# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2149 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.115 0.018 0.048 0.223 0.160 0.436 2 S 0.132 0.019 0.070 0.294 0.175 0.310 3 L 0.101 0.021 0.092 0.254 0.223 0.309 4 N 0.070 0.015 0.064 0.171 0.331 0.350 5 F 0.062 0.013 0.074 0.262 0.353 0.235 6 K 0.077 0.023 0.042 0.193 0.304 0.361 7 D 0.032 0.015 0.036 0.072 0.512 0.332 8 P 0.002 0.001 0.522 0.196 0.226 0.053 9 E 0.005 0.002 0.541 0.189 0.220 0.042 10 A 0.006 0.002 0.448 0.282 0.222 0.041 11 V 0.021 0.013 0.064 0.496 0.153 0.253 12 R 0.080 0.030 0.028 0.460 0.119 0.282 13 A 0.147 0.016 0.032 0.376 0.160 0.268 14 L 0.127 0.008 0.048 0.543 0.120 0.154 15 T 0.153 0.010 0.068 0.545 0.106 0.118 16 C 0.157 0.005 0.088 0.573 0.089 0.088 17 T 0.195 0.008 0.068 0.542 0.081 0.106 18 L 0.163 0.014 0.055 0.517 0.108 0.143 19 L 0.132 0.024 0.046 0.317 0.197 0.284 20 R 0.044 0.009 0.126 0.213 0.301 0.307 21 E 0.042 0.007 0.258 0.284 0.226 0.183 22 D 0.027 0.012 0.349 0.262 0.242 0.109 23 F 0.022 0.012 0.173 0.260 0.329 0.205 24 G 0.020 0.004 0.030 0.040 0.258 0.649 25 L 0.084 0.014 0.013 0.022 0.202 0.664 26 S 0.189 0.025 0.014 0.013 0.170 0.589 27 I 0.372 0.051 0.023 0.014 0.158 0.382 28 D 0.325 0.034 0.015 0.010 0.202 0.414 29 I 0.231 0.049 0.011 0.008 0.193 0.508 30 P 0.127 0.026 0.012 0.007 0.484 0.344 31 L 0.015 0.003 0.396 0.058 0.469 0.057 32 E 0.024 0.002 0.404 0.060 0.457 0.053 33 R 0.107 0.039 0.365 0.102 0.337 0.050 34 L 0.169 0.100 0.040 0.109 0.215 0.368 35 I 0.135 0.078 0.023 0.082 0.309 0.373 36 P 0.064 0.015 0.018 0.071 0.412 0.420 37 T 0.066 0.029 0.023 0.029 0.398 0.456 38 V 0.069 0.036 0.026 0.016 0.426 0.426 39 P 0.052 0.026 0.055 0.026 0.400 0.442 40 L 0.028 0.036 0.057 0.072 0.389 0.419 41 R 0.024 0.027 0.074 0.110 0.469 0.295 42 L 0.016 0.010 0.069 0.344 0.364 0.197 43 N 0.014 0.007 0.050 0.523 0.237 0.168 44 Y 0.012 0.004 0.018 0.872 0.055 0.039 45 I 0.014 0.003 0.012 0.915 0.024 0.032 46 H 0.017 0.003 0.014 0.915 0.027 0.023 47 W 0.011 0.002 0.013 0.938 0.018 0.018 48 V 0.005 0.001 0.008 0.971 0.007 0.008 49 E 0.002 0.001 0.012 0.971 0.008 0.007 50 D 0.001 0.001 0.010 0.970 0.010 0.009 51 L 0.001 0.001 0.014 0.957 0.015 0.013 52 I 0.001 0.002 0.023 0.903 0.039 0.031 53 G 0.002 0.001 0.063 0.687 0.124 0.122 54 H 0.002 0.003 0.139 0.377 0.254 0.224 55 Q 0.003 0.005 0.158 0.340 0.295 0.199 56 D 0.002 0.004 0.162 0.207 0.390 0.235 57 S 0.002 0.004 0.144 0.200 0.404 0.246 58 D 0.005 0.006 0.135 0.102 0.450 0.303 59 K 0.007 0.008 0.199 0.141 0.406 0.239 60 S 0.016 0.015 0.149 0.122 0.450 0.248 61 T 0.025 0.011 0.154 0.099 0.455 0.256 62 L 0.064 0.018 0.062 0.042 0.423 0.391 63 R 0.190 0.010 0.030 0.020 0.363 0.388 64 R 0.635 