# TARGET T0293 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6869 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.144 0.006 0.004 0.016 0.068 0.763 2 S 0.338 0.018 0.004 0.015 0.080 0.545 3 L 0.316 0.027 0.006 0.011 0.088 0.553 4 N 0.230 0.025 0.007 0.007 0.303 0.428 5 F 0.085 0.009 0.060 0.033 0.474 0.339 6 K 0.074 0.014 0.037 0.046 0.427 0.402 7 D 0.023 0.006 0.014 0.016 0.657 0.285 8 P 0.003 0.001 0.310 0.234 0.375 0.077 9 E 0.011 0.003 0.320 0.305 0.309 0.052 10 A 0.020 0.004 0.365 0.350 0.234 0.028 11 V 0.130 0.010 0.052 0.464 0.160 0.185 12 R 0.300 0.018 0.028 0.417 0.080 0.157 13 A 0.240 0.008 0.025 0.506 0.072 0.149 14 L 0.229 0.004 0.024 0.460 0.084 0.200 15 T 0.267 0.009 0.037 0.454 0.076 0.157 16 C 0.293 0.006 0.044 0.435 0.081 0.141 17 T 0.266 0.010 0.041 0.447 0.093 0.142 18 L 0.223 0.016 0.035 0.399 0.127 0.200 19 L 0.114 0.015 0.037 0.372 0.173 0.290 20 R 0.041 0.005 0.161 0.378 0.238 0.177 21 E 0.032 0.006 0.287 0.311 0.209 0.155 22 D 0.024 0.007 0.341 0.319 0.210 0.098 23 F 0.024 0.008 0.168 0.359 0.246 0.195 24 G 0.023 0.004 0.017 0.040 0.229 0.686 25 L 0.134 0.020 0.016 0.053 0.205 0.571 26 S 0.206 0.025 0.019 0.040 0.241 0.468 27 I 0.222 0.037 0.027 0.034 0.251 0.429 28 D 0.149 0.029 0.027 0.036 0.270 0.490 29 I 0.104 0.026 0.025 0.029 0.321 0.496 30 P 0.057 0.017 0.042 0.037 0.488 0.360 31 L 0.016 0.004 0.463 0.080 0.344 0.093 32 E 0.026 0.003 0.530 0.087 0.287 0.067 33 R 0.060 0.018 0.417 0.111 0.305 0.090 34 L 0.103 0.063 0.079 0.087 0.298 0.369 35 I 0.131 0.043 0.040 0.053 0.349 0.384 36 P 0.104 0.022 0.036 0.061 0.370 0.407 37 T 0.112 0.030 0.048 0.068 0.362 0.381 38 V 0.118 0.034 0.023 0.052 0.315 0.459 39 P 0.096 0.025 0.031 0.070 0.378 0.399 40 L 0.058 0.022 0.040 0.167 0.331 0.381 41 R 0.046 0.013 0.032 0.181 0.303 0.425 42 L 0.022 0.004 0.063 0.639 0.157 0.117 43 N 0.027 0.006 0.049 0.704 0.092 0.123 44 Y 0.020 0.004 0.035 0.857 0.040 0.044 45 I 0.019 0.002 0.013 0.910 0.021 0.036 46 H 0.013 0.002 0.012 0.914 0.025 0.034 47 W 0.008 0.001 0.012 0.943 0.019 0.018 48 V 0.001 0.001 0.009 0.975 0.008 0.006 49 E 0.001 0.001 0.013 0.975 0.008 0.003 50 D 0.001 0.001 0.013 0.972 0.010 0.004 51 L 0.001 0.001 0.013 0.961 0.014 0.010 52 I 0.001 0.002 0.018 0.937 0.024 0.018 53 G 0.002 0.001 0.044 0.846 0.064 0.042 54 H 0.003 0.002 0.069 0.672 0.129 0.126 55 Q 0.004 0.005 0.085 0.464 0.219 0.222 56 D 0.004 0.006 0.081 0.279 0.371 0.260 57 S 0.004 0.004 0.123 0.242 0.402 0.226 58 D 0.007 0.006 0.113 0.116 0.511 0.247 59 K 0.010 0.007 0.169 0.128 0.469 0.216 60 S 0.025 0.018 0.175 0.133 0.435 0.214 61 T 0.031 0.009 0.132 0.086 0.498 0.244 62 L 0.049 0.007 0.045 0.024 0.447 0.428 63 R 0.236 0.008 0.017 0.012 0.332 0.395 64 R 0.651 0.008 