# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.100 0.128 0.173 0.259 0.210 0.114 0.016 2 S 0.126 0.191 0.207 0.200 0.161 0.101 0.013 3 L 0.017 0.023 0.049 0.163 0.326 0.356 0.067 4 N 0.062 0.225 0.284 0.261 0.125 0.040 0.003 5 F 0.015 0.039 0.089 0.218 0.386 0.229 0.024 6 K 0.182 0.418 0.263 0.111 0.022 0.003 0.001 7 D 0.203 0.368 0.254 0.136 0.035 0.005 0.001 8 P 0.337 0.406 0.179 0.062 0.014 0.002 0.001 9 E 0.417 0.410 0.133 0.034 0.006 0.001 0.001 10 A 0.035 0.084 0.205 0.318 0.283 0.073 0.003 11 V 0.023 0.083 0.164 0.285 0.316 0.123 0.006 12 R 0.092 0.338 0.284 0.196 0.072 0.017 0.001 13 A 0.043 0.153 0.293 0.306 0.153 0.048 0.003 14 L 0.010 0.017 0.027 0.091 0.290 0.474 0.092 15 T 0.011 0.036 0.095 0.219 0.317 0.263 0.059 16 C 0.050 0.203 0.277 0.255 0.140 0.067 0.008 17 T 0.023 0.067 0.136 0.279 0.296 0.176 0.023 18 L 0.008 0.022 0.038 0.104 0.249 0.450 0.128 19 L 0.014 0.031 0.070 0.183 0.346 0.313 0.043 20 R 0.065 0.226 0.235 0.248 0.160 0.059 0.008 21 E 0.080 0.228 0.264 0.257 0.123 0.043 0.005 22 D 0.050 0.126 0.186 0.272 0.255 0.102 0.009 23 F 0.056 0.160 0.262 0.313 0.157 0.048 0.003 24 G 0.356 0.403 0.161 0.060 0.016 0.003 0.001 25 L 0.017 0.059 0.150 0.310 0.334 0.120 0.010 26 S 0.094 0.330 0.314 0.185 0.062 0.013 0.001 27 I 0.009 0.022 0.059 0.206 0.371 0.295 0.038 28 D 0.097 0.355 0.290 0.172 0.065 0.019 0.001 29 I 0.011 0.043 0.134 0.307 0.372 0.127 0.005 30 P 0.050 0.165 0.271 0.327 0.155 0.031 0.001 31 L 0.442 0.409 0.110 0.031 0.006 0.001 0.001 32 E 0.216 0.408 0.221 0.115 0.033 0.006 0.001 33 R 0.020 0.115 0.218 0.340 0.232 0.071 0.005 34 L 0.004 0.006 0.021 0.077 0.214 0.484 0.194 35 I 0.009 0.016 0.034 0.090 0.215 0.453 0.183 36 P 0.013 0.024 0.050 0.099 0.193 0.360 0.260 37 T 0.033 0.063 0.082 0.125 0.187 0.275 0.236 38 V 0.087 0.105 0.124 0.188 0.205 0.187 0.104 39 P 0.161 0.197 0.166 0.165 0.141 0.112 0.059 40 L 0.201 0.157 0.148 0.186 0.161 0.111 0.036 41 R 0.205 0.126 0.128 0.153 0.178 0.163 0.048 42 L 0.234 0.166 0.141 0.156 0.130 0.119 0.053 43 N 0.194 0.157 0.162 0.188 0.171 0.092 0.035 44 Y 0.274 0.168 0.111 0.105 0.132 0.166 0.044 45 I 0.185 0.097 0.121 0.188 0.171 0.189 0.048 46 H 0.299 0.245 0.161 0.138 0.093 0.054 0.010 47 W 0.297 0.184 0.163 0.168 0.127 0.055 0.006 48 V 0.442 0.181 0.129 0.129 0.087 0.029 0.003 49 E 0.600 0.225 0.099 0.055 0.017 0.004 0.001