# TARGET T0294 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0294.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2028 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.042 0.014 0.032 0.040 0.362 0.509 2 R 0.068 0.023 0.023 0.022 0.324 0.540 3 P 0.069 0.022 0.045 0.020 0.270 0.574 4 V 0.108 0.025 0.145 0.025 0.308 0.389 5 R 0.191 0.011 0.160 0.025 0.299 0.315 6 L 0.349 0.010 0.065 0.021 0.272 0.283 7 M 0.569 0.004 0.008 0.008 0.136 0.275 8 K 0.897 0.002 0.002 0.003 0.026 0.069 9 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 10 F 0.984 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 11 V 0.951 0.002 0.001 0.004 0.010 0.033 12 T 0.692 0.006 0.003 0.007 0.120 0.172 13 R 0.243 0.006 0.011 0.006 0.356 0.379 14 R 0.067 0.012 0.016 0.010 0.409 0.486 15 I 0.032 0.031 0.006 0.009 0.350 0.573 16 P 0.013 0.010 0.004 0.022 0.178 0.773 17 A 0.004 0.003 0.029 0.740 0.092 0.133 18 E 0.002 0.001 0.010 0.948 0.024 0.015 19 G 0.002 0.001 0.006 0.973 0.012 0.006 20 R 0.006 0.001 0.002 0.975 0.007 0.010 21 V 0.006 0.001 0.003 0.980 0.005 0.005 22 A 0.006 0.001 0.004 0.980 0.006 0.004 23 L 0.006 0.001 0.004 0.974 0.008 0.007 24 A 0.005 0.001 0.009 0.958 0.013 0.014 25 R 0.005 0.001 0.015 0.944 0.016 0.019 26 A 0.008 0.002 0.022 0.862 0.044 0.062 27 A 0.010 0.002 0.032 0.608 0.122 0.226 28 D 0.014 0.001 0.005 0.019 0.156 0.806 29 C 0.194 0.005 0.007 0.011 0.153 0.631 30 E 0.665 0.004 0.003 0.005 0.063 0.261 31 V 0.906 0.005 0.002 0.003 0.018 0.066 32 E 0.919 0.004 0.001 0.002 0.016 0.058 33 Q 0.895 0.003 0.001 0.002 0.023 0.076 34 W 0.649 0.015 0.003 0.004 0.081 0.248 35 D 0.261 0.020 0.013 0.005 0.412 0.288 36 S 0.065 0.017 0.019 0.012 0.577 0.311 37 D 0.019 0.010 0.020 0.005 0.685 0.261 38 E 0.029 0.009 0.009 0.002 0.559 0.392 39 P 0.044 0.029 0.008 0.004 0.213 0.703 40 I 0.030 0.061 0.002 0.003 0.171 0.733 41 P 0.014 0.018 0.003 0.019 0.069 0.878 42 A 0.001 0.001 0.024 0.966 0.005 0.004 43 K 0.001 0.001 0.019 0.978 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 45 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 46 E 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.002 47 R 0.001 0.001 0.014 0.960 0.016 0.008 48 G 0.002 0.002 0.022 0.868 0.062 0.045 49 V 0.005 0.014 0.063 0.246 0.618 0.055 50 A 0.002 0.002 0.099 0.079 0.749 0.069 51 G 0.004 0.002 0.048 0.008 0.818 0.121 52 A 0.019 0.005 0.016 0.002 0.810 0.147 53 H 0.206 0.004 0.005 0.001 0.291 0.492 54 G 0.941 0.005 0.001 0.001 0.015 0.038 55 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 56 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 57 C 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 58 L 0.651 0.003 0.001 0.001 0.045 0.300 59 L 0.241 0.011 0.002 0.002 0.253 0.490 60 S 0.063 0.013 0.005 0.003 0.400 0.516 61 D 0.032 0.008 0.007 0.019 0.516 0.417 62 H 0.096 0.043 0.019 0.101 0.454 0.287 63 V 0.066 0.033 0.006 0.120 0.222 0.553 64 D 0.039 0.023 0.002 0.215 0.092 0.628 65 K 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 66 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 67 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 69 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 70 A 0.001 0.001 0.014 0.953 0.021 0.011 71 A 0.001 0.002 0.015 0.875 0.055 0.053 72 G 0.003 0.005 0.048 0.114 0.690 0.139 73 A 0.002 0.001 0.109 0.023 0.766 0.099 74 N 0.012 0.001 0.066 0.007 0.801 0.113 75 L 0.496 0.026 0.017 0.009 0.347 0.106 76 K 0.878 0.004 0.001 0.005 0.024 0.088 77 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 78 I 0.992 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 79 S 0.983 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 