0.012 0.013 0.010 0.109 0.220 65 G 0.917 0.006 0.003 0.004 0.019 0.049 66 I 0.952 0.006 0.002 0.004 0.007 0.029 67 D 0.869 0.015 0.004 0.008 0.031 0.073 68 I 0.494 0.021 0.006 0.015 0.153 0.311 69 G 0.131 0.018 0.011 0.012 0.423 0.406 70 T 0.049 0.036 0.019 0.026 0.573 0.297 71 G 0.019 0.023 0.036 0.071 0.548 0.303 72 A 0.019 0.023 0.041 0.338 0.344 0.235 73 S 0.007 0.009 0.028 0.727 0.139 0.090 74 C 0.003 0.004 0.015 0.930 0.030 0.018 75 I 0.002 0.002 0.011 0.970 0.010 0.005 76 Y 0.002 0.001 0.010 0.969 0.012 0.006 77 P 0.002 0.001 0.010 0.972 0.011 0.004 78 L 0.002 0.001 0.016 0.966 0.012 0.003 79 L 0.001 0.001 0.014 0.970 0.010 0.005 80 G 0.001 0.001 0.038 0.932 0.021 0.008 81 A 0.002 0.001 0.030 0.925 0.030 0.013 82 T 0.003 0.002 0.029 0.820 0.055 0.091 83 L 0.004 0.008 0.042 0.284 0.425 0.237 84 N 0.004 0.004 0.054 0.042 0.660 0.235 85 G 0.008 0.001 0.014 0.003 0.742 0.232 86 W 0.249 0.006 0.007 0.001 0.437 0.301 87 Y 0.902 0.009 0.001 0.001 0.020 0.069 88 F 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 89 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 90 A 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 91 T 0.901 0.002 0.003 0.003 0.018 0.074 92 E 0.593 0.008 0.006 0.005 0.074 0.315 93 V 0.097 0.016 0.004 0.014 0.140 0.729 94 D 0.016 0.005 0.003 0.016 0.153 0.807 95 D 0.001 0.001 0.051 0.897 0.039 0.012 96 M 0.001 0.001 0.043 0.940 0.014 0.002 97 C 0.001 0.001 0.034 0.953 0.010 0.002 98 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 99 N 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.006 100 Y 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 101 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 102 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 106 E 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.002 107 Q 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.004 108 N 0.001 0.002 0.011 0.861 0.028 0.097 109 N 0.001 0.002 0.003 0.008 0.042 0.944 110 L 0.011 0.011 0.263 0.018 0.339 0.357 111 S 0.033 0.004 0.384 0.008 0.431 0.139 112 D 0.045 0.002 0.417 0.013 0.431 0.092 113 L 0.419 0.013 0.037 0.010 0.299 0.222 114 I 0.892 0.004 0.001 0.003 0.028 0.072 115 K 0.982 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 116 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 117 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 118 K 0.959 0.001 0.001 0.002 0.009 0.028 119 V 0.450 0.007 0.001 0.005 0.069 0.468 120 P 0.029 0.003 0.001 0.003 0.081 0.884 121 Q 0.004 0.002 0.012 0.675 0.130 0.177 122 A 0.001 0.001 0.011 0.936 0.039 0.013 123 T 0.002 0.001 0.014 0.929 0.047 0.007 124 L 0.004 0.001 0.006 0.961 0.020 0.008 125 L 0.004 0.001 0.005 0.972 0.011 0.008 126 M 0.004 0.001 0.005 