# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2191 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.044 0.012 0.006 0.004 0.167 0.767 2 I 0.087 0.076 0.004 0.003 0.138 0.693 3 P 0.078 0.044 0.008 0.003 0.444 0.423 4 L 0.009 0.003 0.478 0.027 0.433 0.050 5 E 0.014 0.001 0.498 0.029 0.417 0.040 6 R 0.078 0.030 0.441 0.067 0.342 0.043 7 L 0.152 0.128 0.031 0.090 0.202 0.396 8 I 0.140 0.086 0.021 0.068 0.323 0.361 9 P 0.070 0.016 0.022 0.069 0.429 0.394 10 T 0.065 0.030 0.023 0.028 0.397 0.457 11 V 0.063 0.038 0.027 0.016 0.473 0.383 12 P 0.047 0.023 0.053 0.025 0.435 0.417 13 L 0.024 0.029 0.064 0.077 0.427 0.379 14 R 0.027 0.028 0.093 0.126 0.481 0.244 15 L 0.023 0.012 0.066 0.306 0.364 0.230 16 N 0.020 0.008 0.051 0.505 0.245 0.171 17 Y 0.019 0.005 0.021 0.828 0.070 0.056 18 I 0.020 0.003 0.016 0.897 0.028 0.035 19 H 0.029 0.003 0.023 0.882 0.034 0.029 20 W 0.023 0.003 0.018 0.897 0.027 0.031 21 V 0.010 0.002 0.009 0.957 0.010 0.012 22 E 0.004 0.001 0.012 0.959 0.012 0.013 23 D 0.002 0.001 0.013 0.954 0.016 0.015 24 L 0.003 0.001 0.022 0.926 0.028 0.020 25 I 0.004 0.003 0.034 0.871 0.052 0.037 26 G 0.004 0.002 0.070 0.689 0.111 0.125 27 H 0.004 0.003 0.136 0.419 0.221 0.217 28 Q 0.005 0.004 0.159 0.414 0.246 0.172 29 D 0.003 0.004 0.173 0.266 0.338 0.217 30 S 0.003 0.006 0.127 0.212 0.397 0.254 31 D 0.007 0.006 0.131 0.120 0.415 0.321 32 K 0.008 0.008 0.213 0.161 0.376 0.234 33 S 0.016 0.014 0.168 0.127 0.444 0.231 34 T 0.022 0.010 0.186 0.101 0.445 0.235 35 L 0.058 0.016 0.067 0.040 0.427 0.391 36 R 0.169 0.009 0.032 0.019 0.379 0.392 37 R 0.605 0.011 0.014 0.010 0.120 0.240 38 G 0.917 0.006 0.003 0.004 0.019 0.050 39 I 0.953 0.006 0.002 0.004 0.007 0.028 40 D 0.873 0.014 0.003 0.008 0.029 0.073 41 I 0.502 0.019 0.005 0.015 0.146 0.313 42 G 0.130 0.016 0.010 0.012 0.408 0.424 43 T 0.052 0.035 0.017 0.025 0.560 0.310 44 G 0.020 0.023 0.034 0.070 0.535 0.318 45 A 0.021 0.022 0.040 0.349 0.334 0.233 46 S 0.007 0.008 0.027 0.755 0.122 0.080 47 C 0.003 0.004 0.015 0.936 0.026 0.016 48 I 0.002 0.002 0.010 0.972 0.009 0.005 49 Y 0.002 0.001 0.009 0.974 0.010 0.005 50 P 0.002 0.001 0.008 0.979 0.008 0.003 51 L 0.002 0.001 0.013 0.974 0.008 0.002 52 L 0.001 0.001 0.012 0.978 0.007 0.003 53 G 0.001 0.001 0.031 0.949 0.014 0.004 54 A 0.001 0.001 0.024 0.946 0.021 0.007 55 T 0.002 0.001 0.023 0.869 0.041 0.064 56 L 0.003 0.009 0.033 0.210 0.492 0.253 57 N 0.003 0.003 0.051 0.029 0.712 0.203 58 G 0.006 0.001 0.012 0.001 0.763 0.216 59 W 0.242 0.006 0.007 0.001 0.460 0.284 60 Y 0.891 0.008 0.001 0.001 0.021 0.079 61 F 0.988 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 62 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 63 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 64 T 0.911 0.002 0.002 0.003 0.016 0.067 65 E 0.605 0.007 0.005 0.004 0.069 0.309 66 V 0.100 0.015 0.003 0.012 0.137 0.733 67 D 0.016 0.005 0.003 0.013 0.153 0.809 68 D 0.001 0.001 0.055 0.890 0.041 0.013 69 M 0.001 0.001 0.046 0.936 0.015 0.003 70 C 0.001 0.001 0.036 0.951 0.010 0.002 71 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 72 N 0.001 0.001 0.005 0.982 0.006 0.006 73 Y 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.002 