# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6521 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.050 0.015 0.061 0.038 0.340 0.496 2 I 0.045 0.039 0.029 0.031 0.313 0.543 3 P 0.039 0.027 0.048 0.037 0.393 0.457 4 L 0.018 0.008 0.373 0.118 0.327 0.157 5 E 0.026 0.009 0.461 0.117 0.274 0.113 6 R 0.047 0.023 0.360 0.143 0.274 0.153 7 L 0.054 0.032 0.075 0.108 0.282 0.449 8 I 0.051 0.025 0.023 0.035 0.311 0.556 9 P 0.058 0.017 0.028 0.036 0.335 0.525 10 T 0.072 0.032 0.040 0.033 0.304 0.519 11 V 0.070 0.029 0.029 0.021 0.326 0.525 12 P 0.057 0.017 0.049 0.037 0.338 0.501 13 L 0.041 0.025 0.061 0.080 0.306 0.487 14 R 0.052 0.026 0.065 0.116 0.353 0.389 15 L 0.042 0.012 0.078 0.252 0.311 0.306 16 N 0.037 0.015 0.054 0.340 0.241 0.312 17 Y 0.038 0.015 0.040 0.576 0.149 0.183 18 I 0.044 0.010 0.032 0.683 0.074 0.158 19 H 0.028 0.004 0.040 0.775 0.077 0.075 20 W 0.021 0.004 0.041 0.816 0.059 0.059 21 V 0.009 0.002 0.017 0.938 0.016 0.017 22 E 0.007 0.001 0.020 0.941 0.016 0.014 23 D 0.002 0.001 0.011 0.962 0.013 0.011 24 L 0.002 0.001 0.013 0.966 0.011 0.008 25 I 0.001 0.001 0.016 0.962 0.012 0.008 26 G 0.002 0.001 0.052 0.886 0.036 0.024 27 H 0.002 0.001 0.058 0.795 0.067 0.076 28 Q 0.004 0.005 0.048 0.691 0.103 0.149 29 D 0.003 0.006 0.027 0.207 0.360 0.396 30 S 0.001 0.002 0.099 0.231 0.461 0.205 31 D 0.004 0.004 0.119 0.081 0.620 0.172 32 K 0.008 0.008 0.226 0.109 0.533 0.116 33 S 0.017 0.014 0.134 0.108 0.477 0.250 34 T 0.032 0.014 0.094 0.077 0.472 0.311 35 L 0.073 0.018 0.035 0.025 0.417 0.432 36 R 0.207 0.010 0.016 0.011 0.306 0.449 37 R 0.646 0.011 0.010 0.007 0.104 0.223 38 G 0.913 0.006 0.003 0.003 0.020 0.055 39 I 0.944 0.007 0.002 0.002 0.009 0.036 40 D 0.847 0.014 0.003 0.004 0.037 0.095 41 I 0.449 0.024 0.004 0.008 0.146 0.369 42 G 0.133 0.020 0.008 0.006 0.401 0.432 43 T 0.056 0.043 0.014 0.017 0.562 0.307 44 G 0.019 0.028 0.026 0.042 0.609 0.275 45 A 0.021 0.028 0.041 0.188 0.500 0.221 46 S 0.010 0.012 0.061 0.489 0.304 0.123 47 C 0.007 0.009 0.048 0.778 0.105 0.053 48 I 0.005 0.005 0.030 0.907 0.034 0.019 49 Y 0.006 0.004 0.024 0.898 0.039 0.029 50 P 0.004 0.001 0.026 0.929 0.027 0.013 51 L 0.004 0.001 0.037 0.924 0.026 0.008 52 L 0.002 0.001 0.033 0.934 0.021 0.008 53 G 0.001 0.001 0.044 0.915 0.029 0.009 54 A 0.001 0.001 0.029 0.918 0.036 0.015 55 T 0.002 0.003 0.035 0.766 0.093 0.101 56 L 0.003 0.007 0.043 0.257 0.467 0.223 57 N 0.003 0.003 0.041 0.029 0.643 0.281 58 G 0.005 0.001 0.012 0.002 0.639 0.341 59 W 0.148 0.005 0.006 0.001 0.427 0.413 60 Y 0.841 0.009 0.001 0.001 0.033 0.116 61 F 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 62 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 63 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 64 T 0.948 0.001 0.001 0.002 0.008 0.040 65 E 0.650 0.006 0.003 0.003 0.067 0.270 66 V 0.097 0.015 0.002 0.006 0.143 0.737 67 D 0.012 0.004 0.001 0.007 0.143 0.833 68 D 0.001 0.001 0.044 0.879 0.056 0.019 69 M 0.001 0.001 0.044 0.923 0.027 0.005 70 C 0.001 0.001 0.036 0.940 0.018 0.005 71 F 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.007 72 N 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 73 Y 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 74 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 