# TARGET T0293 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6869 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.184 0.108 0.146 0.240 0.226 0.089 0.006 2 S 0.324 0.345 0.203 0.088 0.030 0.010 0.001 3 L 0.168 0.130 0.161 0.230 0.206 0.095 0.009 4 N 0.222 0.367 0.250 0.119 0.033 0.008 0.001 5 F 0.081 0.110 0.194 0.311 0.229 0.070 0.004 6 K 0.472 0.302 0.136 0.062 0.020 0.006 0.001 7 D 0.429 0.338 0.149 0.064 0.017 0.003 0.001 8 P 0.419 0.260 0.174 0.104 0.036 0.008 0.001 9 E 0.614 0.244 0.087 0.040 0.013 0.003 0.001 10 A 0.358 0.291 0.190 0.109 0.039 0.011 0.001 11 V 0.154 0.187 0.219 0.235 0.148 0.053 0.004 12 R 0.190 0.208 0.203 0.196 0.135 0.059 0.009 13 A 0.129 0.171 0.182 0.191 0.169 0.131 0.026 14 L 0.066 0.081 0.118 0.196 0.245 0.241 0.053 15 T 0.061 0.117 0.159 0.208 0.206 0.191 0.059 16 C 0.044 0.063 0.093 0.163 0.230 0.295 0.113 17 T 0.064 0.097 0.129 0.183 0.213 0.240 0.074 18 L 0.049 0.075 0.115 0.184 0.230 0.250 0.097 19 L 0.116 0.154 0.164 0.207 0.196 0.135 0.028 20 R 0.130 0.208 0.226 0.216 0.144 0.063 0.013 21 E 0.378 0.283 0.156 0.098 0.051 0.026 0.008 22 D 0.190 0.213 0.197 0.178 0.130 0.080 0.013 23 F 0.122 0.128 0.172 0.242 0.213 0.110 0.013 24 G 0.273 0.305 0.192 0.125 0.068 0.031 0.006 25 L 0.086 0.090 0.138 0.239 0.255 0.169 0.024 26 S 0.227 0.269 0.203 0.154 0.092 0.048 0.008 27 I 0.078 0.096 0.160 0.262 0.247 0.138 0.019 28 D 0.204 0.277 0.225 0.166 0.088 0.036 0.004 29 I 0.066 0.103 0.175 0.276 0.251 0.118 0.012 30 P 0.355 0.299 0.171 0.107 0.048 0.018 0.002 31 L 0.236 0.272 0.215 0.165 0.080 0.027 0.004 32 E 0.380 0.275 0.168 0.107 0.048 0.018 0.003 33 R 0.162 0.249 0.251 0.199 0.103 0.033 0.003 34 L 0.070 0.068 0.112 0.223 0.288 0.209 0.029 35 I 0.110 0.207 0.234 0.225 0.143 0.070 0.009 36 P 0.186 0.200 0.188 0.189 0.138 0.080 0.018 37 T 0.158 0.203 0.195 0.207 0.146 0.078 0.014 38 V 0.103 0.123 0.165 0.235 0.209 0.137 0.027 39 P 0.237 0.250 0.195 0.155 0.094 0.055 0.013 40 L 0.137 0.162 0.182 0.218 0.174 0.105 0.021 41 R 0.171 0.215 0.188 0.175 0.131 0.095 0.025 42 L 0.127 0.177 0.197 0.222 0.168 0.093 0.016 43 N 0.154 0.271 0.229 0.177 0.102 0.055 0.012 44 Y 0.031 0.061 0.090 0.181 0.278 0.293 0.065 45 I 0.009 0.036 0.089 0.209 0.303 0.291 0.062 46 H 0.044 0.207 0.284 0.234 0.144 0.070 0.018 47 W 0.007 0.033 0.112 0.271 0.321 0.213 0.043 48 V 0.002 0.006 0.008 0.024 0.134 0.568 0.258 49 E 0.007 0.036 0.138 0.327 0.310 0.161 0.021 50 D 0.023 0.231 0.322 0.223 0.119 0.071 0.010 