# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6521 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.752 0.162 0.046 0.023 0.011 0.005 0.001 2 I 0.277 0.185 0.198 0.206 0.109 0.024 0.001 3 P 0.564 0.259 0.115 0.048 0.012 0.002 0.001 4 L 0.542 0.279 0.121 0.045 0.012 0.002 0.001 5 E 0.639 0.233 0.091 0.027 0.007 0.001 0.001 6 R 0.195 0.213 0.245 0.222 0.106 0.020 0.001 7 L 0.139 0.175 0.225 0.244 0.158 0.055 0.004 8 I 0.198 0.250 0.241 0.190 0.092 0.026 0.002 9 P 0.333 0.269 0.181 0.129 0.063 0.021 0.003 10 T 0.249 0.207 0.176 0.182 0.122 0.057 0.007 11 V 0.159 0.146 0.183 0.226 0.185 0.090 0.011 12 P 0.292 0.280 0.198 0.127 0.066 0.032 0.006 13 L 0.195 0.203 0.202 0.201 0.134 0.057 0.008 14 R 0.196 0.242 0.206 0.169 0.112 0.064 0.012 15 L 0.132 0.145 0.181 0.224 0.194 0.105 0.017 16 N 0.162 0.247 0.217 0.171 0.109 0.073 0.021 17 Y 0.055 0.078 0.117 0.209 0.267 0.222 0.052 18 I 0.045 0.116 0.189 0.249 0.215 0.152 0.034 19 H 0.159 0.286 0.237 0.157 0.091 0.054 0.017 20 W 0.044 0.126 0.199 0.237 0.224 0.140 0.030 21 V 0.009 0.016 0.033 0.103 0.283 0.447 0.108 22 E 0.025 0.095 0.203 0.294 0.230 0.131 0.022 23 D 0.080 0.305 0.313 0.185 0.078 0.033 0.005 24 L 0.012 0.045 0.130 0.290 0.335 0.171 0.017 25 I 0.017 0.016 0.032 0.123 0.341 0.414 0.058 26 G 0.043 0.135 0.245 0.317 0.197 0.059 0.004 27 H 0.197 0.398 0.243 0.111 0.040 0.010 0.001 28 Q 0.078 0.205 0.294 0.270 0.122 0.029 0.002 29 D 0.166 0.220 0.261 0.223 0.105 0.024 0.001 30 S 0.514 0.262 0.123 0.070 0.026 0.005 0.001 31 D 0.706 0.203 0.060 0.023 0.007 0.001 0.001 32 K 0.476 0.283 0.150 0.068 0.019 0.003 0.001 33 S 0.493 0.278 0.127 0.069 0.027 0.006 0.001 34 T 0.316 0.343 0.194 0.102 0.038 0.007 0.001 35 L 0.046 0.158 0.273 0.325 0.165 0.031 0.002 36 R 0.010 0.102 0.209 0.327 0.258 0.087 0.007 37 R 0.001 0.005 0.039 0.203 0.445 0.273 0.034 38 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.074 0.482 0.429 39 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.245 0.732 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.086 0.905 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.949 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.100 0.890 43 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.181 0.780 44 G 0.001 0.001 0.004 0.021 0.083 0.305 0.585 45 A 0.001 0.005 0.010 0.030 0.084 0.303 0.567 46 S 0.001 0.005 0.017 0.057 0.158 0.358 0.403 47 C 0.002 0.008 0.027 0.077 0.182 0.359 0.346 48 I 0.001 0.003 0.005 0.014 0.048 0.268 0.661 49 Y 0.001 0.002 0.003 0.011 0.046 0.257 0.680 50 P 0.001 0.011 0.049 0.152 0.244 0.310 0.233 51 L 0.002 0.010 0.039 0.126 0.260 0.361 0.202 52 L 0.001 0.002 0.003 0.013 0.077 0.481 0.423 53 G 0.003 0.015 0.046 0.167 0.360 0.346 0.063 54 A 0.040 0.229 0.290 0.238 0.130 0.058 0.014 55 T 