75 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 78 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 79 E 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.002 80 Q 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.005 81 N 0.001 0.001 0.015 0.864 0.030 0.089 82 N 0.001 0.002 0.004 0.008 0.059 0.926 83 L 0.011 0.013 0.104 0.008 0.404 0.460 84 S 0.041 0.007 0.161 0.005 0.542 0.243 85 D 0.054 0.004 0.236 0.012 0.545 0.150 86 L 0.314 0.013 0.028 0.009 0.380 0.257 87 I 0.811 0.005 0.003 0.004 0.052 0.126 88 K 0.961 0.002 0.001 0.003 0.010 0.024 89 V 0.984 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 90 V 0.969 0.001 0.001 0.007 0.007 0.016 91 K 0.901 0.002 0.001 0.006 0.021 0.069 92 V 0.290 0.006 0.001 0.010 0.088 0.605 93 P 0.045 0.005 0.001 0.015 0.069 0.866 94 Q 0.004 0.001 0.004 0.906 0.031 0.054 95 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.005 96 T 0.002 0.001 0.005 0.973 0.017 0.003 97 L 0.002 0.001 0.003 0.985 0.007 0.003 98 L 0.002 0.001 0.003 0.986 0.005 0.003 99 M 0.002 0.001 0.008 0.973 0.008 0.009 100 D 0.001 0.001 0.013 0.941 0.015 0.029 101 A 0.006 0.003 0.053 0.796 0.050 0.092 102 L 0.012 0.007 0.070 0.605 0.126 0.179 103 K 0.013 0.004 0.098 0.546 0.192 0.146 104 E 0.012 0.004 0.066 0.622 0.171 0.125 105 E 0.014 0.004 0.074 0.483 0.253 0.173 106 S 0.015 0.006 0.080 0.237 0.312 0.349 107 E 0.039 0.008 0.046 0.040 0.281 0.585 108 I 0.129 0.007 0.041 0.026 0.274 0.523 109 I 0.429 0.021 0.010 0.006 0.116 0.418 110 Y 0.677 0.008 0.002 0.001 0.074 0.238 111 D 0.781 0.001 0.001 0.001 0.043 0.173 112 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 113 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 114 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 115 C 0.842 0.006 0.001 0.003 0.016 0.133 116 N 0.207 0.005 0.002 0.006 0.116 0.664 117 P 0.051 0.005 0.016 0.032 0.262 0.634 118 P 0.035 0.015 0.112 0.155 0.426 0.257 119 F 0.032 0.016 0.132 0.315 0.414 0.090 120 F 0.038 0.014 0.101 0.300 0.415 0.132 121 A 0.045 0.016 0.090 0.333 0.359 0.157 122 N 0.055 0.010 0.099 0.307 0.355 0.174 123 Q 0.055 0.012 0.095 0.277 0.378 0.184 124 L 0.057 0.013 0.169 0.326 0.282 0.153 125 E 0.089 0.014 0.163 0.453 0.182 0.099 126 A 0.086 0.013 0.138 0.435 0.202 0.127 127 K 0.065 0.019 0.081 0.318 0.262 0.255 128 G 0.070 0.013 0.043 0.075 0.292 0.506 129 V 0.087 0.023 0.068 0.095 0.292 0.434 130 N 0.139 0.045 0.068 0.062 0.329 0.357 131 S 0.125 0.053 0.067 0.055 0.341 0.358 132 R 0.083 0.040 0.034 0.037 0.382 0.423 133 N 0.067 0.020 0.027 0.021 0.439 0.425 134 P 0.060 0.026 0.052 0.038 0.431 0.393 135 R 0.059 0.048 0.047 0.030 0.393 0.423 136 R 0.038 0.031 0.024 0.021 0.389 0.497 137 P 0.016 0.015 0.010 0.018 0.292 0.649 138 P 0.009 0.021 0.008 0.028 0.243 0.690 139 P 0.007 0.022 0.018 0.114 0.237 0.602 140 S 0.005 0.007 0.073 0.531 0.172 0.212 141 S 0.003 0.002 0.135 0.663 0.137 0.060 142 V 0.005 0.004 0.134 0.685 0.114 0.058 143 N 0.011 0.008 0.097 0.695 0.101 0.087 144 T 0.016 0.005 0.048 0.744 0.100 0.087 145 G 0.014 0.002 0.047 0.745 0.109 0.083 146 G 0.022 0.004 0.047 0.805 0.076 0.047 147 I 0.019 0.003 0.044 0.872 0.040 0.022 148 T 0.018 0.001 0.067 0.844 0.045 0.024 149 E 0.020 0.002 0.049 0.865 0.038 0.026 150 I 0.045 0.004 0.048 