# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2191 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.668 0.231 0.067 0.025 0.007 0.002 0.001 2 I 0.116 0.140 0.223 0.307 0.176 0.038 0.001 3 P 0.543 0.307 0.109 0.033 0.006 0.001 0.001 4 L 0.554 0.283 0.114 0.039 0.008 0.001 0.001 5 E 0.473 0.317 0.150 0.047 0.011 0.002 0.001 6 R 0.063 0.169 0.289 0.292 0.153 0.031 0.001 7 L 0.032 0.047 0.095 0.219 0.335 0.246 0.027 8 I 0.036 0.117 0.193 0.267 0.237 0.132 0.018 9 P 0.064 0.115 0.157 0.224 0.232 0.169 0.039 10 T 0.130 0.167 0.162 0.200 0.180 0.126 0.035 11 V 0.050 0.068 0.129 0.226 0.274 0.204 0.049 12 P 0.141 0.186 0.188 0.179 0.149 0.119 0.039 13 L 0.154 0.200 0.195 0.195 0.145 0.087 0.025 14 R 0.192 0.206 0.179 0.171 0.133 0.088 0.031 15 L 0.154 0.148 0.158 0.186 0.169 0.137 0.048 16 N 0.186 0.237 0.182 0.142 0.100 0.097 0.056 17 Y 0.080 0.091 0.116 0.176 0.203 0.214 0.120 18 I 0.086 0.148 0.172 0.197 0.171 0.152 0.074 19 H 0.085 0.163 0.190 0.185 0.157 0.140 0.079 20 W 0.046 0.069 0.100 0.164 0.230 0.273 0.119 21 V 0.040 0.040 0.064 0.129 0.224 0.332 0.170 22 E 0.073 0.135 0.177 0.207 0.177 0.169 0.062 23 D 0.078 0.146 0.179 0.204 0.180 0.154 0.058 24 L 0.031 0.057 0.100 0.182 0.267 0.271 0.092 25 I 0.060 0.060 0.088 0.166 0.248 0.293 0.084 26 G 0.118 0.147 0.174 0.214 0.195 0.129 0.025 27 H 0.139 0.205 0.224 0.211 0.145 0.066 0.011 28 Q 0.203 0.229 0.220 0.196 0.114 0.035 0.004 29 D 0.201 0.281 0.245 0.168 0.079 0.023 0.002 30 S 0.208 0.195 0.202 0.216 0.130 0.045 0.004 31 D 0.519 0.301 0.112 0.047 0.016 0.004 0.001 32 K 0.312 0.283 0.223 0.132 0.042 0.007 0.001 33 S 0.480 0.273 0.128 0.073 0.035 0.009 0.001 34 T 0.265 0.323 0.208 0.127 0.059 0.016 0.001 35 L 0.026 0.114 0.246 0.343 0.214 0.053 0.004 36 R 0.013 0.110 0.210 0.313 0.254 0.091 0.009 37 R 0.001 0.006 0.042 0.205 0.444 0.268 0.034 38 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.077 0.500 0.408 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.220 0.764 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.088 0.904 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.953 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.090 0.903 43 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.167 0.803 44 G 0.001 0.001 0.002 0.014 0.063 0.253 0.668 45 A 0.001 0.002 0.005 0.014 0.047 0.254 0.678 46 S 0.001 0.002 0.006 0.031 0.119 0.330 0.512 47 C 0.001 0.003 0.011 0.032 0.092 0.290 0.571 48 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.024 0.158 0.804 49 Y 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.186 0.770 50 P 0.001 0.004 0.018 0.067 0.149 0.307 0.454 51 L 0.001 0.006 0.018 0.064 0.165 0.391 0.355 52 L 0.001 0.002 0.003 0.013 0.071 0.455 0.454 53 G 0.003 0.014 0.042 0.153 0.340 0.364 0.084 54 A 0.033 0.196 0.266 0.242 0.160 0.086 0.017 55 T 0.026 0.145 0.245 0.312 0.186 0.077 0.009 56 L 0.012 0.057 0.169 0.333 0.324 0.098 0.007 57 N 0.300 0.372 0.192 0.095 0.034 0.008 0.001 58 G 0.288 0.385 0.200 0.092 0.026 0.007 0.002 59 W 0.003 0.017 0.077 0.250 0.420 0.216 0.017 60 Y 0.005 