0.028 0.149 0.248 0.307 0.181 0.076 0.010 56 L 0.011 0.044 0.130 0.301 0.364 0.141 0.009 57 N 0.276 0.371 0.204 0.104 0.035 0.007 0.001 58 G 0.299 0.369 0.191 0.096 0.033 0.010 0.002 59 W 0.004 0.033 0.120 0.286 0.368 0.173 0.016 60 Y 0.003 0.017 0.077 0.244 0.336 0.253 0.070 61 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.427 0.522 62 L 0.001 0.001 0.002 0.012 0.079 0.409 0.497 63 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.203 0.773 64 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.273 0.686 65 E 0.001 0.003 0.019 0.079 0.198 0.418 0.283 66 V 0.001 0.003 0.017 0.084 0.298 0.460 0.138 67 D 0.009 0.073 0.148 0.245 0.267 0.212 0.045 68 D 0.106 0.300 0.278 0.180 0.095 0.037 0.005 69 M 0.036 0.172 0.339 0.288 0.131 0.032 0.003 70 C 0.004 0.011 0.023 0.080 0.284 0.521 0.078 71 F 0.002 0.020 0.084 0.307 0.381 0.191 0.016 72 N 0.034 0.366 0.385 0.165 0.040 0.008 0.001 73 Y 0.001 0.013 0.092 0.334 0.419 0.136 0.005 74 A 0.001 0.001 0.001 0.011 0.154 0.710 0.123 75 K 0.003 0.051 0.258 0.444 0.211 0.032 0.001 76 K 0.040 0.553 0.312 0.082 0.012 0.001 0.001 77 N 0.002 0.029 0.145 0.455 0.309 0.058 0.001 78 V 0.005 0.021 0.097 0.356 0.448 0.071 0.001 79 E 0.418 0.470 0.101 0.011 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.643 0.280 0.064 0.012 0.001 0.001 0.001 81 N 0.186 0.332 0.291 0.152 0.035 0.004 0.001 82 N 0.505 0.323 0.114 0.046 0.010 0.001 0.001 83 L 0.067 0.115 0.299 0.370 0.139 0.009 0.001 84 S 0.493 0.388 0.096 0.019 0.003 0.001 0.001 85 D 0.262 0.454 0.202 0.069 0.012 0.001 0.001 86 L 0.072 0.223 0.322 0.277 0.093 0.013 0.001 87 I 0.005 0.027 0.091 0.259 0.394 0.214 0.010 88 K 0.007 0.084 0.298 0.391 0.178 0.039 0.003 89 V 0.001 0.003 0.008 0.051 0.238 0.590 0.108 90 V 0.004 0.032 0.086 0.227 0.365 0.251 0.035 91 K 0.013 0.110 0.218 0.263 0.205 0.161 0.029 92 V 0.041 0.134 0.212 0.257 0.213 0.119 0.024 93 P 0.102 0.226 0.250 0.210 0.134 0.065 0.012 94 Q 0.084 0.087 0.123 0.212 0.261 0.204 0.029 95 A 0.141 0.205 0.230 0.222 0.135 0.060 0.007 96 T 0.253 0.363 0.225 0.105 0.039 0.014 0.003 97 L 0.062 0.105 0.184 0.290 0.236 0.110 0.013 98 L 0.043 0.048 0.094 0.199 0.316 0.266 0.034 99 M 0.174 0.269 0.276 0.190 0.074 0.016 0.001 100 D 0.357 0.359 0.177 0.076 0.024 0.006 0.001 101 A 0.081 0.123 0.190 0.280 0.234 0.088 0.005 102 L 0.144 0.213 0.260 0.238 0.114 0.029 0.001 103 K 0.573 0.297 0.091 0.031 0.007 0.001 0.001 104 E 0.682 0.230 0.061 0.021 0.005 0.001 0.001 105 E 0.588 0.222 0.098 0.060 0.026 0.006 0.001 106 S 0.436 0.328 0.159 0.060 0.015 0.002 0.001 107 E 0.460 0.302 0.148 0.070 0.018 0.002 0.001 108 I 0.092 0.289 0.321 0.219 0.070 0.008 0.001 109 I 0.026 0.235 0.343 0.281 0.095 0.019 0.002 110 Y 0.001 0.002 0.017 0.126 0.445 0.371 0.038 111 D 0.001 0.003 0.020 