# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.9079 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.523 0.261 0.119 0.060 0.026 0.009 0.001 2 S 0.403 0.295 0.170 0.085 0.035 0.011 0.001 3 L 0.178 0.169 0.189 0.236 0.166 0.058 0.004 4 N 0.210 0.329 0.238 0.142 0.060 0.020 0.002 5 F 0.145 0.135 0.192 0.246 0.203 0.073 0.006 6 K 0.420 0.331 0.161 0.065 0.019 0.004 0.001 7 D 0.470 0.275 0.153 0.079 0.021 0.003 0.001 8 P 0.430 0.293 0.182 0.073 0.020 0.003 0.001 9 E 0.434 0.398 0.131 0.031 0.005 0.001 0.001 10 A 0.036 0.062 0.129 0.299 0.323 0.144 0.007 11 V 0.018 0.059 0.122 0.286 0.357 0.148 0.009 12 R 0.061 0.275 0.319 0.236 0.083 0.024 0.002 13 A 0.020 0.058 0.173 0.336 0.280 0.124 0.009 14 L 0.005 0.009 0.018 0.042 0.160 0.547 0.219 15 T 0.011 0.037 0.089 0.214 0.305 0.283 0.061 16 C 0.009 0.056 0.162 0.282 0.278 0.172 0.041 17 T 0.004 0.014 0.040 0.118 0.291 0.451 0.083 18 L 0.003 0.007 0.014 0.053 0.209 0.555 0.158 19 L 0.011 0.035 0.078 0.203 0.357 0.283 0.033 20 R 0.069 0.229 0.314 0.255 0.110 0.021 0.002 21 E 0.168 0.379 0.251 0.145 0.046 0.010 0.001 22 D 0.165 0.359 0.270 0.144 0.050 0.012 0.001 23 F 0.026 0.062 0.147 0.310 0.342 0.109 0.004 24 G 0.186 0.386 0.286 0.109 0.027 0.005 0.001 25 L 0.029 0.055 0.129 0.294 0.340 0.146 0.008 26 S 0.122 0.308 0.277 0.174 0.082 0.033 0.004 27 I 0.021 0.059 0.129 0.270 0.332 0.173 0.015 28 D 0.170 0.346 0.275 0.145 0.049 0.013 0.002 29 I 0.029 0.074 0.142 0.317 0.315 0.115 0.007 30 P 0.187 0.316 0.277 0.161 0.050 0.008 0.001 31 L 0.326 0.400 0.197 0.063 0.013 0.001 0.001 32 E 0.551 0.311 0.106 0.026 0.005 0.001 0.001 33 R 0.077 0.298 0.346 0.200 0.066 0.013 0.001 34 L 0.026 0.041 0.081 0.229 0.377 0.231 0.014 35 I 0.062 0.203 0.285 0.276 0.133 0.038 0.003 36 P 0.090 0.146 0.161 0.205 0.203 0.169 0.027 37 T 0.110 0.222 0.263 0.225 0.111 0.056 0.012 38 V 0.121 0.105 0.142 0.229 0.255 0.131 0.016 39 P 0.330 0.311 0.199 0.099 0.042 0.016 0.003 40 L 0.267 0.258 0.190 0.154 0.084 0.041 0.007 41 R 0.132 0.182 0.234 0.207 0.156 0.076 0.014 42 L 0.092 0.111 0.167 0.278 0.238 0.105 0.009 43 N 0.161 0.326 0.256 0.160 0.070 0.025 0.002 44 Y 0.079 0.064 0.133 0.270 0.304 0.142 0.008 45 I 0.152 0.089 0.077 0.119 0.208 0.310 0.045 46 H 0.198 0.257 0.172 0.184 0.128 0.056 0.005 47 W 0.168 0.233 0.283 0.219 0.077 0.017 0.002 48 V 0.151 0.122 0.162 0.249 0.232 0.078 0.005 49 E 0.616 0.246 0.089 0.037 0.010 0.002 0.001