0.800 0.040 0.063 151 M 0.075 0.014 0.027 0.629 0.062 0.194 152 A 0.096 0.013 0.028 0.319 0.458 0.085 153 E 0.066 0.004 0.013 0.191 0.635 0.091 154 G 0.026 0.002 0.005 0.032 0.796 0.139 155 G 0.458 0.017 0.002 0.007 0.408 0.108 156 E 0.886 0.005 0.001 0.008 0.018 0.082 157 L 0.981 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 158 E 0.983 0.001 0.001 0.008 0.003 0.006 159 F 0.978 0.001 0.001 0.010 0.003 0.008 160 V 0.935 0.001 0.001 0.021 0.010 0.032 161 K 0.755 0.003 0.003 0.043 0.048 0.147 162 R 0.377 0.008 0.017 0.091 0.171 0.337 163 I 0.169 0.016 0.045 0.113 0.266 0.391 164 I 0.107 0.016 0.069 0.176 0.324 0.308 165 H 0.058 0.010 0.080 0.285 0.287 0.279 166 D 0.031 0.006 0.071 0.433 0.250 0.208 167 S 0.023 0.004 0.068 0.589 0.162 0.155 168 L 0.023 0.003 0.049 0.700 0.121 0.104 169 Q 0.032 0.005 0.036 0.758 0.091 0.079 170 L 0.028 0.004 0.023 0.827 0.055 0.063 171 G 0.046 0.003 0.027 0.771 0.064 0.088 172 K 0.030 0.002 0.033 0.824 0.057 0.054 173 R 0.040 0.003 0.027 0.833 0.046 0.052 174 L 0.049 0.003 0.021 0.829 0.041 0.057 175 R 0.072 0.002 0.024 0.773 0.049 0.079 176 W 0.072 0.002 0.024 0.793 0.046 0.062 177 Y 0.129 0.004 0.020 0.719 0.054 0.075 178 S 0.159 0.007 0.020 0.547 0.092 0.176 179 C 0.149 0.009 0.032 0.472 0.118 0.221 180 M 0.142 0.011 0.048 0.362 0.186 0.251 181 L 0.102 0.013 0.046 0.377 0.220 0.241 182 G 0.081 0.014 0.045 0.193 0.290 0.377 183 K 0.102 0.016 0.067 0.193 0.268 0.354 184 A 0.119 0.027 0.096 0.190 0.265 0.303 185 C 0.076 0.024 0.073 0.229 0.256 0.343 186 S 0.032 0.011 0.022 0.210 0.149 0.575 187 L 0.023 0.004 0.012 0.654 0.065 0.242 188 A 0.021 0.004 0.010 0.817 0.046 0.102 189 P 0.010 0.003 0.015 0.898 0.036 0.038 190 L 0.007 0.003 0.013 0.942 0.013 0.023 191 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 192 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 193 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 194 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 195 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 196 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 197 Q 0.001 0.001 0.006 0.925 0.013 0.055 198 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.959 199 V 0.010 0.003 0.004 0.001 0.128 0.853 200 P 0.102 0.005 0.014 0.002 0.250 0.628 201 K 0.387 0.011 0.023 0.004 0.195 0.380 202 V 0.854 0.006 0.005 0.002 0.043 0.091 203 T 0.951 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 204 Y 0.965 0.002 0.001 0.003 0.006 0.022 205 T 0.933 0.003 0.002 0.007 0.014 0.042 206 E 0.892 0.004 0.004 0.008 0.031 0.061 207 F 0.687 0.017 0.018 0.015 0.148 0.115 208 C 0.326 0.017 0.045 0.027 0.507 0.079 209 Q 0.082 0.006 0.043 0.038 0.710 0.120 210 G 0.032 0.004 0.022 0.029 0.680 0.233 211 R 0.147 0.018 0.006 0.019 0.326 0.485 212 T 0.315 0.018 0.003 0.022 0.091 0.550 213 M 0.662 0.019 0.007 0.058 0.076 0.178 214 R 0.800 0.006 0.008 0.044 0.044 0.098 215 W 0.869 0.003 0.012 0.054 0.023 0.039 216 A 0.845 0.003 0.013 0.068 0.029 0.042 217 L 0.753 0.006 0.020 0.105 0.046 0.069 218 A 0.599 0.014 0.025 0.170 0.071 0.120 219 W 0.440 0.009 0.084 0.187 0.134 0.146 220 S 0.403 0.012 0.101 0.158 0.164 0.162 221 F 0.228 0.034 0.072 0.142 0.274 0.251 222 Y 0.131 0.048 0.010 0.057 0.247 0.507 223 D 0.023 0.004 0.001 0.005 0.110 0.857