0.119 0.359 0.394 0.104 112 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.417 0.536 113 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.166 0.825 114 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.101 0.887 115 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.120 0.868 116 N 0.001 0.001 0.002 0.011 0.064 0.339 0.584 117 P 0.001 0.001 0.004 0.021 0.127 0.492 0.355 118 P 0.001 0.007 0.028 0.095 0.268 0.437 0.164 119 F 0.007 0.029 0.082 0.196 0.335 0.308 0.043 120 F 0.035 0.122 0.243 0.305 0.206 0.079 0.011 121 A 0.304 0.289 0.196 0.129 0.059 0.019 0.003 122 N 0.583 0.228 0.103 0.055 0.022 0.007 0.001 123 Q 0.615 0.219 0.091 0.049 0.019 0.006 0.001 124 L 0.486 0.240 0.135 0.087 0.038 0.012 0.001 125 E 0.507 0.277 0.127 0.058 0.023 0.007 0.001 126 A 0.307 0.251 0.198 0.150 0.068 0.023 0.002 127 K 0.416 0.290 0.158 0.087 0.036 0.011 0.002 128 G 0.319 0.258 0.193 0.134 0.066 0.025 0.004 129 V 0.256 0.181 0.171 0.192 0.131 0.060 0.008 130 N 0.262 0.226 0.190 0.170 0.098 0.046 0.007 131 S 0.235 0.196 0.174 0.179 0.130 0.071 0.015 132 R 0.153 0.155 0.175 0.195 0.173 0.119 0.030 133 N 0.124 0.148 0.179 0.208 0.185 0.132 0.023 134 P 0.102 0.125 0.161 0.214 0.221 0.147 0.029 135 R 0.150 0.177 0.190 0.195 0.165 0.099 0.024 136 R 0.152 0.212 0.223 0.203 0.138 0.063 0.008 137 P 0.172 0.217 0.208 0.203 0.130 0.061 0.009 138 P 0.414 0.242 0.132 0.093 0.066 0.040 0.013 139 P 0.238 0.228 0.194 0.163 0.108 0.058 0.012 140 S 0.126 0.162 0.188 0.231 0.175 0.101 0.017 141 S 0.177 0.232 0.209 0.179 0.121 0.071 0.011 142 V 0.075 0.201 0.260 0.226 0.166 0.064 0.009 143 N 0.013 0.030 0.059 0.146 0.291 0.365 0.096 144 T 0.006 0.018 0.041 0.142 0.308 0.393 0.093 145 G 0.012 0.120 0.320 0.329 0.164 0.051 0.005 146 G 0.004 0.028 0.131 0.298 0.373 0.151 0.015 147 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.062 0.554 0.376 148 T 0.001 0.009 0.054 0.275 0.414 0.225 0.022 149 E 0.010 0.249 0.419 0.242 0.065 0.014 0.002 150 I 0.001 0.011 0.064 0.304 0.423 0.185 0.012 151 M 0.001 0.004 0.020 0.125 0.426 0.389 0.035 152 A 0.032 0.251 0.368 0.249 0.089 0.011 0.001 153 E 0.329 0.478 0.141 0.041 0.009 0.002 0.001 154 G 0.080 0.370 0.335 0.169 0.038 0.007 0.001 155 G 0.012 0.068 0.203 0.348 0.265 0.096 0.007 156 E 0.010 0.077 0.226 0.335 0.247 0.091 0.014 157 L 0.001 0.003 0.011 0.043 0.192 0.549 0.201 158 E 0.002 0.021 0.086 0.258 0.367 0.232 0.035 159 F 0.003 0.006 0.016 0.063 0.225 0.536 0.152 160 V 0.006 0.030 0.089 0.225 0.334 0.277 0.039 161 K 0.028 0.126 0.225 0.271 0.219 0.115 0.014 162 R 0.042 0.135 0.237 0.277 0.199 0.094 0.016 163 I 0.077 0.134 0.189 0.239 0.229 0.121 0.011 164 I 0.177 0.211 0.220 0.201 0.132 0.055 0.005 165 H 0.392 0.275 0.158 0.101 0.053 0.019 0.002 166 D 0.456 0.248 0.143 0.089 