# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.068 0.004 0.002 0.023 0.076 0.827 2 S 0.335 0.033 0.009 0.053 0.091 0.479 3 L 0.554 0.034 0.029 0.061 0.096 0.225 4 N 0.625 0.025 0.042 0.048 0.124 0.136 5 F 0.444 0.015 0.088 0.063 0.260 0.131 6 K 0.193 0.022 0.073 0.065 0.435 0.212 7 D 0.041 0.014 0.038 0.049 0.775 0.083 8 P 0.007 0.001 0.133 0.135 0.688 0.036 9 E 0.008 0.004 0.081 0.183 0.664 0.060 10 A 0.027 0.015 0.059 0.287 0.497 0.115 11 V 0.094 0.018 0.010 0.316 0.166 0.396 12 R 0.067 0.010 0.016 0.732 0.062 0.113 13 A 0.061 0.004 0.018 0.843 0.038 0.036 14 L 0.039 0.001 0.018 0.850 0.041 0.050 15 T 0.032 0.002 0.018 0.860 0.033 0.056 16 C 0.021 0.001 0.012 0.897 0.033 0.035 17 T 0.032 0.002 0.011 0.830 0.067 0.057 18 L 0.015 0.001 0.006 0.853 0.055 0.070 19 L 0.016 0.005 0.011 0.893 0.040 0.034 20 R 0.010 0.002 0.023 0.904 0.045 0.017 21 E 0.006 0.001 0.031 0.905 0.038 0.019 22 D 0.010 0.001 0.037 0.861 0.057 0.034 23 F 0.008 0.003 0.034 0.785 0.074 0.098 24 G 0.008 0.001 0.003 0.038 0.131 0.818 25 L 0.036 0.004 0.004 0.011 0.154 0.791 26 S 0.198 0.016 0.007 0.009 0.103 0.666 27 I 0.610 0.028 0.014 0.015 0.077 0.256 28 D 0.722 0.026 0.011 0.009 0.064 0.167 29 I 0.646 0.032 0.007 0.006 0.082 0.227 30 P 0.266 0.017 0.005 0.004 0.529 0.178 31 L 0.030 0.004 0.084 0.009 0.820 0.053 32 E 0.029 0.003 0.079 0.006 0.852 0.032 33 R 0.138 0.008 0.085 0.011 0.724 0.034 34 L 0.410 0.080 0.017 0.015 0.216 0.261 35 I 0.500 0.053 0.007 0.014 0.147 0.279 36 P 0.388 0.022 0.005 0.014 0.114 0.457 37 T 0.147 0.022 0.003 0.022 0.108 0.699 38 V 0.045 0.008 0.007 0.078 0.205 0.656 39 P 0.024 0.004 0.023 0.229 0.286 0.434 40 L 0.023 0.008 0.036 0.472 0.237 0.225 41 R 0.013 0.004 0.025 0.792 0.093 0.072 42 L 0.010 0.003 0.018 0.878 0.043 0.048 43 N 0.012 0.005 0.019 0.895 0.027 0.043 44 Y 0.008 0.002 0.010 0.964 0.008 0.010 45 I 0.011 0.001 0.010 0.966 0.007 0.006 46 H 0.014 0.001 0.010 0.960 0.008 0.007 47 W 0.018 0.001 0.006 0.957 0.008 0.010 48 V 0.012 0.001 0.005 0.956 0.011 0.015 49 E 0.004 0.001 0.008 0.953 0.015 0.020 50 D 0.002 0.001 0.012 0.956 0.016 0.014 51 L 0.002 0.001 0.017 0.926 0.033 0.020 52 I 0.002 0.001 0.024 0.855 0.069 0.049 53 G 0.002 0.001 0.034 0.751 0.110 0.102 54 H 0.005 0.001 0.034 0.487 0.222 0.252 55 Q 0.015 0.009 0.037 0.296 0.298 0.345 56 D 0.044 0.022 0.049 0.181 0.365 0.340 57 S 0.046 0.013 0.070 0.175 0.360 0.336 58 D 0.038 0.012 0.089 0.120 0.394 0.347 59 K 0.024 0.010 0.106 0.114 0.444 0.301 60 S 0.029 0.014 0.062 0.044 0.564 0.286 61 T 0.049 0.012 0.054 0.030 0.532 0.324 62 L 0.120 0.007 0.027 0.019 0.410 0.417 63 R 0.413 0.012 0.015 0.014 0.217 0.330 64 R 0.821 