# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.146 0.265 0.062 0.004 0.477 0.003 0.005 0.006 0.004 0.007 0.021 2 S 0.184 0.212 0.037 0.002 0.509 0.002 0.006 0.010 0.006 0.007 0.026 3 L 0.217 0.172 0.023 0.006 0.418 0.013 0.018 0.020 0.028 0.023 0.063 4 N 0.338 0.044 0.011 0.001 0.430 0.001 0.003 0.006 0.008 0.029 0.128 5 F 0.099 0.187 0.030 0.002 0.256 0.002 0.008 0.101 0.140 0.142 0.033 6 K 0.024 0.120 0.118 0.043 0.056 0.102 0.271 0.059 0.049 0.136 0.023 7 D 0.211 0.186 0.075 0.002 0.478 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.038 8 P 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.521 0.453 0.011 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.835 0.138 0.016 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.059 0.018 0.001 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.067 0.006 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.955 0.032 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.047 0.004 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.883 0.101 0.010 0.001 16 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.059 0.002 0.001 17 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.950 0.031 0.001 0.001 18 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.894 0.060 0.022 0.002 19 L 0.008 0.019 0.003 0.002 0.012 0.003 0.014 0.826 0.093 0.017 0.003 20 R 0.006 0.034 0.007 0.003 0.018 0.006 0.018 0.753 0.132 0.019 0.004 21 E 0.004 0.013 0.010 0.002 0.005 0.003 0.085 0.737 0.131 0.007 0.002 22 D 0.032 0.034 0.011 0.004 0.033 0.010 0.106 0.490 0.134 0.126 0.019 23 F 0.009 0.744 0.138 0.003 0.092 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 24 G 0.126 0.024 0.029 0.028 0.041 0.042 0.015 0.015 0.019 0.263 0.399 25 L 0.096 0.347 0.062 0.002 0.464 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.018 26 S 0.261 0.079 0.015 0.003 0.535 0.007 0.017 0.015 0.009 0.014 0.045 27 I 0.173 0.167 0.018 0.001 0.598 0.002 0.003 0.005 0.006 0.006 0.022 28 D 0.353 0.048 0.014 0.002 0.397 0.003 0.007 0.005 0.006 0.025 0.139 29 I 0.047 0.481 0.246 0.006 0.197 0.001 0.002 0.004 0.002 0.005 0.010 30 P 0.014 0.641 0.231 0.006 0.082 0.002 0.002 0.007 0.005 0.004 0.005 31 L 0.020 0.073 0.015 0.010 0.039 0.020 0.040 0.241 0.492 0.034 0.017 32 E 0.008 0.017 0.007 0.006 0.014 0.016 0.039 0.307 0.424 0.142 0.020 33 R 0.036 0.091 0.022 0.003 0.084 0.003 0.021 0.148 0.198 0.381 0.013 34 L 0.312 0.137 0.039 0.003 0.312 0.002 0.008 0.043 0.026 0.039 0.079 35 I 0.044 0.337 0.222 0.026 0.194 0.014 0.029 0.061 0.030 0.021 0.022 36 P 0.054 0.387 0.203 0.006 0.265 0.003 0.011 0.040 0.013 0.007 0.012 37 T 0.214 0.175 0.087 0.007 0.284 0.007 0.032 0.060 0.037 0.046 0.053 38 V 0.031 0.402 0.273 0.021 0.164 0.009 0.021 0.046 0.014 0.007 0.010 39 P 0.078 0.359 0.080 0.018 0.230 0.019 0.028 0.076 0.043 0.035 0.033 40 L 0.122 0.171 0.052 0.016 0.220 0.028 0.062 0.125 0.114 0.058 0.032 41 R 0.145 0.138 0.044 0.017 0.229 0.024 0.039 0.088 0.062 0.142 0.073 42 L 0.235 0.157 0.025 0.019 0.381 0.016 0.020 0.032 0.019 0.023 0.074 43 N 0.036 0.020 0.008 0.051 0.040 0.148 0.231 0.193 0.089 0.137 0.047 44 Y 0.118 0.258 0.061 0.007 0.426 0.003 0.005 0.032 0.020 0.046 0.025 45 I 0.422 0.040 0.003 0.002 0.457 0.003 0.004 0.012 0.007 0.006 0.046 46 H 0.149 0.133 0.033 0.016 0.513 0.013 0.022 0.049 0.017 0.014 0.042 47 W 0.290 0.127 0.025 0.005 0.336 0.004 0.011 0.058 0.018 0.041 0.085 48 V 0.143 0.189 0.049 0.025 0.200 0.025 0.043 0.098 0.059 0.103 0.066 49 E 0.082 0.224 0.100 0.035 0.172 0.042 0.060 0.135 0.061 0.047 0.041