# TARGET T0294 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0294.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1744 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.025 0.012 0.005 0.006 0.187 0.766 2 R 0.051 0.033 0.010 0.009 0.241 0.656 3 P 0.081 0.037 0.011 0.009 0.290 0.571 4 V 0.069 0.037 0.014 0.010 0.356 0.514 5 R 0.041 0.020 0.007 0.004 0.359 0.570 6 L 0.026 0.019 0.018 0.007 0.455 0.476 7 M 0.019 0.015 0.046 0.015 0.493 0.412 8 K 0.066 0.008 0.023 0.006 0.374 0.522 9 V 0.299 0.027 0.018 0.006 0.222 0.428 10 F 0.542 0.013 0.005 0.005 0.086 0.350 11 V 0.860 0.014 0.003 0.004 0.027 0.093 12 T 0.922 0.002 0.002 0.003 0.014 0.057 13 R 0.937 0.003 0.001 0.003 0.015 0.040 14 R 0.823 0.010 0.002 0.005 0.033 0.127 15 I 0.443 0.009 0.011 0.017 0.201 0.318 16 P 0.067 0.006 0.035 0.035 0.446 0.411 17 A 0.019 0.006 0.033 0.051 0.519 0.372 18 E 0.012 0.007 0.042 0.128 0.507 0.305 19 G 0.016 0.007 0.026 0.227 0.307 0.417 20 R 0.028 0.009 0.049 0.478 0.210 0.224 21 V 0.060 0.009 0.036 0.637 0.115 0.143 22 A 0.071 0.004 0.032 0.726 0.081 0.087 23 L 0.057 0.004 0.030 0.747 0.082 0.080 24 A 0.021 0.001 0.017 0.852 0.055 0.054 25 R 0.011 0.003 0.012 0.922 0.032 0.021 26 A 0.005 0.001 0.028 0.906 0.045 0.015 27 A 0.002 0.001 0.043 0.868 0.062 0.024 28 D 0.005 0.001 0.055 0.712 0.141 0.086 29 C 0.010 0.003 0.033 0.455 0.236 0.263 30 E 0.018 0.001 0.003 0.018 0.175 0.785 31 V 0.265 0.005 0.003 0.009 0.127 0.591 32 E 0.828 0.007 0.002 0.006 0.033 0.125 33 Q 0.899 0.009 0.001 0.006 0.017 0.067 34 W 0.825 0.006 0.004 0.010 0.039 0.117 35 D 0.675 0.009 0.007 0.013 0.084 0.211 36 S 0.302 0.012 0.016 0.027 0.238 0.404 37 D 0.088 0.012 0.032 0.029 0.382 0.456 38 E 0.036 0.012 0.044 0.035 0.431 0.442 39 P 0.023 0.013 0.039 0.042 0.415 0.469 40 I 0.022 0.011 0.026 0.089 0.357 0.496 41 P 0.016 0.008 0.015 0.126 0.259 0.576 42 A 0.008 0.003 0.031 0.650 0.155 0.154 43 K 0.004 0.001 0.020 0.800 0.098 0.078 44 E 0.003 0.001 0.017 0.834 0.087 0.058 45 L 0.003 0.001 0.011 0.886 0.063 0.036 46 E 0.003 0.002 0.009 0.875 0.063 0.050 47 R 0.002 0.002 0.015 0.830 0.096 0.055 48 G 0.003 0.001 0.019 0.759 0.133 0.086 49 V 0.004 0.003 0.024 0.668 0.169 0.133 50 A 0.009 0.004 0.036 0.577 0.207 0.166 51 G 0.025 0.003 0.051 0.458 0.241 0.221 52 A 0.080 0.005 0.051 0.298 0.255 0.310 53 H 0.206 0.005 0.049 0.302 0.195 0.243 54 G 0.446 0.006 0.037 0.227 0.117 0.167 55 L 0.642 0.004 0.020 0.200 0.051 0.083 56 L 0.758 0.003 0.009 0.160 0.025 0.045 57 C 0.774 0.003 0.005 0.141 0.026 0.051 58 L 0.668 0.005 0.007 0.177 0.053 0.091 59 L 0.492 0.009 0.011 0.162 0.121 0.205 60 S 0.190 0.012 0.025 0.114 0.292 0.367 61 D 0.102 0.010 0.034 0.068 0.375 0.412 62 H 0.082 0.014 0.036 0.056 0.399 0.413 63 V 0.076 0.019 0.033 0.053 0.334 0.485 64 D 0.037 0.013 0.017 0.065 0.301 0.566 65 K 0.010 0.002 