# TARGET T0294 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0294.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2029 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.011 0.025 0.034 0.287 0.615 2 R 0.032 0.014 0.012 0.015 0.266 0.662 3 P 0.042 0.015 0.024 0.011 0.273 0.634 4 V 0.083 0.023 0.080 0.015 0.316 0.484 5 R 0.158 0.012 0.073 0.009 0.312 0.436 6 L 0.368 0.012 0.036 0.007 0.226 0.351 7 M 0.605 0.004 0.004 0.003 0.088 0.297 8 K 0.912 0.002 0.001 0.001 0.020 0.063 9 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 10 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 11 V 0.964 0.002 0.001 0.002 0.007 0.025 12 T 0.772 0.005 0.002 0.003 0.107 0.110 13 R 0.253 0.006 0.010 0.005 0.441 0.284 14 R 0.037 0.010 0.017 0.006 0.534 0.395 15 I 0.020 0.035 0.005 0.006 0.452 0.483 16 P 0.007 0.009 0.004 0.016 0.178 0.787 17 A 0.002 0.002 0.051 0.785 0.094 0.067 18 E 0.002 0.001 0.026 0.924 0.035 0.013 19 G 0.002 0.001 0.014 0.963 0.014 0.006 20 R 0.004 0.001 0.003 0.980 0.005 0.007 21 V 0.003 0.001 0.003 0.985 0.004 0.004 22 A 0.004 0.001 0.005 0.981 0.006 0.004 23 L 0.003 0.001 0.004 0.980 0.007 0.005 24 A 0.003 0.001 0.008 0.963 0.013 0.012 25 R 0.003 0.001 0.014 0.935 0.017 0.031 26 A 0.007 0.003 0.025 0.798 0.064 0.102 27 A 0.010 0.003 0.025 0.393 0.195 0.374 28 D 0.009 0.001 0.002 0.004 0.137 0.848 29 C 0.293 0.005 0.002 0.002 0.116 0.581 30 E 0.806 0.003 0.001 0.001 0.029 0.159 31 V 0.950 0.003 0.001 0.001 0.009 0.035 32 E 0.944 0.002 0.001 0.001 0.010 0.042 33 Q 0.904 0.002 0.001 0.001 0.019 0.073 34 W 0.621 0.018 0.002 0.001 0.072 0.285 35 D 0.185 0.025 0.008 0.002 0.583 0.196 36 S 0.027 0.009 0.014 0.004 0.796 0.149 37 D 0.008 0.004 0.023 0.003 0.859 0.103 38 E 0.030 0.014 0.017 0.002 0.790 0.148 39 P 0.044 0.030 0.012 0.005 0.266 0.642 40 I 0.034 0.080 0.003 0.006 0.189 0.688 41 P 0.016 0.017 0.003 0.020 0.086 0.858 42 A 0.001 0.001 0.031 0.953 0.008 0.008 43 K 0.001 0.001 0.021 0.975 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.020 0.977 0.002 0.001 45 L 0.001 0.001 0.008 0.986 0.003 0.002 46 E 0.001 0.001 0.013 0.976 0.007 0.003 47 R 0.001 0.001 0.021 0.943 0.022 0.011 48 G 0.003 0.002 0.032 0.818 0.080 0.066 49 V 0.006 0.015 0.075 0.199 0.640 0.064 50 A 0.003 0.002 0.107 0.058 0.768 0.062 51 G 0.004 0.002 0.044 0.005 0.838 0.107 52 A 0.027 0.004 0.010 0.001 0.797 0.160 53 H 0.286 0.003 0.002 0.001 0.246 0.461 54 G 0.975 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 55 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 56 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 C 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 58 L 0.670 0.001 0.001 0.001 0.040 0.287 59 L 0.177 0.007 0.002 0.002 0.214 0.599 60 S 0.043 0.014 0.006 0.002 0.367 0.568 61 D 0.027 0.011 0.008 0.016 0.516 0.421 62 H 0.052 0.028 0.028 0.070 0.464 0.356 63 V 0.041 0.027 0.008 0.085 0.261 0.578 64 D 0.028 0.021 0.003 0.150 0.101 0.697 65 K 0.001 0.001 0.008 0.984 0.005 0.003 66 R 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 67 I 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 69 D 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.002 70 A 0.001 0.001 0.015 0.950 0.021 0.013 71 A 0.001 0.002 0.015 0.860 0.056 0.067 72 G 0.003 0.006 0.039 0.124 0.686 0.143 73 A 0.001 0.001 0.126 0.045 0.750 0.077 74 N 0.008 0.001 0.070 0.015 0.820 0.087 75 L 0.466 0.023 0.022 0.021 0.378 0.089 76 K 0.911 0.003 0.001 0.010 0.020 0.055 77 V 0.993 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 78 I 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 79 S 0.988 