0.014 0.006 0.009 0.052 0.098 65 G 0.882 0.006 0.007 0.009 0.030 0.065 66 I 0.858 0.006 0.010 0.011 0.041 0.074 67 D 0.810 0.010 0.012 0.006 0.061 0.101 68 I 0.370 0.011 0.018 0.008 0.258 0.334 69 G 0.077 0.018 0.021 0.007 0.600 0.277 70 T 0.004 0.004 0.031 0.013 0.741 0.207 71 G 0.002 0.005 0.122 0.085 0.532 0.255 72 A 0.003 0.006 0.116 0.409 0.366 0.101 73 S 0.002 0.003 0.096 0.364 0.212 0.323 74 C 0.001 0.001 0.109 0.849 0.024 0.016 75 I 0.001 0.001 0.100 0.881 0.013 0.004 76 Y 0.001 0.001 0.098 0.891 0.008 0.002 77 P 0.001 0.001 0.021 0.963 0.013 0.002 78 L 0.001 0.001 0.014 0.968 0.014 0.003 79 L 0.001 0.002 0.014 0.971 0.012 0.002 80 G 0.001 0.001 0.036 0.921 0.036 0.007 81 A 0.002 0.010 0.078 0.818 0.073 0.021 82 T 0.005 0.022 0.049 0.554 0.219 0.151 83 L 0.005 0.015 0.012 0.099 0.806 0.062 84 N 0.003 0.003 0.008 0.015 0.896 0.075 85 G 0.007 0.001 0.006 0.002 0.924 0.060 86 W 0.265 0.005 0.002 0.002 0.634 0.091 87 Y 0.856 0.008 0.001 0.001 0.030 0.105 88 F 0.983 0.005 0.001 0.001 0.002 0.010 89 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 90 A 0.976 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 91 T 0.919 0.002 0.001 0.001 0.015 0.062 92 E 0.591 0.008 0.002 0.002 0.081 0.315 93 V 0.058 0.014 0.003 0.004 0.133 0.788 94 D 0.007 0.005 0.001 0.009 0.101 0.876 95 D 0.001 0.001 0.019 0.951 0.020 0.009 96 M 0.001 0.001 0.008 0.972 0.016 0.004 97 C 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 98 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 100 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 106 E 0.001 0.001 0.006 0.978 0.010 0.005 107 Q 0.001 0.001 0.011 0.961 0.014 0.013 108 N 0.006 0.003 0.009 0.770 0.052 0.160 109 N 0.008 0.005 0.011 0.098 0.262 0.616 110 L 0.004 0.002 0.171 0.218 0.486 0.119 111 S 0.014 0.004 0.260 0.195 0.472 0.056 112 D 0.053 0.004 0.244 0.237 0.402 0.059 113 L 0.298 0.008 0.044 0.169 0.215 0.266 114 I 0.742 0.012 0.012 0.076 0.061 0.096 115 K 0.821 0.006 0.010 0.081 0.035 0.047 116 V 0.795 0.009 0.012 0.073 0.041 0.069 117 V 0.619 0.010 0.014 0.104 0.084 0.168 118 K 0.389 0.009 0.027 0.107 0.187 0.282 119 V 0.101 0.008 0.028 0.097 0.319 0.447 120 P 0.070 0.016 0.042 0.087 0.450 0.334 121 Q 0.038 0.010 0.125 0.189 0.495 0.142 122 A 0.025 0.009 0.138 0.230 0.437 0.162 123 T 0.025 0.006 0.148 0.335 0.340 0.145 124 L 0.020 0.006 0.088 0.433 0.267 0.187 125 L 0.031 0.016 0.098 0.477 0.217 0.162 126 M 0.052 0.011 0.110 0.501 0.203 0.123 127 D 0.065 0.007 0.121 0.487 0.210 0.111 128 A 0.047 0.005 0.116 0.480 0.228 0.124 129 L 0.052 0.005 0.069 0.387 0.270 0.218 130 K 0.089 0.013 0.073 0.289 0.295 0.241 131 E 0.098 0.022 0.072 