# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.004 0.017 0.692 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.073 0.089 0.003 0.073 0.038 2 S 0.009 0.051 0.517 0.004 0.002 0.001 0.012 0.003 0.150 0.025 0.003 0.041 0.182 3 L 0.012 0.051 0.505 0.013 0.003 0.002 0.023 0.013 0.196 0.025 0.005 0.074 0.077 4 N 0.013 0.022 0.454 0.018 0.016 0.005 0.017 0.012 0.150 0.075 0.044 0.057 0.119 5 F 0.003 0.019 0.472 0.009 0.040 0.005 0.006 0.004 0.041 0.159 0.176 0.015 0.051 6 K 0.001 0.029 0.364 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.021 0.453 0.074 0.031 0.011 7 D 0.001 0.004 0.747 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.234 0.004 0.001 0.004 8 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 19 L 0.001 0.002 0.012 0.001 0.009 0.887 0.001 0.001 0.001 0.010 0.080 0.001 0.001 20 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.032 0.813 0.001 0.001 0.001 0.014 0.126 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.079 0.620 0.001 0.001 0.001 0.024 0.257 0.001 0.001 22 D 0.001 0.004 0.112 0.001 0.143 0.444 0.001 0.001 0.004 0.038 0.252 0.001 0.002 23 F 0.001 0.014 0.136 0.005 0.034 0.130 0.001 0.002 0.017 0.157 0.498 0.002 0.003 24 G 0.001 0.008 0.136 0.038 0.013 0.006 0.001 0.001 0.010 0.132 0.641 0.007 0.005 25 L 0.008 0.008 0.647 0.004 0.003 0.002 0.007 0.010 0.105 0.108 0.019 0.042 0.038 26 S 0.019 0.026 0.249 0.018 0.003 0.002 0.030 0.033 0.447 0.062 0.014 0.028 0.070 27 I 0.014 0.011 0.140 0.004 0.002 0.001 0.069 0.065 0.574 0.018 0.006 0.048 0.047 28 D 0.014 0.035 0.185 0.014 0.001 0.001 0.059 0.050 0.491 0.027 0.010 0.018 0.095 29 I 0.003 0.020 0.522 0.007 0.001 0.001 0.006 0.012 0.166 0.130 0.005 0.110 0.018 30 P 0.001 0.017 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.053 0.005 0.004 0.056 31 L 0.001 0.007 0.072 0.004 0.357 0.083 0.001 0.001 0.004 0.045 0.422 0.002 0.003 32 E 0.001 0.002 0.025 0.004 0.414 0.038 0.001 0.001 0.002 0.062 0.448 0.002 0.003 33 R 0.002 0.012 0.152 0.004 0.463 0.065 0.001 0.001 0.005 0.079 0.190 0.008 0.019 34 L 0.008 0.102 0.382 0.010 0.123 0.088 0.004 0.001 0.014 0.073 0.089 0.011 0.095 35 I 0.004 0.030 0.515 0.023 0.038 0.045 0.002 0.001 0.020 0.180 0.029 0.091 0.022 36 P 0.007 0.026 0.471 0.006 0.041 0.058 0.003 0.001 0.022 0.074 0.076 0.023 0.192 37 T 0.009 0.040 0.486 0.031 0.034 0.064 0.006 0.002 0.021 0.094 0.067 0.025 0.123 38 V 0.002 0.019 0.488 0.005 0.016 0.059 0.001 0.001 0.018 0.238 0.038 0.100 0.016 39 P 0.001 0.013 0.589 0.014 0.020 0.058 0.001 0.001 0.014 0.101 0.098 0.004 0.086 40 L 0.007 0.018 0.380 0.015 0.063 0.086 0.002 0.001 0.011 0.189 0.145 0.049 0.031 41 R 0.022 0.028 0.293 0.019 0.075 0.123 0.007 0.003 0.028 0.116 0.122 0.045 0.120 42 L 0.055 0.023 0.294 0.017 0.043 0.110 0.017 0.007 0.038 0.074 0.061 0.105 0.155 43 N 0.111 0.008 0.240 0.109 0.013 0.065 0.016 0.006 0.018 0.124 0.049 0.108 0.131 44 Y 0.239 0.009 0.061 0.016 0.027 0.140 0.041 0.012 0.032 0.034 0.044 0.155 0.190 45 I 0.436 0.004 0.037 0.021 0.014 0.082 0.079 0.021 0.021 0.007 0.015 0.047 0.215 46 H 0.554 0.002 0.016 0.015 0.005 0.026 0.065 0.011 0.012 0.005 0.007 0.239 0.043 47 W 0.372 0.005 0.049 0.003 0.007 0.024 0.052 0.014 0.028 0.007 0.011 0.047 0.380 48 V 0.187 0.013 0.311 0.050 0.009 0.020 0.030 0.005 0.026 0.037 0.018 0.146 0.147 49 E 0.026 0.012 0.579 0.021 0.009 0.012 0.004 0.001 0.011 0.074 0.012 0.076 0.162