# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6869 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.009 0.004 0.067 0.208 0.212 0.089 0.036 0.374 2 S 0.028 0.007 0.079 0.123 0.239 0.070 0.042 0.412 3 L 0.032 0.009 0.046 0.147 0.169 0.073 0.037 0.486 4 N 0.072 0.035 0.079 0.064 0.082 0.101 0.052 0.516 5 F 0.024 0.033 0.047 0.064 0.066 0.118 0.041 0.606 6 K 0.027 0.045 0.024 0.016 0.017 0.079 0.031 0.762 7 D 0.352 0.351 0.011 0.010 0.008 0.026 0.127 0.115 8 P 0.194 0.436 0.007 0.006 0.008 0.051 0.044 0.255 9 E 0.050 0.397 0.011 0.009 0.013 0.042 0.041 0.437 10 A 0.031 0.529 0.006 0.008 0.015 0.058 0.026 0.327 11 V 0.041 0.268 0.018 0.013 0.022 0.072 0.329 0.238 12 R 0.037 0.650 0.007 0.011 0.013 0.035 0.137 0.109 13 A 0.037 0.306 0.012 0.006 0.014 0.033 0.432 0.160 14 L 0.016 0.503 0.017 0.021 0.024 0.041 0.260 0.118 15 T 0.029 0.661 0.017 0.016 0.038 0.027 0.084 0.127 16 C 0.065 0.569 0.024 0.029 0.033 0.044 0.046 0.190 17 T 0.060 0.365 0.049 0.038 0.050 0.074 0.125 0.239 18 L 0.051 0.271 0.060 0.035 0.031 0.081 0.121 0.349 19 L 0.126 0.318 0.032 0.015 0.022 0.073 0.087 0.327 20 R 0.168 0.118 0.081 0.022 0.017 0.078 0.160 0.356 21 E 0.192 0.103 0.019 0.010 0.016 0.082 0.052 0.526 22 D 0.130 0.030 0.029 0.007 0.011 0.065 0.089 0.639 23 F 0.031 0.021 0.023 0.016 0.026 0.164 0.056 0.663 24 G 0.052 0.016 0.031 0.019 0.041 0.082 0.069 0.691 25 L 0.060 0.011 0.022 0.044 0.049 0.109 0.031 0.674 26 S 0.044 0.011 0.061 0.048 0.081 0.112 0.061 0.583 27 I 0.017 0.010 0.030 0.044 0.064 0.133 0.025 0.677 28 D 0.019 0.013 0.050 0.037 0.046 0.106 0.025 0.705 29 I 0.109 0.035 0.033 0.043 0.032 0.102 0.077 0.569 30 P 0.259 0.071 0.029 0.022 0.025 0.077 0.113 0.406 31 L 0.263 0.044 0.022 0.021 0.035 0.075 0.063 0.476 32 E 0.062 0.013 0.018 0.024 0.043 0.093 0.039 0.708 33 R 0.008 0.004 0.037 0.048 0.120 0.138 0.051 0.595 34 L 0.020 0.004 0.028 0.035 0.089 0.118 0.037 0.669 35 I 0.225 0.011 0.035 0.111 0.079 0.096 0.093 0.348 36 P 0.019 0.007 0.020 0.024 0.045 0.111 0.019 0.755 37 T 0.021 0.012 0.023 0.018 0.049 0.096 0.027 0.753 38 V 0.127 0.059 0.028 0.055 0.044 0.111 0.064 0.513 39 P 0.061 0.062 0.031 0.031 0.035 0.110 0.075 0.596 40 L 0.068 0.128 0.026 0.024 0.030 0.089 0.069 0.566 41 R 0.172 0.338 0.014 0.014 0.021 0.048 0.108 0.285 42 L 0.068 0.319 0.018 0.015 0.020 0.066 0.073 0.421 43 N 0.020 0.449 0.020 0.026 0.037 0.060 0.075 0.313 44 Y 0.020 0.804 0.007 0.006 0.009 0.019 0.033 0.102 45 I 0.021 0.886 0.005 0.004 0.004 0.009 0.036 0.035 46 H 0.012 0.815 0.013 0.009 0.008 0.013 0.074 0.056 47 W 0.012 0.902 0.006 0.002 0.003 0.007 0.039 0.028 48 V 0.028 0.935 0.004 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 49 E 0.039 0.814 0.015 0.002 0.002 0.008 0.073 0.046 50 D 0.038 0.688 