# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2149 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.077 0.062 0.112 0.252 0.303 0.176 0.018 2 S 0.264 0.289 0.225 0.136 0.062 0.022 0.003 3 L 0.315 0.315 0.197 0.115 0.045 0.012 0.001 4 N 0.208 0.210 0.213 0.208 0.122 0.036 0.003 5 F 0.100 0.127 0.229 0.300 0.193 0.048 0.002 6 K 0.556 0.323 0.089 0.025 0.005 0.001 0.001 7 D 0.403 0.346 0.164 0.069 0.016 0.002 0.001 8 P 0.301 0.252 0.215 0.153 0.066 0.014 0.001 9 E 0.602 0.277 0.083 0.030 0.008 0.002 0.001 10 A 0.495 0.253 0.141 0.076 0.027 0.007 0.001 11 V 0.167 0.198 0.221 0.230 0.140 0.042 0.003 12 R 0.228 0.277 0.234 0.159 0.071 0.027 0.004 13 A 0.190 0.218 0.206 0.193 0.124 0.060 0.009 14 L 0.068 0.078 0.136 0.201 0.250 0.216 0.051 15 T 0.110 0.174 0.191 0.216 0.166 0.117 0.027 16 C 0.081 0.100 0.139 0.197 0.223 0.200 0.060 17 T 0.106 0.117 0.129 0.189 0.220 0.194 0.045 18 L 0.111 0.098 0.122 0.183 0.224 0.207 0.054 19 L 0.243 0.236 0.185 0.156 0.104 0.061 0.015 20 R 0.247 0.244 0.203 0.162 0.092 0.042 0.010 21 E 0.293 0.255 0.172 0.139 0.086 0.045 0.010 22 D 0.221 0.207 0.173 0.159 0.133 0.086 0.021 23 F 0.075 0.094 0.150 0.248 0.263 0.147 0.023 24 G 0.188 0.288 0.247 0.159 0.078 0.033 0.008 25 L 0.073 0.121 0.172 0.245 0.236 0.134 0.019 26 S 0.104 0.236 0.257 0.211 0.128 0.056 0.009 27 I 0.019 0.039 0.092 0.221 0.351 0.247 0.031 28 D 0.109 0.301 0.286 0.195 0.080 0.025 0.003 29 I 0.022 0.054 0.123 0.289 0.348 0.153 0.011 30 P 0.265 0.363 0.227 0.106 0.032 0.007 0.001 31 L 0.285 0.342 0.228 0.111 0.029 0.005 0.001 32 E 0.296 0.349 0.221 0.096 0.029 0.008 0.001 33 R 0.043 0.148 0.272 0.297 0.182 0.053 0.004 34 L 0.017 0.024 0.053 0.153 0.330 0.360 0.064 35 I 0.025 0.089 0.166 0.267 0.250 0.169 0.034 36 P 0.044 0.082 0.110 0.171 0.234 0.276 0.084 37 T 0.093 0.153 0.170 0.199 0.183 0.149 0.052 38 V 0.041 0.064 0.130 0.230 0.273 0.205 0.058 39 P 0.138 0.187 0.180 0.172 0.150 0.127 0.047 40 L 0.134 0.171 0.179 0.201 0.173 0.112 0.029 41 R 0.186 0.215 0.194 0.174 0.126 0.079 0.026 42 L 0.205 0.190 0.171 0.171 0.135 0.097 0.031 43 N 0.196 0.248 0.191 0.148 0.097 0.080 0.040 44 Y 0.086 0.099 0.121 0.186 0.215 0.204 0.089 45 I 0.085 0.156 0.196 0.219 0.171 0.128 0.046 46 H 0.101 0.214 0.234 0.200 0.137 0.084 0.030 47 W 0.029 0.048 0.083 0.160 0.263 0.317 0.099 48 V 0.014 0.020 0.044 0.116 0.249 0.404 0.153 49 E 0.045 0.148 0.234 0.250 0.180 0.118 0.025 50 D 0.040 0.127 0.212 0.271 0.215 0.115 0.020 51 L 