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 80 T 0.943 0.001 0.001 0.009 0.012 0.036 81 M 0.777 0.003 0.003 0.013 0.036 0.168 82 S 0.478 0.011 0.011 0.034 0.164 0.301 83 V 0.212 0.021 0.023 0.058 0.274 0.411 84 G 0.082 0.012 0.013 0.014 0.364 0.514 85 I 0.123 0.024 0.048 0.047 0.518 0.240 86 D 0.067 0.007 0.049 0.039 0.475 0.363 87 H 0.093 0.013 0.285 0.127 0.362 0.120 88 L 0.185 0.030 0.057 0.133 0.296 0.300 89 A 0.229 0.039 0.027 0.238 0.082 0.384 90 L 0.010 0.001 0.008 0.936 0.011 0.034 91 D 0.003 0.001 0.010 0.964 0.012 0.010 92 E 0.001 0.001 0.008 0.985 0.005 0.001 93 I 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 94 K 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 95 K 0.001 0.001 0.006 0.988 0.002 0.003 96 R 0.001 0.001 0.005 0.977 0.004 0.014 97 G 0.003 0.001 0.002 0.021 0.036 0.938 98 I 0.089 0.005 0.002 0.004 0.047 0.853 99 R 0.734 0.007 0.004 0.004 0.035 0.216 100 V 0.870 0.010 0.012 0.006 0.040 0.062 101 G 0.791 0.011 0.025 0.006 0.073 0.094 102 Y 0.546 0.014 0.045 0.014 0.185 0.198 103 T 0.210 0.029 0.020 0.017 0.505 0.220 104 P 0.066 0.010 0.050 0.026 0.598 0.251 105 D 0.028 0.011 0.065 0.039 0.638 0.219 106 V 0.036 0.041 0.038 0.075 0.565 0.246 107 L 0.022 0.026 0.013 0.094 0.189 0.656 108 T 0.019 0.008 0.012 0.553 0.110 0.298 109 D 0.004 0.002 0.012 0.906 0.029 0.047 110 T 0.002 0.001 0.008 0.974 0.007 0.008 111 T 0.001 0.001 0.005 0.988 0.002 0.004 112 A 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.008 0.984 0.004 0.004 123 C 0.001 0.001 0.025 0.926 0.023 0.024 124 R 0.001 0.002 0.014 0.869 0.039 0.076 125 R 0.001 0.002 0.004 0.475 0.039 0.480 126 L 0.001 0.001 0.003 0.677 0.035 0.283 127 P 0.001 0.001 0.004 0.959 0.010 0.026 128 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.004 129 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 130 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 131 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 132 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 133 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 134 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 135 N 0.001 0.001 0.002 0.957 0.026 0.014 136 G 0.001 0.005 0.007 0.197 0.274 0.516 137 G 0.003 0.004 0.005 0.006 0.156 0.825 138 W 0.052 0.029 0.038 0.009 0.327 0.546 139 T 0.098 0.022 0.067 0.014 0.364 0.435 140 S 0.125 0.017 0.083 0.044 0.371 0.359 141 W 0.119 0.020 0.051 0.067 0.378 0.365 142 K 0.157 0.023 0.065 0.086 0.325 0.343 143 P 0.194 0.028 0.156 0.158 0.253 0.211 144 L 0.195 0.040 0.224 0.168 0.216 0.157 145 W 0.214 0.036 0.205 0.154 0.240 0.151 146 L 0.212 0.033 0.117 0.143 0.291 0.204 147 C 0.149 0.022 0.071 0.096 0.401 0.261 148 G 0.146 0.015 0.064 0.066 0.448 0.261 149 Y 0.268 0.028 0.078 0.048 0.361 0.217 150 G 0.266 0.059 0.064 0.041 0.366 0.204 151 L 0.151 0.038 0.064 0.029 0.659 0.060 152 T 0.107 0.013 0.029 0.015 0.748 0.089 153 Q 0.068 0.006 0.032 0.010 0.799 0.085 154 S 0.313 0.010 0.009 0.003 0.525 0.140 155 T 0.794 0.007 0.002 0.001 0.058 0.138 156 V 0.978 0.004 0.001 0.001 0.006 0.012 157 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 158 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 159 I 0.906 0.004 0.001 0.005 0.019 0.065 160 G 0.447 0.005 0.004 0.013 0.130 0.401 161 L 0.178 0.009 0.013 0.054 0.191 0.556 162 G 0.059 0.009 0.027 0.192 0.226 0.487 163 R 0.034 0.009 0.019 0.795 0.065 0.079 164 I 0.006 0.002 0.008 0.949 0.020 0.015 165 G 0.003 0.001 0.004 0.975 0.009 0.008 166 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 167 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 168 