0.017 0.003 0.003 0.021 0.073 0.158 51 L 0.161 0.444 0.046 0.004 0.004 0.041 0.144 0.157 52 I 0.234 0.313 0.038 0.005 0.004 0.054 0.124 0.228 53 G 0.132 0.094 0.018 0.002 0.003 0.057 0.083 0.611 54 H 0.037 0.066 0.020 0.004 0.003 0.084 0.107 0.679 55 Q 0.198 0.094 0.021 0.004 0.005 0.104 0.061 0.513 56 D 0.322 0.027 0.010 0.003 0.004 0.078 0.085 0.472 57 S 0.036 0.010 0.010 0.002 0.003 0.096 0.091 0.753 58 D 0.047 0.023 0.012 0.003 0.006 0.116 0.075 0.717 59 K 0.090 0.019 0.016 0.006 0.007 0.120 0.039 0.703 60 S 0.105 0.016 0.030 0.006 0.010 0.141 0.065 0.626 61 T 0.051 0.020 0.040 0.007 0.014 0.141 0.059 0.667 62 L 0.025 0.013 0.083 0.018 0.038 0.207 0.083 0.534 63 R 0.006 0.007 0.142 0.038 0.067 0.116 0.105 0.519 64 R 0.003 0.005 0.591 0.069 0.131 0.041 0.072 0.087 65 G 0.003 0.005 0.500 0.054 0.105 0.042 0.068 0.223 66 I 0.004 0.002 0.669 0.133 0.077 0.025 0.037 0.054 67 D 0.016 0.007 0.430 0.067 0.122 0.069 0.134 0.155 68 I 0.040 0.011 0.315 0.045 0.076 0.153 0.105 0.255 69 G 0.040 0.016 0.207 0.031 0.064 0.145 0.094 0.402 70 T 0.043 0.025 0.141 0.021 0.047 0.141 0.108 0.475 71 G 0.070 0.048 0.112 0.046 0.082 0.142 0.129 0.370 72 A 0.062 0.083 0.072 0.033 0.076 0.134 0.117 0.423 73 S 0.051 0.122 0.060 0.032 0.052 0.130 0.091 0.463 74 C 0.014 0.198 0.104 0.052 0.063 0.113 0.083 0.372 75 I 0.024 0.668 0.019 0.013 0.018 0.038 0.043 0.177 76 Y 0.044 0.846 0.017 0.005 0.005 0.007 0.056 0.020 77 P 0.053 0.856 0.009 0.004 0.004 0.010 0.027 0.036 78 L 0.054 0.086 0.026 0.004 0.004 0.012 0.760 0.054 79 L 0.128 0.231 0.020 0.009 0.009 0.036 0.451 0.116 80 G 0.194 0.064 0.016 0.008 0.013 0.058 0.165 0.482 81 A 0.016 0.013 0.013 0.016 0.013 0.071 0.084 0.774 82 T 0.117 0.010 0.013 0.006 0.015 0.091 0.074 0.674 83 L 0.397 0.004 0.012 0.003 0.003 0.103 0.052 0.426 84 N 0.079 0.003 0.028 0.004 0.009 0.151 0.020 0.707 85 G 0.006 0.002 0.052 0.002 0.013 0.162 0.020 0.742 86 W 0.001 0.001 0.443 0.034 0.075 0.119 0.053 0.275 87 Y 0.001 0.001 0.795 0.053 0.056 0.012 0.049 0.034 88 F 0.001 0.001 0.661 0.106 0.081 0.011 0.057 0.083 89 L 0.001 0.001 0.837 0.068 0.058 0.004 0.012 0.018 90 A 0.005 0.003 0.570 0.109 0.162 0.021 0.038 0.093 91 T 0.013 0.022 0.426 0.076 0.106 0.070 0.044 0.241 92 E 0.041 0.131 0.109 0.061 0.073 0.144 0.049 0.392 93 V 0.041 0.339 0.032 0.009 0.011 0.088 0.073 0.408 94 D 0.100 0.792 0.002 0.001 0.001 0.007 0.068 0.029 95 D 0.038 0.289 0.005 0.001 0.001 0.011 0.617 0.038 96 M 0.006 0.882 0.002 0.001 0.001 0.008 0.055 0.044 97 C 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.014 98 F 0.008 0.964 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.010 99 N 0.014 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 0.023 100 Y 0.034 0.501 0.015 0.001 0.001 0.011 0.403 0.035 