0.009 0.091 0.177 0.711 66 R 0.004 0.001 0.072 0.667 0.156 0.099 67 I 0.006 0.003 0.089 0.710 0.140 0.053 68 L 0.003 0.001 0.160 0.702 0.112 0.022 69 D 0.001 0.001 0.215 0.711 0.060 0.012 70 A 0.001 0.002 0.258 0.557 0.148 0.034 71 A 0.001 0.002 0.107 0.457 0.277 0.157 72 G 0.001 0.001 0.064 0.018 0.842 0.074 73 A 0.001 0.001 0.037 0.005 0.880 0.077 74 N 0.015 0.002 0.076 0.004 0.844 0.059 75 L 0.489 0.002 0.007 0.001 0.425 0.076 76 K 0.924 0.003 0.001 0.001 0.021 0.050 77 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 78 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 79 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 80 T 0.927 0.001 0.005 0.002 0.028 0.037 81 M 0.755 0.009 0.010 0.009 0.088 0.128 82 S 0.298 0.010 0.021 0.024 0.346 0.301 83 V 0.233 0.018 0.015 0.016 0.362 0.356 84 G 0.254 0.023 0.017 0.008 0.378 0.319 85 I 0.304 0.056 0.036 0.011 0.422 0.171 86 D 0.281 0.009 0.059 0.014 0.441 0.196 87 H 0.260 0.013 0.122 0.043 0.427 0.136 88 L 0.412 0.081 0.035 0.057 0.230 0.187 89 A 0.227 0.039 0.011 0.122 0.191 0.410 90 L 0.001 0.001 0.040 0.917 0.036 0.006 91 D 0.001 0.001 0.016 0.954 0.027 0.003 92 E 0.001 0.001 0.015 0.961 0.022 0.001 93 I 0.002 0.001 0.012 0.958 0.024 0.004 94 K 0.002 0.001 0.015 0.952 0.025 0.006 95 K 0.004 0.001 0.025 0.869 0.075 0.026 96 R 0.007 0.001 0.017 0.604 0.151 0.221 97 G 0.004 0.001 0.001 0.004 0.099 0.891 98 I 0.095 0.002 0.001 0.002 0.089 0.810 99 R 0.749 0.007 0.002 0.002 0.049 0.191 100 V 0.921 0.015 0.001 0.001 0.016 0.045 101 G 0.879 0.002 0.002 0.001 0.025 0.090 102 Y 0.666 0.018 0.004 0.002 0.082 0.228 103 T 0.222 0.027 0.007 0.006 0.471 0.266 104 P 0.042 0.004 0.007 0.006 0.618 0.322 105 D 0.017 0.012 0.011 0.014 0.709 0.236 106 V 0.027 0.046 0.016 0.037 0.586 0.287 107 L 0.026 0.035 0.008 0.060 0.188 0.684 108 T 0.006 0.005 0.019 0.725 0.074 0.170 109 D 0.001 0.001 0.007 0.958 0.015 0.019 110 T 0.001 0.001 0.005 0.981 0.006 0.007 111 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 112 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 119 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 120 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.009 0.006 121 T 0.001 0.001 0.007 0.964 0.020 0.009 122 T 0.001 0.001 0.013 0.951 0.026 0.009 123 C 0.001 0.001 0.019 0.928 0.040 0.012 124 R 0.001 0.001 0.020 0.901 0.051 0.027 125 R 0.001 0.001 0.013 0.578 0.156 0.252 126 L 0.001 0.001 0.007 0.603 0.104 0.285 127 P 0.002 0.002 0.008 0.676 0.097 0.215 128 E 0.004 0.002 0.016 0.862 0.066 0.050 129 A 0.005 0.001 0.013 0.927 0.033 0.022 130 I 0.006 0.001 0.008 0.948 0.022 0.016 131 E 0.006 0.001 0.005 0.969 0.012 0.007 132 E 0.005 0.001 0.006 0.965 0.015 0.009 133 V 0.005 0.001 0.007 0.959 0.018 0.012 134 K 0.005 0.001 0.008 0.953 0.019 0.014 135 N 0.005 0.001 0.007 0.894 0.042 0.050 136 G 0.010 