# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2191 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.039 0.008 0.017 0.017 0.076 0.125 0.718 2 I 0.078 0.100 0.003 0.009 0.107 0.010 0.693 3 P 0.033 0.016 0.006 0.004 0.018 0.007 0.916 4 L 0.007 0.002 0.376 0.123 0.031 0.421 0.040 5 E 0.014 0.003 0.361 0.120 0.040 0.423 0.039 6 R 0.113 0.037 0.287 0.113 0.083 0.104 0.262 7 L 0.275 0.105 0.025 0.053 0.089 0.058 0.395 8 I 0.163 0.050 0.011 0.018 0.086 0.019 0.654 9 P 0.111 0.019 0.012 0.009 0.072 0.062 0.716 10 T 0.111 0.050 0.017 0.015 0.133 0.084 0.589 11 V 0.085 0.025 0.023 0.012 0.229 0.037 0.588 12 P 0.046 0.019 0.071 0.027 0.102 0.181 0.554 13 L 0.051 0.056 0.070 0.049 0.190 0.222 0.363 14 R 0.041 0.013 0.036 0.037 0.280 0.062 0.532 15 L 0.025 0.011 0.094 0.237 0.164 0.282 0.187 16 N 0.034 0.016 0.101 0.255 0.112 0.314 0.168 17 Y 0.062 0.015 0.062 0.456 0.088 0.070 0.247 18 I 0.103 0.024 0.034 0.530 0.053 0.044 0.212 19 H 0.098 0.016 0.032 0.590 0.090 0.056 0.119 20 W 0.045 0.013 0.019 0.717 0.047 0.041 0.118 21 V 0.004 0.001 0.009 0.960 0.004 0.009 0.013 22 E 0.003 0.001 0.019 0.957 0.003 0.009 0.008 23 D 0.002 0.001 0.032 0.932 0.003 0.020 0.010 24 L 0.002 0.001 0.035 0.902 0.005 0.041 0.013 25 I 0.003 0.003 0.037 0.795 0.013 0.125 0.024 26 G 0.003 0.002 0.039 0.614 0.018 0.229 0.097 27 H 0.003 0.002 0.072 0.504 0.041 0.148 0.230 28 Q 0.003 0.005 0.097 0.463 0.053 0.224 0.154 29 D 0.003 0.006 0.155 0.277 0.070 0.250 0.238 30 S 0.003 0.004 0.087 0.226 0.112 0.290 0.278 31 D 0.004 0.004 0.064 0.123 0.061 0.281 0.462 32 K 0.009 0.014 0.133 0.167 0.135 0.123 0.418 33 S 0.012 0.006 0.125 0.125 0.160 0.140 0.431 34 T 0.018 0.007 0.132 0.107 0.159 0.285 0.292 35 L 0.061 0.015 0.059 0.030 0.181 0.162 0.491 36 R 0.190 0.013 0.023 0.008 0.187 0.058 0.522 37 R 0.744 0.005 0.008 0.006 0.069 0.014 0.154 38 G 0.956 0.005 0.002 0.003 0.004 0.002 0.027 39 I 0.968 0.003 0.002 0.005 0.003 0.002 0.017 40 D 0.892 0.005 0.007 0.011 0.012 0.005 0.070 41 I 0.587 0.009 0.041 0.024 0.039 0.072 0.229 42 G 0.137 0.013 0.038 0.016 0.207 0.193 0.396 43 T 0.048 0.039 0.023 0.019 0.397 0.133 0.341 44 G 0.033 0.024 0.031 0.081 0.368 0.177 0.286 45 A 0.011 0.005 0.100 0.378 0.126 0.167 0.213 46 S 0.001 0.002 0.041 0.892 0.018 0.035 0.012 47 C 0.001 0.001 0.020 0.961 0.003 0.012 0.002 48 I 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.007 0.001 49 Y 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 50 P 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.005 0.001 52 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.001 0.013 0.001 53 G 0.001 0.001 0.027 0.943 0.001 0.028 0.001 54 A 0.001 0.001 0.038 0.805 0.001 0.152 0.003 55 T 0.001 0.001 0.035 