51 L 0.004 0.018 0.078 0.255 0.371 0.241 0.033 52 I 0.004 0.008 0.021 0.100 0.350 0.454 0.062 53 G 0.053 0.224 0.313 0.254 0.123 0.031 0.003 54 H 0.200 0.369 0.244 0.132 0.043 0.010 0.001 55 Q 0.116 0.240 0.283 0.237 0.098 0.024 0.002 56 D 0.346 0.278 0.210 0.117 0.038 0.010 0.001 57 S 0.691 0.187 0.068 0.034 0.015 0.004 0.001 58 D 0.689 0.213 0.067 0.023 0.006 0.001 0.001 59 K 0.540 0.276 0.116 0.051 0.014 0.003 0.001 60 S 0.368 0.279 0.170 0.113 0.054 0.015 0.001 61 T 0.228 0.336 0.235 0.140 0.050 0.010 0.001 62 L 0.022 0.102 0.211 0.311 0.250 0.095 0.009 63 R 0.007 0.072 0.165 0.299 0.289 0.149 0.020 64 R 0.001 0.004 0.032 0.162 0.357 0.356 0.088 65 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.432 0.519 66 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.204 0.778 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.086 0.905 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.076 0.918 69 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.165 0.802 70 T 0.001 0.003 0.006 0.020 0.064 0.274 0.632 71 G 0.003 0.008 0.018 0.056 0.137 0.355 0.424 72 A 0.004 0.013 0.021 0.044 0.119 0.327 0.472 73 S 0.003 0.008 0.018 0.052 0.142 0.294 0.483 74 C 0.004 0.014 0.042 0.095 0.155 0.277 0.412 75 I 0.001 0.003 0.006 0.016 0.040 0.217 0.718 76 Y 0.001 0.003 0.005 0.012 0.047 0.271 0.662 77 P 0.008 0.022 0.062 0.146 0.239 0.334 0.189 78 L 0.006 0.021 0.074 0.180 0.275 0.333 0.110 79 L 0.001 0.002 0.003 0.020 0.126 0.553 0.295 80 G 0.005 0.024 0.064 0.205 0.387 0.292 0.024 81 A 0.061 0.274 0.296 0.241 0.100 0.025 0.003 82 T 0.020 0.128 0.286 0.367 0.163 0.034 0.002 83 L 0.011 0.057 0.163 0.346 0.322 0.099 0.003 84 N 0.443 0.407 0.111 0.033 0.006 0.001 0.001 85 G 0.331 0.446 0.164 0.048 0.009 0.001 0.001 86 W 0.004 0.049 0.186 0.395 0.287 0.077 0.002 87 Y 0.003 0.025 0.117 0.296 0.364 0.174 0.021 88 F 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.508 0.429 89 L 0.001 0.001 0.004 0.021 0.095 0.431 0.449 90 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.311 0.647 91 T 0.001 0.001 0.002 0.009 0.052 0.314 0.623 92 E 0.001 0.003 0.015 0.056 0.161 0.417 0.347 93 V 0.001 0.008 0.039 0.148 0.346 0.364 0.094 94 D 0.010 0.086 0.198 0.302 0.246 0.134 0.024 95 D 0.159 0.336 0.237 0.146 0.079 0.035 0.007 96 M 0.066 0.291 0.310 0.216 0.089 0.026 0.003 97 C 0.003 0.013 0.035 0.143 0.394 0.380 0.033 98 F 0.003 0.028 0.123 0.319 0.360 0.158 0.009 99 N 0.059 0.432 0.344 0.124 0.033 0.008 0.001 100 Y 0.003 0.039 0.214 