101 A 0.030 0.894 0.006 0.001 0.001 0.006 0.050 0.013 102 K 0.042 0.836 0.011 0.001 0.001 0.008 0.021 0.080 103 K 0.009 0.820 0.015 0.001 0.001 0.012 0.013 0.130 104 N 0.134 0.373 0.098 0.003 0.002 0.026 0.260 0.102 105 V 0.245 0.109 0.086 0.007 0.002 0.055 0.305 0.191 106 E 0.541 0.037 0.016 0.001 0.001 0.030 0.037 0.336 107 Q 0.117 0.005 0.007 0.001 0.001 0.051 0.034 0.784 108 N 0.004 0.002 0.011 0.002 0.003 0.118 0.023 0.837 109 N 0.029 0.004 0.008 0.002 0.002 0.078 0.022 0.854 110 L 0.382 0.016 0.008 0.008 0.006 0.082 0.033 0.466 111 S 0.106 0.014 0.022 0.004 0.010 0.110 0.040 0.693 112 D 0.017 0.015 0.077 0.016 0.055 0.131 0.037 0.652 113 L 0.009 0.010 0.174 0.043 0.092 0.100 0.059 0.514 114 I 0.010 0.011 0.265 0.138 0.113 0.061 0.082 0.322 115 K 0.019 0.013 0.345 0.125 0.220 0.046 0.050 0.182 116 V 0.020 0.011 0.247 0.138 0.157 0.056 0.063 0.308 117 V 0.006 0.024 0.263 0.148 0.202 0.062 0.037 0.259 118 K 0.031 0.070 0.090 0.051 0.105 0.073 0.053 0.527 119 V 0.049 0.066 0.095 0.085 0.042 0.063 0.396 0.204 120 P 0.138 0.338 0.033 0.020 0.022 0.055 0.169 0.225 121 Q 0.358 0.250 0.018 0.007 0.011 0.041 0.082 0.232 122 A 0.074 0.315 0.017 0.013 0.016 0.066 0.053 0.445 123 T 0.060 0.242 0.011 0.005 0.011 0.065 0.059 0.548 124 L 0.050 0.421 0.017 0.013 0.009 0.087 0.043 0.360 125 L 0.082 0.739 0.010 0.003 0.004 0.022 0.025 0.114 126 M 0.192 0.676 0.010 0.002 0.001 0.014 0.018 0.087 127 D 0.065 0.641 0.029 0.005 0.004 0.025 0.040 0.191 128 A 0.120 0.526 0.029 0.003 0.002 0.025 0.035 0.259 129 L 0.287 0.233 0.034 0.005 0.004 0.050 0.130 0.256 130 K 0.087 0.083 0.030 0.006 0.005 0.060 0.131 0.597 131 E 0.114 0.040 0.009 0.002 0.003 0.053 0.073 0.706 132 E 0.186 0.021 0.013 0.004 0.003 0.076 0.086 0.611 133 S 0.076 0.016 0.009 0.005 0.009 0.088 0.045 0.753 134 E 0.010 0.004 0.021 0.003 0.010 0.116 0.041 0.795 135 I 0.009 0.007 0.124 0.033 0.044 0.212 0.081 0.490 136 I 0.012 0.006 0.164 0.032 0.039 0.157 0.116 0.474 137 Y 0.004 0.004 0.251 0.054 0.054 0.121 0.112 0.400 138 D 0.001 0.001 0.743 0.038 0.068 0.025 0.075 0.048 139 F 0.002 0.001 0.650 0.046 0.081 0.020 0.110 0.090 140 C 0.002 0.001 0.855 0.047 0.041 0.009 0.022 0.023 141 M 0.008 0.003 0.690 0.055 0.080 0.038 0.048 0.078 142 C 0.015 0.006 0.460 0.052 0.090 0.119 0.065 0.192 143 N 0.077 0.019 0.138 0.020 0.050 0.180 0.099 0.416 144 P 0.159 0.030 0.058 0.013 0.022 0.207 0.084 0.428 145 P 0.039 0.028 0.047 0.015 0.026 0.150 0.085 0.611 146 F 0.051 0.071 0.033 0.012 0.022 0.137 0.079 0.594 147 F 0.191 0.230 0.023 0.016 0.019 0.119 0.059 0.343 148 A 0.069 0.245 0.016 0.009 0.011 0.094 0.030 0.526 149 N 0.059 0.600 0.008 0.004 0.005 0.033 0.027 0.263 150 Q 0.102 0.737 0.007 0.003 0.003 0.019 0.035 0.094 151 L 0.094 0.537 0.024 0.009 0.009 