80 T 0.928 0.001 0.001 0.008 0.013 0.049 81 M 0.756 0.004 0.004 0.016 0.042 0.176 82 S 0.443 0.011 0.013 0.046 0.219 0.267 83 V 0.160 0.015 0.028 0.094 0.383 0.320 84 G 0.064 0.013 0.017 0.020 0.414 0.471 85 I 0.101 0.021 0.064 0.046 0.520 0.248 86 D 0.072 0.006 0.072 0.041 0.415 0.394 87 H 0.204 0.019 0.278 0.092 0.269 0.138 88 L 0.316 0.035 0.042 0.079 0.218 0.310 89 A 0.335 0.031 0.018 0.101 0.071 0.444 90 L 0.014 0.001 0.013 0.908 0.015 0.049 91 D 0.005 0.001 0.018 0.939 0.020 0.017 92 E 0.001 0.001 0.014 0.974 0.009 0.002 93 I 0.001 0.001 0.011 0.980 0.007 0.001 94 K 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 95 K 0.001 0.001 0.009 0.985 0.002 0.004 96 R 0.001 0.001 0.006 0.971 0.005 0.018 97 G 0.003 0.001 0.002 0.017 0.033 0.945 98 I 0.097 0.003 0.001 0.003 0.043 0.852 99 R 0.789 0.004 0.001 0.003 0.029 0.174 100 V 0.924 0.005 0.003 0.004 0.022 0.042 101 G 0.890 0.007 0.005 0.005 0.036 0.057 102 Y 0.677 0.010 0.012 0.011 0.118 0.171 103 T 0.293 0.019 0.014 0.019 0.394 0.260 104 P 0.090 0.010 0.054 0.030 0.518 0.298 105 D 0.034 0.011 0.080 0.055 0.589 0.230 106 V 0.044 0.034 0.058 0.108 0.532 0.225 107 L 0.030 0.028 0.024 0.146 0.251 0.521 108 T 0.027 0.009 0.020 0.531 0.135 0.277 109 D 0.005 0.002 0.016 0.907 0.033 0.038 110 T 0.002 0.001 0.011 0.970 0.009 0.008 111 T 0.001 0.001 0.006 0.988 0.002 0.003 112 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 121 T 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 122 T 0.001 0.001 0.014 0.965 0.010 0.010 123 C 0.001 0.002 0.043 0.836 0.052 0.066 124 R 0.002 0.004 0.024 0.776 0.071 0.123 125 R 0.002 0.003 0.003 0.413 0.048 0.530 126 L 0.001 0.001 0.004 0.657 0.041 0.296 127 P 0.001 0.001 0.010 0.948 0.017 0.024 128 E 0.001 0.001 0.017 0.963 0.013 0.006 129 A 0.001 0.001 0.009 0.977 0.007 0.006 130 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 131 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 132 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.002 133 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.011 0.001 134 K 0.001 0.001 0.003 0.976 0.017 0.003 135 N 0.001 0.001 0.004 0.929 0.042 0.023 136 G 0.003 0.007 0.011 0.223 0.287 0.469 137 G 0.006 0.006 0.007 0.008 0.152 0.820 138 W 0.059 0.035 0.058 0.013 0.326 0.509 139 T 0.091 0.020 0.094 0.018 0.401 0.376 140 S 0.101 0.017 0.124 0.044 0.399 0.315 141 W 0.116 0.027 0.060 0.051 0.385 0.361 142 K 0.148 0.026 0.075 0.076 0.334 0.341 143 P 0.163 0.024 0.171 0.152 0.276 0.214 144 L 0.184 0.041 0.219 0.158 0.252 0.145 145 W 0.239 0.035 0.182 0.140 0.273 0.131 146 L 0.225 0.033 0.097 0.136 0.351 0.158 147 C 0.161 0.020 0.061 0.095 0.456 0.206 148 G 0.152 0.011 0.055 0.069 0.476 0.236 149 Y 0.332 0.028 0.065 0.044 0.324 0.207 150 G 0.414 0.070 0.046 0.032 0.278 0.160 151 L 0.240 0.035 0.066 0.028 0.600 0.032 152 T 0.130 0.009 0.027 0.014 0.770 0.051 153 Q 0.085 0.005 0.021 0.008 0.824 0.058 154 S 0.455 0.010 0.004 0.002 0.426 0.103 155 T 0.864 0.006 0.001 0.001 0.032 0.097 156 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 157 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 158 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 159 I 0.921 0.003 0.001 0.003 0.016 0.055 160 G 0.496 0.004 0.003 0.010 0.120 0.367 161 L 0.208 0.010 0.012 0.038 0.192 0.540 162 G 0.070 0.010 0.030 0.144 0.248 0.499 163 R 0.047 0.011 0.027 0.715 0.093 0.106 164 I 0.010 0.003 0.012 0.921 0.031 0.022 165 G 0.006 0.001 0.006 0.956 0.016 0.015 166 Q 0.002 0.001 0.004 0.984 0.006 0.002 167 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 168 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 169 A 