# TARGET T0293 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 417 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.025 0.017 0.049 0.006 0.041 0.022 0.840 2 I 0.064 0.214 0.020 0.014 0.043 0.019 0.628 3 P 0.017 0.010 0.019 0.004 0.047 0.022 0.881 4 L 0.003 0.001 0.084 0.008 0.042 0.837 0.024 5 E 0.005 0.003 0.105 0.009 0.051 0.798 0.030 6 R 0.064 0.042 0.064 0.017 0.295 0.066 0.451 7 L 0.183 0.090 0.011 0.009 0.081 0.036 0.590 8 I 0.208 0.067 0.008 0.005 0.149 0.030 0.533 9 P 0.109 0.059 0.008 0.008 0.136 0.027 0.653 10 T 0.029 0.021 0.008 0.013 0.161 0.044 0.723 11 V 0.010 0.008 0.041 0.071 0.232 0.116 0.522 12 P 0.004 0.005 0.107 0.203 0.138 0.334 0.209 13 L 0.004 0.006 0.107 0.317 0.134 0.229 0.202 14 R 0.003 0.004 0.047 0.741 0.064 0.043 0.097 15 L 0.006 0.004 0.018 0.842 0.022 0.044 0.064 16 N 0.006 0.002 0.011 0.905 0.014 0.037 0.025 17 Y 0.006 0.001 0.005 0.952 0.010 0.011 0.015 18 I 0.003 0.001 0.002 0.982 0.004 0.004 0.005 19 H 0.002 0.001 0.002 0.982 0.002 0.007 0.004 20 W 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.002 21 V 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.010 0.003 22 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.012 0.003 23 D 0.001 0.001 0.003 0.963 0.005 0.020 0.008 24 L 0.001 0.001 0.006 0.940 0.009 0.028 0.016 25 I 0.002 0.002 0.013 0.845 0.019 0.088 0.031 26 G 0.002 0.002 0.021 0.641 0.028 0.268 0.039 27 H 0.003 0.002 0.033 0.457 0.053 0.335 0.116 28 Q 0.008 0.012 0.075 0.298 0.116 0.229 0.263 29 D 0.022 0.016 0.145 0.224 0.136 0.186 0.270 30 S 0.031 0.015 0.149 0.210 0.180 0.145 0.271 31 D 0.033 0.010 0.084 0.213 0.160 0.201 0.298 32 K 0.032 0.013 0.078 0.138 0.156 0.224 0.359 33 S 0.032 0.007 0.078 0.063 0.185 0.214 0.422 34 T 0.045 0.016 0.089 0.036 0.297 0.268 0.249 35 L 0.104 0.009 0.061 0.013 0.194 0.249 0.369 36 R 0.234 0.007 0.008 0.004 0.123 0.018 0.606 37 R 0.717 0.011 0.003 0.004 0.097 0.004 0.164 38 G 0.947 0.008 0.002 0.003 0.004 0.003 0.034 39 I 0.948 0.002 0.002 0.009 0.004 0.002 0.034 40 D 0.929 0.003 0.002 0.009 0.006 0.002 0.048 41 I 0.656 0.006 0.010 0.034 0.033 0.026 0.235 42 G 0.296 0.012 0.017 0.077 0.125 0.070 0.403 43 T 0.108 0.014 0.053 0.262 0.164 0.186 0.212 44 G 0.044 0.021 0.041 0.320 0.128 0.239 0.206 45 A 0.016 0.007 0.026 0.610 0.036 0.243 0.062 46 S 0.016 0.004 0.009 0.741 0.058 0.098 0.073 47 C 0.004 0.001 0.002 0.979 0.004 0.005 0.005 48 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.001 49 Y 0.002 0.001 0.004 0.989 0.001 0.003 0.001 50 P 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.006 0.001 51 L 0.005 0.001 0.020 0.954 0.002 0.017 0.002 52 L 0.016 0.001 0.039 0.897 0.005 0.034 0.008 53 