0.427 0.254 0.061 0.003 101 A 0.001 0.001 0.002 0.016 0.191 0.683 0.108 102 K 0.006 0.064 0.276 0.418 0.200 0.035 0.001 103 K 0.091 0.575 0.266 0.059 0.007 0.001 0.001 104 N 0.006 0.062 0.245 0.434 0.212 0.040 0.001 105 V 0.013 0.032 0.111 0.379 0.400 0.065 0.001 106 E 0.529 0.396 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.683 0.261 0.047 0.008 0.001 0.001 0.001 108 N 0.176 0.370 0.297 0.131 0.024 0.002 0.001 109 N 0.511 0.343 0.105 0.034 0.006 0.001 0.001 110 L 0.047 0.124 0.277 0.388 0.150 0.014 0.001 111 S 0.437 0.384 0.127 0.040 0.011 0.002 0.001 112 D 0.225 0.404 0.245 0.105 0.020 0.002 0.001 113 L 0.054 0.191 0.325 0.293 0.117 0.020 0.001 114 I 0.006 0.025 0.059 0.154 0.370 0.361 0.025 115 K 0.006 0.053 0.211 0.367 0.257 0.097 0.009 116 V 0.001 0.005 0.016 0.067 0.257 0.512 0.141 117 V 0.003 0.026 0.079 0.211 0.317 0.311 0.053 118 K 0.011 0.084 0.184 0.253 0.241 0.191 0.035 119 V 0.018 0.085 0.176 0.268 0.268 0.159 0.026 120 P 0.052 0.161 0.244 0.271 0.180 0.080 0.012 121 Q 0.026 0.044 0.069 0.152 0.293 0.345 0.072 122 A 0.063 0.162 0.218 0.264 0.196 0.089 0.009 123 T 0.124 0.293 0.255 0.186 0.095 0.040 0.007 124 L 0.018 0.037 0.099 0.216 0.314 0.275 0.041 125 L 0.052 0.104 0.162 0.220 0.237 0.198 0.027 126 M 0.117 0.185 0.231 0.242 0.162 0.058 0.005 127 D 0.379 0.312 0.163 0.093 0.040 0.012 0.002 128 A 0.234 0.254 0.207 0.165 0.094 0.042 0.005 129 L 0.101 0.116 0.207 0.301 0.207 0.066 0.002 130 K 0.472 0.325 0.143 0.049 0.010 0.001 0.001 131 E 0.691 0.238 0.055 0.014 0.003 0.001 0.001 132 E 0.534 0.255 0.119 0.066 0.022 0.004 0.001 133 S 0.408 0.311 0.171 0.085 0.021 0.003 0.001 134 E 0.339 0.343 0.190 0.094 0.029 0.005 0.001 135 I 0.049 0.224 0.313 0.287 0.108 0.018 0.001 136 I 0.012 0.122 0.283 0.344 0.190 0.045 0.004 137 Y 0.001 0.002 0.010 0.064 0.289 0.556 0.080 138 D 0.001 0.001 0.012 0.097 0.314 0.440 0.136 139 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.331 0.643 140 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.112 0.884 141 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.092 0.901 142 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.109 0.883 143 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.300 0.631 144 P 0.001 0.001 0.007 0.034 0.142 0.481 0.335 145 P 0.001 0.006 0.022 0.082 0.241 0.442 0.207 146 F 0.005 0.024 0.067 0.169 0.286 0.357 0.092 147 F 0.027 0.082 0.172 0.254 0.262 0.171 0.033 148 A 0.125 0.212 0.223 0.213 0.143 0.069 0.015 149 N 0.391 0.270 