# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.077 0.048 0.024 0.073 0.086 0.111 0.176 0.126 0.120 0.094 0.065 2 S 0.271 0.192 0.070 0.183 0.133 0.067 0.035 0.025 0.015 0.007 0.003 3 L 0.004 0.004 0.003 0.006 0.013 0.033 0.093 0.147 0.234 0.238 0.224 4 N 0.110 0.155 0.080 0.242 0.164 0.096 0.072 0.040 0.023 0.011 0.008 5 F 0.033 0.019 0.031 0.045 0.039 0.051 0.121 0.107 0.169 0.200 0.186 6 K 0.137 0.251 0.071 0.197 0.135 0.086 0.066 0.029 0.016 0.008 0.005 7 D 0.073 0.152 0.035 0.120 0.093 0.104 0.153 0.109 0.087 0.049 0.026 8 P 0.324 0.121 0.041 0.137 0.135 0.100 0.069 0.035 0.022 0.011 0.006 9 E 0.629 0.139 0.095 0.085 0.034 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 10 A 0.011 0.023 0.023 0.066 0.087 0.120 0.236 0.168 0.129 0.087 0.051 11 V 0.002 0.003 0.011 0.009 0.016 0.040 0.125 0.150 0.224 0.214 0.205 12 R 0.014 0.038 0.319 0.256 0.167 0.104 0.065 0.020 0.009 0.005 0.002 13 A 0.013 0.035 0.266 0.185 0.138 0.138 0.121 0.064 0.023 0.014 0.004 14 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.020 0.090 0.138 0.252 0.257 0.224 15 T 0.018 0.042 0.060 0.097 0.126 0.173 0.196 0.125 0.095 0.049 0.021 16 C 0.008 0.019 0.118 0.149 0.153 0.164 0.173 0.085 0.065 0.044 0.022 17 T 0.011 0.012 0.041 0.065 0.084 0.126 0.261 0.175 0.113 0.072 0.042 18 L 0.001 0.003 0.008 0.016 0.016 0.023 0.096 0.145 0.219 0.246 0.228 19 L 0.002 0.003 0.016 0.011 0.018 0.029 0.099 0.141 0.220 0.247 0.215 20 R 0.016 0.038 0.137 0.170 0.189 0.147 0.142 0.061 0.045 0.034 0.022 21 E 0.071 0.106 0.132 0.208 0.143 0.126 0.119 0.046 0.030 0.015 0.005 22 D 0.114 0.082 0.053 0.133 0.111 0.103 0.149 0.103 0.074 0.051 0.026 23 F 0.048 0.031 0.010 0.033 0.047 0.088 0.212 0.193 0.152 0.110 0.076 24 G 0.230 0.232 0.146 0.196 0.113 0.043 0.017 0.011 0.007 0.003 0.002 25 L 0.017 0.014 0.011 0.024 0.039 0.068 0.165 0.153 0.168 0.177 0.165 26 S 0.267 0.251 0.061 0.176 0.124 0.055 0.027 0.019 0.012 0.006 0.003 27 I 0.014 0.010 0.006 0.020 0.031 0.061 0.156 0.142 0.207 0.194 0.160 28 D 0.303 0.242 0.079 0.179 0.103 0.044 0.021 0.014 0.008 0.004 0.002 29 I 0.012 0.013 0.004 0.020 0.029 0.059 0.152 0.178 0.201 0.178 0.154 30 P 0.193 0.310 0.059 0.147 0.100 0.058 0.042 0.036 0.026 0.016 0.013 31 L 0.090 0.085 0.025 0.141 0.128 0.121 0.150 0.082 0.078 0.058 0.042 32 E 0.456 0.170 0.074 0.130 0.088 0.040 0.019 0.009 0.008 0.004 0.002 33 R 0.080 0.059 0.029 0.160 0.137 0.136 0.176 0.090 0.068 0.042 0.023 34 L 0.009 0.014 0.012 0.025 0.034 0.051 0.123 0.169 0.198 0.205 0.160 35 I 0.011 0.018 0.026 0.057 0.069 0.091 0.151 0.174 0.153 0.134 0.116 36 P 0.053 0.067 0.114 0.122 0.118 0.118 0.119 0.095 0.085 0.063 0.045 37 T 0.073 0.094 0.047 0.151 0.154 0.133 0.126 0.088 0.067 0.042 0.026 38 V 0.022 0.019 0.005 0.022 0.030 0.049 0.116 0.146 0.215 0.200 0.178 39 P 0.201 0.147 0.044 0.166 0.128 0.095 0.077 0.053 0.045 0.026 0.017 40 L 0.073 0.082 0.056 0.136 0.117 0.113 0.138 0.086 0.085 0.066 0.048 41 R 0.044 0.080 0.038 0.122 0.129 0.122 0.152 0.109 0.092 0.067 0.046 42 L 0.013 0.014 0.011 0.037 0.043 0.072 0.155 0.142 0.189 0.173 0.151 43 N 0.056 0.077 0.090 0.197 0.171 0.135 0.121 0.063 0.046 0.029 0.016 44 Y 0.006 0.013 0.018 0.064 0.077 0.098 0.195 0.159 0.151 0.131 0.087 45 I 0.002 0.002 0.006 0.010 0.015 0.026 0.079 0.111 0.229 0.255 0.267 46 H 0.014 0.018 0.047 0.095 0.104 0.114 0.205 0.137 0.120 0.088 0.058 47 W 0.006 0.019 0.050 0.087 0.095 0.100 0.182 0.148 0.128 0.109 0.076 48 V 0.004 0.005 0.008 0.010 0.016 0.031 0.102 0.149 0.232 0.228 0.214 49 E 0.129 0.134 0.092 0.198 0.155 0.105 0.088 0.046 0.030 0.015 0.008