0.011 0.025 0.055 0.142 0.305 0.375 0.087 52 I 0.026 0.045 0.101 0.237 0.327 0.235 0.030 53 G 0.205 0.335 0.247 0.140 0.055 0.016 0.002 54 H 0.179 0.292 0.258 0.179 0.071 0.019 0.002 55 Q 0.323 0.240 0.175 0.148 0.085 0.027 0.002 56 D 0.333 0.286 0.201 0.122 0.047 0.010 0.001 57 S 0.412 0.236 0.165 0.123 0.051 0.012 0.001 58 D 0.581 0.291 0.088 0.030 0.008 0.002 0.001 59 K 0.361 0.290 0.204 0.109 0.031 0.004 0.001 60 S 0.470 0.279 0.139 0.075 0.031 0.006 0.001 61 T 0.295 0.323 0.195 0.121 0.053 0.012 0.001 62 L 0.024 0.110 0.240 0.351 0.219 0.052 0.003 63 R 0.013 0.112 0.213 0.312 0.248 0.092 0.009 64 R 0.001 0.006 0.039 0.200 0.441 0.277 0.036 65 G 0.001 0.001 0.002 0.011 0.074 0.496 0.416 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.215 0.770 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.084 0.909 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.955 69 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.090 0.903 70 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.176 0.793 71 G 0.001 0.001 0.003 0.014 0.065 0.263 0.655 72 A 0.001 0.002 0.004 0.013 0.048 0.260 0.673 73 S 0.001 0.002 0.007 0.033 0.132 0.348 0.480 74 C 0.001 0.003 0.009 0.031 0.098 0.308 0.549 75 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.155 0.816 76 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.182 0.779 77 P 0.001 0.004 0.018 0.073 0.160 0.312 0.432 78 L 0.001 0.005 0.019 0.070 0.180 0.396 0.329 79 L 0.001 0.002 0.003 0.011 0.065 0.453 0.466 80 G 0.003 0.014 0.044 0.163 0.350 0.350 0.076 81 A 0.036 0.212 0.277 0.237 0.146 0.076 0.015 82 T 0.029 0.146 0.241 0.304 0.187 0.082 0.011 83 L 0.012 0.056 0.162 0.324 0.327 0.110 0.009 84 N 0.274 0.356 0.200 0.110 0.045 0.012 0.002 85 G 0.273 0.366 0.206 0.107 0.035 0.010 0.003 86 W 0.003 0.021 0.083 0.248 0.404 0.220 0.021 87 Y 0.005 0.028 0.107 0.276 0.316 0.209 0.059 88 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.445 0.498 89 L 0.001 0.001 0.003 0.019 0.107 0.439 0.430 90 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.029 0.235 0.728 91 T 0.001 0.001 0.002 0.010 0.065 0.340 0.581 92 E 0.001 0.008 0.037 0.122 0.247 0.386 0.199 93 V 0.001 0.004 0.018 0.092 0.317 0.457 0.112 94 D 0.011 0.081 0.156 0.255 0.267 0.197 0.033 95 D 0.105 0.307 0.277 0.185 0.094 0.029 0.002 96 M 0.025 0.126 0.326 0.331 0.157 0.034 0.002 97 C 0.005 0.009 0.014 0.054 0.232 0.589 0.097 98 F 0.003 0.035 0.120 0.341 0.329 0.158 0.013 99 N 0.034 0.364 0.375 0.170 