# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 417 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.066 0.032 0.015 0.008 0.327 0.552 2 I 0.123 0.070 0.008 0.006 0.208 0.585 3 P 0.105 0.068 0.007 0.003 0.683 0.134 4 L 0.041 0.010 0.055 0.008 0.851 0.035 5 E 0.042 0.002 0.045 0.004 0.878 0.028 6 R 0.293 0.011 0.040 0.007 0.614 0.035 7 L 0.684 0.065 0.006 0.008 0.088 0.149 8 I 0.650 0.040 0.003 0.010 0.090 0.206 9 P 0.388 0.021 0.003 0.015 0.105 0.468 10 T 0.137 0.023 0.003 0.024 0.095 0.719 11 V 0.039 0.006 0.007 0.085 0.188 0.676 12 P 0.019 0.004 0.025 0.275 0.259 0.418 13 L 0.016 0.007 0.038 0.566 0.197 0.175 14 R 0.008 0.003 0.025 0.839 0.073 0.052 15 L 0.007 0.002 0.018 0.904 0.034 0.035 16 N 0.009 0.004 0.019 0.911 0.023 0.034 17 Y 0.007 0.001 0.010 0.965 0.008 0.009 18 I 0.011 0.001 0.010 0.965 0.007 0.006 19 H 0.014 0.001 0.011 0.957 0.008 0.008 20 W 0.018 0.001 0.006 0.954 0.008 0.012 21 V 0.013 0.001 0.005 0.953 0.012 0.016 22 E 0.004 0.001 0.008 0.951 0.016 0.021 23 D 0.001 0.001 0.015 0.954 0.016 0.014 24 L 0.002 0.001 0.020 0.922 0.034 0.021 25 I 0.002 0.001 0.026 0.849 0.074 0.048 26 G 0.002 0.001 0.036 0.763 0.109 0.090 27 H 0.004 0.001 0.040 0.480 0.226 0.249 28 Q 0.015 0.009 0.046 0.322 0.296 0.313 29 D 0.043 0.025 0.056 0.194 0.361 0.320 30 S 0.046 0.014 0.070 0.175 0.360 0.335 31 D 0.040 0.012 0.084 0.121 0.388 0.355 32 K 0.024 0.010 0.114 0.125 0.445 0.283 33 S 0.028 0.012 0.069 0.050 0.570 0.272 34 T 0.049 0.012 0.061 0.033 0.543 0.304 35 L 0.120 0.008 0.028 0.021 0.422 0.402 36 R 0.394 0.011 0.016 0.015 0.224 0.340 37 R 0.815 0.015 0.007 0.010 0.054 0.101 38 G 0.878 0.006 0.008 0.010 0.031 0.066 39 I 0.853 0.007 0.012 0.012 0.042 0.075 40 D 0.810 0.010 0.013 0.007 0.060 0.101 41 I 0.375 0.012 0.018 0.010 0.259 0.327 42 G 0.084 0.020 0.021 0.008 0.609 0.258 43 T 0.004 0.004 0.026 0.014 0.755 0.196 44 G 0.002 0.006 0.093 0.082 0.554 0.263 45 A 0.003 0.007 0.086 0.399 0.387 0.119 46 S 0.002 0.004 0.067 0.327 0.218 0.383 47 C 0.001 0.001 0.086 0.870 0.024 0.018 48 I 0.001 0.001 0.075 0.908 0.011 0.004 49 Y 0.001 0.001 0.073 0.916 0.008 0.002 50 P 0.001 0.001 0.015 0.971 0.011 0.002 51 L 0.001 0.001 0.011 0.974 0.012 0.003 52 L 0.001 0.002 0.012 0.976 0.010 0.001 53 G 0.001 0.001 0.031 0.935 0.029 0.006 54 A 0.002 0.008 0.068 0.841 0.063 0.019 55 T 0.005 0.022 0.042 0.602 0.186 0.143 56 L 0.005 0.015 0.009 0.096 0.815 0.060 57 N 0.002 0.003 0.007 0.013 0.909 0.066 58 G 0.005 0.001 0.005 0.002 0.937 0.050 59 W 0.240 0.005 0.002 0.002 0.670 0.081 60 Y 0.843 0.008 0.001 0.001 0.031 0.116 61 F 0.983 0.006 0.001 0.001 0.002 0.009 62 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 63 A 0.976 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 64 T 0.915 0.002 0.001 0.001 0.016 0.066 65 E 0.584 0.008 0.002 0.002 0.083 0.321 66 V 0.057 0.014 0.003 0.004 0.134 0.789 67 D 0.008 0.006 0.002 0.009 0.105 0.871 68 D 0.001 0.001 0.021 0.946 0.023 0.010 69 M 0.001 0.001 0.008 0.970 0.018 0.004 70 C 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.002 71 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 79 