# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.177 0.091 0.048 0.117 0.109 0.115 0.126 0.087 0.065 0.043 0.021 2 S 0.255 0.193 0.068 0.190 0.128 0.071 0.053 0.022 0.012 0.006 0.003 3 L 0.014 0.010 0.006 0.021 0.037 0.060 0.143 0.185 0.220 0.201 0.105 4 N 0.155 0.289 0.073 0.224 0.132 0.061 0.039 0.014 0.008 0.004 0.002 5 F 0.021 0.008 0.005 0.018 0.030 0.045 0.124 0.174 0.228 0.196 0.151 6 K 0.200 0.348 0.087 0.164 0.101 0.048 0.029 0.011 0.006 0.004 0.002 7 D 0.068 0.417 0.077 0.188 0.114 0.062 0.041 0.016 0.009 0.005 0.002 8 P 0.526 0.110 0.035 0.110 0.098 0.063 0.035 0.011 0.007 0.003 0.002 9 E 0.635 0.170 0.084 0.077 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.008 0.019 0.027 0.107 0.101 0.151 0.270 0.150 0.098 0.048 0.022 11 V 0.012 0.007 0.016 0.025 0.035 0.074 0.177 0.191 0.196 0.157 0.107 12 R 0.009 0.031 0.361 0.230 0.149 0.115 0.068 0.020 0.010 0.005 0.002 13 A 0.007 0.028 0.251 0.206 0.170 0.145 0.116 0.040 0.021 0.011 0.004 14 L 0.002 0.002 0.014 0.008 0.009 0.016 0.074 0.111 0.205 0.282 0.278 15 T 0.001 0.004 0.014 0.027 0.041 0.073 0.248 0.211 0.194 0.131 0.055 16 C 0.003 0.019 0.185 0.185 0.168 0.163 0.124 0.062 0.045 0.030 0.016 17 T 0.006 0.014 0.084 0.065 0.086 0.138 0.276 0.142 0.105 0.057 0.027 18 L 0.002 0.003 0.013 0.017 0.019 0.029 0.120 0.168 0.236 0.226 0.168 19 L 0.001 0.002 0.012 0.014 0.018 0.027 0.090 0.117 0.194 0.252 0.273 20 R 0.004 0.015 0.091 0.159 0.241 0.194 0.169 0.071 0.041 0.012 0.004 21 E 0.102 0.104 0.234 0.231 0.136 0.096 0.061 0.020 0.009 0.004 0.002 22 D 0.050 0.100 0.081 0.177 0.150 0.126 0.142 0.080 0.054 0.027 0.012 23 F 0.014 0.016 0.009 0.041 0.060 0.113 0.223 0.185 0.148 0.107 0.085 24 G 0.445 0.280 0.101 0.108 0.043 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.002 0.003 0.002 0.011 0.019 0.036 0.119 0.172 0.240 0.220 0.176 26 S 0.167 0.326 0.118 0.220 0.103 0.040 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 27 I 0.004 0.005 0.004 0.018 0.031 0.064 0.173 0.173 0.205 0.179 0.144 28 D 0.318 0.284 0.098 0.161 0.076 0.035 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.002 0.001 0.006 0.014 0.029 0.105 0.146 0.225 0.221 0.249 30 P 0.201 0.430 0.089 0.159 0.068 0.027 0.015 0.005 0.003 0.002 0.002 31 L 0.104 0.086 0.037 0.138 0.177 0.160 0.158 0.067 0.042 0.019 0.011 32 E 0.678 0.142 0.050 0.080 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.081 0.160 0.086 0.264 0.187 0.125 0.067 0.017 0.008 0.003 0.001 34 L 0.004 0.009 0.005 0.023 0.042 0.075 0.159 0.180 0.198 0.168 0.138 35 I 0.018 0.029 0.019 0.056 0.085 0.121 0.203 0.151 0.137 0.098 0.084 36 P 0.141 0.096 0.075 0.148 0.124 0.107 0.130 0.067 0.051 0.035 0.026 37 T 0.110 0.132 0.041 0.179 0.160 0.123 0.125 0.061 0.036 0.021 0.012 38 V 0.026 0.021 0.008 0.037 0.044 0.065 0.125 0.143 0.181 0.188 0.161 39 P 0.194 0.146 0.079 0.161 0.134 0.106 0.083 0.036 0.028 0.018 0.014 40 L 0.090 0.066 0.058 0.124 0.099 0.116 0.187 0.108 0.079 0.049 0.023 41 R 0.054 0.071 0.054 0.117 0.119 0.122 0.178 0.109 0.084 0.057 0.034 42 L 0.036 0.031 0.036 0.073 0.061 0.068 0.124 0.124 0.154 0.152 0.142 43 N 0.029 0.050 0.090 0.151 0.164 0.165 0.165 0.084 0.057 0.031 0.014 44 Y 0.009 0.013 0.031 0.041 0.033 0.045 0.154 0.171 0.209 0.190 0.105 45 I 0.008 0.016 0.042 0.078 0.071 0.082 0.136 0.145 0.165 0.151 0.106 46 H 0.017 0.037 0.093 0.100 0.099 0.113 0.184 0.137 0.122 0.068 0.031 47 W 0.017 0.028 0.065 0.099 0.099 0.116 0.190 0.148 0.124 0.079 0.035 48 V 0.011 0.024 0.038 0.049 0.049 0.059 0.129 0.144 0.204 0.182 0.111 49 E 0.072 0.094 0.053 0.176 0.197 0.133 0.125 0.073 0.049 0.019 0.008