0.001 0.004 0.166 0.194 0.625 137 G 0.072 0.009 0.007 0.062 0.227 0.622 138 W 0.227 0.055 0.016 0.062 0.260 0.380 139 T 0.151 0.030 0.047 0.074 0.405 0.294 140 S 0.098 0.017 0.066 0.060 0.423 0.337 141 W 0.041 0.011 0.057 0.053 0.453 0.385 142 K 0.029 0.014 0.078 0.061 0.521 0.297 143 P 0.022 0.011 0.147 0.128 0.479 0.214 144 L 0.032 0.013 0.193 0.103 0.508 0.151 145 W 0.054 0.013 0.155 0.083 0.544 0.151 146 L 0.099 0.012 0.120 0.074 0.500 0.196 147 C 0.126 0.030 0.092 0.060 0.428 0.265 148 G 0.132 0.028 0.086 0.049 0.409 0.296 149 Y 0.261 0.036 0.078 0.041 0.290 0.294 150 G 0.332 0.034 0.057 0.037 0.269 0.272 151 L 0.216 0.040 0.055 0.032 0.588 0.069 152 T 0.083 0.010 0.034 0.015 0.786 0.073 153 Q 0.061 0.002 0.017 0.003 0.837 0.080 154 S 0.398 0.006 0.003 0.001 0.447 0.145 155 T 0.874 0.010 0.001 0.001 0.029 0.087 156 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 157 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 158 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 159 I 0.954 0.001 0.001 0.002 0.010 0.033 160 G 0.541 0.006 0.001 0.008 0.062 0.383 161 L 0.155 0.011 0.003 0.054 0.122 0.655 162 G 0.010 0.004 0.003 0.063 0.067 0.853 163 R 0.001 0.001 0.008 0.974 0.006 0.011 164 I 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 165 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 166 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 170 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 171 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 172 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.003 173 K 0.001 0.001 0.041 0.892 0.051 0.015 174 P 0.001 0.001 0.112 0.809 0.061 0.016 175 F 0.003 0.001 0.056 0.700 0.120 0.120 176 G 0.006 0.001 0.002 0.004 0.099 0.889 177 V 0.093 0.001 0.001 0.001 0.076 0.830 178 Q 0.748 0.003 0.001 0.001 0.033 0.215 179 R 0.985 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 180 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 181 L 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 182 Y 0.818 0.005 0.001 0.001 0.033 0.142 183 T 0.281 0.013 0.004 0.004 0.394 0.304 184 G 0.021 0.006 0.043 0.026 0.661 0.243 185 R 0.019 0.013 0.050 0.035 0.660 0.224 186 Q 0.027 0.014 0.060 0.065 0.603 0.230 187 P 0.017 0.008 0.009 0.053 0.265 0.648 188 R 0.018 0.012 0.016 0.133 0.279 0.541 189 P 0.010 0.004 0.020 0.308 0.240 0.417 190 E 0.011 0.004 0.047 0.591 0.216 0.131 191 E 0.011 0.005 0.058 0.622 0.226 0.078 192 A 0.010 0.002 0.056 0.666 0.196 0.071 193 A 0.019 0.005 0.055 0.556 0.254 0.111 194 E 0.015 0.003 0.051 0.402 0.307 0.222 195 F 0.028 0.005 0.024 0.183 0.284 0.477 196 Q 0.107 0.008 0.014 0.040 0.231 0.600 197 A 0.231 0.015 0.014 0.024 0.203 0.513 198 E 0.409 0.011 0.011 0.014 0.119 0.437 199 F 0.359 0.026 0.013 0.016 0.126 0.461 200 V 0.192 0.028 0.005 0.016 0.104 0.655 201 S 0.061 