0.045 0.010 0.001 100 Y 0.001 0.012 0.090 0.327 0.419 0.143 0.007 101 A 0.001 0.001 0.002 0.015 0.182 0.700 0.100 102 K 0.006 0.095 0.344 0.394 0.141 0.020 0.001 103 K 0.045 0.543 0.308 0.089 0.013 0.001 0.001 104 N 0.004 0.026 0.125 0.458 0.332 0.055 0.001 105 V 0.011 0.033 0.117 0.375 0.405 0.058 0.001 106 E 0.469 0.449 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.610 0.296 0.076 0.016 0.002 0.001 0.001 108 N 0.189 0.285 0.287 0.182 0.051 0.006 0.001 109 N 0.542 0.313 0.098 0.038 0.008 0.001 0.001 110 L 0.130 0.139 0.280 0.318 0.123 0.009 0.001 111 S 0.568 0.331 0.081 0.016 0.003 0.001 0.001 112 D 0.398 0.431 0.131 0.035 0.005 0.001 0.001 113 L 0.100 0.228 0.312 0.256 0.091 0.013 0.001 114 I 0.013 0.036 0.090 0.248 0.387 0.214 0.011 115 K 0.014 0.106 0.294 0.374 0.168 0.041 0.003 116 V 0.003 0.005 0.013 0.061 0.236 0.573 0.110 117 V 0.005 0.037 0.088 0.203 0.331 0.285 0.051 118 K 0.021 0.137 0.249 0.273 0.191 0.113 0.015 119 V 0.055 0.145 0.227 0.258 0.209 0.090 0.016 120 P 0.260 0.258 0.200 0.144 0.088 0.042 0.008 121 Q 0.269 0.247 0.208 0.156 0.083 0.034 0.003 122 A 0.200 0.244 0.231 0.193 0.098 0.031 0.003 123 T 0.306 0.316 0.199 0.106 0.048 0.020 0.004 124 L 0.092 0.142 0.202 0.266 0.204 0.086 0.008 125 L 0.033 0.033 0.066 0.192 0.353 0.289 0.034 126 M 0.080 0.173 0.286 0.297 0.134 0.028 0.001 127 D 0.310 0.437 0.183 0.055 0.012 0.002 0.001 128 A 0.105 0.205 0.266 0.272 0.125 0.027 0.001 129 L 0.041 0.097 0.212 0.332 0.255 0.061 0.002 130 K 0.487 0.370 0.105 0.030 0.006 0.001 0.001 131 E 0.585 0.287 0.087 0.032 0.007 0.001 0.001 132 E 0.298 0.270 0.217 0.147 0.059 0.009 0.001 133 S 0.563 0.303 0.099 0.029 0.005 0.001 0.001 134 E 0.497 0.327 0.129 0.040 0.007 0.001 0.001 135 I 0.032 0.183 0.349 0.314 0.112 0.010 0.001 136 I 0.032 0.240 0.327 0.290 0.096 0.015 0.001 137 Y 0.001 0.001 0.010 0.082 0.367 0.484 0.056 138 D 0.001 0.002 0.013 0.081 0.310 0.466 0.128 139 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.339 0.624 140 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.131 0.863 141 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.124 0.861 142 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.143 0.836 143 N 0.001 0.002 0.005 0.025 0.089 0.341 0.537 144 P 0.002 0.011 0.035 0.103 0.217 0.379 0.254 145 P 0.005 0.017 0.037 0.093 0.235 0.411 0.204 146 F 0.014 0.030 0.064 0.141 0.258 0.362 0.131 147 F 0.012 0.025 0.056 0.127 0.242 0.386 0.152 148 A 0.052 0.152 0.204 0.243 0.184 