G 0.017 0.001 0.071 0.825 0.011 0.059 0.016 54 A 0.036 0.001 0.101 0.650 0.029 0.149 0.035 55 T 0.034 0.005 0.117 0.473 0.048 0.244 0.078 56 L 0.046 0.010 0.083 0.115 0.208 0.110 0.428 57 N 0.009 0.004 0.074 0.021 0.094 0.737 0.061 58 G 0.012 0.001 0.025 0.003 0.061 0.861 0.037 59 W 0.266 0.005 0.006 0.002 0.211 0.031 0.478 60 Y 0.795 0.009 0.001 0.001 0.030 0.003 0.162 61 F 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 62 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 63 A 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.041 64 T 0.893 0.002 0.003 0.002 0.015 0.011 0.073 65 E 0.550 0.019 0.011 0.006 0.103 0.032 0.279 66 V 0.074 0.017 0.005 0.006 0.277 0.012 0.610 67 D 0.010 0.002 0.001 0.008 0.111 0.005 0.864 68 D 0.001 0.001 0.037 0.909 0.013 0.037 0.003 69 M 0.001 0.001 0.012 0.968 0.004 0.014 0.001 70 C 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 71 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 79 E 0.001 0.001 0.011 0.950 0.002 0.033 0.004 80 Q 0.001 0.001 0.016 0.788 0.008 0.182 0.005 81 N 0.001 0.001 0.013 0.376 0.036 0.553 0.021 82 N 0.001 0.002 0.018 0.132 0.072 0.640 0.136 83 L 0.006 0.009 0.077 0.101 0.074 0.114 0.618 84 S 0.019 0.004 0.200 0.135 0.122 0.342 0.178 85 D 0.038 0.006 0.215 0.157 0.143 0.336 0.105 86 L 0.233 0.021 0.076 0.159 0.144 0.104 0.262 87 I 0.685 0.013 0.007 0.083 0.018 0.018 0.177 88 K 0.812 0.005 0.007 0.092 0.019 0.010 0.055 89 V 0.813 0.014 0.010 0.105 0.009 0.012 0.038 90 V 0.713 0.009 0.017 0.144 0.014 0.024 0.079 91 K 0.466 0.012 0.030 0.182 0.070 0.060 0.180 92 V 0.143 0.006 0.055 0.214 0.181 0.114 0.287 93 P 0.089 0.007 0.074 0.167 0.189 0.153 0.321 94 Q 0.051 0.011 0.130 0.364 0.111 0.167 0.165 95 A 0.035 0.009 0.119 0.342 0.087 0.203 0.206 96 T 0.032 0.006 0.092 0.402 0.098 0.159 0.211 97 L 0.048 0.007 0.060 0.477 0.096 0.097 0.214 98 L 0.077 0.015 0.055 0.473 0.078 0.066 0.236 99 M 0.074 0.014 0.051 0.536 0.061 0.078 0.186 100 D 0.062 0.011 0.069 0.511 0.056 0.133 0.159 101 A 0.041 0.006 0.094 0.430 0.063 0.254 0.112 102 L 0.039 0.007 0.097 0.323 0.092 0.313 0.128 103 K 0.068 0.012 0.089 0.223 0.140 0.136 0.333 104 E 0.073 0.022 0.102 0.200 0.142 0.118 0.343 105 E 0.051 0.009 0.084 0.145 0.169 0.171 0.371 106 S 0.024 0.013 0.151 0.099 0.119 0.332 0.262 107 E 0.032 0.004 0.146 0.031 0.162 0.352 0.273 108 I 0.082 0.017 0.090 0.019 0.364 0.185 0.242 109 I 0.294 0.028 0.025 0.006 0.090 0.061 0.496 110 Y 0.385 0.002 0.001 0.001 0.033 0.003 0.576 111 D 0.773 0.001 0.001 0.001 0.177 0.001 0.048 112 F 0.987 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 M 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 115 C 0.680 0.002 