0.760 0.017 0.160 0.025 56 L 0.008 0.003 0.015 0.063 0.380 0.036 0.495 57 N 0.003 0.002 0.034 0.022 0.180 0.709 0.050 58 G 0.026 0.001 0.022 0.002 0.101 0.794 0.054 59 W 0.316 0.006 0.004 0.001 0.079 0.011 0.582 60 Y 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 61 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 63 A 0.961 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.032 64 T 0.822 0.002 0.003 0.001 0.033 0.003 0.136 65 E 0.588 0.010 0.004 0.001 0.055 0.010 0.333 66 V 0.060 0.022 0.005 0.004 0.241 0.021 0.647 67 D 0.009 0.007 0.001 0.007 0.167 0.004 0.805 68 D 0.001 0.001 0.024 0.936 0.004 0.033 0.003 69 M 0.001 0.001 0.012 0.972 0.001 0.014 0.001 70 C 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 71 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.017 0.001 77 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.003 78 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 79 E 0.001 0.001 0.009 0.969 0.001 0.019 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.014 0.862 0.007 0.115 0.003 81 N 0.001 0.001 0.010 0.225 0.010 0.747 0.007 82 N 0.001 0.002 0.008 0.025 0.028 0.805 0.132 83 L 0.008 0.008 0.061 0.015 0.116 0.051 0.741 84 S 0.024 0.012 0.502 0.022 0.082 0.160 0.199 85 D 0.045 0.005 0.512 0.016 0.136 0.214 0.072 86 L 0.362 0.019 0.219 0.013 0.071 0.058 0.258 87 I 0.766 0.008 0.016 0.008 0.021 0.015 0.167 88 K 0.958 0.004 0.002 0.006 0.004 0.003 0.023 89 V 0.982 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 90 V 0.955 0.003 0.001 0.003 0.006 0.002 0.030 91 K 0.881 0.005 0.002 0.003 0.018 0.007 0.084 92 V 0.287 0.012 0.009 0.004 0.297 0.055 0.335 93 P 0.056 0.011 0.014 0.005 0.192 0.066 0.657 94 Q 0.012 0.007 0.118 0.102 0.172 0.149 0.440 95 A 0.005 0.003 0.195 0.505 0.061 0.104 0.127 96 T 0.004 0.001 0.163 0.680 0.031 0.090 0.030 97 L 0.009 0.011 0.078 0.802 0.016 0.054 0.029 98 L 0.007 0.004 0.023 0.908 0.008 0.038 0.012 99 M 0.004 0.001 0.022 0.934 0.003 0.024 0.011 100 D 0.004 0.001 0.046 0.872 0.011 0.038 0.028 101 A 0.003 0.001 0.053 0.829 0.009 0.084 0.021 102 L 0.010 0.007 0.078 0.706 0.029 0.111 0.059 103 K 0.023 0.006 0.088 0.520 0.056 0.186 0.122 104 E 0.021 0.006 0.100 0.299 0.090 0.316 0.168 105 E 0.025 0.011 0.097 0.101 0.162 0.226 0.378 106 S 0.029 0.011 0.165 0.061 0.162 0.356 0.218 107 E 0.029 0.007 0.072 0.019 0.204 0.513 0.156 108 I 0.105 0.003 0.038 0.005 0.318 0.299 0.233 109 I 0.434 0.043 0.008 0.001 0.062 0.025 0.427 110 Y 0.815 0.008 0.001 0.001 0.006 0.002 0.169 111 D 0.800 0.001 0.001 0.001 0.118 0.002 0.077 112 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 113 C 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 M 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 