# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.021 0.001 0.008 0.037 0.031 0.039 0.028 0.001 0.001 0.002 0.831 2 S 0.014 0.001 0.002 0.042 0.041 0.062 0.099 0.001 0.001 0.003 0.736 3 L 0.049 0.001 0.005 0.126 0.051 0.071 0.063 0.001 0.001 0.007 0.627 4 N 0.039 0.002 0.001 0.081 0.022 0.048 0.293 0.001 0.001 0.005 0.509 5 F 0.072 0.001 0.005 0.095 0.011 0.017 0.052 0.001 0.001 0.007 0.740 6 K 0.043 0.001 0.002 0.138 0.013 0.029 0.469 0.001 0.001 0.010 0.294 7 D 0.068 0.001 0.002 0.020 0.003 0.004 0.295 0.001 0.001 0.008 0.599 8 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.982 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.001 0.001 0.003 0.154 10 A 0.114 0.051 0.001 0.004 0.002 0.005 0.665 0.001 0.001 0.017 0.142 11 V 0.044 0.915 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.029 12 R 0.022 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 13 A 0.015 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.041 14 L 0.027 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 15 T 0.009 0.966 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 16 C 0.009 0.927 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 0.001 0.001 0.031 17 T 0.067 0.877 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.023 18 L 0.045 0.884 0.016 0.004 0.004 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.028 19 L 0.020 0.834 0.028 0.013 0.015 0.019 0.008 0.011 0.001 0.001 0.052 20 R 0.046 0.570 0.008 0.036 0.026 0.044 0.012 0.018 0.001 0.001 0.238 21 E 0.082 0.466 0.012 0.032 0.041 0.063 0.046 0.018 0.001 0.004 0.235 22 D 0.199 0.255 0.025 0.030 0.032 0.053 0.073 0.038 0.001 0.010 0.286 23 F 0.149 0.163 0.044 0.056 0.055 0.060 0.095 0.027 0.001 0.007 0.344 24 G 0.125 0.036 0.016 0.047 0.054 0.059 0.118 0.016 0.001 0.017 0.512 25 L 0.113 0.026 0.170 0.086 0.071 0.079 0.093 0.002 0.001 0.009 0.349 26 S 0.012 0.009 0.005 0.105 0.090 0.110 0.104 0.002 0.001 0.002 0.561 27 I 0.028 0.005 0.005 0.111 0.075 0.099 0.047 0.001 0.001 0.004 0.627 28 D 0.028 0.006 0.002 0.102 0.054 0.113 0.127 0.001 0.001 0.006 0.561 29 I 0.048 0.004 0.004 0.108 0.075 0.134 0.118 0.001 0.001 0.006 0.502 30 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.009 0.022 0.001 0.001 0.001 0.948 31 L 0.034 0.002 0.001 0.053 0.030 0.067 0.143 0.001 0.001 0.008 0.663 32 E 0.167 0.006 0.001 0.033 0.022 0.034 0.118 0.001 0.001 0.009 0.610 33 R 0.230 0.023 0.002 0.049 0.052 0.052 0.092 0.002 0.001 0.007 0.490 34 L 0.172 0.029 0.009 0.068 0.045 0.090 0.090 0.002 0.001 0.007 0.489 35 I 0.052 0.012 0.006 0.105 0.100 0.150 0.103 0.001 0.001 0.003 0.467 36 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 37 T 0.011 0.001 0.001 0.055 0.045 0.102 0.071 0.001 0.001 0.002 0.711 38 V 0.066 0.003 0.001 0.061 0.021 0.056 0.079 0.001 0.001 0.004 0.708 39 P 0.008 0.002 0.001 0.014 0.005 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.945 40 L 0.062 0.013 0.001 0.088 0.045 0.101 0.171 0.001 0.001 0.007 0.511 41 R 0.120 0.042 0.001 0.033 0.021 0.035 0.088 0.001 0.001 0.005 0.655 42 L 0.114 0.209 0.004 0.076 0.053 0.111 0.046 0.002 0.001 0.006 0.379 43 N 0.053 0.173 0.004 0.045 0.091 0.139 0.114 0.003 0.001 0.006 0.372 44 Y 0.071 0.261 0.005 0.082 0.106 0.155 0.063 0.005 0.001 0.005 0.247 45 I 0.040 0.409 0.010 0.070 0.114 0.191 0.032 0.005 0.001 0.002 0.127 46 H 0.019 0.296 0.003 0.114 0.189 0.240 0.041 0.007 0.001 0.002 0.089 47 W 0.044 0.348 0.012 0.062 0.070 0.147 0.040 0.009 0.001 0.003 0.263 48 V 0.065 0.287 0.022 0.107 0.134 0.196 0.036 0.009 0.001 0.003 0.140 49 E 0.020 0.127 0.009 0.064 0.057 0.117 0.052 0.007 0.001 0.003 0.546