0.039 0.088 0.201 152 E 0.192 0.376 0.015 0.007 0.009 0.045 0.096 0.260 153 A 0.126 0.161 0.017 0.008 0.011 0.077 0.192 0.409 154 K 0.030 0.093 0.020 0.013 0.025 0.109 0.145 0.566 155 G 0.045 0.060 0.023 0.017 0.032 0.107 0.119 0.597 156 V 0.088 0.038 0.031 0.030 0.034 0.151 0.096 0.531 157 N 0.141 0.029 0.035 0.020 0.032 0.132 0.103 0.509 158 S 0.030 0.013 0.030 0.015 0.027 0.146 0.061 0.678 159 R 0.036 0.008 0.039 0.016 0.030 0.132 0.052 0.686 160 N 0.199 0.013 0.034 0.028 0.033 0.132 0.100 0.460 161 P 0.051 0.005 0.029 0.019 0.030 0.143 0.040 0.683 162 R 0.027 0.003 0.024 0.012 0.028 0.116 0.027 0.763 163 R 0.033 0.005 0.017 0.014 0.019 0.149 0.038 0.724 164 P 0.028 0.010 0.017 0.010 0.011 0.155 0.034 0.734 165 P 0.099 0.052 0.014 0.007 0.009 0.125 0.048 0.646 166 P 0.171 0.107 0.010 0.004 0.005 0.088 0.149 0.466 167 S 0.048 0.118 0.006 0.002 0.003 0.040 0.613 0.168 168 S 0.051 0.498 0.009 0.003 0.006 0.062 0.147 0.224 169 V 0.026 0.536 0.014 0.008 0.012 0.077 0.070 0.256 170 N 0.030 0.833 0.005 0.002 0.004 0.021 0.032 0.073 171 T 0.025 0.197 0.004 0.001 0.003 0.015 0.723 0.031 172 G 0.009 0.560 0.010 0.005 0.004 0.022 0.341 0.050 173 G 0.016 0.887 0.007 0.002 0.004 0.014 0.028 0.042 174 I 0.021 0.874 0.012 0.005 0.006 0.012 0.031 0.040 175 T 0.043 0.758 0.038 0.009 0.021 0.018 0.036 0.077 176 E 0.090 0.450 0.039 0.021 0.018 0.046 0.072 0.264 177 I 0.022 0.029 0.298 0.056 0.043 0.071 0.284 0.197 178 M 0.247 0.015 0.096 0.017 0.026 0.108 0.130 0.363 179 A 0.756 0.004 0.013 0.002 0.002 0.023 0.023 0.177 180 E 0.016 0.004 0.012 0.002 0.008 0.078 0.003 0.875 181 G 0.003 0.002 0.016 0.004 0.037 0.086 0.006 0.846 182 G 0.010 0.007 0.061 0.246 0.284 0.093 0.044 0.254 183 E 0.005 0.007 0.118 0.331 0.306 0.031 0.045 0.158 184 L 0.003 0.009 0.108 0.315 0.366 0.016 0.027 0.156 185 E 0.001 0.004 0.148 0.402 0.390 0.007 0.014 0.033 186 F 0.006 0.009 0.170 0.338 0.337 0.016 0.035 0.090 187 V 0.028 0.039 0.129 0.298 0.323 0.023 0.055 0.107 188 K 0.085 0.066 0.067 0.163 0.213 0.052 0.065 0.290 189 R 0.062 0.078 0.035 0.054 0.077 0.092 0.056 0.545 190 I 0.056 0.115 0.028 0.036 0.045 0.092 0.102 0.526 191 I 0.082 0.274 0.013 0.016 0.017 0.078 0.086 0.435 192 H 0.085 0.412 0.013 0.010 0.010 0.056 0.066 0.349 193 D 0.069 0.658 0.005 0.005 0.005 0.028 0.048 0.183 194 S 0.060 0.717 0.007 0.003 0.004 0.022 0.076 0.110 195 L 0.047 0.740 0.007 0.005 0.005 0.027 0.045 0.123 196 Q 0.058 0.612 0.014 0.009 0.010 0.034 0.093 0.169 197 L 0.063 0.641 0.011 0.006 0.008 0.035 0.081 0.156 198 G 0.109 0.495 0.020 0.008 0.012 0.041 0.120 0.195 199 K 0.071 0.395 0.017 0.016 0.014 0.054 0.064 0.369 200 R 0.075 0.274 0.017 0.009 0.016 0.066 0.066 0.477 201 L 0.065 0.159 0.029 0.020 0.028 0.105 0.178 0.417 202 R 0.040 0.173 0.033 