# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.528 0.244 0.119 0.067 0.030 0.010 0.001 2 S 0.498 0.282 0.134 0.058 0.022 0.006 0.001 3 L 0.226 0.188 0.198 0.220 0.131 0.036 0.002 4 N 0.304 0.348 0.203 0.100 0.035 0.010 0.001 5 F 0.188 0.152 0.200 0.238 0.168 0.050 0.004 6 K 0.475 0.308 0.143 0.055 0.015 0.003 0.001 7 D 0.589 0.242 0.107 0.048 0.012 0.002 0.001 8 P 0.542 0.255 0.133 0.053 0.015 0.002 0.001 9 E 0.560 0.318 0.093 0.024 0.005 0.001 0.001 10 A 0.094 0.121 0.189 0.285 0.221 0.085 0.005 11 V 0.051 0.090 0.134 0.264 0.309 0.142 0.010 12 R 0.096 0.290 0.304 0.216 0.073 0.020 0.001 13 A 0.058 0.105 0.222 0.318 0.212 0.078 0.006 14 L 0.015 0.019 0.035 0.075 0.219 0.499 0.139 15 T 0.022 0.058 0.118 0.235 0.279 0.242 0.046 16 C 0.026 0.105 0.189 0.250 0.240 0.153 0.038 17 T 0.016 0.056 0.121 0.239 0.304 0.231 0.032 18 L 0.005 0.012 0.025 0.104 0.316 0.478 0.059 19 L 0.019 0.067 0.136 0.272 0.333 0.162 0.011 20 R 0.168 0.371 0.289 0.132 0.035 0.004 0.001 21 E 0.339 0.398 0.179 0.067 0.014 0.002 0.001 22 D 0.272 0.385 0.214 0.096 0.027 0.005 0.001 23 F 0.036 0.080 0.178 0.330 0.297 0.077 0.002 24 G 0.197 0.397 0.275 0.102 0.024 0.004 0.001 25 L 0.029 0.057 0.132 0.299 0.336 0.139 0.007 26 S 0.091 0.296 0.310 0.188 0.082 0.029 0.003 27 I 0.019 0.044 0.102 0.247 0.370 0.202 0.015 28 D 0.152 0.349 0.289 0.148 0.048 0.012 0.001 29 I 0.040 0.098 0.169 0.317 0.283 0.089 0.004 30 P 0.227 0.330 0.257 0.139 0.041 0.007 0.001 31 L 0.361 0.366 0.186 0.070 0.015 0.001 0.001 32 E 0.603 0.280 0.090 0.023 0.004 0.001 0.001 33 R 0.147 0.362 0.299 0.142 0.041 0.008 0.001 34 L 0.041 0.059 0.112 0.268 0.347 0.164 0.009 35 I 0.089 0.236 0.288 0.248 0.110 0.028 0.002 36 P 0.142 0.188 0.176 0.192 0.168 0.117 0.017 37 T 0.156 0.243 0.259 0.205 0.089 0.040 0.007 38 V 0.154 0.113 0.147 0.228 0.237 0.110 0.012 39 P 0.343 0.303 0.195 0.100 0.041 0.016 0.003 40 L 0.300 0.247 0.179 0.144 0.082 0.042 0.007 41 R 0.156 0.185 0.228 0.195 0.151 0.073 0.013 42 L 0.097 0.100 0.143 0.258 0.248 0.137 0.016 43 N 0.180 0.279 0.225 0.175 0.096 0.041 0.004 44 Y 0.135 0.089 0.151 0.251 0.244 0.120 0.010 45 I 0.272 0.114 0.078 0.104 0.153 0.237 0.041 46 H 0.264 0.261 0.154 0.153 0.107 0.056 0.006 47 W 0.231 0.215 0.232 0.201 0.091 0.027 0.003 48 V 0.218 0.148 0.158 0.210 0.183 0.076 0.007 49 E 0.595 0.241 0.097 0.049 0.014 0.004 0.001