0.001 0.001 0.038 0.004 0.275 116 N 0.137 0.005 0.002 0.002 0.358 0.015 0.480 117 P 0.049 0.010 0.014 0.014 0.304 0.049 0.559 118 P 0.037 0.031 0.088 0.063 0.196 0.165 0.420 119 F 0.059 0.027 0.087 0.097 0.180 0.166 0.384 120 F 0.037 0.020 0.084 0.141 0.175 0.121 0.421 121 A 0.023 0.015 0.066 0.208 0.182 0.170 0.337 122 N 0.013 0.009 0.069 0.314 0.162 0.161 0.272 123 Q 0.011 0.008 0.082 0.379 0.129 0.134 0.258 124 L 0.010 0.007 0.084 0.481 0.089 0.122 0.207 125 E 0.008 0.006 0.086 0.580 0.065 0.125 0.130 126 A 0.009 0.004 0.064 0.598 0.071 0.122 0.132 127 K 0.009 0.006 0.041 0.613 0.051 0.150 0.130 128 G 0.011 0.007 0.023 0.534 0.092 0.100 0.234 129 V 0.012 0.006 0.023 0.537 0.065 0.088 0.268 130 N 0.014 0.004 0.034 0.673 0.046 0.090 0.139 131 S 0.020 0.005 0.041 0.738 0.037 0.065 0.094 132 R 0.022 0.005 0.040 0.754 0.039 0.056 0.084 133 N 0.029 0.006 0.042 0.746 0.032 0.077 0.068 134 P 0.026 0.005 0.047 0.690 0.042 0.099 0.091 135 R 0.023 0.005 0.046 0.626 0.058 0.141 0.101 136 R 0.018 0.005 0.039 0.502 0.098 0.134 0.204 137 P 0.015 0.007 0.044 0.406 0.105 0.099 0.324 138 P 0.011 0.005 0.093 0.451 0.081 0.135 0.224 139 P 0.014 0.004 0.162 0.434 0.062 0.202 0.121 140 S 0.022 0.008 0.200 0.399 0.078 0.175 0.118 141 S 0.033 0.017 0.138 0.368 0.127 0.153 0.164 142 V 0.035 0.013 0.086 0.294 0.132 0.217 0.224 143 N 0.033 0.010 0.042 0.176 0.219 0.257 0.263 144 T 0.043 0.011 0.025 0.100 0.262 0.244 0.317 145 G 0.098 0.016 0.020 0.062 0.254 0.108 0.441 146 G 0.246 0.019 0.033 0.060 0.122 0.055 0.466 147 I 0.572 0.016 0.041 0.057 0.069 0.030 0.215 148 T 0.736 0.009 0.041 0.050 0.030 0.016 0.118 149 E 0.805 0.010 0.031 0.043 0.023 0.011 0.077 150 I 0.843 0.012 0.014 0.033 0.021 0.009 0.068 151 M 0.695 0.029 0.015 0.036 0.051 0.023 0.151 152 A 0.235 0.019 0.011 0.030 0.164 0.052 0.489 153 E 0.032 0.004 0.015 0.020 0.234 0.175 0.521 154 G 0.004 0.004 0.048 0.054 0.279 0.514 0.098 155 G 0.006 0.011 0.044 0.097 0.330 0.288 0.224 156 E 0.005 0.005 0.043 0.613 0.104 0.064 0.167 157 L 0.002 0.002 0.009 0.936 0.013 0.013 0.025 158 E 0.002 0.001 0.004 0.974 0.005 0.007 0.007 159 F 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.004 160 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 161 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 162 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 163 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 164 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 165 H 0.001 0.001 0.001 0.966 0.002 0.029 0.002 166 D 0.001 0.001 0.002 0.919 0.006 0.066 0.007 167 S 0.001 0.002 0.010 0.880 0.014 0.061 0.032 168 L 0.001 0.001 0.041 0.814 0.015 0.111 0.017 169 Q 0.002 