# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.133 0.273 0.074 0.006 0.451 0.004 0.009 0.010 0.007 0.010 0.022 2 S 0.182 0.226 0.041 0.002 0.486 0.002 0.007 0.012 0.008 0.008 0.026 3 L 0.196 0.181 0.025 0.007 0.424 0.013 0.019 0.022 0.032 0.023 0.058 4 N 0.362 0.039 0.009 0.001 0.426 0.001 0.003 0.005 0.007 0.022 0.125 5 F 0.084 0.140 0.019 0.002 0.213 0.002 0.008 0.133 0.212 0.157 0.029 6 K 0.017 0.057 0.062 0.035 0.031 0.128 0.340 0.073 0.066 0.171 0.020 7 D 0.280 0.102 0.035 0.001 0.526 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.047 8 P 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.456 0.516 0.014 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.801 0.175 0.015 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.075 0.020 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.088 0.009 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.052 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.913 0.052 0.011 0.001 14 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.905 0.065 0.009 0.001 15 T 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 0.808 0.131 0.032 0.002 16 C 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.842 0.109 0.018 0.002 17 T 0.009 0.015 0.003 0.001 0.023 0.003 0.018 0.854 0.064 0.005 0.003 18 L 0.019 0.010 0.003 0.002 0.020 0.003 0.016 0.790 0.085 0.045 0.008 19 L 0.028 0.053 0.011 0.004 0.044 0.006 0.024 0.691 0.097 0.031 0.009 20 R 0.020 0.085 0.025 0.009 0.062 0.011 0.029 0.576 0.136 0.039 0.010 21 E 0.009 0.025 0.018 0.003 0.010 0.006 0.097 0.669 0.148 0.011 0.004 22 D 0.041 0.040 0.013 0.006 0.040 0.013 0.109 0.420 0.139 0.154 0.026 23 F 0.011 0.732 0.131 0.003 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 24 G 0.163 0.037 0.031 0.023 0.067 0.034 0.015 0.015 0.017 0.201 0.397 25 L 0.147 0.256 0.041 0.002 0.508 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.029 26 S 0.216 0.098 0.021 0.006 0.525 0.013 0.027 0.023 0.014 0.019 0.038 27 I 0.192 0.157 0.018 0.002 0.581 0.002 0.003 0.005 0.006 0.007 0.028 28 D 0.342 0.049 0.014 0.002 0.391 0.003 0.010 0.007 0.008 0.027 0.146 29 I 0.050 0.480 0.230 0.006 0.202 0.001 0.002 0.006 0.004 0.007 0.012 30 P 0.019 0.647 0.186 0.006 0.101 0.002 0.003 0.013 0.010 0.006 0.007 31 L 0.018 0.070 0.014 0.007 0.035 0.016 0.035 0.239 0.518 0.035 0.013 32 E 0.013 0.028 0.011 0.006 0.023 0.015 0.040 0.314 0.386 0.139 0.023 33 R 0.047 0.085 0.020 0.003 0.090 0.004 0.029 0.173 0.176 0.356 0.018 34 L 0.276 0.152 0.051 0.004 0.308 0.004 0.012 0.048 0.024 0.038 0.080 35 I 0.039 0.286 0.272 0.042 0.146 0.019 0.039 0.071 0.034 0.028 0.024 36 P 0.018 0.439 0.351 0.007 0.136 0.003 0.006 0.025 0.007 0.004 0.004 37 T 0.169 0.247 0.113 0.005 0.289 0.005 0.023 0.043 0.026 0.034 0.047 38 V 0.020 0.390 0.348 0.025 0.121 0.011 0.024 0.034 0.012 0.006 0.008 39 P 0.051 0.374 0.107 0.025 0.182 0.027 0.039 0.084 0.050 0.033 0.028 40 L 0.069 0.126 0.056 0.018 0.118 0.028 0.067 0.146 0.213 0.127 0.033 41 R 0.105 0.118 0.044 0.015 0.156 0.019 0.035 0.094 0.084 0.245 0.084 42 L 0.220 0.168 0.029 0.013 0.363 0.010 0.014 0.036 0.027 0.033 0.087 43 N 0.023 0.015 0.008 0.044 0.026 0.149 0.274 0.235 0.096 0.097 0.032 44 Y 0.113 0.255 0.066 0.008 0.366 0.003 0.005 0.058 0.034 0.065 0.027 45 I 0.410 0.040 0.003 0.002 0.415 0.003 0.005 0.031 0.016 0.011 0.064 46 H 0.118 0.127 0.035 0.018 0.395 0.020 0.040 0.138 0.041 0.024 0.044 47 W 0.226 0.123 0.029 0.006 0.275 0.005 0.018 0.132 0.038 0.066 0.081 48 V 0.122 0.157 0.043 0.023 0.161 0.023 0.046 0.153 0.088 0.122 0.061 49 E 0.063 0.182 0.079 0.032 0.129 0.043 0.069 0.213 0.095 0.058 0.038