115 C 0.887 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.104 116 N 0.218 0.002 0.002 0.001 0.139 0.009 0.630 117 P 0.067 0.006 0.022 0.005 0.246 0.028 0.626 118 P 0.033 0.011 0.121 0.027 0.185 0.145 0.478 119 F 0.047 0.039 0.139 0.075 0.125 0.226 0.349 120 F 0.045 0.024 0.043 0.123 0.127 0.078 0.560 121 A 0.033 0.006 0.046 0.195 0.072 0.133 0.515 122 N 0.029 0.010 0.068 0.377 0.110 0.176 0.229 123 Q 0.015 0.006 0.078 0.575 0.067 0.130 0.128 124 L 0.015 0.005 0.107 0.610 0.031 0.145 0.088 125 E 0.028 0.010 0.103 0.574 0.031 0.128 0.127 126 A 0.033 0.012 0.108 0.522 0.053 0.087 0.185 127 K 0.028 0.010 0.104 0.364 0.059 0.309 0.128 128 G 0.019 0.005 0.087 0.125 0.074 0.485 0.205 129 V 0.041 0.015 0.077 0.127 0.125 0.216 0.399 130 N 0.054 0.023 0.090 0.117 0.120 0.202 0.395 131 S 0.041 0.016 0.086 0.088 0.187 0.237 0.345 132 R 0.039 0.020 0.099 0.057 0.193 0.230 0.361 133 N 0.042 0.029 0.058 0.022 0.186 0.060 0.604 134 P 0.051 0.027 0.061 0.020 0.108 0.155 0.578 135 R 0.060 0.064 0.049 0.014 0.224 0.167 0.421 136 R 0.035 0.017 0.010 0.003 0.405 0.036 0.494 137 P 0.018 0.013 0.005 0.003 0.155 0.028 0.778 138 P 0.010 0.016 0.003 0.003 0.094 0.010 0.864 139 P 0.008 0.012 0.042 0.035 0.074 0.065 0.763 140 S 0.009 0.012 0.208 0.211 0.081 0.159 0.320 141 S 0.011 0.008 0.257 0.299 0.071 0.150 0.203 142 V 0.019 0.015 0.172 0.356 0.065 0.138 0.235 143 N 0.019 0.012 0.086 0.418 0.085 0.134 0.247 144 T 0.013 0.008 0.073 0.568 0.077 0.115 0.145 145 G 0.006 0.003 0.053 0.675 0.041 0.182 0.040 146 G 0.012 0.010 0.066 0.682 0.031 0.123 0.076 147 I 0.006 0.002 0.069 0.865 0.007 0.028 0.023 148 T 0.004 0.002 0.113 0.854 0.006 0.012 0.010 149 E 0.003 0.001 0.090 0.872 0.005 0.023 0.006 150 I 0.017 0.005 0.071 0.850 0.010 0.032 0.015 151 M 0.059 0.023 0.027 0.599 0.149 0.054 0.088 152 A 0.053 0.003 0.036 0.430 0.098 0.184 0.197 153 E 0.003 0.001 0.013 0.100 0.038 0.841 0.004 154 G 0.005 0.001 0.007 0.014 0.032 0.927 0.015 155 G 0.141 0.013 0.004 0.016 0.085 0.035 0.708 156 E 0.660 0.024 0.001 0.012 0.011 0.008 0.283 157 L 0.904 0.006 0.001 0.015 0.010 0.001 0.063 158 E 0.899 0.004 0.001 0.052 0.010 0.001 0.033 159 F 0.828 0.004 0.003 0.131 0.006 0.003 0.025 160 V 0.529 0.003 0.009 0.358 0.016 0.008 0.076 161 K 0.165 0.001 0.019 0.716 0.027 0.008 0.064 162 R 0.047 0.002 0.046 0.818 0.023 0.018 0.046 163 I 0.020 0.003 0.044 0.841 0.013 0.043 0.035 164 I 0.010 0.002 0.033 0.875 0.016 0.043 0.021 165 H 0.004 0.001 0.042 0.858 0.010 0.072 0.013 166 D 0.002 0.001 0.036 0.805 0.016 0.106 0.034 167 S 0.003 0.005 0.056 0.761 0.019 0.079 0.078 168 L 0.001 0.001 0.106 0.751 0.014 0.095 0.032 169 Q 0.002 0.001 0.108 0.727 0.011 0.132 0.021 170 L 0.003 