# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2108 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.409 0.245 0.142 0.101 0.065 0.033 0.005 2 L 0.208 0.169 0.168 0.191 0.160 0.090 0.014 3 L 0.127 0.120 0.145 0.229 0.214 0.143 0.023 4 K 0.207 0.309 0.232 0.148 0.068 0.029 0.007 5 N 0.207 0.275 0.248 0.169 0.075 0.023 0.004 6 P 0.405 0.292 0.170 0.085 0.035 0.010 0.001 7 G 0.409 0.373 0.147 0.047 0.018 0.006 0.001 8 I 0.016 0.056 0.138 0.277 0.347 0.157 0.009 9 L 0.017 0.049 0.107 0.267 0.338 0.199 0.023 10 D 0.068 0.312 0.338 0.206 0.061 0.015 0.001 11 K 0.019 0.103 0.317 0.356 0.171 0.032 0.002 12 I 0.004 0.006 0.014 0.065 0.269 0.576 0.067 13 I 0.003 0.013 0.061 0.225 0.417 0.259 0.021 14 Y 0.080 0.332 0.306 0.179 0.072 0.028 0.003 15 A 0.016 0.090 0.220 0.333 0.244 0.091 0.005 16 A 0.006 0.015 0.054 0.192 0.410 0.299 0.025 17 K 0.138 0.462 0.248 0.106 0.035 0.011 0.001 18 I 0.033 0.097 0.218 0.363 0.244 0.044 0.001 19 K 0.236 0.360 0.249 0.114 0.035 0.005 0.001 20 S 0.613 0.282 0.078 0.023 0.004 0.001 0.001 21 S 0.437 0.312 0.159 0.072 0.018 0.002 0.001 22 D 0.039 0.187 0.290 0.304 0.150 0.029 0.001 23 I 0.001 0.015 0.084 0.286 0.417 0.184 0.013 24 V 0.001 0.001 0.004 0.024 0.127 0.555 0.289 25 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.341 0.614 26 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.157 0.816 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.088 0.905 28 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.217 0.746 29 C 0.001 0.001 0.004 0.018 0.079 0.311 0.586 30 G 0.001 0.005 0.015 0.063 0.174 0.421 0.321 31 T 0.002 0.010 0.023 0.065 0.154 0.378 0.368 32 G 0.002 0.014 0.055 0.155 0.302 0.340 0.133 33 N 0.005 0.024 0.088 0.212 0.347 0.252 0.073 34 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.105 0.496 0.369 35 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.385 0.562 36 V 0.002 0.018 0.082 0.235 0.315 0.272 0.075 37 K 0.001 0.020 0.112 0.334 0.337 0.162 0.032 38 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.074 0.613 0.301 39 L 0.002 0.014 0.054 0.205 0.394 0.312 0.019 40 P 0.054 0.325 0.352 0.187 0.067 0.013 0.001 41 L 0.029 0.110 0.270 0.388 0.175 0.027 0.001 42 A 0.024 0.077 0.160 0.295 0.308 0.128 0.008 43 K 0.134 0.375 0.271 0.150 0.057 0.012 0.001 44 K 0.091 0.256 0.339 0.229 0.071 0.013 0.001 45 V 0.003 0.014 0.044 0.125 0.317 0.436 0.061 46 I 0.001 0.005 0.022 0.116 0.325 0.455 0.077 47 T 0.001 0.001 0.003 0.009 0.056 0.439 0.491 48 I 0.001 0.005 0.010 0.047 0.197 0.487 0.252 49 D 0.002 0.021 0.087 0.217 0.293 0.300 0.080 50 I 0.002 0.021 0.069 0.209 0.385 0.276 0.038 51 D 0.027 0.116 0.173 0.230 0.250 0.181 0.023 52 S 0.223 0.317 0.241 0.140 0.062 0.016 0.001 53 R 0.110 0.390 0.345 0.123 0.027 0.004 0.001 54 M 0.005 0.015 0.042 0.197 0.443 0.287 0.012 55 I 0.005 0.045 0.146 0.365 0.321 0.113 0.006 56 S 0.116 0.541 0.256 0.072 0.013 0.002 0.001 57 E 0.010 0.077 0.334 0.435 0.132 0.012 0.001 58 V 0.001 0.002 0.005 0.044 0.340 