0.126 0.040 149 N 0.078 0.123 0.167 0.237 0.230 0.139 0.027 150 Q 0.165 0.222 0.214 0.197 0.129 0.061 0.012 151 L 0.309 0.262 0.173 0.133 0.075 0.038 0.009 152 E 0.291 0.302 0.196 0.121 0.061 0.026 0.004 153 A 0.155 0.204 0.233 0.225 0.130 0.049 0.005 154 K 0.418 0.280 0.152 0.089 0.041 0.017 0.003 155 G 0.343 0.298 0.191 0.106 0.043 0.016 0.003 156 V 0.131 0.127 0.167 0.248 0.211 0.105 0.011 157 N 0.202 0.182 0.186 0.206 0.144 0.071 0.009 158 S 0.345 0.308 0.187 0.101 0.043 0.014 0.002 159 R 0.247 0.243 0.210 0.168 0.091 0.035 0.006 160 N 0.106 0.139 0.165 0.213 0.206 0.151 0.021 161 P 0.070 0.123 0.178 0.235 0.216 0.150 0.029 162 R 0.144 0.209 0.218 0.206 0.139 0.069 0.016 163 R 0.136 0.173 0.178 0.197 0.165 0.119 0.032 164 P 0.096 0.120 0.148 0.191 0.194 0.185 0.065 165 P 0.176 0.197 0.174 0.158 0.126 0.112 0.056 166 P 0.197 0.184 0.170 0.169 0.139 0.101 0.040 167 S 0.198 0.214 0.174 0.158 0.121 0.096 0.040 168 S 0.146 0.152 0.162 0.173 0.156 0.149 0.064 169 V 0.082 0.105 0.124 0.179 0.208 0.215 0.087 170 N 0.079 0.080 0.100 0.149 0.202 0.248 0.142 171 T 0.073 0.110 0.142 0.193 0.196 0.199 0.086 172 G 0.120 0.200 0.220 0.197 0.139 0.088 0.035 173 G 0.065 0.129 0.193 0.243 0.216 0.123 0.031 174 I 0.078 0.044 0.053 0.118 0.260 0.353 0.095 175 T 0.093 0.129 0.201 0.285 0.210 0.076 0.007 176 E 0.113 0.345 0.307 0.156 0.057 0.018 0.003 177 I 0.035 0.102 0.164 0.260 0.256 0.152 0.031 178 M 0.032 0.074 0.156 0.260 0.289 0.171 0.019 179 A 0.296 0.286 0.192 0.139 0.063 0.021 0.003 180 E 0.736 0.169 0.051 0.026 0.012 0.004 0.001 181 G 0.539 0.290 0.111 0.040 0.015 0.004 0.001 182 G 0.095 0.179 0.252 0.270 0.143 0.055 0.006 183 E 0.046 0.126 0.179 0.226 0.228 0.163 0.032 184 L 0.006 0.023 0.080 0.217 0.387 0.254 0.034 185 E 0.026 0.096 0.223 0.342 0.226 0.077 0.010 186 F 0.005 0.012 0.029 0.080 0.225 0.511 0.138 187 V 0.002 0.004 0.009 0.038 0.179 0.562 0.205 188 K 0.006 0.054 0.175 0.324 0.274 0.148 0.019 189 R 0.012 0.074 0.196 0.330 0.267 0.105 0.015 190 I 0.003 0.014 0.029 0.073 0.217 0.532 0.131 191 I 0.002 0.007 0.026 0.117 0.330 0.442 0.074 192 H 0.080 0.317 0.319 0.184 0.074 0.021 0.004 193 D 0.053 0.195 0.291 0.288 0.132 0.036 0.005 194 S 0.011 0.016 0.032 0.122 0.321 0.437 0.059 195 L 0.028 0.117 0.265 0.339 0.194 0.052 0.004 196 Q 0.331 0.441 0.156 0.053 0.015 0.004 0.001 197 L 0.083 0.168 0.230 0.279 0.166 0.065 0.009 198 G 0.044 0.069 0.130 0.257 0.297 0.183 0.021 199 K 0.308 0.364 0.196 0.088 0.031 0.010 