0.005 0.002 0.013 0.058 0.862 202 T 0.002 0.001 0.026 0.891 0.036 0.045 203 P 0.001 0.001 0.032 0.907 0.045 0.016 204 E 0.001 0.001 0.073 0.899 0.026 0.002 205 L 0.001 0.001 0.058 0.898 0.040 0.003 206 A 0.001 0.001 0.128 0.835 0.034 0.002 207 A 0.001 0.001 0.155 0.709 0.120 0.015 208 Q 0.003 0.001 0.100 0.545 0.241 0.111 209 S 0.015 0.024 0.021 0.264 0.392 0.285 210 D 0.052 0.002 0.008 0.034 0.411 0.492 211 F 0.814 0.004 0.002 0.008 0.071 0.101 212 I 0.981 0.002 0.001 0.002 0.006 0.009 213 V 0.977 0.002 0.001 0.002 0.005 0.015 214 V 0.960 0.001 0.001 0.003 0.008 0.028 215 A 0.702 0.012 0.002 0.005 0.042 0.237 216 C 0.263 0.017 0.005 0.007 0.208 0.501 217 S 0.043 0.010 0.005 0.003 0.288 0.650 218 L 0.020 0.061 0.006 0.007 0.250 0.656 219 T 0.009 0.020 0.004 0.007 0.463 0.498 220 P 0.001 0.001 0.090 0.644 0.241 0.024 221 A 0.001 0.001 0.076 0.621 0.295 0.007 222 T 0.004 0.008 0.139 0.514 0.329 0.006 223 E 0.013 0.008 0.191 0.565 0.191 0.033 224 G 0.024 0.006 0.237 0.439 0.251 0.043 225 L 0.046 0.020 0.162 0.477 0.233 0.061 226 C 0.078 0.064 0.017 0.226 0.198 0.418 227 N 0.020 0.012 0.004 0.247 0.137 0.580 228 K 0.001 0.001 0.007 0.972 0.011 0.009 229 D 0.001 0.001 0.006 0.972 0.017 0.004 230 F 0.001 0.001 0.011 0.971 0.016 0.001 231 F 0.001 0.001 0.020 0.956 0.018 0.005 232 Q 0.001 0.001 0.038 0.935 0.021 0.005 233 K 0.001 0.002 0.052 0.823 0.081 0.041 234 M 0.003 0.006 0.021 0.378 0.195 0.399 235 K 0.003 0.015 0.009 0.017 0.815 0.141 236 E 0.009 0.003 0.010 0.005 0.881 0.093 237 T 0.026 0.001 0.007 0.001 0.907 0.058 238 A 0.776 0.008 0.002 0.001 0.192 0.022 239 V 0.978 0.003 0.001 0.001 0.006 0.013 240 F 0.982 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 241 I 0.944 0.002 0.001 0.002 0.014 0.038 242 N 0.823 0.011 0.001 0.005 0.043 0.117 243 I 0.347 0.008 0.010 0.018 0.229 0.388 244 S 0.101 0.008 0.033 0.043 0.395 0.421 245 R 0.081 0.016 0.092 0.046 0.423 0.342 246 G 0.053 0.015 0.139 0.034 0.474 0.284 247 D 0.136 0.009 0.193 0.072 0.368 0.223 248 V 0.342 0.014 0.132 0.077 0.281 0.154 249 V 0.497 0.067 0.034 0.061 0.172 0.169 250 N 0.244 0.030 0.019 0.144 0.248 0.314 251 Q 0.001 0.001 0.019 0.947 0.026 0.006 252 D 0.001 0.001 0.007 0.979 0.012 0.002 253 D 0.001 0.001 0.006 0.976 0.015 0.002 254 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.013 0.008 255 Y 0.002 0.001 0.001 0.987 0.007 0.004 256 Q 0.002 0.001 0.002 0.969 0.021 0.007 257 A 0.001 0.001 0.004 0.963 0.025 0.007 258 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.017 0.008 259 A 0.001 0.001 0.007 0.949 0.028 0.015 260 S 0.002 0.001 0.007 0.712 0.116 0.162 261 G 0.004 0.001 0.001 0.013 0.209 0.771 262 K 0.072 0.004 0.004 0.007 0.270 0.643 263 I 0.583 0.027 0.006 0.005 0.176 0.203 264 A 0.685 0.006 0.011 0.008 0.145 0.146 265 A 0.815 0.007 0.008 0.006 0.064 0.100 266 A 0.850 0.006 