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.010 0.005 80 Q 0.001 0.001 0.011 0.963 0.013 0.012 81 N 0.005 0.003 0.009 0.779 0.050 0.154 82 N 0.009 0.004 0.010 0.091 0.253 0.634 83 L 0.005 0.002 0.159 0.206 0.496 0.133 84 S 0.015 0.004 0.253 0.184 0.483 0.060 85 D 0.061 0.004 0.239 0.225 0.410 0.062 86 L 0.329 0.009 0.047 0.173 0.201 0.241 87 I 0.754 0.012 0.013 0.077 0.056 0.088 88 K 0.824 0.005 0.010 0.082 0.033 0.045 89 V 0.801 0.008 0.012 0.074 0.037 0.066 90 V 0.645 0.009 0.014 0.102 0.076 0.154 91 K 0.434 0.008 0.026 0.108 0.172 0.252 92 V 0.124 0.009 0.028 0.103 0.313 0.423 93 P 0.083 0.017 0.038 0.087 0.446 0.330 94 Q 0.043 0.009 0.116 0.185 0.500 0.147 95 A 0.029 0.010 0.125 0.225 0.442 0.169 96 T 0.029 0.007 0.133 0.329 0.341 0.161 97 L 0.023 0.006 0.077 0.418 0.265 0.210 98 L 0.032 0.015 0.097 0.477 0.216 0.163 99 M 0.049 0.010 0.115 0.515 0.194 0.115 100 D 0.059 0.006 0.122 0.509 0.199 0.104 101 A 0.039 0.004 0.112 0.511 0.216 0.118 102 L 0.042 0.004 0.064 0.408 0.265 0.217 103 K 0.070 0.012 0.070 0.307 0.294 0.246 104 E 0.077 0.023 0.073 0.243 0.302 0.281 105 E 0.072 0.014 0.100 0.164 0.381 0.269 106 S 0.052 0.011 0.090 0.108 0.433 0.307 107 E 0.047 0.008 0.090 0.050 0.472 0.332 108 I 0.099 0.013 0.049 0.027 0.378 0.434 109 I 0.243 0.013 0.028 0.008 0.234 0.474 110 Y 0.491 0.021 0.007 0.002 0.168 0.312 111 D 0.581 0.003 0.003 0.001 0.102 0.311 112 F 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 113 C 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 114 M 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 115 C 0.912 0.004 0.001 0.001 0.013 0.071 116 N 0.171 0.010 0.001 0.001 0.143 0.674 117 P 0.017 0.006 0.019 0.003 0.549 0.406 118 P 0.011 0.006 0.074 0.008 0.529 0.372 119 F 0.019 0.045 0.211 0.026 0.512 0.186 120 F 0.021 0.032 0.095 0.044 0.469 0.338 121 A 0.025 0.015 0.085 0.093 0.398 0.384 122 N 0.010 0.008 0.087 0.240 0.397 0.258 123 Q 0.004 0.004 0.149 0.461 0.270 0.112 124 L 0.006 0.004 0.164 0.522 0.228 0.076 125 E 0.007 0.003 0.137 0.565 0.217 0.072 126 A 0.009 0.006 0.077 0.624 0.190 0.095 127 K 0.011 0.005 0.040 0.617 0.183 0.144 128 G 0.011 0.004 0.029 0.571 0.177 0.208 129 V 0.017 0.007 0.030 0.522 0.196 0.227 130 N 0.023 0.006 0.042 0.648 0.154 0.127 131 S 0.041 0.006 0.045 0.688 0.121 0.099 132 R 0.039 0.004 0.050 0.728 0.094 0.084 133 N 0.042 0.005 0.042 0.722 0.084 0.106 134 P 0.030 0.004 0.039 0.722 0.084 0.120 135 R 0.027 0.004 0.040 0.653 0.116 0.160 136 R 0.023 0.005 0.045 0.512 0.168 0.246 137 P 0.018 0.006 0.050 0.373 0.234 0.319 138 P 0.020 0.007 0.117 0.373 0.298 0.185 139 P 0.018 0.005 0.190 0.357 0.318 0.111 140 S 0.032 0.007 0.234 0.356 0.282 0.089 141 S 0.056 0.015 0.160 0.382 0.274 0.114 142 V 0.079 0.020 0.100 0.321 0.338 0.143 143 N 0.070 0.009 0.042 0.202 0.440 0.238 144 T 0.071 0.017 0.031 0.120 0.428 0.333 145 G 0.125 0.011 0.015 0.039 0.372 0.438 146 G 0.291 0.011 0.019 0.027 0.233 0.420 147 I 0.616 0.022 0.023 0.023 0.112 0.205 148 T 0.829 0.008 0.022 0.015 0.052 0.074 149 E 0.897 0.004 0.016 0.012 0.030 0.041 150 I 0.908 0.004 0.009 0.009 0.029 0.040 151 M 0.863 0.009 0.008 0.010 0.050 0.060 152 A 