# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.176 0.187 0.023 0.009 0.519 0.005 0.004 0.006 0.007 0.018 0.046 2 S 0.204 0.102 0.022 0.002 0.609 0.002 0.005 0.007 0.005 0.011 0.032 3 L 0.118 0.271 0.024 0.003 0.524 0.005 0.004 0.008 0.009 0.009 0.024 4 N 0.318 0.033 0.007 0.001 0.489 0.001 0.002 0.006 0.011 0.028 0.104 5 F 0.058 0.139 0.044 0.008 0.177 0.007 0.023 0.145 0.220 0.137 0.043 6 K 0.016 0.140 0.056 0.017 0.058 0.040 0.161 0.169 0.102 0.214 0.026 7 D 0.155 0.218 0.066 0.002 0.481 0.001 0.001 0.021 0.014 0.017 0.023 8 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.644 0.329 0.011 0.001 9 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.888 0.083 0.011 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.081 0.013 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.055 0.003 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.038 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.959 0.029 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.919 0.068 0.007 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.002 0.001 16 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.911 0.080 0.004 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.933 0.048 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.893 0.070 0.010 0.001 19 L 0.002 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.848 0.115 0.014 0.001 20 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.874 0.081 0.015 0.001 21 E 0.001 0.008 0.008 0.002 0.004 0.010 0.165 0.684 0.109 0.007 0.001 22 D 0.010 0.005 0.003 0.007 0.007 0.017 0.231 0.592 0.097 0.025 0.007 23 F 0.004 0.712 0.147 0.009 0.085 0.005 0.006 0.011 0.014 0.007 0.001 24 G 0.119 0.003 0.001 0.006 0.021 0.007 0.007 0.016 0.040 0.429 0.351 25 L 0.166 0.274 0.020 0.001 0.446 0.001 0.002 0.008 0.019 0.028 0.034 26 S 0.261 0.049 0.012 0.024 0.341 0.023 0.018 0.021 0.034 0.063 0.155 27 I 0.270 0.153 0.030 0.006 0.460 0.004 0.003 0.008 0.013 0.019 0.035 28 D 0.218 0.151 0.025 0.003 0.470 0.001 0.005 0.006 0.006 0.051 0.063 29 I 0.068 0.368 0.304 0.028 0.191 0.005 0.005 0.007 0.003 0.008 0.014 30 P 0.013 0.225 0.604 0.084 0.050 0.007 0.002 0.005 0.002 0.003 0.006 31 L 0.004 0.028 0.011 0.050 0.015 0.122 0.354 0.294 0.111 0.009 0.002 32 E 0.005 0.005 0.010 0.011 0.004 0.006 0.014 0.075 0.102 0.708 0.060 33 R 0.035 0.472 0.092 0.005 0.220 0.004 0.010 0.044 0.034 0.071 0.013 34 L 0.271 0.113 0.038 0.008 0.296 0.005 0.009 0.030 0.026 0.076 0.128 35 I 0.019 0.365 0.441 0.025 0.108 0.005 0.009 0.011 0.005 0.007 0.005 36 P 0.055 0.441 0.242 0.011 0.149 0.006 0.012 0.041 0.015 0.011 0.016 37 T 0.116 0.322 0.144 0.009 0.215 0.010 0.033 0.070 0.033 0.020 0.029 38 V 0.077 0.324 0.241 0.036 0.183 0.026 0.026 0.033 0.013 0.018 0.024 39 P 0.097 0.195 0.054 0.049 0.197 0.079 0.085 0.121 0.063 0.031 0.029 40 L 0.052 0.071 0.058 0.058 0.079 0.026 0.036 0.115 0.128 0.317 0.060 41 R 0.125 0.181 0.089 0.017 0.243 0.012 0.039 0.066 0.050 0.124 0.054 42 L 0.330 0.140 0.018 0.005 0.376 0.003 0.003 0.012 0.006 0.018 0.089 43 N 0.127 0.104 0.031 0.057 0.244 0.126 0.165 0.058 0.015 0.030 0.042 44 Y 0.220 0.147 0.021 0.006 0.542 0.002 0.002 0.014 0.006 0.015 0.025 45 I 0.371 0.053 0.003 0.002 0.525 0.003 0.003 0.009 0.002 0.002 0.027 46 H 0.204 0.112 0.012 0.005 0.586 0.011 0.011 0.016 0.004 0.006 0.033 47 W 0.373 0.061 0.014 0.004 0.362 0.003 0.006 0.017 0.008 0.017 0.135 48 V 0.219 0.118 0.040 0.030 0.262 0.034 0.030 0.082 0.051 0.054 0.080 49 E 0.138 0.172 0.084 0.042 0.221 0.036 0.043 0.095 0.055 0.057 0.056