0.001 0.085 0.681 0.022 0.178 0.032 170 L 0.003 0.005 0.106 0.530 0.056 0.230 0.071 171 G 0.015 0.008 0.086 0.280 0.127 0.318 0.166 172 K 0.035 0.006 0.155 0.175 0.163 0.208 0.259 173 R 0.056 0.008 0.095 0.119 0.286 0.289 0.147 174 L 0.189 0.005 0.016 0.040 0.165 0.178 0.408 175 R 0.505 0.006 0.005 0.019 0.140 0.051 0.275 176 W 0.896 0.013 0.002 0.006 0.011 0.004 0.068 177 Y 0.929 0.004 0.002 0.006 0.005 0.002 0.052 178 S 0.903 0.002 0.003 0.010 0.010 0.003 0.068 179 C 0.796 0.009 0.008 0.013 0.019 0.010 0.145 180 M 0.601 0.017 0.018 0.018 0.069 0.047 0.230 181 L 0.285 0.018 0.026 0.033 0.212 0.090 0.337 182 G 0.060 0.012 0.049 0.050 0.289 0.128 0.413 183 K 0.023 0.007 0.120 0.138 0.252 0.195 0.265 184 A 0.014 0.008 0.157 0.211 0.167 0.191 0.252 185 C 0.009 0.004 0.115 0.314 0.083 0.292 0.181 186 S 0.012 0.003 0.039 0.372 0.059 0.208 0.307 187 L 0.012 0.004 0.016 0.656 0.038 0.035 0.239 188 A 0.016 0.004 0.007 0.860 0.015 0.016 0.081 189 P 0.012 0.002 0.005 0.931 0.009 0.011 0.030 190 L 0.013 0.001 0.003 0.960 0.006 0.006 0.011 191 K 0.011 0.001 0.002 0.969 0.005 0.005 0.007 192 E 0.005 0.001 0.002 0.976 0.004 0.007 0.005 193 E 0.002 0.001 0.003 0.973 0.004 0.013 0.005 194 L 0.003 0.001 0.006 0.934 0.007 0.042 0.008 195 R 0.003 0.001 0.010 0.748 0.018 0.201 0.019 196 I 0.005 0.003 0.017 0.430 0.067 0.400 0.079 197 Q 0.011 0.007 0.018 0.105 0.265 0.247 0.345 198 G 0.023 0.009 0.027 0.025 0.204 0.217 0.495 199 V 0.108 0.014 0.039 0.020 0.205 0.106 0.507 200 P 0.399 0.011 0.028 0.021 0.142 0.047 0.353 201 K 0.693 0.013 0.012 0.018 0.051 0.017 0.197 202 V 0.727 0.012 0.003 0.015 0.027 0.006 0.210 203 T 0.649 0.012 0.003 0.016 0.040 0.007 0.274 204 Y 0.549 0.020 0.004 0.031 0.046 0.006 0.343 205 T 0.339 0.009 0.023 0.087 0.050 0.025 0.466 206 E 0.335 0.009 0.076 0.136 0.079 0.099 0.266 207 F 0.310 0.017 0.099 0.160 0.098 0.148 0.168 208 C 0.246 0.019 0.063 0.161 0.153 0.147 0.212 209 Q 0.087 0.006 0.045 0.110 0.167 0.424 0.161 210 G 0.040 0.003 0.022 0.023 0.206 0.561 0.146 211 R 0.173 0.009 0.013 0.018 0.257 0.131 0.400 212 T 0.591 0.025 0.007 0.018 0.067 0.031 0.261 213 M 0.733 0.008 0.003 0.009 0.023 0.006 0.218 214 R 0.833 0.006 0.005 0.009 0.035 0.003 0.110 215 W 0.949 0.004 0.003 0.007 0.009 0.001 0.027 216 A 0.970 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.015 217 L 0.962 0.001 0.005 0.011 0.002 0.002 0.017 218 A 0.940 0.002 0.009 0.012 0.006 0.005 0.026 219 W 0.842 0.004 0.029 0.018 0.018 0.015 0.075 220 S 0.604 0.009 0.054 0.029 0.085 0.032 0.187 221 F 0.400 0.023 0.041 0.030 0.141 0.066 0.298 222 Y 0.198 0.021 0.016 0.016 0.062 0.057 0.629 223 D 0.004 0.001 0.002 0.003 0.012 0.003 0.974