0.027 0.109 0.285 0.325 0.199 0.049 61 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.463 0.480 62 L 0.001 0.001 0.003 0.017 0.098 0.437 0.444 63 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.234 0.728 64 T 0.001 0.001 0.002 0.010 0.065 0.339 0.582 65 E 0.001 0.008 0.035 0.120 0.247 0.396 0.194 66 V 0.001 0.004 0.018 0.093 0.319 0.457 0.108 67 D 0.010 0.081 0.157 0.258 0.269 0.194 0.031 68 D 0.102 0.307 0.280 0.185 0.094 0.030 0.002 69 M 0.022 0.118 0.323 0.340 0.161 0.034 0.002 70 C 0.004 0.007 0.012 0.048 0.220 0.601 0.107 71 F 0.003 0.032 0.112 0.339 0.339 0.163 0.013 72 N 0.024 0.324 0.395 0.192 0.052 0.011 0.001 73 Y 0.001 0.009 0.069 0.286 0.449 0.178 0.009 74 A 0.001 0.001 0.001 0.011 0.148 0.712 0.128 75 K 0.005 0.080 0.321 0.410 0.159 0.025 0.001 76 K 0.028 0.471 0.357 0.123 0.020 0.002 0.001 77 N 0.002 0.018 0.096 0.427 0.379 0.076 0.001 78 V 0.008 0.027 0.102 0.361 0.436 0.066 0.001 79 E 0.431 0.478 0.083 0.007 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.566 0.324 0.090 0.019 0.002 0.001 0.001 81 N 0.155 0.267 0.303 0.208 0.060 0.007 0.001 82 N 0.532 0.324 0.099 0.036 0.008 0.001 0.001 83 L 0.120 0.135 0.280 0.327 0.128 0.010 0.001 84 S 0.557 0.340 0.083 0.017 0.003 0.001 0.001 85 D 0.373 0.442 0.140 0.039 0.006 0.001 0.001 86 L 0.089 0.218 0.313 0.268 0.097 0.014 0.001 87 I 0.010 0.032 0.084 0.239 0.391 0.232 0.013 88 K 0.010 0.086 0.276 0.386 0.189 0.050 0.004 89 V 0.002 0.003 0.009 0.048 0.212 0.600 0.126 90 V 0.004 0.030 0.076 0.189 0.337 0.306 0.058 91 K 0.014 0.110 0.225 0.276 0.213 0.140 0.021 92 V 0.040 0.124 0.212 0.262 0.230 0.111 0.021 93 P 0.205 0.252 0.209 0.161 0.107 0.055 0.012 94 Q 0.190 0.230 0.223 0.192 0.113 0.047 0.005 95 A 0.162 0.239 0.240 0.215 0.109 0.033 0.003 96 T 0.300 0.342 0.204 0.098 0.039 0.015 0.003 97 L 0.078 0.148 0.228 0.282 0.189 0.069 0.006 98 L 0.026 0.025 0.052 0.168 0.355 0.332 0.041 99 M 0.076 0.178 0.294 0.296 0.128 0.027 0.001 100 D 0.284 0.450 0.190 0.059 0.014 0.003 0.001 101 A 0.066 0.141 0.229 0.316 0.195 0.050 0.002 102 L 0.034 0.081 0.197 0.333 0.281 0.072 0.002 103 K 0.435 0.404 0.122 0.033 0.006 0.001 0.001 104 E 0.560 0.324 0.086 0.025 0.005 0.001 0.001 105 E 0.232 0.267 0.245 0.176 0.070 0.011 0.001 106 S 0.447 0.344 0.146 0.050 0.011 0.001 0.001 107 E 0.495 0.327 0.129 0.041 0.007 0.001 0.001 108 I 0.035 0.204 0.362 0.296 0.094 0.009 0.001 109 I 0.023 0.237 0.335 0.290 0.098 0.016 0.001 110 Y 0.001 0.001 0.008 0.081 0.395 0.468 0.046 111 D 0.001 0.001 0.010 0.073 0.309 0.480 0.128 112 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.346 0.625 113 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.119 0.876 114 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.085 0.909 115 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.088 0.906 116 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.274 0.686 117 P 0.001 0.001 0.003 0.020 0.116 0.457 0.404 118 P 0.001 0.004 0.015 0.065 0.245 0.485 0.186 119 F 0.004 0.023 0.077 0.194 0.334 0.324 0.043 120 F 0.010 0.045 0.131 0.288 0.342 0.166 