# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.005 0.001 0.001 0.059 0.145 0.118 0.104 0.002 0.001 0.030 0.535 2 S 0.012 0.001 0.001 0.071 0.078 0.083 0.118 0.002 0.001 0.047 0.587 3 L 0.003 0.001 0.001 0.086 0.076 0.122 0.126 0.005 0.001 0.027 0.553 4 N 0.163 0.011 0.001 0.125 0.023 0.039 0.110 0.001 0.001 0.063 0.464 5 F 0.015 0.004 0.002 0.076 0.018 0.024 0.140 0.001 0.001 0.078 0.642 6 K 0.002 0.016 0.001 0.015 0.007 0.010 0.111 0.002 0.001 0.051 0.785 7 D 0.057 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.011 0.029 8 P 0.026 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.019 0.043 9 E 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.023 10 A 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.010 11 V 0.008 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.847 0.013 12 R 0.011 0.676 0.004 0.002 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.241 0.048 13 A 0.027 0.136 0.007 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.730 0.075 14 L 0.007 0.706 0.022 0.005 0.001 0.001 0.017 0.011 0.005 0.145 0.080 15 T 0.040 0.816 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.008 0.115 16 C 0.016 0.793 0.013 0.003 0.001 0.002 0.011 0.021 0.005 0.017 0.118 17 T 0.083 0.697 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.002 0.027 0.155 18 L 0.064 0.479 0.037 0.005 0.002 0.004 0.045 0.013 0.016 0.104 0.231 19 L 0.115 0.475 0.019 0.007 0.002 0.002 0.069 0.018 0.008 0.065 0.219 20 R 0.143 0.031 0.106 0.012 0.003 0.006 0.097 0.014 0.080 0.163 0.346 21 E 0.269 0.017 0.004 0.013 0.007 0.012 0.109 0.014 0.002 0.074 0.478 22 D 0.046 0.002 0.003 0.018 0.003 0.016 0.103 0.002 0.002 0.066 0.739 23 F 0.014 0.002 0.002 0.043 0.023 0.055 0.137 0.002 0.001 0.055 0.667 24 G 0.005 0.001 0.001 0.050 0.021 0.073 0.117 0.001 0.001 0.052 0.679 25 L 0.006 0.001 0.001 0.054 0.106 0.125 0.071 0.002 0.001 0.050 0.585 26 S 0.010 0.001 0.001 0.129 0.079 0.122 0.077 0.001 0.001 0.053 0.528 27 I 0.001 0.001 0.001 0.034 0.130 0.153 0.062 0.001 0.001 0.018 0.601 28 D 0.007 0.002 0.001 0.078 0.093 0.105 0.098 0.001 0.001 0.026 0.589 29 I 0.022 0.002 0.002 0.037 0.100 0.095 0.099 0.014 0.002 0.031 0.595 30 P 0.508 0.027 0.004 0.031 0.009 0.013 0.048 0.008 0.004 0.049 0.299 31 L 0.263 0.031 0.005 0.023 0.008 0.018 0.066 0.011 0.002 0.042 0.533 32 E 0.075 0.007 0.001 0.025 0.023 0.049 0.080 0.002 0.001 0.023 0.715 33 R 0.010 0.005 0.001 0.055 0.127 0.198 0.098 0.001 0.001 0.024 0.480 34 L 0.011 0.004 0.001 0.047 0.094 0.107 0.096 0.002 0.001 0.036 0.602 35 I 0.060 0.002 0.001 0.026 0.148 0.069 0.114 0.003 0.001 0.036 0.540 36 P 0.008 0.001 0.001 0.022 0.039 0.058 0.142 0.002 0.001 0.019 0.708 37 T 0.045 0.008 0.001 0.017 0.015 0.026 0.092 0.004 0.001 0.031 0.758 38 V 0.200 0.023 0.002 0.017 0.027 0.025 0.106 0.022 0.001 0.094 0.483 39 P 0.072 0.053 0.002 0.017 0.008 0.014 0.122 0.003 0.001 0.051 0.657 40 L 0.049 0.121 0.004 0.036 0.026 0.041 0.088 0.004 0.001 0.055 0.575 41 R 0.061 0.259 0.002 0.042 0.053 0.050 0.092 0.008 0.001 0.055 0.376 42 L 0.032 0.294 0.003 0.059 0.049 0.059 0.083 0.005 0.001 0.057 0.358 43 N 0.022 0.341 0.003 0.136 0.096 0.138 0.048 0.006 0.001 0.066 0.142 44 Y 0.037 0.195 0.004 0.146 0.096 0.143 0.056 0.008 0.001 0.098 0.215 45 I 0.026 0.078 0.008 0.254 0.149 0.138 0.063 0.004 0.002 0.091 0.188 46 H 0.040 0.035 0.006 0.224 0.102 0.163 0.087 0.004 0.002 0.084 0.253 47 W 0.041 0.026 0.007 0.122 0.070 0.131 0.106 0.005 0.004 0.090 0.397 48 V 0.099 0.036 0.008 0.068 0.059 0.082 0.126 0.006 0.006 0.064 0.446 49 E 0.099 0.033 0.006 0.034 0.036 0.064 0.124 0.008 0.004 0.055 0.538