0.001 0.001 0.008 0.985 0.004 0.003 170 R 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.002 171 R 0.001 0.001 0.015 0.955 0.019 0.009 172 L 0.002 0.005 0.018 0.901 0.044 0.030 173 K 0.006 0.003 0.102 0.550 0.182 0.158 174 P 0.008 0.004 0.398 0.284 0.231 0.075 175 F 0.019 0.010 0.331 0.250 0.285 0.106 176 G 0.026 0.007 0.175 0.071 0.396 0.325 177 V 0.048 0.005 0.025 0.013 0.333 0.576 178 Q 0.313 0.006 0.019 0.012 0.206 0.444 179 R 0.732 0.011 0.005 0.006 0.076 0.170 180 F 0.927 0.006 0.001 0.003 0.018 0.044 181 L 0.954 0.004 0.001 0.004 0.012 0.025 182 Y 0.944 0.003 0.001 0.004 0.023 0.025 183 T 0.783 0.007 0.001 0.007 0.092 0.110 184 G 0.233 0.006 0.004 0.006 0.505 0.247 185 R 0.088 0.015 0.008 0.004 0.581 0.305 186 Q 0.038 0.018 0.010 0.005 0.462 0.468 187 P 0.025 0.031 0.013 0.014 0.443 0.474 188 R 0.010 0.013 0.006 0.015 0.186 0.770 189 P 0.019 0.010 0.057 0.282 0.245 0.387 190 E 0.009 0.002 0.109 0.674 0.133 0.073 191 E 0.016 0.005 0.116 0.703 0.119 0.041 192 A 0.036 0.006 0.129 0.631 0.136 0.062 193 A 0.059 0.004 0.134 0.639 0.091 0.072 194 E 0.060 0.005 0.089 0.700 0.074 0.071 195 F 0.059 0.004 0.058 0.660 0.082 0.136 196 Q 0.089 0.005 0.019 0.214 0.119 0.553 197 A 0.325 0.012 0.022 0.091 0.137 0.413 198 E 0.590 0.007 0.014 0.026 0.096 0.269 199 F 0.808 0.015 0.007 0.007 0.043 0.121 200 V 0.591 0.029 0.002 0.004 0.065 0.308 201 S 0.229 0.010 0.002 0.009 0.054 0.696 202 T 0.004 0.001 0.033 0.933 0.013 0.017 203 P 0.001 0.001 0.043 0.946 0.008 0.003 204 E 0.001 0.001 0.045 0.945 0.008 0.001 205 L 0.002 0.001 0.035 0.942 0.014 0.007 206 A 0.001 0.001 0.013 0.971 0.010 0.005 207 A 0.003 0.001 0.044 0.870 0.047 0.034 208 Q 0.008 0.003 0.049 0.739 0.090 0.111 209 S 0.038 0.012 0.035 0.188 0.451 0.275 210 D 0.096 0.003 0.018 0.019 0.573 0.291 211 F 0.788 0.004 0.008 0.021 0.096 0.083 212 I 0.972 0.002 0.001 0.010 0.008 0.007 213 V 0.987 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 214 V 0.957 0.001 0.002 0.025 0.003 0.012 215 A 0.571 0.003 0.009 0.029 0.039 0.348 216 C 0.322 0.008 0.022 0.009 0.122 0.518 217 S 0.276 0.011 0.027 0.006 0.195 0.485 218 L 0.060 0.031 0.031 0.018 0.273 0.587 219 T 0.011 0.022 0.024 0.011 0.683 0.250 220 P 0.003 0.004 0.225 0.032 0.662 0.073 221 A 0.002 0.003 0.263 0.043 0.648 0.041 222 T 0.005 0.013 0.138 0.032 0.783 0.029 223 E 0.012 0.014 0.083 0.040 0.646 0.205 224 G 0.017 0.017 0.073 0.053 0.643 0.198 225 L 0.076 0.066 0.098 0.071 0.508 0.183 226 C 0.123 0.066 0.020 0.080 0.236 0.476 227 N 0.052 0.020 0.004 0.072 0.108 0.743 228 K 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.005 229 D 0.001 0.001 0.013 0.977 0.006 0.002 230 F 0.001 0.001 0.018 0.972 0.008 0.001 231 F 0.001 0.001 0.019 0.959 0.014 0.006 232 Q 0.001 0.001 0.013 0.955 0.022 0.008 233 K 0.002 0.001 0.028 0.786 0.090 0.092 234 M 0.006 0.012 0.020 0.259 0.249 0.455 235 K 0.010 0.011 0.013 0.014 0.803 0.149 236 E 0.004 0.001 0.041 0.008 0.883 0.064 237 T 0.021 0.001 0.022 0.006 0.882 0.068 238 A 0.803 0.007 0.003 0.003 0.153 0.030 239 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 240 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 241 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 242 N 0.964 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 243 I 0.550 0.007 0.002 0.006 0.112 0.324 244 S 0.105 0.008 0.012 0.007 0.378 0.489 245 R 0.037 0.012 0.024 0.033 0.592 0.303 246 G 0.024 0.007 0.036 0.015 0.571 0.347 247 D 0.139 0.009 0.054 0.016 0.402 0.379 248 V 0.300 0.056 0.044 0.016 0.243 0.342 249 V 0.173 0.117 0.012 0.017 0.193 0.488 250 N 0.063 0.011 0.003 0.011 0.081 0.831 251 Q 0.001 0.001 0.049 0.944 0.004 