0.005 0.007 0.042 0.091 267 G 0.884 0.006 0.004 0.005 0.037 0.064 268 L 0.762 0.006 0.008 0.009 0.087 0.128 269 D 0.681 0.017 0.011 0.009 0.135 0.147 270 V 0.488 0.022 0.019 0.017 0.224 0.230 271 T 0.335 0.017 0.019 0.012 0.342 0.275 272 S 0.248 0.021 0.022 0.012 0.314 0.384 273 P 0.119 0.035 0.015 0.012 0.250 0.569 274 E 0.060 0.015 0.007 0.010 0.148 0.760 275 P 0.058 0.041 0.010 0.011 0.146 0.734 276 L 0.036 0.048 0.014 0.018 0.319 0.566 277 P 0.026 0.019 0.044 0.026 0.477 0.407 278 T 0.013 0.012 0.047 0.025 0.580 0.322 279 N 0.011 0.010 0.071 0.029 0.607 0.271 280 H 0.024 0.030 0.102 0.058 0.524 0.263 281 P 0.027 0.031 0.196 0.075 0.432 0.239 282 L 0.032 0.017 0.394 0.061 0.399 0.098 283 L 0.064 0.023 0.270 0.081 0.414 0.147 284 T 0.093 0.111 0.105 0.070 0.393 0.228 285 L 0.029 0.052 0.011 0.006 0.873 0.029 286 K 0.007 0.001 0.006 0.002 0.946 0.039 287 N 0.068 0.003 0.006 0.002 0.887 0.033 288 C 0.703 0.056 0.001 0.001 0.219 0.020 289 V 0.880 0.022 0.001 0.001 0.022 0.074 290 I 0.839 0.030 0.002 0.001 0.040 0.088 291 L 0.472 0.039 0.014 0.005 0.195 0.274 292 P 0.165 0.011 0.056 0.017 0.281 0.471 293 H 0.048 0.015 0.131 0.018 0.545 0.243 294 I 0.047 0.033 0.261 0.061 0.500 0.097 295 G 0.029 0.008 0.213 0.091 0.557 0.102 296 S 0.025 0.013 0.207 0.187 0.441 0.127 297 A 0.021 0.022 0.050 0.212 0.390 0.305 298 T 0.004 0.004 0.010 0.172 0.172 0.638 299 H 0.001 0.001 0.012 0.935 0.025 0.027 300 R 0.001 0.001 0.011 0.959 0.023 0.007 301 T 0.001 0.001 0.021 0.948 0.025 0.005 302 R 0.001 0.001 0.005 0.974 0.013 0.006 303 N 0.001 0.001 0.004 0.967 0.018 0.010 304 T 0.001 0.001 0.003 0.950 0.025 0.021 305 M 0.001 0.001 0.003 0.963 0.013 0.020 306 S 0.001 0.001 0.002 0.976 0.009 0.012 307 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.006 0.010 308 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.006 309 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 310 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 311 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 312 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 313 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 314 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 315 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 316 G 0.001 0.001 0.003 0.982 0.010 0.005 317 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.010 0.005 318 R 0.001 0.001 0.006 0.926 0.033 0.035 319 G 0.001 0.001 0.004 0.143 0.148 0.703 320 E 0.005 0.008 0.005 0.013 0.145 0.825 321 P 0.021 0.016 0.007 0.011 0.203 0.742 322 M 0.024 0.024 0.036 0.022 0.374 0.519 323 P 0.029 0.015 0.048 0.022 0.380 0.507 324 S 0.098 0.009 0.061 0.028 0.316 0.489 325 E 0.156 0.021 0.057 0.042 0.258 0.466 326 L 0.141 0.040 0.022 0.031 0.167 0.598 327 K 0.069 0.012 0.012 0.025 0.106 0.777 328 L 0.002 0.001 0.003 0.008 0.035 0.950