# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.340 0.224 0.176 0.147 0.080 0.030 0.003 2 S 0.227 0.261 0.197 0.156 0.103 0.050 0.006 3 L 0.086 0.069 0.094 0.210 0.298 0.215 0.029 4 N 0.144 0.210 0.212 0.219 0.146 0.060 0.009 5 F 0.263 0.215 0.179 0.163 0.113 0.056 0.011 6 K 0.335 0.285 0.174 0.127 0.056 0.020 0.003 7 D 0.225 0.191 0.207 0.204 0.128 0.042 0.003 8 P 0.418 0.261 0.149 0.104 0.049 0.017 0.002 9 E 0.574 0.260 0.097 0.046 0.016 0.006 0.001 10 A 0.329 0.241 0.185 0.135 0.076 0.029 0.005 11 V 0.208 0.222 0.193 0.190 0.128 0.052 0.007 12 R 0.235 0.218 0.184 0.176 0.117 0.058 0.011 13 A 0.164 0.108 0.132 0.196 0.214 0.153 0.032 14 L 0.093 0.092 0.098 0.170 0.219 0.251 0.077 15 T 0.081 0.098 0.123 0.181 0.231 0.214 0.072 16 C 0.108 0.124 0.147 0.187 0.191 0.182 0.061 17 T 0.092 0.073 0.083 0.156 0.214 0.281 0.102 18 L 0.100 0.096 0.100 0.143 0.206 0.262 0.093 19 L 0.116 0.144 0.158 0.208 0.204 0.143 0.027 20 R 0.162 0.201 0.182 0.189 0.156 0.094 0.016 21 E 0.111 0.157 0.188 0.230 0.179 0.114 0.020 22 D 0.097 0.114 0.138 0.215 0.242 0.170 0.024 23 F 0.115 0.178 0.219 0.245 0.170 0.065 0.007 24 G 0.331 0.298 0.188 0.114 0.052 0.016 0.002 25 L 0.043 0.112 0.181 0.287 0.263 0.108 0.008 26 S 0.110 0.288 0.305 0.198 0.077 0.021 0.001 27 I 0.016 0.031 0.074 0.234 0.380 0.247 0.017 28 D 0.114 0.336 0.314 0.176 0.051 0.009 0.001 29 I 0.028 0.054 0.138 0.338 0.350 0.088 0.004 30 P 0.425 0.396 0.132 0.040 0.006 0.001 0.001 31 L 0.518 0.347 0.099 0.029 0.006 0.001 0.001 32 E 0.260 0.359 0.217 0.115 0.040 0.009 0.001 33 R 0.031 0.110 0.202 0.305 0.249 0.098 0.005 34 L 0.007 0.010 0.031 0.100 0.254 0.474 0.124 35 I 0.012 0.026 0.058 0.142 0.275 0.377 0.110 36 P 0.018 0.033 0.070 0.149 0.246 0.327 0.157 37 T 0.034 0.092 0.138 0.207 0.245 0.206 0.077 38 V 0.090 0.153 0.178 0.230 0.179 0.121 0.049 39 P 0.169 0.201 0.176 0.168 0.139 0.106 0.042 40 L 0.097 0.093 0.113 0.185 0.232 0.223 0.058 41 R 0.131 0.196 0.213 0.200 0.150 0.090 0.019 42 L 0.152 0.220 0.200 0.195 0.138 0.077 0.019 43 N 0.031 0.058 0.096 0.179 0.271 0.279 0.087 44 Y 0.009 0.017 0.026 0.075 0.192 0.469 0.212 45 I 0.016 0.071 0.172 0.281 0.253 0.171 0.037 46 H 0.032 0.105 0.193 0.272 0.233 0.145 0.020 47 W 0.009 0.016 0.025 0.084 0.240 0.469 0.156 48 V 0.005 0.006 0.013 0.059 0.211 0.533 0.173 49 E 0.017 0.133 0.271 0.312 0.183 0.077 0.007 50 D 0.020 0.098 0.195 0.307 0.262 0.109 0.010 51 L 0.005 0.014 0.032 0.113 0.312 0.462 0.062 52 I 0.022 0.068 0.130 0.278 0.313 0.175 0.013 53 G 0.180 0.410 0.219 0.118 0.052 0.018 0.003 54 H 0.211 0.274 0.236 0.176 0.077 0.023 0.003 55 Q 0.186 0.185 0.214 0.225 0.139 0.048 0.004 56 D 0.341 0.265 0.169 0.124 0.072 0.026 0.003 57 S 0.370 0.286 0.169 0.113 0.046 0.014 0.002 58 D 0.315 0.286 0.189 0.136 0.055 0.016 0.002 59 K 0.313 0.232 0.172 0.156 0.097 0.027 0.002 60 S 0.336 0.262 0.175 0.144 0.069 0.014 0.001 61 T 0.298 0.344 0.208 0.114 0.032 0.005 0.001 62 L 0.110 0.348 0.285 0.187 0.062 0.008 0.001 63 R 0.003 0.033 0.118 0.320 0.385 0.138 0.004 64 R 0.001 0.003 0.024 0.141 0.393 0.404 0.035 65 