0.002 252 D 0.001 0.001 0.044 0.952 0.003 0.001 253 D 0.001 0.001 0.057 0.938 0.004 0.001 254 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 255 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 256 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 257 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 258 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.010 0.001 259 A 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.004 260 S 0.001 0.001 0.002 0.903 0.068 0.026 261 G 0.003 0.002 0.004 0.065 0.399 0.528 262 K 0.048 0.008 0.015 0.014 0.311 0.603 263 I 0.585 0.009 0.031 0.017 0.175 0.183 264 A 0.816 0.004 0.025 0.024 0.053 0.078 265 A 0.894 0.002 0.012 0.019 0.020 0.054 266 A 0.940 0.002 0.006 0.013 0.010 0.029 267 G 0.935 0.002 0.004 0.015 0.012 0.032 268 L 0.943 0.002 0.002 0.007 0.012 0.034 269 D 0.881 0.006 0.002 0.010 0.036 0.065 270 V 0.631 0.017 0.005 0.009 0.135 0.203 271 T 0.350 0.022 0.010 0.010 0.286 0.321 272 S 0.175 0.014 0.017 0.012 0.389 0.393 273 P 0.078 0.019 0.025 0.009 0.359 0.510 274 E 0.066 0.043 0.013 0.004 0.232 0.642 275 P 0.059 0.064 0.011 0.006 0.180 0.681 276 L 0.020 0.039 0.007 0.005 0.200 0.729 277 P 0.023 0.035 0.020 0.010 0.435 0.478 278 T 0.014 0.013 0.048 0.024 0.564 0.336 279 N 0.010 0.018 0.058 0.040 0.608 0.266 280 H 0.011 0.012 0.045 0.021 0.668 0.242 281 P 0.013 0.013 0.179 0.050 0.429 0.317 282 L 0.038 0.044 0.369 0.075 0.332 0.143 283 L 0.105 0.043 0.321 0.068 0.305 0.159 284 T 0.100 0.034 0.138 0.057 0.350 0.322 285 L 0.022 0.023 0.060 0.017 0.860 0.019 286 K 0.006 0.003 0.023 0.004 0.942 0.022 287 N 0.004 0.001 0.016 0.001 0.961 0.018 288 C 0.224 0.052 0.007 0.001 0.669 0.046 289 V 0.691 0.084 0.002 0.001 0.060 0.162 290 I 0.775 0.158 0.001 0.001 0.023 0.042 291 L 0.612 0.023 0.004 0.003 0.126 0.232 292 P 0.178 0.010 0.010 0.010 0.311 0.482 293 H 0.077 0.013 0.042 0.034 0.416 0.419 294 I 0.044 0.029 0.118 0.080 0.419 0.311 295 G 0.035 0.017 0.179 0.228 0.380 0.161 296 S 0.022 0.024 0.170 0.295 0.336 0.153 297 A 0.024 0.022 0.099 0.416 0.267 0.172 298 T 0.020 0.011 0.025 0.427 0.232 0.286 299 H 0.002 0.001 0.015 0.935 0.029 0.018 300 R 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.003 301 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 302 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 303 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 304 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 305 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 306 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 307 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 308 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 309 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 310 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 311 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 312 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 313 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 314 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 315 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 316 G 0.001 0.001 0.009 0.968 0.010 0.012 317 L 0.001 0.003 0.011 0.924 0.054 0.007 318 R 0.001 0.002 0.012 0.703 0.237 0.046 319 G 0.001 0.002 0.008 0.057 0.582 0.351 320 E 0.010 0.020 0.009 0.011 0.528 0.423 321 P 0.034 0.036 0.012 0.009 0.222 0.686 322 M 0.033 0.039 0.032 0.014 0.437 0.445 323 P 0.020 0.018 0.083 0.054 0.459 0.366 324 S 0.018 0.008 0.077 0.044 0.482 0.372 325 E 0.021 0.015 0.093 0.041 0.448 0.382 326 L 0.017 0.031 0.029 0.046 0.185 0.692 327 K 0.021 0.036 0.012 0.033 0.122 0.777 328 L 0.007 0.003 0.001 0.003 0.036 0.950