0.002 0.088 0.612 0.014 0.253 0.027 171 G 0.008 0.004 0.069 0.327 0.060 0.383 0.149 172 K 0.028 0.005 0.103 0.163 0.144 0.206 0.350 173 R 0.092 0.015 0.121 0.136 0.142 0.201 0.293 174 L 0.157 0.014 0.075 0.062 0.171 0.183 0.339 175 R 0.382 0.011 0.022 0.015 0.175 0.098 0.297 176 W 0.805 0.011 0.005 0.008 0.025 0.014 0.133 177 Y 0.920 0.006 0.002 0.008 0.010 0.004 0.051 178 S 0.938 0.002 0.002 0.006 0.007 0.004 0.040 179 C 0.936 0.002 0.002 0.006 0.006 0.004 0.044 180 M 0.949 0.007 0.002 0.008 0.006 0.003 0.026 181 L 0.813 0.011 0.005 0.013 0.021 0.021 0.116 182 G 0.291 0.008 0.024 0.013 0.199 0.145 0.320 183 K 0.147 0.015 0.060 0.030 0.270 0.203 0.276 184 A 0.061 0.015 0.153 0.047 0.187 0.227 0.308 185 C 0.026 0.016 0.121 0.052 0.196 0.315 0.273 186 S 0.021 0.019 0.065 0.071 0.153 0.226 0.444 187 L 0.011 0.005 0.021 0.481 0.064 0.023 0.396 188 A 0.003 0.001 0.007 0.937 0.009 0.005 0.038 189 P 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.003 0.005 190 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.003 0.003 191 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 192 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 193 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 194 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 195 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 196 I 0.001 0.001 0.006 0.912 0.004 0.076 0.001 197 Q 0.001 0.001 0.006 0.181 0.008 0.800 0.004 198 G 0.001 0.001 0.003 0.009 0.025 0.907 0.055 199 V 0.007 0.003 0.003 0.001 0.050 0.005 0.930 200 P 0.091 0.010 0.020 0.005 0.151 0.025 0.699 201 K 0.639 0.013 0.023 0.006 0.061 0.040 0.218 202 V 0.843 0.007 0.002 0.003 0.010 0.002 0.134 203 T 0.949 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.040 204 Y 0.920 0.003 0.002 0.008 0.005 0.002 0.060 205 T 0.846 0.004 0.002 0.013 0.028 0.004 0.104 206 E 0.750 0.006 0.010 0.020 0.056 0.013 0.144 207 F 0.391 0.013 0.055 0.058 0.065 0.077 0.341 208 C 0.275 0.016 0.080 0.102 0.094 0.192 0.240 209 Q 0.063 0.007 0.049 0.042 0.121 0.656 0.062 210 G 0.033 0.002 0.018 0.014 0.109 0.757 0.067 211 R 0.216 0.013 0.009 0.025 0.174 0.057 0.507 212 T 0.520 0.030 0.006 0.032 0.089 0.028 0.296 213 M 0.793 0.008 0.003 0.030 0.046 0.010 0.110 214 R 0.902 0.003 0.002 0.029 0.009 0.004 0.051 215 W 0.935 0.003 0.001 0.036 0.006 0.002 0.017 216 A 0.902 0.002 0.003 0.048 0.008 0.006 0.031 217 L 0.871 0.003 0.005 0.037 0.016 0.014 0.054 218 A 0.768 0.006 0.010 0.059 0.028 0.030 0.099 219 W 0.605 0.010 0.023 0.096 0.060 0.038 0.167 220 S 0.426 0.011 0.034 0.114 0.098 0.105 0.212 221 F 0.216 0.020 0.052 0.101 0.152 0.192 0.267 222 Y 0.088 0.023 0.013 0.051 0.165 0.048 0.612 223 D 0.016 0.004 0.009 0.015 0.032 0.021 0.902