0.045 0.016 0.002 167 S 0.362 0.228 0.156 0.137 0.077 0.035 0.004 168 L 0.360 0.269 0.185 0.114 0.052 0.019 0.002 169 Q 0.403 0.307 0.157 0.085 0.035 0.011 0.002 170 L 0.147 0.135 0.179 0.247 0.199 0.084 0.010 171 G 0.182 0.221 0.224 0.205 0.115 0.046 0.006 172 K 0.354 0.357 0.181 0.076 0.024 0.007 0.001 173 R 0.116 0.189 0.232 0.233 0.154 0.068 0.009 174 L 0.043 0.049 0.085 0.189 0.298 0.285 0.051 175 R 0.113 0.204 0.241 0.219 0.130 0.075 0.017 176 W 0.135 0.172 0.182 0.199 0.162 0.121 0.029 177 Y 0.073 0.078 0.107 0.181 0.249 0.242 0.069 178 S 0.100 0.097 0.132 0.180 0.199 0.213 0.078 179 C 0.124 0.125 0.141 0.183 0.189 0.175 0.062 180 M 0.150 0.158 0.166 0.187 0.180 0.126 0.033 181 L 0.124 0.127 0.159 0.199 0.205 0.151 0.036 182 G 0.213 0.206 0.189 0.174 0.130 0.072 0.015 183 K 0.204 0.226 0.214 0.177 0.111 0.057 0.011 184 A 0.225 0.206 0.177 0.180 0.135 0.068 0.009 185 C 0.098 0.125 0.176 0.240 0.226 0.120 0.015 186 S 0.212 0.261 0.215 0.165 0.095 0.044 0.008 187 L 0.050 0.106 0.188 0.263 0.235 0.140 0.017 188 A 0.329 0.297 0.184 0.112 0.057 0.020 0.003 189 P 0.190 0.315 0.257 0.157 0.060 0.019 0.002 190 L 0.029 0.041 0.108 0.297 0.378 0.143 0.005 191 K 0.146 0.283 0.312 0.185 0.062 0.011 0.001 192 E 0.483 0.389 0.103 0.021 0.003 0.001 0.001 193 E 0.102 0.195 0.275 0.272 0.129 0.026 0.001 194 L 0.022 0.052 0.148 0.362 0.330 0.083 0.002 195 R 0.233 0.398 0.252 0.094 0.020 0.003 0.001 196 I 0.477 0.320 0.138 0.051 0.012 0.002 0.001 197 Q 0.341 0.254 0.195 0.136 0.060 0.013 0.001 198 G 0.485 0.290 0.137 0.063 0.020 0.005 0.001 199 V 0.140 0.157 0.239 0.277 0.152 0.034 0.001 200 P 0.334 0.334 0.193 0.097 0.034 0.008 0.001 201 K 0.312 0.360 0.197 0.093 0.030 0.007 0.001 202 V 0.060 0.091 0.180 0.306 0.269 0.090 0.005 203 T 0.114 0.315 0.302 0.177 0.069 0.021 0.002 204 Y 0.047 0.085 0.158 0.292 0.293 0.117 0.008 205 T 0.111 0.181 0.250 0.263 0.152 0.041 0.003 206 E 0.234 0.390 0.224 0.105 0.035 0.010 0.001 207 F 0.060 0.120 0.210 0.313 0.213 0.079 0.005 208 C 0.118 0.202 0.252 0.239 0.141 0.044 0.003 209 Q 0.581 0.271 0.097 0.037 0.011 0.003 0.001 210 G 0.708 0.190 0.061 0.027 0.010 0.003 0.001 211 R 0.363 0.246 0.203 0.127 0.049 0.012 0.001 212 T 0.458 0.304 0.137 0.069 0.024 0.007 0.001 213 M 0.294 0.242 0.208 0.158 0.074 0.022 0.003 214 R 0.236 0.270 0.203 0.150 0.096 0.040 0.006 215 W 0.100 0.105 0.142 0.236 0.229 0.158 0.031 216 A 0.085 0.142 0.181 0.245 0.197 0.127 0.023 217 L 0.115 0.141 0.165 0.199 0.179 0.163 0.038 218 A 0.084 0.120 0.159 0.217 0.215 0.172 0.033 219 W 0.090 0.063 0.093 0.166 0.256 0.268 0.064 220 S 0.149 0.219 0.222 0.213 0.131 0.058 0.008 221 F 0.181 0.161 0.173 0.196 0.179 0.097 0.012 222 Y 0.372 0.242 0.182 0.128 0.057 0.016 0.002 223 D 0.642 0.223 0.086 0.035 0.011 0.003 0.001