0.149 0.093 0.056 0.031 0.010 150 Q 0.466 0.245 0.127 0.084 0.048 0.024 0.005 151 L 0.321 0.225 0.173 0.141 0.089 0.043 0.008 152 E 0.364 0.265 0.167 0.108 0.062 0.028 0.007 153 A 0.277 0.233 0.198 0.156 0.090 0.038 0.008 154 K 0.346 0.236 0.161 0.125 0.079 0.043 0.011 155 G 0.241 0.198 0.172 0.162 0.121 0.081 0.025 156 V 0.182 0.174 0.179 0.181 0.144 0.110 0.031 157 N 0.195 0.161 0.146 0.163 0.150 0.132 0.053 158 S 0.183 0.159 0.135 0.149 0.145 0.151 0.077 159 R 0.146 0.156 0.162 0.177 0.155 0.140 0.063 160 N 0.147 0.154 0.154 0.179 0.163 0.142 0.060 161 P 0.088 0.096 0.114 0.170 0.204 0.228 0.101 162 R 0.137 0.151 0.164 0.188 0.167 0.141 0.052 163 R 0.126 0.164 0.182 0.205 0.169 0.121 0.032 164 P 0.104 0.149 0.166 0.211 0.192 0.137 0.040 165 P 0.135 0.178 0.169 0.175 0.154 0.131 0.057 166 P 0.105 0.158 0.168 0.195 0.178 0.142 0.054 167 S 0.066 0.104 0.136 0.202 0.212 0.200 0.080 168 S 0.100 0.163 0.184 0.219 0.179 0.121 0.034 169 V 0.044 0.166 0.226 0.240 0.184 0.116 0.024 170 N 0.005 0.014 0.029 0.080 0.224 0.464 0.183 171 T 0.003 0.010 0.027 0.088 0.235 0.466 0.171 172 G 0.009 0.087 0.278 0.315 0.207 0.090 0.014 173 G 0.004 0.016 0.076 0.260 0.388 0.223 0.034 174 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.492 0.454 175 T 0.001 0.008 0.056 0.269 0.408 0.241 0.018 176 E 0.021 0.253 0.381 0.246 0.076 0.021 0.001 177 I 0.003 0.021 0.089 0.295 0.362 0.216 0.014 178 M 0.002 0.008 0.027 0.160 0.455 0.335 0.014 179 A 0.054 0.323 0.384 0.186 0.048 0.005 0.001 180 E 0.416 0.440 0.115 0.026 0.003 0.001 0.001 181 G 0.074 0.488 0.311 0.104 0.020 0.003 0.001 182 G 0.001 0.018 0.098 0.328 0.390 0.161 0.003 183 E 0.002 0.025 0.119 0.296 0.386 0.158 0.015 184 L 0.001 0.003 0.006 0.016 0.086 0.598 0.290 185 E 0.001 0.009 0.049 0.142 0.253 0.378 0.168 186 F 0.001 0.002 0.006 0.030 0.159 0.473 0.329 187 V 0.002 0.013 0.040 0.127 0.278 0.404 0.137 188 K 0.007 0.060 0.124 0.218 0.249 0.268 0.074 189 R 0.014 0.072 0.165 0.248 0.258 0.186 0.057 190 I 0.039 0.093 0.159 0.235 0.236 0.193 0.044 191 I 0.104 0.139 0.149 0.176 0.199 0.181 0.053 192 H 0.211 0.242 0.194 0.154 0.111 0.069 0.018 193 D 0.245 0.217 0.186 0.156 0.109 0.065 0.022 194 S 0.197 0.177 0.145 0.156 0.154 0.130 0.041 195 L 0.235 0.208 0.183 0.166 0.117 0.070 0.019 196 Q 0.337 0.277 0.170 0.113 0.062 0.032 0.010 197 L 0.199 0.190 0.178 0.185 0.141 0.089 0.018 198 G 0.170 0.168 0.179 0.203 0.163 0.097 0.020 199 K 0.342 0.288 0.182 0.112 0.049 0.019 0.006 200 R 0.192 