# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.003 0.014 0.446 0.007 0.003 0.006 0.005 0.006 0.285 0.095 0.020 0.051 0.059 2 S 0.006 0.031 0.385 0.005 0.002 0.002 0.023 0.024 0.354 0.033 0.016 0.013 0.107 3 L 0.007 0.065 0.273 0.002 0.001 0.002 0.038 0.023 0.401 0.025 0.007 0.139 0.017 4 N 0.001 0.025 0.458 0.001 0.003 0.003 0.010 0.009 0.371 0.029 0.028 0.004 0.057 5 F 0.001 0.017 0.452 0.003 0.026 0.018 0.005 0.004 0.111 0.097 0.255 0.006 0.004 6 K 0.001 0.024 0.369 0.001 0.007 0.043 0.001 0.001 0.009 0.461 0.081 0.002 0.003 7 D 0.001 0.009 0.835 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.002 0.105 0.004 0.001 0.002 8 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 16 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.008 0.001 0.017 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 18 L 0.001 0.005 0.020 0.001 0.029 0.819 0.001 0.001 0.002 0.014 0.108 0.001 0.001 19 L 0.001 0.010 0.060 0.001 0.055 0.684 0.001 0.006 0.011 0.035 0.132 0.001 0.003 20 R 0.001 0.009 0.204 0.002 0.140 0.364 0.001 0.006 0.023 0.113 0.127 0.004 0.007 21 E 0.001 0.007 0.159 0.006 0.199 0.288 0.001 0.002 0.008 0.125 0.196 0.003 0.007 22 D 0.001 0.005 0.284 0.003 0.225 0.177 0.001 0.001 0.006 0.115 0.173 0.003 0.007 23 F 0.001 0.012 0.304 0.009 0.118 0.116 0.001 0.002 0.013 0.176 0.233 0.009 0.007 24 G 0.004 0.018 0.345 0.012 0.057 0.024 0.002 0.003 0.025 0.128 0.345 0.020 0.018 25 L 0.005 0.004 0.636 0.007 0.011 0.005 0.002 0.005 0.064 0.180 0.034 0.025 0.020 26 S 0.023 0.009 0.376 0.029 0.009 0.004 0.025 0.017 0.204 0.132 0.034 0.042 0.096 27 I 0.030 0.008 0.071 0.004 0.003 0.002 0.100 0.138 0.492 0.019 0.005 0.040 0.088 28 D 0.021 0.022 0.085 0.012 0.004 0.003 0.095 0.135 0.514 0.019 0.003 0.036 0.051 29 I 0.004 0.008 0.186 0.004 0.006 0.003 0.014 0.091 0.555 0.029 0.006 0.069 0.025 30 P 0.003 0.011 0.479 0.011 0.032 0.006 0.006 0.022 0.193 0.068 0.098 0.005 0.066 31 L 0.001 0.012 0.249 0.013 0.156 0.009 0.002 0.007 0.038 0.200 0.300 0.007 0.005 32 E 0.001 0.007 0.195 0.010 0.167 0.011 0.001 0.002 0.013 0.259 0.329 0.002 0.004 33 R 0.002 0.032 0.349 0.002 0.183 0.023 0.002 0.006 0.031 0.201 0.150 0.011 0.009 34 L 0.007 0.101 0.346 0.003 0.064 0.023 0.010 0.017 0.104 0.158 0.058 0.011 0.099 35 I 0.006 0.030 0.521 0.020 0.026 0.019 0.003 0.002 0.044 0.159 0.028 0.122 0.021 36 P 0.005 0.024 0.487 0.005 0.034 0.030 0.003 0.003 0.038 0.146 0.085 0.012 0.128 37 T 0.004 0.037 0.529 0.014 0.029 0.038 0.004 0.003 0.021 0.141 0.128 0.020 0.031 38 V 0.001 0.017 0.491 0.011 0.024 0.027 0.001 0.001 0.018 0.319 0.053 0.023 0.013 39 P 0.001 0.011 0.542 0.010 0.070 0.044 0.001 0.001 0.006 0.196 0.090 0.006 0.024 40 L 0.003 0.032 0.268 0.005 0.089 0.072 0.002 0.001 0.005 0.262 0.217 0.022 0.023 41 R 0.005 0.049 0.427 0.001 0.047 0.114 0.004 0.003 0.022 0.141 0.108 0.022 0.058 42 L 0.014 0.013 0.131 0.004 0.069 0.508 0.009 0.016 0.029 0.048 0.054 0.012 0.093 43 N 0.046 0.012 0.120 0.111 0.028 0.344 0.019 0.027 0.023 0.087 0.028 0.136 0.019 44 Y 0.057 0.005 0.057 0.002 0.047 0.508 0.021 0.008 0.038 0.007 0.013 0.006 0.229 45 I 0.078 0.008 0.017 0.020 0.033 0.703 0.029 0.042 0.009 0.005 0.013 0.026 0.017 46 H 0.091 0.004 0.022 0.003 0.026 0.586 0.013 0.043 0.012 0.011 0.026 0.141 0.022 47 W 0.039 0.004 0.107 0.004 0.056 0.518 0.011 0.016 0.026 0.038 0.100 0.003 0.079 48 V 0.023 0.056 0.366 0.037 0.033 0.261 0.010 0.006 0.038 0.078 0.066 0.010 0.016 49 E 0.004 0.013 0.493 0.004 0.039 0.082 0.001 0.001 0.016 0.231 0.028 0.066 0.022