0.249 0.294 0.265 132 E 0.087 0.014 0.088 0.164 0.372 0.275 133 S 0.059 0.011 0.081 0.098 0.423 0.327 134 E 0.055 0.009 0.086 0.045 0.466 0.340 135 I 0.106 0.012 0.049 0.025 0.376 0.431 136 I 0.263 0.012 0.025 0.007 0.226 0.467 137 Y 0.531 0.021 0.005 0.002 0.150 0.290 138 D 0.603 0.002 0.003 0.001 0.093 0.298 139 F 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 140 C 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 141 M 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 142 C 0.912 0.004 0.001 0.001 0.013 0.071 143 N 0.176 0.011 0.001 0.001 0.136 0.677 144 P 0.019 0.006 0.013 0.002 0.527 0.432 145 P 0.012 0.006 0.054 0.007 0.505 0.417 146 F 0.026 0.051 0.176 0.025 0.512 0.210 147 F 0.028 0.035 0.083 0.041 0.456 0.357 148 A 0.033 0.016 0.075 0.084 0.378 0.414 149 N 0.013 0.009 0.075 0.211 0.394 0.299 150 Q 0.005 0.004 0.152 0.457 0.264 0.118 151 L 0.007 0.004 0.176 0.508 0.228 0.076 152 E 0.009 0.003 0.151 0.543 0.221 0.071 153 A 0.012 0.006 0.087 0.603 0.195 0.096 154 K 0.017 0.007 0.050 0.578 0.199 0.149 155 G 0.016 0.007 0.040 0.486 0.216 0.235 156 V 0.025 0.009 0.044 0.384 0.264 0.273 157 N 0.037 0.011 0.068 0.437 0.246 0.202 158 S 0.071 0.012 0.072 0.449 0.214 0.182 159 R 0.084 0.012 0.075 0.483 0.175 0.170 160 N 0.091 0.016 0.054 0.428 0.173 0.239 161 P 0.060 0.011 0.085 0.444 0.196 0.204 162 R 0.048 0.010 0.085 0.372 0.246 0.240 163 R 0.038 0.009 0.074 0.264 0.305 0.310 164 P 0.026 0.014 0.068 0.267 0.308 0.317 165 P 0.021 0.010 0.095 0.278 0.333 0.263 166 P 0.018 0.008 0.132 0.346 0.337 0.160 167 S 0.024 0.014 0.139 0.358 0.316 0.149 168 S 0.025 0.011 0.105 0.361 0.337 0.161 169 V 0.032 0.012 0.079 0.328 0.389 0.160 170 N 0.024 0.008 0.049 0.298 0.416 0.205 171 T 0.027 0.012 0.030 0.317 0.367 0.248 172 G 0.055 0.012 0.026 0.281 0.295 0.332 173 G 0.093 0.015 0.037 0.346 0.194 0.315 174 I 0.096 0.016 0.101 0.528 0.128 0.131 175 T 0.129 0.009 0.167 0.511 0.102 0.082 176 E 0.162 0.007 0.195 0.495 0.085 0.055 177 I 0.168 0.007 0.149 0.498 0.098 0.080 178 M 0.185 0.018 0.071 0.461 0.145 0.121 179 A 0.135 0.012 0.036 0.315 0.240 0.261 180 E 0.036 0.005 0.017 0.244 0.433 0.266 181 G 0.008 0.002 0.030 0.381 0.429 0.150 182 G 0.009 0.006 0.027 0.462 0.371 0.125 183 E 0.006 0.005 0.032 0.818 0.102 0.036 184 L 0.010 0.002 0.019 0.897 0.041 0.031 185 E 0.015 0.003 0.028 0.914 0.022 0.017 186 F 0.015 0.002 0.032 0.920 0.015 0.015 187 V 0.011 0.001 0.011 0.954 0.009 0.015 188 K 0.009 0.001 0.005 0.965 0.008 0.012 189 R 0.003 0.001 0.004 0.970 0.008 0.015 190 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.004 0.012 191 I 0.001 0.001 0.004 0.969 0.008 0.018 192 H 0.001 