0.008 0.009 0.096 0.228 65 G 0.929 0.006 0.003 0.004 0.018 0.040 66 I 0.958 0.006 0.001 0.002 0.008 0.026 67 D 0.887 0.012 0.002 0.003 0.040 0.057 68 I 0.499 0.017 0.004 0.006 0.187 0.286 69 G 0.139 0.021 0.006 0.007 0.440 0.387 70 T 0.044 0.035 0.012 0.022 0.515 0.371 71 G 0.017 0.019 0.021 0.065 0.559 0.319 72 A 0.017 0.012 0.035 0.373 0.389 0.173 73 S 0.010 0.014 0.043 0.631 0.202 0.100 74 C 0.011 0.011 0.021 0.856 0.062 0.039 75 I 0.006 0.004 0.015 0.932 0.025 0.018 76 Y 0.006 0.002 0.008 0.955 0.018 0.011 77 P 0.002 0.001 0.011 0.973 0.010 0.003 78 L 0.001 0.001 0.012 0.975 0.010 0.002 79 L 0.001 0.001 0.011 0.974 0.011 0.002 80 G 0.001 0.001 0.011 0.974 0.011 0.002 81 A 0.001 0.001 0.014 0.961 0.020 0.005 82 T 0.002 0.002 0.014 0.847 0.068 0.067 83 L 0.005 0.005 0.020 0.492 0.237 0.242 84 N 0.005 0.003 0.011 0.019 0.495 0.468 85 G 0.009 0.001 0.009 0.002 0.620 0.359 86 W 0.156 0.002 0.007 0.001 0.547 0.286 87 Y 0.879 0.004 0.001 0.001 0.036 0.079 88 F 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 89 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 91 T 0.954 0.002 0.001 0.002 0.008 0.034 92 E 0.685 0.007 0.002 0.003 0.082 0.221 93 V 0.101 0.009 0.002 0.007 0.157 0.724 94 D 0.014 0.004 0.001 0.015 0.116 0.850 95 D 0.001 0.001 0.026 0.954 0.016 0.004 96 M 0.001 0.001 0.034 0.950 0.014 0.001 97 C 0.001 0.001 0.026 0.965 0.008 0.001 98 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 99 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 100 Y 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 101 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 102 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 104 N 0.001 0.001 0.003 0.983 0.006 0.007 105 V 0.001 0.001 0.015 0.963 0.017 0.005 106 E 0.001 0.001 0.027 0.929 0.035 0.008 107 Q 0.001 0.001 0.017 0.930 0.041 0.011 108 N 0.001 0.001 0.020 0.745 0.091 0.142 109 N 0.001 0.001 0.002 0.007 0.103 0.886 110 L 0.008 0.007 0.161 0.022 0.433 0.368 111 S 0.020 0.002 0.308 0.017 0.494 0.159 112 D 0.069 0.004 0.380 0.026 0.414 0.107 113 L 0.534 0.010 0.063 0.030 0.205 0.158 114 I 0.871 0.003 0.004 0.018 0.041 0.063 115 K 0.961 0.001 0.001 0.013 0.010 0.015 116 V 0.982 0.001 0.001 0.008 0.004 0.006 117 V 0.975 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 118 K 0.867 0.002 0.001 0.010 0.019 0.101 119 V 0.405 0.006 0.004 0.014 0.084 0.487 120 P 0.124 0.009 0.017 0.025 0.210 0.614 121 Q 0.013 0.002 0.488 0.230 0.175 0.092 122 A 0.010 0.001 0.410 0.361 0.153 0.064 123 T 0.007 0.001 0.376 0.463 0.117 0.036 124 L 0.010 0.003 0.073 0.786 0.076 0.052 125 L 0.014 0.007 0.030 0.850 0.048 0.052 126 M 0.006 0.002 0.028 0.894 0.032 0.037 127 D 0.002 0.001 0.019 0.956 0.012 0.011 128 A 0.001 0.001 0.024 