74 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 75 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 79 E 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 81 N 0.001 0.002 0.010 0.867 0.025 0.096 82 N 0.001 0.002 0.002 0.007 0.034 0.954 83 L 0.011 0.010 0.303 0.023 0.316 0.336 84 S 0.032 0.004 0.406 0.009 0.415 0.134 85 D 0.045 0.002 0.432 0.014 0.418 0.089 86 L 0.465 0.014 0.037 0.010 0.268 0.205 87 I 0.904 0.004 0.001 0.003 0.025 0.062 88 K 0.982 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 89 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 90 V 0.988 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 91 K 0.962 0.001 0.001 0.003 0.009 0.025 92 V 0.479 0.007 0.001 0.006 0.067 0.440 93 P 0.032 0.003 0.001 0.004 0.086 0.874 94 Q 0.005 0.002 0.014 0.646 0.144 0.189 95 A 0.001 0.001 0.013 0.923 0.047 0.015 96 T 0.002 0.001 0.016 0.919 0.053 0.009 97 L 0.004 0.001 0.007 0.956 0.022 0.009 98 L 0.004 0.001 0.005 0.969 0.012 0.009 99 M 0.005 0.001 0.005 0.956 0.013 0.020 100 D 0.004 0.001 0.005 0.941 0.013 0.036 101 A 0.002 0.001 0.005 0.970 0.008 0.014 102 L 0.008 0.001 0.010 0.939 0.017 0.025 103 K 0.013 0.002 0.018 0.898 0.033 0.038 104 E 0.018 0.002 0.027 0.857 0.044 0.052 105 E 0.023 0.003 0.054 0.744 0.096 0.080 106 S 0.029 0.006 0.086 0.540 0.167 0.173 107 E 0.040 0.005 0.067 0.161 0.283 0.443 108 I 0.102 0.004 0.048 0.060 0.282 0.503 109 I 0.414 0.018 0.006 0.008 0.105 0.448 110 Y 0.669 0.006 0.001 0.001 0.065 0.257 111 D 0.778 0.001 0.001 0.001 0.039 0.181 112 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 113 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 114 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 115 C 0.816 0.007 0.001 0.003 0.025 0.148 116 N 0.135 0.005 0.003 0.010 0.187 0.660 117 P 0.039 0.007 0.018 0.046 0.360 0.530 118 P 0.023 0.016 0.141 0.152 0.419 0.249 119 F 0.029 0.017 0.163 0.312 0.378 0.100 120 F 0.034 0.018 0.086 0.312 0.385 0.165 121 A 0.038 0.016 0.049 0.356 0.309 0.232 122 N 0.038 0.007 0.060 0.412 0.304 0.179 123 Q 0.038 0.009 0.077 0.443 0.317 0.115 124 L 0.034 0.007 0.120 0.563 0.199 0.076 125 E 0.031 0.007 0.089 0.739 0.088 0.047 126 A 0.026 0.006 0.098 0.678 0.121 0.071 127 K 0.023 0.008 0.096 0.484 0.216 0.172 128 G 0.024 0.008 0.082 0.164 0.316 0.406 129 V 0.038 0.023 0.093 0.129 0.348 0.370 130 N 0.058 0.031 0.079 0.091 0.371 0.370 131 S 0.052 0.033 0.069 0.074 0.387 0.384 132 R 0.042 0.031 0.034 0.051 0.401 0.440 133 N 0.046 0.017 0.026 0.027 0.414 0.469 134 P 0.044 0.020 0.065 0.042 0.375 0.453 135 R 0.055 0.054 0.058 0.040 0.312 0.481 136 R 0.045 0.032 0.031 0.034 0.304 0.555 137 P 0.016 0.014 0.008 0.032 0.218 0.712 138 P 0.010 0.014 0.007 0.054 0.224 0.692 139 P 0.009 0.017 0.044 0.344 0.240 0.346 140 S 0.008 0.006 0.119 0.581 0.159 0.126 141 S 0.008 0.004 0.207 0.577 0.147 0.058 142 V 0.012 0.006 0.168 0.616 0.125 0.074 143 N 0.026 0.015 0.093 0.609 0.122 0.135 144 T 0.020 0.005 0.042 0.690 0.124 0.119 145 G 0.016 0.002 0.043 0.698 0.130 0.110 146 G 0.016 0.003 0.045 0.812 0.074 0.050 147 I 0.027 0.005 0.049 0.828 0.056 0.036 148 T 0.023 0.002 0.073 0.800 0.063 0.039 149 E 0.031 0.002 0.057 0.827 0.048 