0.962 0.012 0.016 127 D 0.004 0.001 0.007 0.940 0.014 0.035 128 A 0.003 0.001 0.009 0.959 0.011 0.017 129 L 0.012 0.002 0.018 0.903 0.027 0.038 130 K 0.019 0.003 0.029 0.839 0.050 0.061 131 E 0.023 0.003 0.040 0.799 0.062 0.074 132 E 0.025 0.004 0.069 0.669 0.136 0.098 133 S 0.024 0.006 0.110 0.490 0.203 0.167 134 E 0.034 0.006 0.090 0.159 0.331 0.378 135 I 0.086 0.004 0.075 0.066 0.352 0.416 136 I 0.348 0.018 0.012 0.009 0.140 0.473 137 Y 0.626 0.010 0.002 0.001 0.088 0.273 138 D 0.713 0.002 0.001 0.001 0.060 0.224 139 F 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 140 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 141 M 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 142 C 0.793 0.008 0.001 0.008 0.036 0.155 143 N 0.083 0.003 0.003 0.021 0.179 0.710 144 P 0.026 0.004 0.024 0.417 0.314 0.215 145 P 0.014 0.014 0.104 0.536 0.232 0.100 146 F 0.016 0.010 0.095 0.701 0.146 0.032 147 F 0.018 0.006 0.098 0.664 0.174 0.041 148 A 0.018 0.008 0.106 0.544 0.234 0.089 149 N 0.026 0.006 0.131 0.384 0.322 0.132 150 Q 0.032 0.010 0.114 0.286 0.417 0.141 151 L 0.027 0.010 0.153 0.460 0.227 0.124 152 E 0.028 0.011 0.106 0.555 0.177 0.123 153 A 0.013 0.004 0.140 0.600 0.139 0.104 154 K 0.014 0.005 0.161 0.499 0.179 0.143 155 G 0.019 0.007 0.190 0.376 0.233 0.175 156 V 0.027 0.021 0.154 0.340 0.231 0.227 157 N 0.046 0.025 0.114 0.197 0.346 0.273 158 S 0.033 0.019 0.089 0.133 0.409 0.317 159 R 0.034 0.019 0.060 0.104 0.388 0.394 160 N 0.034 0.018 0.032 0.031 0.458 0.428 161 P 0.023 0.015 0.070 0.036 0.426 0.430 162 R 0.036 0.039 0.044 0.023 0.387 0.470 163 R 0.043 0.048 0.015 0.011 0.321 0.562 164 P 0.027 0.029 0.006 0.008 0.228 0.701 165 P 0.026 0.023 0.008 0.009 0.352 0.582 166 P 0.030 0.022 0.030 0.028 0.498 0.392 167 S 0.037 0.018 0.062 0.041 0.520 0.322 168 S 0.077 0.022 0.102 0.075 0.472 0.251 169 V 0.120 0.047 0.081 0.134 0.294 0.323 170 N 0.129 0.053 0.057 0.143 0.268 0.351 171 T 0.089 0.025 0.032 0.163 0.331 0.361 172 G 0.053 0.007 0.023 0.142 0.373 0.401 173 G 0.053 0.010 0.035 0.391 0.244 0.268 174 I 0.045 0.006 0.030 0.789 0.073 0.057 175 T 0.052 0.004 0.042 0.779 0.071 0.053 176 E 0.060 0.005 0.044 0.779 0.069 0.043 177 I 0.080 0.007 0.046 0.768 0.053 0.047 178 M 0.052 0.009 0.023 0.802 0.053 0.061 179 A 0.031 0.008 0.017 0.653 0.258 0.032 180 E 0.013 0.002 0.013 0.523 0.391 0.058 181 G 0.005 0.001 0.012 0.296 0.598 0.088 182 G 0.062 0.032 0.010 0.111 0.571 0.214 183 E 0.120 0.032 0.009 0.398 0.055 0.386 184 L 0.187 0.018 0.026 0.524 0.059 0.186 185 E 0.082 0.003 0.043 0.729 0.054 0.089 186 F 0.048 0.002 0.069 0.825 0.028 0.027 187 V 0.024 0.001 0.026 0.917 0.018 0.013 188 K 0.012 0.001 0.020 0.937 0.019 0.012 189 R 0.010 0.001 0.016 