0.954 0.012 0.009 129 L 0.001 0.001 0.014 0.952 0.016 0.017 130 K 0.001 0.001 0.016 0.941 0.021 0.020 131 E 0.003 0.002 0.021 0.870 0.052 0.053 132 E 0.006 0.003 0.033 0.674 0.152 0.132 133 S 0.012 0.002 0.055 0.248 0.337 0.345 134 E 0.031 0.004 0.039 0.054 0.379 0.493 135 I 0.157 0.006 0.047 0.036 0.261 0.493 136 I 0.410 0.025 0.012 0.006 0.091 0.457 137 Y 0.578 0.005 0.004 0.001 0.090 0.322 138 D 0.582 0.001 0.002 0.001 0.079 0.337 139 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 140 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 141 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 142 C 0.933 0.003 0.001 0.003 0.009 0.052 143 N 0.314 0.004 0.002 0.003 0.110 0.566 144 P 0.059 0.006 0.041 0.012 0.294 0.588 145 P 0.030 0.014 0.169 0.042 0.441 0.303 146 F 0.031 0.011 0.293 0.166 0.393 0.106 147 F 0.038 0.016 0.153 0.247 0.387 0.159 148 A 0.035 0.011 0.096 0.441 0.259 0.158 149 N 0.035 0.009 0.053 0.504 0.223 0.176 150 Q 0.017 0.004 0.043 0.738 0.129 0.068 151 L 0.018 0.004 0.072 0.750 0.108 0.048 152 E 0.023 0.006 0.077 0.763 0.087 0.045 153 A 0.026 0.007 0.063 0.771 0.082 0.053 154 K 0.021 0.005 0.048 0.709 0.100 0.116 155 G 0.024 0.006 0.026 0.202 0.231 0.511 156 V 0.046 0.013 0.042 0.176 0.277 0.445 157 N 0.067 0.029 0.062 0.151 0.355 0.336 158 S 0.049 0.035 0.053 0.163 0.374 0.326 159 R 0.037 0.020 0.047 0.120 0.359 0.416 160 N 0.029 0.018 0.028 0.042 0.448 0.434 161 P 0.024 0.021 0.074 0.052 0.467 0.362 162 R 0.032 0.033 0.076 0.035 0.443 0.381 163 R 0.025 0.029 0.048 0.033 0.465 0.400 164 P 0.013 0.014 0.022 0.035 0.331 0.584 165 P 0.014 0.032 0.017 0.066 0.241 0.630 166 P 0.011 0.033 0.038 0.155 0.282 0.482 167 S 0.007 0.007 0.128 0.381 0.218 0.259 168 S 0.006 0.005 0.182 0.516 0.177 0.114 169 V 0.010 0.005 0.241 0.505 0.155 0.083 170 N 0.020 0.010 0.180 0.535 0.150 0.104 171 T 0.021 0.006 0.072 0.632 0.183 0.087 172 G 0.010 0.001 0.053 0.716 0.156 0.063 173 G 0.013 0.003 0.050 0.795 0.108 0.030 174 I 0.005 0.002 0.081 0.827 0.063 0.023 175 T 0.004 0.001 0.136 0.805 0.046 0.009 176 E 0.010 0.001 0.106 0.820 0.048 0.015 177 I 0.030 0.004 0.056 0.803 0.034 0.073 178 M 0.075 0.022 0.029 0.717 0.045 0.112 179 A 0.115 0.014 0.015 0.225 0.563 0.068 180 E 0.069 0.005 0.010 0.133 0.713 0.070 181 G 0.019 0.001 0.003 0.013 0.840 0.124 182 G 0.371 0.008 0.003 0.003 0.528 0.087 183 E 0.873 0.004 0.001 0.001 0.020 0.102 184 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 185 E 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 186 F 0.985 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 187 V 0.934 0.001 0.001 0.009 0.012 0.044 188 K 0.687 0.003 0.004 0.034 0.068 0.204 189 R 0.339 0.005 0.034 0.104 0.189 0.330 190 I 0.186 0.012 0.081 