# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.73833 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.002 0.001 0.001 0.192 0.259 0.200 0.048 0.001 0.001 0.030 0.266 2 S 0.010 0.001 0.001 0.174 0.167 0.193 0.069 0.001 0.001 0.077 0.306 3 L 0.003 0.001 0.001 0.119 0.111 0.184 0.095 0.005 0.001 0.036 0.446 4 N 0.161 0.010 0.001 0.141 0.029 0.052 0.103 0.001 0.001 0.061 0.439 5 F 0.020 0.004 0.002 0.062 0.022 0.030 0.144 0.001 0.001 0.075 0.639 6 K 0.002 0.014 0.001 0.012 0.008 0.012 0.101 0.002 0.001 0.039 0.809 7 D 0.068 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.011 0.032 8 P 0.027 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.040 9 E 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.026 10 A 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.013 11 V 0.010 0.111 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.848 0.015 12 R 0.013 0.698 0.004 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.208 0.054 13 A 0.027 0.158 0.006 0.003 0.002 0.002 0.021 0.002 0.001 0.688 0.091 14 L 0.005 0.787 0.012 0.005 0.001 0.002 0.014 0.007 0.003 0.096 0.068 15 T 0.026 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.006 0.086 16 C 0.010 0.869 0.009 0.002 0.001 0.002 0.007 0.014 0.003 0.009 0.074 17 T 0.039 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.015 0.095 18 L 0.041 0.689 0.020 0.003 0.002 0.003 0.023 0.011 0.007 0.074 0.127 19 L 0.062 0.673 0.013 0.005 0.001 0.002 0.039 0.012 0.006 0.061 0.125 20 R 0.084 0.025 0.244 0.006 0.002 0.004 0.054 0.011 0.184 0.174 0.212 21 E 0.406 0.020 0.003 0.007 0.005 0.007 0.078 0.017 0.002 0.075 0.380 22 D 0.055 0.002 0.003 0.011 0.002 0.012 0.085 0.002 0.003 0.069 0.757 23 F 0.013 0.002 0.002 0.033 0.008 0.027 0.138 0.001 0.001 0.041 0.735 24 G 0.004 0.001 0.001 0.038 0.023 0.084 0.118 0.001 0.001 0.063 0.667 25 L 0.006 0.001 0.001 0.047 0.091 0.126 0.076 0.001 0.001 0.067 0.583 26 S 0.008 0.001 0.001 0.137 0.078 0.161 0.072 0.001 0.001 0.075 0.466 27 I 0.002 0.001 0.001 0.044 0.131 0.160 0.056 0.001 0.001 0.024 0.582 28 D 0.004 0.002 0.001 0.083 0.116 0.138 0.096 0.001 0.001 0.032 0.526 29 I 0.015 0.001 0.002 0.035 0.127 0.119 0.090 0.012 0.002 0.029 0.569 30 P 0.603 0.020 0.003 0.027 0.010 0.013 0.039 0.008 0.004 0.044 0.228 31 L 0.264 0.026 0.004 0.018 0.007 0.016 0.064 0.011 0.002 0.043 0.545 32 E 0.066 0.006 0.001 0.020 0.018 0.042 0.075 0.002 0.001 0.018 0.753 33 R 0.010 0.006 0.001 0.056 0.155 0.209 0.095 0.001 0.001 0.023 0.444 34 L 0.012 0.005 0.001 0.046 0.100 0.109 0.092 0.002 0.001 0.041 0.592 35 I 0.071 0.003 0.001 0.029 0.160 0.066 0.108 0.004 0.001 0.037 0.522 36 P 0.010 0.002 0.001 0.028 0.043 0.063 0.140 0.002 0.001 0.018 0.694 37 T 0.040 0.014 0.001 0.022 0.018 0.031 0.090 0.004 0.001 0.037 0.741 38 V 0.139 0.041 0.002 0.026 0.035 0.034 0.111 0.025 0.001 0.101 0.484 39 P 0.077 0.116 0.003 0.021 0.011 0.017 0.111 0.003 0.001 0.073 0.566 40 L 0.035 0.194 0.004 0.039 0.032 0.050 0.077 0.004 0.001 0.080 0.482 41 R 0.053 0.471 0.002 0.025 0.028 0.032 0.059 0.006 0.001 0.060 0.263 42 L 0.028 0.514 0.004 0.044 0.033 0.039 0.056 0.004 0.001 0.067 0.211 43 N 0.016 0.627 0.003 0.054 0.041 0.072 0.032 0.004 0.001 0.049 0.102 44 Y 0.038 0.386 0.004 0.074 0.069 0.099 0.041 0.008 0.001 0.130 0.150 45 I 0.023 0.224 0.011 0.153 0.104 0.097 0.061 0.005 0.003 0.138 0.180 46 H 0.056 0.100 0.008 0.153 0.090 0.142 0.081 0.007 0.003 0.149 0.211 47 W 0.046 0.054 0.013 0.118 0.068 0.116 0.098 0.007 0.006 0.136 0.339 48 V 0.095 0.040 0.010 0.074 0.067 0.090 0.129 0.006 0.008 0.079 0.403 49 E 0.100 0.033 0.006 0.040 0.041 0.078 0.122 0.007 0.005 0.059 0.509