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.489 0.442 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.167 0.823 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 0.923 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.937 69 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.128 0.860 70 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.179 0.789 71 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.037 0.202 0.749 72 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.233 0.718 73 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.232 0.727 74 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.148 0.828 75 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.109 0.872 76 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 0.159 0.807 77 P 0.001 0.003 0.005 0.019 0.055 0.281 0.636 78 L 0.001 0.003 0.006 0.026 0.093 0.408 0.462 79 L 0.001 0.005 0.012 0.047 0.181 0.481 0.273 80 G 0.002 0.016 0.053 0.164 0.352 0.336 0.077 81 A 0.008 0.070 0.149 0.262 0.310 0.179 0.022 82 T 0.027 0.142 0.253 0.331 0.187 0.056 0.004 83 L 0.048 0.168 0.231 0.295 0.203 0.052 0.002 84 N 0.205 0.412 0.239 0.110 0.028 0.005 0.001 85 G 0.180 0.410 0.268 0.109 0.028 0.004 0.001 86 W 0.007 0.037 0.114 0.295 0.389 0.151 0.007 87 Y 0.006 0.067 0.196 0.342 0.279 0.103 0.007 88 F 0.001 0.001 0.004 0.022 0.133 0.543 0.296 89 L 0.002 0.009 0.029 0.095 0.233 0.434 0.197 90 A 0.001 0.003 0.011 0.036 0.097 0.424 0.428 91 T 0.001 0.006 0.015 0.050 0.150 0.480 0.297 92 E 0.006 0.032 0.070 0.147 0.262 0.367 0.116 93 V 0.005 0.031 0.068 0.193 0.349 0.285 0.069 94 D 0.012 0.106 0.237 0.287 0.232 0.110 0.015 95 D 0.092 0.327 0.277 0.191 0.084 0.025 0.003 96 M 0.020 0.169 0.332 0.290 0.139 0.040 0.008 97 C 0.001 0.003 0.012 0.062 0.322 0.532 0.069 98 F 0.001 0.014 0.067 0.219 0.409 0.266 0.025 99 N 0.014 0.208 0.364 0.286 0.096 0.031 0.002 100 Y 0.001 0.008 0.042 0.182 0.404 0.330 0.033 101 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.098 0.637 0.253 102 K 0.003 0.036 0.166 0.409 0.281 0.097 0.007 103 K 0.016 0.163 0.336 0.317 0.140 0.027 0.001 104 N 0.002 0.011 0.031 0.131 0.369 0.416 0.040 105 V 0.004 0.017 0.071 0.249 0.415 0.230 0.014 106 E 0.159 0.459 0.245 0.106 0.025 0.005 0.001 107 Q 0.134 0.378 0.264 0.165 0.049 0.008 0.001 108 N 0.051 0.151 0.263 0.302 0.183 0.047 0.003 109 N 0.241 0.407 0.223 0.093 0.031 0.006 0.001 110 L 0.086 0.124 0.183 0.325 0.227 0.051 0.003 111 S 0.298 0.354 0.206 0.103 0.032 0.006 0.001 112 D 0.284 0.332 0.198 0.113 0.054 0.016 0.002 113 L 0.071 0.169 0.226 0.267 0.179 0.078 0.010 114 I 0.025 0.049 0.108 0.251 0.344 0.202 0.020 115 K 0.086 0.225 0.261 0.226 0.132 0.060 0.009 116 V 0.029 0.060 0.105 0.199 0.279 0.279 0.049 117 V 0.024 0.047 0.097 0.220 0.320 0.253 0.039 118 K 0.084 0.171 0.217 0.230 0.181 0.101 0.016 119 V 0.157 0.197 0.194 0.206 0.150 0.082 0.015 120 P 0.186 0.233 0.214 0.175 0.111 0.067 0.013 121 Q 0.076 0.108 0.145 0.216 0.249 0.178 0.028 122 A 0.152 0.193 0.196 0.208 0.157 0.082 0.011 123 T 0.298 0.247 0.168 0.132 0.089 0.057 0.009 124 L 0.256 0.203 0.165 0.165 0.126 