0.212 0.214 0.294 191 I 0.113 0.011 0.087 0.365 0.196 0.228 192 H 0.059 0.005 0.070 0.504 0.178 0.183 193 D 0.029 0.003 0.058 0.632 0.155 0.122 194 S 0.022 0.003 0.063 0.709 0.111 0.092 195 L 0.020 0.001 0.060 0.746 0.106 0.067 196 Q 0.020 0.002 0.046 0.778 0.093 0.061 197 L 0.020 0.002 0.031 0.791 0.081 0.074 198 G 0.032 0.003 0.040 0.716 0.097 0.112 199 K 0.025 0.002 0.047 0.732 0.092 0.102 200 R 0.039 0.004 0.035 0.745 0.074 0.103 201 L 0.056 0.003 0.026 0.686 0.087 0.143 202 R 0.090 0.003 0.026 0.569 0.108 0.204 203 W 0.142 0.004 0.030 0.613 0.079 0.132 204 Y 0.195 0.005 0.025 0.605 0.064 0.105 205 S 0.205 0.006 0.026 0.548 0.071 0.144 206 C 0.236 0.009 0.031 0.432 0.094 0.198 207 M 0.217 0.013 0.047 0.378 0.148 0.197 208 L 0.122 0.009 0.059 0.431 0.189 0.190 209 G 0.095 0.008 0.117 0.263 0.296 0.221 210 K 0.098 0.013 0.142 0.216 0.303 0.227 211 A 0.106 0.023 0.117 0.158 0.255 0.339 212 C 0.076 0.017 0.046 0.077 0.303 0.481 213 S 0.031 0.009 0.006 0.027 0.141 0.786 214 L 0.002 0.001 0.014 0.918 0.030 0.035 215 A 0.002 0.001 0.008 0.955 0.019 0.016 216 P 0.001 0.001 0.009 0.968 0.016 0.005 217 L 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 218 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 219 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 220 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 221 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 222 R 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 223 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 224 Q 0.001 0.001 0.007 0.959 0.007 0.026 225 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.982 226 V 0.013 0.002 0.001 0.001 0.076 0.908 227 P 0.133 0.002 0.003 0.001 0.118 0.743 228 K 0.805 0.010 0.004 0.001 0.037 0.143 229 V 0.941 0.001 0.002 0.001 0.012 0.043 230 T 0.958 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 231 Y 0.928 0.002 0.002 0.009 0.012 0.046 232 T 0.853 0.003 0.005 0.013 0.034 0.093 233 E 0.742 0.008 0.014 0.027 0.077 0.132 234 F 0.415 0.017 0.050 0.051 0.247 0.221 235 C 0.210 0.011 0.066 0.067 0.504 0.142 236 Q 0.092 0.007 0.080 0.115 0.559 0.147 237 G 0.055 0.004 0.043 0.076 0.546 0.275 238 R 0.155 0.010 0.027 0.062 0.369 0.377 239 T 0.420 0.020 0.014 0.070 0.152 0.326 240 M 0.625 0.009 0.012 0.103 0.085 0.167 241 R 0.759 0.004 0.009 0.091 0.045 0.092 242 W 0.827 0.003 0.008 0.093 0.023 0.046 243 A 0.792 0.002 0.012 0.119 0.027 0.047 244 L 0.731 0.003 0.015 0.153 0.035 0.063 245 A 0.592 0.005 0.017 0.242 0.040 0.104 246 W 0.478 0.004 0.034 0.226 0.072 0.186 247 S 0.441 0.009 0.033 0.134 0.086 0.297 248 F 0.259 0.013 0.030 0.106 0.114 0.478 249 Y 0.065 0.015 0.009 0.070 0.072 0.768 250 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992