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 169 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 170 R 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 171 R 0.001 0.001 0.009 0.973 0.011 0.005 172 L 0.001 0.003 0.014 0.935 0.028 0.019 173 K 0.004 0.002 0.099 0.658 0.130 0.108 174 P 0.006 0.004 0.373 0.372 0.179 0.066 175 F 0.016 0.009 0.315 0.333 0.220 0.107 176 G 0.022 0.007 0.141 0.074 0.329 0.428 177 V 0.037 0.004 0.026 0.012 0.302 0.619 178 Q 0.272 0.005 0.021 0.011 0.225 0.466 179 R 0.710 0.012 0.006 0.006 0.086 0.181 180 F 0.919 0.007 0.001 0.003 0.021 0.049 181 L 0.954 0.004 0.001 0.004 0.012 0.025 182 Y 0.945 0.003 0.001 0.004 0.022 0.025 183 T 0.781 0.007 0.001 0.007 0.089 0.115 184 G 0.234 0.006 0.004 0.005 0.496 0.255 185 R 0.093 0.014 0.008 0.004 0.578 0.303 186 Q 0.039 0.017 0.009 0.005 0.449 0.481 187 P 0.025 0.032 0.009 0.011 0.425 0.498 188 R 0.009 0.011 0.004 0.012 0.169 0.795 189 P 0.019 0.008 0.075 0.377 0.212 0.308 190 E 0.017 0.003 0.120 0.646 0.134 0.080 191 E 0.031 0.006 0.135 0.643 0.133 0.052 192 A 0.085 0.009 0.089 0.600 0.126 0.091 193 A 0.140 0.006 0.083 0.585 0.093 0.092 194 E 0.139 0.006 0.062 0.606 0.094 0.093 195 F 0.113 0.005 0.051 0.603 0.091 0.137 196 Q 0.136 0.008 0.027 0.349 0.126 0.354 197 A 0.299 0.013 0.034 0.153 0.162 0.340 198 E 0.450 0.007 0.024 0.050 0.132 0.337 199 F 0.702 0.017 0.014 0.016 0.070 0.180 200 V 0.509 0.035 0.003 0.008 0.084 0.361 201 S 0.204 0.013 0.002 0.013 0.061 0.706 202 T 0.004 0.001 0.032 0.930 0.015 0.019 203 P 0.001 0.001 0.043 0.943 0.009 0.003 204 E 0.001 0.001 0.046 0.941 0.010 0.002 205 L 0.002 0.001 0.041 0.930 0.018 0.009 206 A 0.001 0.001 0.014 0.968 0.011 0.006 207 A 0.003 0.001 0.049 0.859 0.049 0.039 208 Q 0.008 0.003 0.052 0.749 0.083 0.106 209 S 0.046 0.014 0.037 0.195 0.436 0.272 210 D 0.115 0.003 0.018 0.018 0.560 0.287 211 F 0.817 0.004 0.007 0.014 0.088 0.070 212 I 0.980 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 213 V 0.990 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 214 V 0.965 0.001 0.001 0.017 0.003 0.013 215 A 0.549 0.003 0.006 0.021 0.031 0.390 216 C 0.332 0.008 0.016 0.006 0.104 0.534 217 S 0.291 0.013 0.017 0.004 0.178 0.497 218 L 0.071 0.029 0.021 0.010 0.244 0.624 219 T 0.019 0.026 0.012 0.005 0.499 0.438 220 P 0.009 0.010 0.133 0.025 0.650 0.174 221 A 0.005 0.007 0.180 0.037 0.668 0.103 222 T 0.006 0.014 0.135 0.034 0.759 0.052 223 E 0.011 0.012 0.100 0.039 0.654 0.185 224 G 0.014 0.015 0.079 0.053 0.618 0.221 225 L 0.063 0.070 0.091 0.069 0.498 0.209 226 C 0.096 0.068 0.017 0.059 0.247 0.513 227 N 0.049 0.024 0.003 0.058 0.104 0.762 228 K 0.001 0.001 0.011 0.978 0.006 0.004 229 D 0.001 0.001 0.013 0.979 0.006 0.002 230 F 0.001 0.001 0.016 0.976 0.006 0.001 231 F 0.001 0.001 0.015 0.967 0.011 0.005 232 Q 0.001 0.001 0.009 0.967 0.017 0.006 233 K 0.002 0.001 0.022 0.815 0.079 0.081 234 M 0.005 0.012 0.017 0.268 0.226 0.473 235 K 0.009 0.012 0.013 0.014 0.818 0.135 236 E 0.004 0.001 0.041 0.006 0.890 0.058 237 T 0.017 0.001 0.024 0.005 0.894 0.059 238 A 0.776 0.009 0.004 0.002 0.179 0.029 239 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 240 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 241 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 242 N 0.949 0.002 0.001 0.002 0.011 0.037 243 I 0.375 0.009 0.004 0.008 0.239 0.365 244 S 0.062 0.008 0.020 0.006 0.524 0.380 245 R 0.024 0.011 0.039 0.024 0.703 0.200 246 G 0.016 0.005 0.049 0.014 0.611 0.304 247 D 0.113 0.012 0.074 0.020 0.406 0.376 248 V 0.260 0.068 0.069 0.027 0.248 0.328 249 V 0.172 0.137 0.021 0.032 0.191 