0.074 0.011 125 L 0.277 0.188 0.150 0.164 0.135 0.076 0.010 126 M 0.295 0.179 0.154 0.163 0.127 0.072 0.011 127 D 0.381 0.243 0.150 0.115 0.071 0.035 0.005 128 A 0.443 0.247 0.135 0.097 0.052 0.023 0.003 129 L 0.393 0.215 0.154 0.130 0.073 0.031 0.005 130 K 0.379 0.234 0.155 0.126 0.071 0.030 0.005 131 E 0.405 0.266 0.157 0.107 0.048 0.015 0.002 132 E 0.422 0.268 0.151 0.103 0.044 0.010 0.001 133 S 0.409 0.267 0.162 0.116 0.039 0.007 0.001 134 E 0.402 0.320 0.155 0.086 0.033 0.005 0.001 135 I 0.146 0.359 0.256 0.178 0.054 0.006 0.001 136 I 0.012 0.180 0.375 0.328 0.095 0.010 0.001 137 Y 0.001 0.001 0.008 0.062 0.352 0.540 0.037 138 D 0.001 0.004 0.028 0.153 0.398 0.377 0.040 139 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.408 0.554 140 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.152 0.840 141 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.119 0.873 142 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.278 0.686 143 N 0.001 0.002 0.011 0.042 0.166 0.461 0.318 144 P 0.001 0.010 0.038 0.118 0.264 0.395 0.173 145 P 0.017 0.065 0.138 0.226 0.295 0.216 0.043 146 F 0.029 0.095 0.199 0.299 0.254 0.112 0.012 147 F 0.044 0.122 0.208 0.291 0.241 0.088 0.006 148 A 0.236 0.267 0.230 0.159 0.080 0.027 0.002 149 N 0.437 0.254 0.149 0.098 0.045 0.016 0.001 150 Q 0.522 0.233 0.130 0.071 0.031 0.012 0.001 151 L 0.551 0.223 0.117 0.066 0.030 0.011 0.001 152 E 0.571 0.226 0.107 0.058 0.027 0.010 0.001 153 A 0.502 0.226 0.140 0.089 0.034 0.009 0.001 154 K 0.567 0.234 0.108 0.063 0.022 0.005 0.001 155 G 0.392 0.286 0.170 0.102 0.040 0.009 0.001 156 V 0.461 0.275 0.148 0.082 0.028 0.006 0.001 157 N 0.461 0.244 0.146 0.096 0.041 0.012 0.001 158 S 0.398 0.239 0.163 0.120 0.058 0.020 0.002 159 R 0.336 0.232 0.167 0.140 0.088 0.033 0.004 160 N 0.296 0.242 0.192 0.154 0.082 0.030 0.004 161 P 0.209 0.173 0.173 0.207 0.159 0.071 0.008 162 R 0.396 0.270 0.153 0.104 0.053 0.021 0.003 163 R 0.289 0.245 0.195 0.152 0.082 0.032 0.005 164 P 0.276 0.179 0.158 0.172 0.138 0.067 0.010 165 P 0.404 0.245 0.145 0.105 0.063 0.032 0.007 166 P 0.408 0.237 0.162 0.106 0.055 0.026 0.006 167 S 0.296 0.212 0.165 0.152 0.107 0.056 0.011 168 S 0.161 0.140 0.142 0.183 0.191 0.141 0.042 169 V 0.169 0.190 0.196 0.193 0.145 0.084 0.022 170 N 0.186 0.228 0.179 0.186 0.132 0.070 0.017 171 T 0.145 0.161 0.161 0.193 0.179 0.120 0.042 172 G 0.202 0.187 0.168 0.175 0.147 0.089 0.031 173 G 0.186 0.232 0.204 0.186 0.114 0.061 0.017 174 I 0.065 0.104 0.147 0.211 0.245 0.179 0.049 175 T 0.053 0.087 0.095 0.145 0.219 0.289 0.111 176 E 0.040 0.092 0.147 0.241 0.228 0.198 0.053 177 I 0.020 0.034 0.068 0.159 0.284 0.369 0.067 178 M 0.030 0.054 0.080 0.149 0.259 0.346 0.082 179 A 0.038 0.058 0.109 0.238 0.310 0.211 0.036 180 E 0.107 0.273 0.289 0.213 0.088 0.026 0.003 181 G 0.231 0.296 0.210 0.162 0.077 0.021 0.003 182 G 0.248 0.340 0.212 0.116 0.054 0.023 0.007 183 E 0.032 0.090 0.161 0.256 0.263 0.173 0.026 184 L 0.006 0.043 0.123 0.270 0.375 0.169 0.014 185 E 0.028 0.141 0.252 0.310 0.195 0.070 0.005 186 F 0.005 0.020 0.055 0.175 0.352 0.351 0.042 187 