0.625 0.015 0.008 0.009 0.141 0.202 153 E 0.103 0.009 0.011 0.023 0.622 0.232 154 G 0.007 0.002 0.061 0.129 0.721 0.080 155 G 0.004 0.003 0.052 0.221 0.650 0.069 156 E 0.004 0.006 0.082 0.649 0.229 0.030 157 L 0.006 0.002 0.025 0.866 0.060 0.040 158 E 0.012 0.003 0.032 0.904 0.029 0.020 159 F 0.018 0.004 0.042 0.904 0.019 0.013 160 V 0.016 0.001 0.015 0.939 0.012 0.016 161 K 0.014 0.001 0.007 0.955 0.010 0.013 162 R 0.004 0.001 0.005 0.968 0.010 0.012 163 I 0.002 0.001 0.004 0.978 0.007 0.009 164 I 0.001 0.001 0.006 0.957 0.016 0.019 165 H 0.001 0.001 0.007 0.947 0.024 0.021 166 D 0.001 0.001 0.009 0.922 0.038 0.030 167 S 0.001 0.001 0.013 0.834 0.069 0.082 168 L 0.003 0.002 0.071 0.729 0.129 0.067 169 Q 0.005 0.003 0.101 0.631 0.195 0.064 170 L 0.010 0.002 0.128 0.517 0.237 0.106 171 G 0.035 0.011 0.124 0.330 0.316 0.185 172 K 0.060 0.007 0.094 0.185 0.424 0.232 173 R 0.089 0.006 0.061 0.107 0.412 0.325 174 L 0.222 0.005 0.016 0.031 0.324 0.402 175 R 0.581 0.004 0.005 0.016 0.118 0.276 176 W 0.899 0.004 0.001 0.007 0.016 0.073 177 Y 0.953 0.003 0.001 0.006 0.008 0.029 178 S 0.950 0.003 0.001 0.004 0.010 0.032 179 C 0.854 0.003 0.003 0.007 0.035 0.099 180 M 0.582 0.009 0.008 0.016 0.149 0.236 181 L 0.162 0.017 0.023 0.041 0.375 0.383 182 G 0.070 0.009 0.025 0.038 0.569 0.289 183 K 0.020 0.003 0.122 0.155 0.585 0.115 184 A 0.018 0.006 0.135 0.337 0.410 0.094 185 C 0.011 0.004 0.083 0.507 0.317 0.078 186 S 0.011 0.003 0.015 0.467 0.205 0.299 187 L 0.027 0.005 0.010 0.728 0.100 0.130 188 A 0.032 0.006 0.013 0.826 0.051 0.073 189 P 0.038 0.003 0.015 0.882 0.026 0.035 190 L 0.036 0.002 0.018 0.899 0.024 0.021 191 K 0.021 0.001 0.015 0.929 0.020 0.014 192 E 0.010 0.001 0.010 0.954 0.014 0.011 193 E 0.007 0.001 0.010 0.942 0.021 0.020 194 L 0.005 0.001 0.016 0.926 0.032 0.020 195 R 0.006 0.001 0.017 0.828 0.084 0.063 196 I 0.012 0.002 0.018 0.358 0.260 0.350 197 Q 0.021 0.004 0.017 0.068 0.343 0.547 198 G 0.061 0.007 0.022 0.031 0.361 0.518 199 V 0.220 0.015 0.042 0.037 0.320 0.366 200 P 0.481 0.012 0.034 0.030 0.175 0.267 201 K 0.817 0.004 0.008 0.013 0.046 0.112 202 V 0.908 0.005 0.002 0.008 0.017 0.060 203 T 0.853 0.008 0.001 0.010 0.025 0.103 204 Y 0.536 0.007 0.003 0.035 0.062 0.358 205 T 0.281 0.012 0.040 0.115 0.166 0.386 206 E 0.165 0.011 0.160 0.105 0.299 0.260 207 F 0.072 0.004 0.244 0.110 0.402 0.169 208 C 0.080 0.019 0.151 0.109 0.519 0.122 209 Q 0.055 0.018 0.095 0.083 0.598 0.152 210 G 0.041 0.003 0.015 0.019 0.589 0.333 211 R 0.193 0.008 0.007 0.008 0.386 0.398 212 T 0.555 0.026 0.002 0.005 0.138 0.274 213 M 0.779 0.014 0.003 0.005 0.079 0.120 214 R 0.881 0.005 0.003 0.002 0.038 0.071 215 W 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 216 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 217 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 218 A 0.965 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 219 W 0.876 0.002 0.004 0.004 0.034 0.079 220 S 0.651 0.007 0.019 0.009 0.121 0.194 221 F 0.312 0.019 0.020 0.012 0.155 0.482 222 Y 0.103 0.021 0.009 0.011 0.123 0.735 223 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.975