0.003 200 R 0.331 0.322 0.181 0.100 0.044 0.018 0.005 201 L 0.046 0.099 0.160 0.232 0.256 0.173 0.035 202 R 0.085 0.147 0.200 0.215 0.173 0.134 0.046 203 W 0.037 0.045 0.074 0.147 0.250 0.321 0.125 204 Y 0.037 0.038 0.056 0.113 0.201 0.348 0.208 205 S 0.045 0.048 0.065 0.117 0.175 0.309 0.241 206 C 0.031 0.042 0.067 0.119 0.185 0.297 0.260 207 M 0.030 0.041 0.069 0.130 0.220 0.316 0.194 208 L 0.035 0.045 0.066 0.117 0.224 0.333 0.179 209 G 0.083 0.128 0.158 0.210 0.217 0.161 0.043 210 K 0.139 0.224 0.209 0.187 0.132 0.085 0.023 211 A 0.173 0.220 0.196 0.192 0.136 0.073 0.011 212 C 0.100 0.165 0.205 0.232 0.194 0.090 0.014 213 S 0.136 0.210 0.209 0.205 0.148 0.077 0.014 214 L 0.031 0.089 0.177 0.276 0.257 0.153 0.017 215 A 0.281 0.366 0.208 0.096 0.038 0.011 0.002 216 P 0.049 0.234 0.348 0.249 0.093 0.024 0.002 217 L 0.005 0.006 0.022 0.138 0.444 0.366 0.020 218 K 0.033 0.177 0.359 0.305 0.108 0.018 0.001 219 E 0.230 0.546 0.180 0.037 0.005 0.001 0.001 220 E 0.019 0.082 0.228 0.385 0.236 0.049 0.001 221 L 0.008 0.027 0.107 0.343 0.404 0.110 0.002 222 R 0.215 0.445 0.245 0.078 0.015 0.002 0.001 223 I 0.519 0.328 0.112 0.034 0.007 0.001 0.001 224 Q 0.225 0.261 0.252 0.178 0.070 0.014 0.001 225 G 0.397 0.306 0.171 0.089 0.030 0.007 0.001 226 V 0.114 0.149 0.246 0.292 0.168 0.030 0.001 227 P 0.355 0.380 0.173 0.068 0.020 0.004 0.001 228 K 0.301 0.359 0.197 0.106 0.031 0.006 0.001 229 V 0.042 0.083 0.183 0.325 0.273 0.089 0.005 230 T 0.112 0.340 0.313 0.168 0.053 0.013 0.001 231 Y 0.047 0.071 0.127 0.277 0.321 0.147 0.011 232 T 0.086 0.167 0.242 0.280 0.169 0.051 0.004 233 E 0.237 0.387 0.217 0.102 0.037 0.016 0.003 234 F 0.055 0.095 0.155 0.261 0.232 0.171 0.030 235 C 0.074 0.131 0.175 0.223 0.215 0.149 0.033 236 Q 0.257 0.246 0.178 0.142 0.096 0.061 0.021 237 G 0.338 0.257 0.174 0.120 0.064 0.035 0.013 238 R 0.228 0.228 0.217 0.168 0.098 0.049 0.012 239 T 0.256 0.249 0.184 0.141 0.095 0.060 0.016 240 M 0.153 0.147 0.171 0.197 0.185 0.121 0.027 241 R 0.124 0.119 0.140 0.198 0.209 0.167 0.043 242 W 0.080 0.080 0.105 0.182 0.212 0.255 0.085 243 A 0.101 0.107 0.127 0.183 0.194 0.209 0.077 244 L 0.128 0.098 0.111 0.167 0.213 0.213 0.070 245 A 0.159 0.169 0.169 0.191 0.160 0.122 0.029 246 W 0.177 0.154 0.184 0.207 0.177 0.088 0.013 247 S 0.332 0.307 0.183 0.110 0.051 0.016 0.002 248 F 0.359 0.244 0.177 0.130 0.067 0.021 0.002 249 Y 0.469 0.223 0.155 0.100 0.042 0.010 0.001 250 D 0.742 0.173 0.055 0.022 0.006 0.002 0.001