V 0.001 0.003 0.005 0.024 0.153 0.609 0.205 188 K 0.003 0.033 0.152 0.366 0.314 0.123 0.009 189 R 0.005 0.065 0.231 0.363 0.237 0.091 0.007 190 I 0.001 0.002 0.004 0.023 0.158 0.637 0.176 191 I 0.001 0.002 0.014 0.094 0.345 0.492 0.052 192 H 0.012 0.225 0.401 0.266 0.077 0.018 0.001 193 D 0.009 0.051 0.157 0.370 0.327 0.082 0.005 194 S 0.001 0.005 0.010 0.048 0.259 0.582 0.095 195 L 0.020 0.113 0.233 0.361 0.214 0.055 0.003 196 Q 0.105 0.445 0.267 0.133 0.040 0.010 0.001 197 L 0.019 0.090 0.185 0.320 0.268 0.109 0.008 198 G 0.020 0.056 0.127 0.311 0.372 0.110 0.004 199 K 0.234 0.367 0.238 0.121 0.034 0.006 0.001 200 R 0.401 0.400 0.136 0.053 0.010 0.001 0.001 201 L 0.088 0.361 0.349 0.159 0.037 0.005 0.001 202 R 0.005 0.044 0.125 0.316 0.385 0.121 0.004 203 W 0.001 0.015 0.066 0.233 0.381 0.278 0.027 204 Y 0.001 0.001 0.002 0.014 0.094 0.555 0.333 205 S 0.001 0.002 0.009 0.035 0.119 0.458 0.377 206 C 0.001 0.002 0.006 0.021 0.075 0.391 0.504 207 M 0.002 0.008 0.030 0.086 0.209 0.418 0.247 208 L 0.004 0.016 0.038 0.113 0.307 0.419 0.103 209 G 0.024 0.105 0.191 0.265 0.247 0.143 0.024 210 K 0.103 0.195 0.222 0.249 0.151 0.069 0.010 211 A 0.289 0.279 0.173 0.118 0.083 0.050 0.008 212 C 0.178 0.248 0.228 0.196 0.104 0.040 0.007 213 S 0.218 0.242 0.198 0.157 0.113 0.063 0.009 214 L 0.217 0.290 0.242 0.156 0.069 0.023 0.003 215 A 0.284 0.384 0.206 0.085 0.030 0.010 0.001 216 P 0.031 0.076 0.127 0.241 0.326 0.179 0.019 217 L 0.037 0.087 0.175 0.307 0.280 0.108 0.006 218 K 0.219 0.450 0.218 0.084 0.023 0.005 0.001 219 E 0.095 0.257 0.325 0.233 0.076 0.013 0.001 220 E 0.040 0.060 0.108 0.273 0.365 0.149 0.005 221 L 0.213 0.261 0.250 0.185 0.072 0.018 0.001 222 R 0.563 0.319 0.085 0.026 0.006 0.001 0.001 223 I 0.291 0.311 0.223 0.124 0.042 0.009 0.001 224 Q 0.356 0.267 0.189 0.122 0.052 0.014 0.001 225 G 0.347 0.218 0.164 0.151 0.091 0.028 0.002 226 V 0.391 0.254 0.164 0.120 0.055 0.014 0.001 227 P 0.419 0.256 0.156 0.108 0.048 0.012 0.001 228 K 0.405 0.283 0.163 0.097 0.040 0.011 0.001 229 V 0.272 0.206 0.197 0.194 0.102 0.027 0.002 230 T 0.250 0.242 0.212 0.177 0.093 0.024 0.001 231 Y 0.222 0.199 0.193 0.196 0.142 0.044 0.003 232 T 0.265 0.229 0.185 0.175 0.107 0.036 0.003 233 E 0.335 0.292 0.185 0.122 0.049 0.015 0.001 234 F 0.147 0.157 0.209 0.253 0.176 0.054 0.004 235 C 0.413 0.228 0.154 0.121 0.061 0.020 0.002 236 Q 0.618 0.206 0.090 0.054 0.024 0.008 0.001 237 G 0.595 0.213 0.098 0.058 0.026 0.008 0.001 238 R 0.414 0.280 0.151 0.097 0.043 0.012 0.002 239 T 0.279 0.307 0.202 0.134 0.058 0.017 0.002 240 M 0.127 0.194 0.214 0.242 0.157 0.060 0.006 241 R 0.087 0.137 0.165 0.243 0.240 0.115 0.013 242 W 0.046 0.074 0.105 0.206 0.278 0.242 0.048 243 A 0.053 0.041 0.056 0.108 0.180 0.373 0.189 244 L 0.052 0.037 0.052 0.099 0.166 0.324 0.270 245 A 0.081 0.064 0.084 0.129 0.187 0.275 0.181 246 W 0.102 0.055 0.064 0.113 0.192 0.318 0.155 247 S 0.125 0.149 0.150 0.187 0.178 0.169 0.042 248 F 0.145 0.163 0.166 0.208 0.180 0.116 0.022 249 Y 0.237 0.223 0.184 0.181 0.123 0.045 0.006 250 D 0.522 0.244 0.121 0.071 0.032 0.010 0.001