0.447 250 N 0.065 0.012 0.005 0.024 0.104 0.790 251 Q 0.001 0.001 0.046 0.947 0.004 0.002 252 D 0.001 0.001 0.043 0.952 0.003 0.001 253 D 0.001 0.001 0.066 0.927 0.005 0.001 254 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 256 Q 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 257 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 258 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 259 A 0.001 0.001 0.002 0.960 0.035 0.003 260 S 0.001 0.001 0.003 0.880 0.091 0.025 261 G 0.002 0.002 0.003 0.035 0.452 0.505 262 K 0.045 0.007 0.009 0.006 0.267 0.666 263 I 0.669 0.008 0.015 0.005 0.134 0.169 264 A 0.910 0.002 0.008 0.004 0.029 0.047 265 A 0.965 0.001 0.003 0.003 0.008 0.021 266 A 0.979 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 267 G 0.971 0.001 0.001 0.004 0.005 0.017 268 L 0.962 0.001 0.001 0.003 0.008 0.025 269 D 0.895 0.005 0.002 0.005 0.032 0.061 270 V 0.573 0.018 0.005 0.007 0.161 0.237 271 T 0.272 0.020 0.012 0.008 0.357 0.331 272 S 0.146 0.011 0.022 0.010 0.430 0.380 273 P 0.089 0.024 0.044 0.014 0.355 0.475 274 E 0.082 0.054 0.021 0.007 0.237 0.598 275 P 0.060 0.052 0.013 0.011 0.193 0.672 276 L 0.019 0.028 0.008 0.010 0.210 0.725 277 P 0.024 0.031 0.018 0.018 0.390 0.519 278 T 0.016 0.016 0.044 0.047 0.488 0.390 279 N 0.011 0.022 0.040 0.052 0.506 0.370 280 H 0.010 0.014 0.043 0.026 0.600 0.308 281 P 0.010 0.010 0.211 0.055 0.409 0.305 282 L 0.025 0.029 0.419 0.075 0.321 0.131 283 L 0.074 0.033 0.360 0.066 0.314 0.153 284 T 0.085 0.031 0.144 0.052 0.350 0.339 285 L 0.019 0.024 0.058 0.014 0.867 0.019 286 K 0.004 0.003 0.024 0.003 0.946 0.020 287 N 0.003 0.001 0.015 0.001 0.964 0.017 288 C 0.215 0.044 0.007 0.001 0.691 0.042 289 V 0.724 0.070 0.002 0.001 0.056 0.147 290 I 0.809 0.137 0.001 0.001 0.018 0.034 291 L 0.673 0.017 0.004 0.003 0.106 0.197 292 P 0.230 0.008 0.013 0.012 0.295 0.442 293 H 0.111 0.013 0.054 0.034 0.402 0.387 294 I 0.068 0.030 0.154 0.068 0.391 0.288 295 G 0.058 0.019 0.221 0.179 0.360 0.163 296 S 0.034 0.027 0.182 0.226 0.352 0.179 297 A 0.031 0.023 0.086 0.344 0.291 0.224 298 T 0.021 0.010 0.017 0.381 0.221 0.349 299 H 0.001 0.001 0.011 0.959 0.019 0.010 300 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 301 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 302 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 303 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 304 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 305 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 306 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 307 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 308 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 309 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 310 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 311 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 312 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 313 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 315 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 316 G 0.001 0.001 0.009 0.970 0.010 0.010 317 L 0.001 0.002 0.010 0.936 0.045 0.006 318 R 0.001 0.001 0.011 0.738 0.206 0.042 319 G 0.001 0.002 0.008 0.055 0.553 0.381 320 E 0.013 0.023 0.009 0.012 0.504 0.440 321 P 0.041 0.043 0.012 0.010 0.212 0.682 322 M 0.039 0.040 0.028 0.014 0.457 0.422 323 P 0.018 0.013 0.118 0.061 0.482 0.308 324 S 0.016 0.006 0.111 0.054 0.506 0.307 325 E 0.021 0.012 0.162 0.063 0.467 0.275 326 L 0.021 0.027 0.050 0.082 0.207 0.613 327 K 0.026 0.039 0.019 0.062 0.138 0.715 328 L 0.011 0.004 0.002 0.008 0.051 0.925