0.579 0.030 59 K 0.007 0.079 0.331 0.417 0.150 0.015 0.001 60 K 0.138 0.660 0.167 0.030 0.004 0.001 0.001 61 R 0.008 0.066 0.243 0.448 0.207 0.028 0.001 62 C 0.017 0.049 0.137 0.378 0.348 0.070 0.001 63 L 0.317 0.482 0.165 0.032 0.004 0.001 0.001 64 Y 0.672 0.234 0.070 0.020 0.003 0.001 0.001 65 E 0.315 0.337 0.215 0.102 0.027 0.004 0.001 66 G 0.617 0.272 0.080 0.026 0.005 0.001 0.001 67 Y 0.038 0.086 0.266 0.405 0.186 0.019 0.001 68 N 0.298 0.489 0.162 0.041 0.009 0.002 0.001 69 N 0.051 0.139 0.251 0.328 0.185 0.043 0.003 70 L 0.017 0.033 0.070 0.178 0.343 0.326 0.032 71 E 0.021 0.126 0.234 0.308 0.209 0.088 0.013 72 V 0.010 0.019 0.043 0.124 0.253 0.404 0.147 73 Y 0.006 0.030 0.069 0.184 0.312 0.328 0.069 74 E 0.025 0.082 0.148 0.221 0.247 0.224 0.054 75 G 0.048 0.112 0.172 0.224 0.221 0.173 0.050 76 D 0.060 0.124 0.200 0.247 0.215 0.134 0.020 77 A 0.074 0.062 0.086 0.166 0.274 0.284 0.053 78 I 0.109 0.137 0.187 0.262 0.205 0.091 0.008 79 K 0.277 0.352 0.205 0.099 0.046 0.018 0.003 80 T 0.099 0.155 0.217 0.274 0.182 0.065 0.008 81 V 0.178 0.280 0.229 0.166 0.099 0.042 0.006 82 F 0.104 0.147 0.214 0.286 0.191 0.054 0.004 83 P 0.527 0.287 0.109 0.051 0.020 0.005 0.001 84 K 0.288 0.358 0.212 0.100 0.033 0.008 0.002 85 F 0.015 0.062 0.158 0.309 0.283 0.152 0.021 86 D 0.005 0.024 0.070 0.186 0.340 0.307 0.068 87 V 0.002 0.006 0.022 0.080 0.229 0.422 0.239 88 C 0.001 0.002 0.003 0.009 0.043 0.342 0.600 89 T 0.001 0.002 0.004 0.017 0.060 0.233 0.684 90 A 0.001 0.002 0.004 0.013 0.047 0.229 0.705 91 N 0.002 0.006 0.013 0.042 0.123 0.336 0.479 92 I 0.004 0.011 0.028 0.073 0.158 0.352 0.376 93 P 0.006 0.018 0.033 0.067 0.148 0.372 0.356 94 Y 0.021 0.033 0.056 0.121 0.214 0.349 0.206 95 K 0.032 0.070 0.105 0.169 0.219 0.271 0.134 96 I 0.034 0.062 0.087 0.153 0.231 0.298 0.135 97 S 0.037 0.065 0.105 0.175 0.236 0.270 0.112 98 S 0.138 0.197 0.205 0.199 0.138 0.088 0.034 99 P 0.246 0.289 0.184 0.127 0.078 0.051 0.025 100 L 0.059 0.083 0.134 0.229 0.267 0.186 0.040 101 I 0.087 0.145 0.181 0.221 0.198 0.139 0.029 102 F 0.107 0.211 0.246 0.221 0.137 0.066 0.013 103 K 0.050 0.123 0.213 0.268 0.214 0.113 0.019 104 L 0.016 0.019 0.033 0.103 0.277 0.441 0.111 105 I 0.077 0.179 0.253 0.272 0.153 0.060 0.008 106 S 0.114 0.330 0.298 0.166 0.066 0.023 0.004 107 H 0.018 0.041 0.075 0.172 0.314 0.315 0.065 108 R 0.019 0.057 0.133 0.281 0.306 0.176 0.027 109 P 0.114 0.299 0.268 0.177 0.090 0.043 0.009 110 L 0.026 0.079 0.171 0.280 0.272 0.148 0.024 111 F 0.006 0.011 0.026 0.091 0.253 0.454 0.160 112 K 0.022 0.091 0.161 0.238 0.240 0.183 0.065 113 C 0.031 0.098 0.153 0.219 0.215 0.200 0.083 114 A 0.017 0.041 0.068 0.124 0.204 0.332 0.214 115 V 0.006 0.016 0.040 0.090 0.193 0.370 0.286 116 L 0.006 0.016 0.044 0.123 0.240 0.364 0.208 117 M 0.004 0.008 0.013 0.032 0.110 0.412 0.421 118 F 0.002 0.005 0.008 0.026 0.118 0.436 0.405 119 Q 0.003 0.008 0.021 0.069 0.195 0.429 0.275 120 K 0.018 0.101 0.204 0.311 0.223 0.108 0.035 121 E 0.041 