.163 0.019 0.006 0.405 0.009 0.011 0.102 0.023 0.021 0.035 141 N 0.263 0.100 0.012 0.006 0.374 0.007 0.016 0.126 0.019 0.029 0.048 142 V 0.309 0.106 0.010 0.002 0.395 0.003 0.005 0.064 0.020 0.037 0.049 143 K 0.136 0.205 0.030 0.006 0.433 0.008 0.021 0.097 0.029 0.017 0.018 144 L 0.272 0.107 0.026 0.007 0.313 0.013 0.036 0.143 0.023 0.014 0.048 145 F 0.198 0.072 0.025 0.030 0.207 0.036 0.077 0.131 0.053 0.097 0.075 146 C 0.150 0.316 0.044 0.009 0.346 0.012 0.014 0.041 0.016 0.021 0.032 147 K 0.170 0.210 0.057 0.007 0.314 0.006 0.012 0.071 0.030 0.073 0.051 148 V 0.378 0.076 0.022 0.008 0.264 0.008 0.020 0.047 0.038 0.057 0.083 149 T 0.061 0.322 0.099 0.046 0.253 0.063 0.056 0.055 0.024 0.011 0.010 150 K 0.318 0.097 0.024 0.004 0.398 0.003 0.011 0.029 0.014 0.028 0.074 151 V 0.211 0.110 0.040 0.029 0.286 0.051 0.064 0.059 0.049 0.046 0.058 152 C 0.051 0.333 0.068 0.031 0.317 0.043 0.048 0.055 0.025 0.014 0.015 153 N 0.340 0.059 0.019 0.001 0.234 0.001 0.004 0.013 0.013 0.132 0.184 154 V 0.046 0.494 0.150 0.023 0.208 0.009 0.013 0.015 0.009 0.014 0.019 155 N 0.047 0.439 0.293 0.009 0.191 0.002 0.002 0.005 0.003 0.002 0.006 156 R 0.008 0.007 0.002 0.001 0.008 0.003 0.009 0.266 0.644 0.043 0.009 157 S 0.012 0.022 0.008 0.004 0.023 0.008 0.041 0.319 0.381 0.167 0.015 158 S 0.030 0.062 0.016 0.006 0.063 0.009 0.063 0.356 0.205 0.183 0.008 159 F 0.169 0.105 0.074 0.014 0.211 0.011 0.032 0.098 0.063 0.138 0.083 160 N 0.036 0.166 0.415 0.101 0.074 0.049 0.036 0.053 0.019 0.029 0.020 161 P 0.010 0.393 0.485 0.019 0.063 0.003 0.004 0.010 0.004 0.005 0.004 162 P 0.033 0.474 0.292 0.026 0.102 0.010 0.010 0.019 0.009 0.010 0.014 163 P 0.041 0.417 0.148 0.007 0.234 0.010 0.025 0.050 0.040 0.015 0.013 164 K 0.130 0.234 0.084 0.005 0.308 0.009 0.023 0.050 0.058 0.061 0.039 165 V 0.246 0.171 0.060 0.009 0.355 0.007 0.012 0.016 0.017 0.032 0.075 166 D 0.058 0.040 0.025 0.077 0.087 0.146 0.247 0.099 0.066 0.116 0.039 167 S 0.277 0.155 0.037 0.004 0.434 0.002 0.004 0.005 0.008 0.030 0.045 168 V 0.138 0.149 0.011 0.001 0.683 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 169 I 0.406 0.022 0.002 0.001 0.526 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 170 V 0.177 0.159 0.013 0.003 0.608 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.024 171 K 0.240 0.114 0.012 0.001 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 172 L 0.295 0.163 0.030 0.005 0.400 0.006 0.007 0.008 0.006 0.017 0.062 173 I 0.026 0.484 0.268 0.007 0.199 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 174 P 0.114 0.341 0.114 0.012 0.262 0.010 0.027 0.042 0.021 0.021 0.036 175 K 0.049 0.307 0.174 0.038 0.167 0.031 0.051 0.078 0.054 0.031 0.021 176 E 0.046 0.160 0.124 0.051 0.105 0.059 0.082 0.137 0.113 0.084 0.038 177 S 0.110 0.230 0.104 0.014 0.264 0.007 0.024 0.076 0.065 0.060 0.046 178 S 0.046 0.067 0.023 0.006 0.075 0.010 0.031 0.262 0.320 0.128 0.031 179 F 0.060 0.111 0.033 0.009 0.120 0.013 0.060 0.253 0.161 0.145 0.035 180 L 0.164 0.110 0.026 0.010 0.179 0.014 0.036 0.170 0.100 0.115 0.076 181 T 0.081 0.182 0.086 0.023 0.182 0.024 0.042 0.179 0.084 0.078 0.041