0.240 0.210 0.173 0.110 0.062 0.013 201 L 0.075 0.083 0.112 0.197 0.262 0.224 0.047 202 R 0.164 0.226 0.202 0.178 0.120 0.082 0.028 203 W 0.119 0.133 0.148 0.184 0.181 0.173 0.061 204 Y 0.080 0.096 0.119 0.177 0.212 0.232 0.084 205 S 0.108 0.126 0.147 0.171 0.171 0.183 0.094 206 C 0.125 0.112 0.128 0.166 0.176 0.196 0.097 207 M 0.144 0.145 0.142 0.163 0.166 0.165 0.076 208 L 0.146 0.128 0.136 0.175 0.179 0.171 0.065 209 G 0.158 0.181 0.164 0.173 0.157 0.127 0.040 210 K 0.170 0.193 0.193 0.203 0.147 0.078 0.016 211 A 0.186 0.231 0.192 0.185 0.128 0.068 0.010 212 C 0.077 0.120 0.190 0.253 0.214 0.123 0.023 213 S 0.199 0.306 0.214 0.151 0.083 0.040 0.005 214 L 0.038 0.126 0.236 0.294 0.202 0.094 0.010 215 A 0.521 0.299 0.101 0.046 0.022 0.009 0.002 216 P 0.114 0.354 0.309 0.166 0.047 0.010 0.001 217 L 0.008 0.016 0.050 0.223 0.439 0.253 0.010 218 K 0.025 0.183 0.384 0.307 0.091 0.010 0.001 219 E 0.362 0.529 0.095 0.013 0.001 0.001 0.001 220 E 0.012 0.091 0.313 0.415 0.149 0.019 0.001 221 L 0.004 0.009 0.035 0.218 0.522 0.208 0.003 222 R 0.119 0.451 0.313 0.102 0.014 0.001 0.001 223 I 0.552 0.358 0.072 0.017 0.002 0.001 0.001 224 Q 0.110 0.258 0.319 0.227 0.073 0.012 0.001 225 G 0.215 0.357 0.254 0.132 0.036 0.006 0.001 226 V 0.044 0.094 0.183 0.336 0.273 0.067 0.002 227 P 0.250 0.372 0.219 0.113 0.037 0.008 0.001 228 K 0.169 0.327 0.270 0.160 0.058 0.015 0.001 229 V 0.041 0.081 0.168 0.303 0.285 0.116 0.006 230 T 0.133 0.307 0.289 0.181 0.071 0.019 0.002 231 Y 0.067 0.111 0.171 0.274 0.254 0.114 0.009 232 T 0.152 0.241 0.231 0.219 0.116 0.037 0.003 233 E 0.286 0.315 0.194 0.120 0.055 0.025 0.005 234 F 0.116 0.149 0.193 0.250 0.183 0.098 0.012 235 C 0.151 0.176 0.179 0.203 0.170 0.104 0.017 236 Q 0.339 0.229 0.160 0.131 0.082 0.048 0.011 237 G 0.314 0.220 0.150 0.128 0.097 0.072 0.019 238 R 0.257 0.194 0.178 0.166 0.116 0.074 0.015 239 T 0.237 0.186 0.158 0.145 0.132 0.113 0.029 240 M 0.220 0.136 0.126 0.158 0.165 0.151 0.044 241 R 0.230 0.176 0.158 0.158 0.132 0.112 0.034 242 W 0.207 0.121 0.120 0.147 0.161 0.181 0.063 243 A 0.205 0.105 0.093 0.115 0.148 0.224 0.109 244 L 0.198 0.125 0.124 0.158 0.169 0.174 0.052 245 A 0.203 0.176 0.188 0.194 0.139 0.084 0.016 246 W 0.180 0.116 0.116 0.186 0.215 0.163 0.024 247 S 0.241 0.244 0.217 0.173 0.088 0.035 0.003 248 F 0.294 0.219 0.199 0.179 0.085 0.022 0.002 249 Y 0.620 0.229 0.095 0.042 0.011 0.002 0.001 250 D 0.751 0.171 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001