# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.035 0.012 0.311 0.023 0.002 0.007 0.038 0.059 0.249 0.038 0.004 0.136 0.088 2 S 0.078 0.023 0.117 0.009 0.002 0.006 0.125 0.148 0.221 0.016 0.004 0.087 0.164 3 L 0.097 0.034 0.156 0.005 0.005 0.008 0.162 0.140 0.161 0.023 0.007 0.082 0.119 4 N 0.014 0.010 0.483 0.006 0.004 0.009 0.020 0.025 0.198 0.063 0.017 0.028 0.123 5 F 0.002 0.017 0.268 0.006 0.046 0.050 0.003 0.001 0.031 0.228 0.314 0.008 0.024 6 K 0.001 0.013 0.222 0.003 0.035 0.075 0.001 0.001 0.004 0.413 0.225 0.004 0.004 7 D 0.001 0.005 0.501 0.001 0.015 0.129 0.001 0.001 0.006 0.305 0.031 0.001 0.007 8 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 16 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 18 L 0.001 0.002 0.018 0.001 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.048 0.001 0.001 19 L 0.001 0.003 0.027 0.001 0.011 0.879 0.001 0.001 0.001 0.023 0.053 0.001 0.002 20 R 0.001 0.001 0.028 0.001 0.025 0.830 0.001 0.001 0.001 0.025 0.086 0.001 0.001 21 E 0.001 0.004 0.037 0.001 0.061 0.609 0.001 0.001 0.001 0.069 0.213 0.001 0.003 22 D 0.001 0.004 0.098 0.001 0.164 0.372 0.001 0.001 0.001 0.074 0.277 0.002 0.005 23 F 0.001 0.007 0.057 0.007 0.144 0.232 0.001 0.001 0.002 0.189 0.349 0.005 0.007 24 G 0.001 0.004 0.116 0.005 0.044 0.080 0.001 0.001 0.006 0.083 0.645 0.005 0.010 25 L 0.002 0.015 0.587 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.029 0.210 0.060 0.020 0.035 26 S 0.001 0.043 0.764 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.067 0.030 0.017 0.017 0.048 27 I 0.006 0.060 0.481 0.003 0.007 0.007 0.007 0.011 0.172 0.072 0.022 0.071 0.080 28 D 0.008 0.036 0.589 0.005 0.009 0.003 0.004 0.004 0.099 0.062 0.016 0.041 0.124 29 I 0.002 0.064 0.640 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.034 0.124 0.008 0.078 0.034 30 P 0.001 0.017 0.827 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.006 0.075 0.012 0.002 0.047 31 L 0.001 0.003 0.050 0.002 0.286 0.018 0.001 0.001 0.001 0.065 0.570 0.001 0.003 32 E 0.001 0.002 0.037 0.002 0.270 0.018 0.001 0.001 0.001 0.068 0.594 0.003 0.004 33 R 0.005 0.016 0.204 0.001 0.414 0.025 0.001 0.001 0.003 0.163 0.111 0.013 0.044 34 L 0.008 0.094 0.476 0.001 0.022 0.035 0.002 0.001 0.026 0.172 0.053 0.019 0.092 35 I 0.003 0.024 0.640 0.010 0.004 0.015 0.001 0.001 0.005 0.189 0.039 0.039 0.032 36 P 0.003 0.015 0.745 0.005 0.005 0.017 0.001 0.001 0.007 0.092 0.049 0.020 0.042 37 T 0.011 0.068 0.543 0.006 0.015 0.038 0.001 0.001 0.012 0.124 0.051 0.018 0.111 38 V 0.003 0.020 0.578 0.004 0.018 0.033 0.001 0.001 0.013 0.181 0.042 0.082 0.025 39 P 0.002 0.006 0.317 0.013 0.052 0.061 0.001 0.001 0.003 0.149 0.309 0.006 0.081 40 L 0.003 0.006 0.322 0.032 0.064 0.050 0.001 0.001 0.002 0.197 0.277 0.017 0.028 41 R 0.018 0.025 0.297 0.009 0.048 0.129 0.003 0.001 0.012 0.208 0.097 0.072 0.081 42 L 0.033 0.029 0.311 0.009 0.022 0.229 0.007 0.005 0.040 0.069 0.033 0.024 0.191 43 N 0.084 0.011 0.208 0.027 0.011 0.217 0.016 0.018 0.044 0.104 0.022 0.188 0.051 44 Y 0.148 0.016 0.075 0.006 0.013 0.266 0.094 0.047 0.098 0.016 0.012 0.023 0.186 45 I 0.201 0.006 0.041 0.014 0.022 0.208 0.214 0.069 0.100 0.012 0.011 0.046 0.057 46 H 0.242 0.006 0.047 0.024 0.029 0.158 0.212 0.051 0.097 0.014 0.021 0.051 0.049 47 W 0.237 0.008 0.074 0.006 0.020 0.087 0.182 0.021 0.113 0.034 0.032 0.090 0.095 48 V 0.092 0.019 0.258 0.013 0.016 0.061 0.134 0.006 0.064 0.034 0.075 0.029 0.199 49 E 0.012 0.012 0.801 0.004 0.005 0.024 0.008 0.001 0.015 0.035 0.011 0.023 0.049