# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.73833 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.037 0.006 0.011 0.148 0.163 0.186 0.063 0.001 0.001 0.005 0.379 2 S 0.015 0.003 0.003 0.108 0.126 0.203 0.100 0.001 0.001 0.004 0.436 3 L 0.014 0.003 0.003 0.231 0.158 0.214 0.053 0.001 0.001 0.004 0.320 4 N 0.028 0.004 0.001 0.111 0.049 0.109 0.217 0.001 0.001 0.006 0.474 5 F 0.075 0.002 0.008 0.101 0.027 0.049 0.070 0.001 0.001 0.011 0.654 6 K 0.042 0.002 0.003 0.101 0.021 0.047 0.449 0.001 0.001 0.014 0.320 7 D 0.059 0.001 0.003 0.014 0.004 0.006 0.301 0.001 0.001 0.008 0.603 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.986 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.801 0.001 0.001 0.004 0.193 10 A 0.198 0.044 0.001 0.004 0.002 0.006 0.543 0.001 0.001 0.020 0.182 11 V 0.071 0.865 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.046 12 R 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 13 A 0.027 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.070 14 L 0.047 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.014 15 T 0.028 0.901 0.011 0.001 0.003 0.007 0.004 0.020 0.001 0.001 0.023 16 C 0.018 0.841 0.011 0.008 0.006 0.016 0.005 0.025 0.001 0.001 0.069 17 T 0.080 0.762 0.007 0.014 0.009 0.012 0.006 0.027 0.001 0.001 0.084 18 L 0.073 0.732 0.022 0.026 0.017 0.025 0.013 0.009 0.001 0.002 0.081 19 L 0.028 0.643 0.020 0.046 0.046 0.069 0.025 0.011 0.001 0.001 0.112 20 R 0.045 0.336 0.008 0.066 0.046 0.083 0.024 0.011 0.001 0.001 0.380 21 E 0.076 0.333 0.007 0.047 0.053 0.103 0.070 0.012 0.001 0.005 0.294 22 D 0.228 0.190 0.014 0.023 0.035 0.057 0.100 0.028 0.001 0.013 0.313 23 F 0.171 0.157 0.034 0.037 0.043 0.046 0.094 0.021 0.001 0.007 0.389 24 G 0.126 0.035 0.015 0.034 0.048 0.051 0.128 0.015 0.001 0.019 0.530 25 L 0.136 0.024 0.189 0.058 0.056 0.061 0.103 0.002 0.001 0.010 0.360 26 S 0.013 0.010 0.005 0.089 0.084 0.105 0.115 0.002 0.001 0.002 0.575 27 I 0.044 0.007 0.005 0.139 0.108 0.129 0.057 0.001 0.001 0.005 0.504 28 D 0.034 0.009 0.002 0.105 0.053 0.111 0.130 0.002 0.001 0.006 0.547 29 I 0.044 0.005 0.005 0.139 0.102 0.169 0.107 0.001 0.001 0.006 0.422 30 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.948 31 L 0.023 0.001 0.001 0.053 0.027 0.060 0.117 0.001 0.001 0.007 0.712 32 E 0.139 0.003 0.001 0.038 0.022 0.033 0.124 0.001 0.001 0.010 0.629 33 R 0.219 0.014 0.001 0.053 0.046 0.045 0.109 0.002 0.001 0.008 0.502 34 L 0.165 0.023 0.008 0.083 0.042 0.084 0.102 0.001 0.001 0.007 0.485 35 I 0.053 0.012 0.005 0.135 0.104 0.152 0.121 0.001 0.001 0.003 0.415 36 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.972 37 T 0.011 0.002 0.001 0.061 0.053 0.133 0.083 0.001 0.001 0.002 0.654 38 V 0.073 0.005 0.001 0.059 0.020 0.056 0.073 0.001 0.001 0.004 0.709 39 P 0.009 0.004 0.001 0.015 0.006 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.937 40 L 0.066 0.022 0.001 0.084 0.048 0.112 0.159 0.001 0.001 0.007 0.500 41 R 0.099 0.082 0.001 0.036 0.026 0.043 0.082 0.001 0.001 0.004 0.627 42 L 0.093 0.336 0.003 0.059 0.048 0.105 0.037 0.003 0.001 0.005 0.312 43 N 0.055 0.298 0.004 0.033 0.079 0.123 0.089 0.004 0.001 0.005 0.312 44 Y 0.073 0.394 0.005 0.054 0.081 0.128 0.054 0.006 0.001 0.004 0.200 45 I 0.038 0.552 0.013 0.050 0.084 0.136 0.021 0.005 0.001 0.002 0.098 46 H 0.019 0.410 0.003 0.094 0.168 0.189 0.030 0.008 0.001 0.002 0.077 47 W 0.039 0.413 0.014 0.053 0.064 0.138 0.034 0.010 0.001 0.003 0.233 48 V 0.063 0.344 0.025 0.097 0.127 0.179 0.028 0.010 0.001 0.002 0.125 49 E 0.021 0.181 0.011 0.084 0.073 0.153 0.045 0.008 0.001 0.003 0.422