0.001 0.004 0.974 0.009 0.012 193 D 0.001 0.001 0.006 0.979 0.009 0.006 194 S 0.001 0.001 0.011 0.966 0.015 0.008 195 L 0.001 0.001 0.054 0.912 0.026 0.007 196 Q 0.001 0.001 0.071 0.860 0.054 0.014 197 L 0.003 0.001 0.089 0.762 0.103 0.041 198 G 0.022 0.020 0.055 0.578 0.179 0.146 199 K 0.051 0.022 0.037 0.243 0.503 0.143 200 R 0.037 0.005 0.040 0.127 0.571 0.220 201 L 0.073 0.002 0.010 0.012 0.577 0.327 202 R 0.544 0.007 0.003 0.004 0.223 0.218 203 W 0.877 0.007 0.001 0.001 0.020 0.095 204 Y 0.978 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 205 S 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 206 C 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 207 M 0.919 0.004 0.001 0.001 0.022 0.053 208 L 0.464 0.017 0.003 0.002 0.140 0.373 209 G 0.123 0.009 0.006 0.004 0.450 0.408 210 K 0.007 0.002 0.264 0.065 0.592 0.070 211 A 0.005 0.002 0.392 0.130 0.431 0.040 212 C 0.004 0.003 0.294 0.191 0.460 0.048 213 S 0.006 0.003 0.045 0.413 0.244 0.289 214 L 0.011 0.003 0.016 0.718 0.140 0.112 215 A 0.013 0.004 0.024 0.777 0.098 0.085 216 P 0.026 0.003 0.026 0.795 0.073 0.077 217 L 0.018 0.003 0.024 0.841 0.063 0.052 218 K 0.008 0.001 0.021 0.891 0.043 0.036 219 E 0.006 0.001 0.024 0.933 0.022 0.014 220 E 0.004 0.001 0.030 0.918 0.032 0.016 221 L 0.002 0.001 0.041 0.903 0.037 0.016 222 R 0.004 0.001 0.030 0.812 0.097 0.057 223 I 0.008 0.001 0.023 0.483 0.237 0.248 224 Q 0.017 0.004 0.009 0.061 0.270 0.638 225 G 0.071 0.011 0.010 0.017 0.275 0.616 226 V 0.291 0.012 0.014 0.015 0.269 0.398 227 P 0.422 0.006 0.020 0.017 0.203 0.331 228 K 0.804 0.005 0.009 0.007 0.062 0.114 229 V 0.927 0.002 0.002 0.004 0.020 0.045 230 T 0.953 0.001 0.001 0.004 0.012 0.029 231 Y 0.957 0.002 0.001 0.005 0.008 0.028 232 T 0.921 0.003 0.002 0.010 0.019 0.045 233 E 0.822 0.010 0.004 0.014 0.055 0.094 234 F 0.394 0.007 0.025 0.029 0.345 0.199 235 C 0.105 0.009 0.041 0.043 0.666 0.137 236 Q 0.050 0.007 0.038 0.025 0.759 0.121 237 G 0.064 0.007 0.016 0.014 0.742 0.157 238 R 0.287 0.009 0.007 0.009 0.378 0.310 239 T 0.729 0.015 0.002 0.006 0.085 0.162 240 M 0.885 0.010 0.004 0.006 0.036 0.059 241 R 0.921 0.004 0.004 0.005 0.023 0.043 242 W 0.974 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 243 A 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 244 L 0.983 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 245 A 0.972 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 246 W 0.915 0.001 0.005 0.008 0.022 0.047 247 S 0.751 0.008 0.021 0.016 0.083 0.121 248 F 0.455 0.014 0.019 0.018 0.124 0.369 249 Y 0.125 0.021 0.006 0.014 0.100 0.735 250 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980