0.030 0.048 0.098 0.169 0.409 203 W 0.046 0.152 0.036 0.033 0.046 0.086 0.077 0.524 204 Y 0.053 0.138 0.058 0.075 0.093 0.107 0.076 0.399 205 S 0.048 0.071 0.076 0.051 0.078 0.097 0.104 0.474 206 C 0.121 0.083 0.044 0.052 0.058 0.110 0.064 0.468 207 M 0.123 0.075 0.038 0.039 0.050 0.092 0.070 0.515 208 L 0.065 0.055 0.021 0.021 0.042 0.111 0.045 0.641 209 G 0.062 0.028 0.032 0.038 0.055 0.093 0.111 0.581 210 K 0.062 0.037 0.021 0.056 0.055 0.101 0.111 0.557 211 A 0.101 0.039 0.020 0.022 0.040 0.095 0.045 0.638 212 C 0.033 0.019 0.014 0.031 0.031 0.121 0.051 0.699 213 S 0.029 0.246 0.007 0.010 0.014 0.075 0.038 0.581 214 L 0.039 0.767 0.002 0.001 0.002 0.023 0.014 0.152 215 A 0.015 0.889 0.004 0.004 0.002 0.011 0.025 0.050 216 P 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.011 217 L 0.013 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 218 K 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 219 E 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 220 E 0.052 0.834 0.023 0.004 0.005 0.008 0.042 0.032 221 L 0.157 0.027 0.308 0.017 0.005 0.016 0.421 0.048 222 R 0.867 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.106 223 I 0.162 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.004 0.814 224 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.102 0.002 0.887 225 G 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.038 0.005 0.944 226 V 0.047 0.004 0.012 0.024 0.008 0.098 0.055 0.752 227 P 0.042 0.019 0.135 0.048 0.057 0.108 0.074 0.517 228 K 0.036 0.007 0.059 0.031 0.077 0.057 0.100 0.633 229 V 0.010 0.008 0.203 0.103 0.090 0.075 0.061 0.448 230 T 0.018 0.031 0.162 0.094 0.138 0.066 0.053 0.438 231 Y 0.025 0.037 0.063 0.083 0.093 0.079 0.035 0.584 232 T 0.103 0.096 0.086 0.095 0.092 0.070 0.096 0.362 233 E 0.067 0.053 0.060 0.076 0.089 0.091 0.097 0.467 234 F 0.177 0.043 0.028 0.034 0.053 0.092 0.070 0.503 235 C 0.174 0.027 0.017 0.038 0.035 0.080 0.137 0.492 236 Q 0.025 0.032 0.010 0.014 0.041 0.108 0.043 0.726 237 G 0.046 0.072 0.013 0.022 0.061 0.081 0.052 0.653 238 R 0.053 0.130 0.020 0.106 0.118 0.100 0.050 0.423 239 T 0.023 0.191 0.034 0.076 0.181 0.069 0.055 0.371 240 M 0.016 0.181 0.039 0.145 0.274 0.059 0.064 0.221 241 R 0.013 0.158 0.068 0.211 0.313 0.030 0.086 0.121 242 W 0.021 0.161 0.048 0.246 0.304 0.027 0.070 0.123 243 A 0.014 0.046 0.076 0.230 0.377 0.027 0.123 0.108 244 L 0.017 0.028 0.050 0.293 0.346 0.033 0.105 0.127 245 A 0.060 0.024 0.040 0.206 0.305 0.050 0.062 0.252 246 W 0.039 0.008 0.020 0.147 0.222 0.069 0.043 0.452 247 S 0.039 0.006 0.014 0.071 0.127 0.105 0.040 0.598 248 F 0.048 0.004 0.009 0.036 0.056 0.116 0.033 0.697 249 Y 0.041 0.005 0.009 0.027 0.035 0.116 0.032 0.736 250 D 0.065 0.012 0.010 0.020 0.032 0.097 0.044 0.721