0.197 0.276 0.253 0.145 0.071 0.017 122 F 0.018 0.039 0.062 0.133 0.271 0.380 0.096 123 A 0.024 0.030 0.066 0.179 0.318 0.321 0.062 124 E 0.108 0.231 0.266 0.216 0.112 0.054 0.013 125 R 0.070 0.136 0.189 0.242 0.190 0.135 0.038 126 M 0.031 0.054 0.089 0.164 0.271 0.299 0.092 127 L 0.096 0.149 0.173 0.185 0.179 0.156 0.063 128 A 0.143 0.131 0.139 0.192 0.199 0.154 0.043 129 N 0.223 0.285 0.201 0.143 0.086 0.048 0.013 130 V 0.233 0.217 0.198 0.194 0.110 0.041 0.007 131 G 0.442 0.251 0.139 0.094 0.048 0.020 0.005 132 D 0.498 0.252 0.135 0.073 0.030 0.010 0.002 133 S 0.408 0.298 0.155 0.083 0.036 0.015 0.004 134 N 0.255 0.239 0.186 0.158 0.103 0.049 0.010 135 Y 0.090 0.113 0.154 0.226 0.224 0.153 0.040 136 S 0.145 0.209 0.211 0.200 0.128 0.085 0.023 137 R 0.087 0.184 0.210 0.210 0.163 0.110 0.035 138 L 0.029 0.031 0.060 0.145 0.272 0.321 0.142 139 T 0.067 0.120 0.155 0.179 0.184 0.200 0.096 140 I 0.069 0.091 0.134 0.180 0.199 0.223 0.105 141 N 0.069 0.106 0.141 0.200 0.214 0.190 0.079 142 V 0.048 0.051 0.077 0.136 0.201 0.323 0.165 143 K 0.086 0.126 0.136 0.189 0.194 0.180 0.088 144 L 0.061 0.083 0.109 0.160 0.205 0.257 0.124 145 F 0.048 0.087 0.112 0.173 0.208 0.249 0.123 146 C 0.046 0.062 0.102 0.185 0.261 0.261 0.083 147 K 0.174 0.327 0.244 0.152 0.070 0.027 0.006 148 V 0.076 0.100 0.163 0.246 0.253 0.140 0.022 149 T 0.225 0.324 0.237 0.131 0.059 0.019 0.004 150 K 0.150 0.231 0.231 0.208 0.124 0.049 0.006 151 V 0.089 0.114 0.160 0.245 0.250 0.125 0.016 152 C 0.092 0.138 0.196 0.261 0.216 0.089 0.009 153 N 0.302 0.373 0.206 0.087 0.025 0.006 0.001 154 V 0.088 0.105 0.176 0.316 0.242 0.069 0.004 155 N 0.470 0.351 0.129 0.039 0.010 0.002 0.001 156 R 0.411 0.330 0.170 0.067 0.018 0.003 0.001 157 S 0.422 0.283 0.164 0.089 0.033 0.008 0.001 158 S 0.159 0.288 0.276 0.184 0.076 0.016 0.001 159 F 0.084 0.118 0.194 0.293 0.231 0.075 0.005 160 N 0.247 0.339 0.238 0.124 0.042 0.009 0.001 161 P 0.188 0.267 0.257 0.188 0.078 0.019 0.002 162 P 0.345 0.312 0.185 0.108 0.040 0.010 0.001 163 P 0.126 0.174 0.236 0.253 0.156 0.050 0.004 164 K 0.183 0.299 0.261 0.163 0.068 0.023 0.003 165 V 0.053 0.068 0.109 0.227 0.301 0.214 0.028 166 D 0.118 0.202 0.240 0.227 0.135 0.067 0.011 167 S 0.088 0.185 0.223 0.205 0.153 0.119 0.026 168 V 0.053 0.081 0.137 0.218 0.232 0.224 0.053 169 I 0.030 0.075 0.131 0.202 0.241 0.251 0.071 170 V 0.045 0.064 0.094 0.170 0.261 0.295 0.072 171 K 0.037 0.130 0.242 0.286 0.208 0.088 0.009 172 L 0.025 0.027 0.065 0.176 0.398 0.283 0.025 173 I 0.103 0.272 0.289 0.218 0.093 0.024 0.001 174 P 0.227 0.328 0.237 0.147 0.053 0.008 0.001 175 K 0.540 0.268 0.132 0.049 0.010 0.001 0.001 176 E 0.904 0.082 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 177 S 0.897 0.078 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 178 S 0.817 0.131 0.037 0.012 0.003 0.001 0.001 179 F 0.721 0.178 0.068 0.026 0.006 0.001 0.001 180 L 0.755 0.156 0.058 0.024 0.006 0.001 0.001 181 T 0.781 0.145 0.051 0.018 0.005 0.001 0.001