# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.004 0.001 0.001 0.070 0.192 0.147 0.086 0.002 0.001 0.032 0.467 2 S 0.015 0.001 0.001 0.075 0.088 0.088 0.108 0.001 0.001 0.050 0.573 3 L 0.002 0.001 0.001 0.065 0.078 0.133 0.127 0.007 0.001 0.024 0.562 4 N 0.207 0.012 0.001 0.106 0.021 0.035 0.103 0.001 0.001 0.056 0.459 5 F 0.019 0.005 0.002 0.060 0.019 0.025 0.135 0.001 0.001 0.058 0.677 6 K 0.003 0.016 0.001 0.012 0.008 0.011 0.106 0.002 0.001 0.031 0.810 7 D 0.074 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.010 0.032 8 P 0.029 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.012 0.041 9 E 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.032 10 A 0.020 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.016 11 V 0.012 0.112 0.002 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.839 0.018 12 R 0.015 0.709 0.004 0.002 0.002 0.003 0.015 0.002 0.001 0.187 0.059 13 A 0.028 0.158 0.006 0.004 0.002 0.003 0.021 0.003 0.001 0.679 0.096 14 L 0.005 0.782 0.013 0.005 0.001 0.002 0.015 0.007 0.003 0.095 0.073 15 T 0.025 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.006 0.085 16 C 0.011 0.863 0.010 0.002 0.001 0.002 0.008 0.016 0.003 0.010 0.075 17 T 0.042 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.016 0.098 18 L 0.041 0.668 0.023 0.003 0.002 0.004 0.024 0.012 0.008 0.079 0.136 19 L 0.067 0.655 0.014 0.005 0.001 0.002 0.042 0.013 0.007 0.062 0.132 20 R 0.087 0.025 0.233 0.006 0.002 0.004 0.055 0.011 0.180 0.170 0.226 21 E 0.384 0.018 0.003 0.007 0.005 0.007 0.082 0.016 0.002 0.073 0.403 22 D 0.054 0.002 0.003 0.011 0.002 0.012 0.085 0.002 0.003 0.071 0.756 23 F 0.013 0.002 0.002 0.032 0.008 0.027 0.143 0.001 0.001 0.041 0.731 24 G 0.004 0.001 0.001 0.039 0.023 0.086 0.117 0.001 0.001 0.063 0.666 25 L 0.005 0.001 0.001 0.051 0.094 0.135 0.074 0.001 0.001 0.072 0.566 26 S 0.006 0.001 0.001 0.148 0.085 0.185 0.067 0.001 0.001 0.075 0.432 27 I 0.002 0.001 0.001 0.052 0.144 0.167 0.050 0.001 0.001 0.024 0.560 28 D 0.003 0.001 0.001 0.085 0.147 0.168 0.088 0.001 0.001 0.032 0.475 29 I 0.009 0.001 0.001 0.038 0.137 0.130 0.088 0.009 0.002 0.024 0.561 30 P 0.643 0.021 0.004 0.028 0.010 0.013 0.034 0.009 0.004 0.041 0.194 31 L 0.347 0.030 0.004 0.015 0.005 0.011 0.054 0.011 0.002 0.044 0.476 32 E 0.071 0.007 0.001 0.016 0.015 0.036 0.070 0.002 0.001 0.016 0.766 33 R 0.011 0.009 0.001 0.055 0.144 0.207 0.095 0.001 0.001 0.022 0.455 34 L 0.014 0.006 0.001 0.040 0.116 0.119 0.092 0.003 0.001 0.045 0.564 35 I 0.083 0.004 0.001 0.026 0.163 0.065 0.104 0.004 0.001 0.037 0.512 36 P 0.010 0.003 0.001 0.027 0.050 0.075 0.136 0.002 0.001 0.017 0.680 37 T 0.037 0.015 0.001 0.022 0.020 0.037 0.089 0.004 0.001 0.038 0.737 38 V 0.123 0.040 0.002 0.028 0.045 0.041 0.112 0.026 0.001 0.106 0.477 39 P 0.077 0.106 0.003 0.025 0.014 0.021 0.114 0.003 0.001 0.073 0.562 40 L 0.033 0.154 0.004 0.046 0.041 0.061 0.081 0.004 0.001 0.082 0.492 41 R 0.056 0.387 0.002 0.035 0.037 0.042 0.069 0.007 0.001 0.067 0.297 42 L 0.032 0.425 0.004 0.060 0.042 0.048 0.066 0.005 0.001 0.075 0.242 43 N 0.019 0.490 0.004 0.090 0.057 0.099 0.042 0.005 0.001 0.065 0.129 44 Y 0.040 0.264 0.004 0.109 0.084 0.125 0.050 0.009 0.001 0.134 0.180 45 I 0.026 0.110 0.010 0.207 0.120 0.115 0.071 0.005 0.003 0.135 0.200 46 H 0.044 0.044 0.006 0.189 0.096 0.154 0.093 0.005 0.002 0.124 0.242 47 W 0.036 0.026 0.009 0.126 0.065 0.121 0.111 0.005 0.005 0.112 0.386 48 V 0.089 0.029 0.008 0.075 0.060 0.080 0.138 0.006 0.007 0.072 0.437 49 E 0.110 0.029 0.005 0.036 0.034 0.063 0.130 0.008 0.005 0.062 0.518