0.946 0.016 0.011 190 I 0.005 0.001 0.011 0.951 0.013 0.019 191 I 0.002 0.001 0.008 0.965 0.010 0.014 192 H 0.001 0.001 0.010 0.968 0.011 0.010 193 D 0.001 0.001 0.011 0.960 0.015 0.012 194 S 0.001 0.001 0.016 0.942 0.018 0.022 195 L 0.002 0.001 0.029 0.908 0.034 0.027 196 Q 0.003 0.001 0.037 0.877 0.052 0.031 197 L 0.006 0.002 0.045 0.750 0.092 0.105 198 G 0.017 0.005 0.060 0.373 0.216 0.329 199 K 0.026 0.006 0.108 0.292 0.298 0.270 200 R 0.053 0.006 0.064 0.355 0.252 0.270 201 L 0.076 0.005 0.034 0.311 0.238 0.336 202 R 0.234 0.006 0.013 0.121 0.192 0.435 203 W 0.681 0.006 0.006 0.102 0.054 0.151 204 Y 0.872 0.003 0.003 0.062 0.019 0.041 205 S 0.898 0.001 0.002 0.056 0.013 0.029 206 C 0.884 0.002 0.003 0.059 0.014 0.037 207 M 0.827 0.004 0.006 0.049 0.040 0.074 208 L 0.601 0.015 0.015 0.065 0.110 0.194 209 G 0.232 0.018 0.040 0.043 0.320 0.346 210 K 0.067 0.010 0.149 0.083 0.432 0.260 211 A 0.023 0.008 0.268 0.097 0.419 0.185 212 C 0.012 0.010 0.209 0.196 0.373 0.199 213 S 0.005 0.005 0.072 0.338 0.208 0.372 214 L 0.005 0.004 0.012 0.578 0.085 0.316 215 A 0.004 0.003 0.009 0.874 0.039 0.071 216 P 0.002 0.001 0.009 0.957 0.014 0.015 217 L 0.002 0.002 0.008 0.970 0.007 0.010 218 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 219 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 220 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 221 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 222 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 223 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 224 Q 0.001 0.001 0.004 0.937 0.010 0.049 225 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.970 226 V 0.006 0.003 0.004 0.001 0.140 0.847 227 P 0.076 0.004 0.014 0.002 0.280 0.624 228 K 0.341 0.010 0.026 0.006 0.251 0.365 229 V 0.845 0.007 0.005 0.003 0.049 0.092 230 T 0.953 0.002 0.002 0.002 0.010 0.033 231 Y 0.955 0.003 0.002 0.004 0.008 0.028 232 T 0.879 0.004 0.004 0.009 0.027 0.078 233 E 0.777 0.006 0.011 0.010 0.074 0.123 234 F 0.440 0.016 0.056 0.023 0.266 0.198 235 C 0.229 0.018 0.105 0.033 0.487 0.128 236 Q 0.123 0.011 0.108 0.052 0.550 0.156 237 G 0.071 0.007 0.053 0.036 0.538 0.296 238 R 0.219 0.013 0.031 0.039 0.390 0.309 239 T 0.507 0.009 0.014 0.036 0.146 0.289 240 M 0.849 0.007 0.007 0.035 0.044 0.058 241 R 0.934 0.001 0.002 0.026 0.014 0.022 242 W 0.962 0.001 0.001 0.023 0.005 0.009 243 A 0.937 0.001 0.001 0.035 0.009 0.016 244 L 0.874 0.002 0.004 0.037 0.024 0.058 245 A 0.724 0.008 0.011 0.061 0.057 0.139 246 W 0.506 0.010 0.081 0.084 0.148 0.170 247 S 0.363 0.010 0.111 0.100 0.196 0.220 248 F 0.129 0.019 0.126 0.125 0.239 0.362 249 Y 0.066 0.033 0.013 0.056 0.186 0.645 250 D 0.015 0.003 0.001 0.005 0.063 0.913