0.033 150 I 0.046 0.004 0.045 0.812 0.040 0.053 151 M 0.052 0.012 0.023 0.720 0.058 0.136 152 A 0.045 0.011 0.019 0.440 0.429 0.057 153 E 0.021 0.002 0.011 0.339 0.568 0.059 154 G 0.006 0.001 0.008 0.186 0.703 0.096 155 G 0.195 0.037 0.007 0.097 0.503 0.161 156 E 0.391 0.018 0.004 0.344 0.030 0.214 157 L 0.575 0.006 0.008 0.344 0.020 0.047 158 E 0.475 0.002 0.018 0.447 0.023 0.035 159 F 0.470 0.003 0.031 0.432 0.030 0.035 160 V 0.263 0.003 0.030 0.618 0.042 0.044 161 K 0.110 0.002 0.042 0.744 0.057 0.045 162 R 0.053 0.002 0.040 0.816 0.049 0.041 163 I 0.019 0.004 0.032 0.822 0.045 0.078 164 I 0.009 0.003 0.027 0.878 0.038 0.046 165 H 0.004 0.001 0.022 0.902 0.037 0.034 166 D 0.003 0.001 0.020 0.885 0.044 0.046 167 S 0.002 0.001 0.032 0.873 0.044 0.048 168 L 0.003 0.001 0.056 0.829 0.066 0.045 169 Q 0.005 0.001 0.072 0.803 0.080 0.039 170 L 0.010 0.003 0.068 0.720 0.107 0.093 171 G 0.025 0.006 0.072 0.431 0.191 0.276 172 K 0.037 0.006 0.103 0.324 0.244 0.285 173 R 0.071 0.007 0.067 0.324 0.222 0.310 174 L 0.107 0.006 0.040 0.198 0.245 0.404 175 R 0.259 0.007 0.015 0.066 0.196 0.458 176 W 0.694 0.004 0.007 0.045 0.066 0.183 177 Y 0.910 0.002 0.003 0.020 0.020 0.046 178 S 0.949 0.001 0.001 0.015 0.010 0.025 179 C 0.945 0.002 0.001 0.013 0.008 0.031 180 M 0.881 0.003 0.002 0.011 0.028 0.076 181 L 0.632 0.012 0.005 0.015 0.098 0.237 182 G 0.203 0.018 0.024 0.014 0.342 0.399 183 K 0.064 0.014 0.114 0.042 0.483 0.284 184 A 0.021 0.009 0.259 0.070 0.456 0.184 185 C 0.015 0.011 0.194 0.158 0.408 0.214 186 S 0.007 0.006 0.065 0.286 0.216 0.420 187 L 0.008 0.005 0.011 0.600 0.078 0.298 188 A 0.006 0.003 0.009 0.868 0.038 0.075 189 P 0.004 0.002 0.010 0.946 0.017 0.020 190 L 0.004 0.002 0.009 0.965 0.008 0.013 191 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 192 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 193 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 194 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 196 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 197 Q 0.001 0.001 0.004 0.932 0.010 0.053 198 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.970 199 V 0.007 0.004 0.004 0.001 0.143 0.842 200 P 0.075 0.004 0.012 0.002 0.271 0.637 201 K 0.338 0.010 0.024 0.005 0.243 0.379 202 V 0.837 0.007 0.005 0.003 0.049 0.098 203 T 0.950 0.002 0.002 0.002 0.010 0.034 204 Y 0.952 0.003 0.002 0.005 0.009 0.029 205 T 0.873 0.005 0.005 0.009 0.029 0.079 206 E 0.781 0.005 0.014 0.010 0.074 0.115 207 F 0.451 0.017 0.061 0.024 0.250 0.197 208 C 0.228 0.021 0.102 0.033 0.496 0.120 209 Q 0.117 0.011 0.107 0.049 0.574 0.143 210 G 0.057 0.006 0.067 0.039 0.594 0.237 211 R 0.180 0.013 0.038 0.035 0.457 0.276 212 T 0.458 0.010 0.016 0.033 0.162 0.320 213 M 0.807 0.009 0.009 0.037 0.057 0.082 214 R 0.915 0.002 0.003 0.026 0.020 0.034 215 W 0.954 0.001 0.002 0.023 0.006 0.013 216 A 0.923 0.001 0.003 0.036 0.013 0.024 217 L 0.855 0.003 0.006 0.040 0.030 0.065 218 A 0.729 0.008 0.014 0.064 0.059 0.126 219 W 0.549 0.010 0.067 0.084 0.135 0.155 220 S 0.418 0.010 0.084 0.097 0.179 0.211 221 F 0.162 0.020 0.095 0.126 0.231 0.367 222 Y 0.075 0.031 0.011 0.055 0.180 0.647 223 D 0.016 0.003 0.001 0.005 0.062 0.913