0.018 121 A 0.265 0.323 0.227 0.123 0.046 0.013 0.003 122 N 0.472 0.293 0.145 0.065 0.019 0.005 0.001 123 Q 0.509 0.266 0.130 0.068 0.021 0.005 0.001 124 L 0.485 0.257 0.136 0.082 0.033 0.007 0.001 125 E 0.588 0.250 0.103 0.041 0.014 0.004 0.001 126 A 0.363 0.259 0.190 0.129 0.046 0.012 0.001 127 K 0.467 0.284 0.140 0.076 0.027 0.006 0.001 128 G 0.542 0.247 0.119 0.061 0.024 0.006 0.001 129 V 0.307 0.231 0.201 0.161 0.076 0.022 0.002 130 N 0.300 0.212 0.181 0.168 0.097 0.039 0.004 131 S 0.397 0.237 0.142 0.116 0.072 0.031 0.005 132 R 0.250 0.223 0.212 0.166 0.099 0.041 0.008 133 N 0.181 0.221 0.200 0.195 0.125 0.070 0.009 134 P 0.086 0.108 0.153 0.224 0.237 0.162 0.030 135 R 0.098 0.158 0.204 0.224 0.181 0.110 0.025 136 R 0.127 0.190 0.210 0.214 0.162 0.084 0.013 137 P 0.109 0.160 0.191 0.228 0.183 0.107 0.021 138 P 0.365 0.243 0.138 0.098 0.073 0.058 0.025 139 P 0.231 0.226 0.191 0.156 0.110 0.067 0.018 140 S 0.140 0.177 0.197 0.216 0.161 0.090 0.020 141 S 0.193 0.244 0.204 0.163 0.105 0.073 0.018 142 V 0.123 0.198 0.203 0.193 0.165 0.098 0.019 143 N 0.048 0.070 0.103 0.177 0.246 0.259 0.096 144 T 0.025 0.049 0.086 0.194 0.268 0.282 0.096 145 G 0.040 0.174 0.273 0.260 0.159 0.078 0.015 146 G 0.022 0.089 0.205 0.289 0.270 0.110 0.016 147 I 0.005 0.007 0.010 0.030 0.152 0.545 0.250 148 T 0.006 0.024 0.085 0.299 0.379 0.187 0.020 149 E 0.023 0.258 0.386 0.240 0.074 0.018 0.002 150 I 0.005 0.036 0.113 0.303 0.351 0.171 0.022 151 M 0.003 0.011 0.034 0.139 0.386 0.374 0.052 152 A 0.044 0.214 0.319 0.278 0.120 0.023 0.002 153 E 0.499 0.360 0.093 0.033 0.010 0.003 0.001 154 G 0.143 0.374 0.287 0.140 0.044 0.010 0.001 155 G 0.017 0.072 0.203 0.349 0.254 0.098 0.007 156 E 0.016 0.086 0.178 0.254 0.258 0.172 0.036 157 L 0.001 0.004 0.015 0.060 0.245 0.514 0.161 158 E 0.005 0.027 0.093 0.264 0.345 0.220 0.047 159 F 0.003 0.006 0.013 0.039 0.138 0.522 0.279 160 V 0.002 0.008 0.018 0.066 0.212 0.498 0.195 161 K 0.011 0.072 0.176 0.281 0.258 0.169 0.033 162 R 0.012 0.057 0.152 0.302 0.300 0.148 0.029 163 I 0.009 0.030 0.056 0.121 0.261 0.438 0.085 164 I 0.012 0.031 0.077 0.205 0.342 0.298 0.035 165 H 0.186 0.349 0.256 0.135 0.056 0.015 0.003 166 D 0.166 0.284 0.262 0.187 0.075 0.022 0.003 167 S 0.056 0.059 0.089 0.211 0.303 0.252 0.030 168 L 0.102 0.200 0.276 0.247 0.129 0.041 0.005 169 Q 0.435 0.355 0.135 0.053 0.017 0.004 0.001 170 L 0.148 0.173 0.197 0.238 0.163 0.071 0.010 171 G 0.095 0.108 0.152 0.231 0.236 0.157 0.022 172 K 0.305 0.329 0.198 0.106 0.042 0.016 0.005 173 R 0.301 0.306 0.193 0.116 0.055 0.022 0.006 174 L 0.061 0.100 0.147 0.214 0.247 0.187 0.045 175 R 0.106 0.167 0.201 0.196 0.153 0.129 0.049 176 W 0.049 0.058 0.093 0.170 0.249 0.279 0.103 177 Y 0.052 0.048 0.069 0.128 0.207 0.320 0.176 178 S 0.062 0.058 0.073 0.124 0.179 0.302 0.201 179 C 0.042 0.047 0.069 0.117 0.178 0.289 0.258 180 M 0.037 0.045 0.069 0.130 0.212 0.311 0.196 181 L 0.050 0.063 0.085 0.131 0.216 0.296 0.160 182 G 0.097 0.135 0.164 0.209 0.209 0.145 0.040 183 K 0.210 0.247 0.196 0.157 0.105 0.066 0.020 184 A 0.203 0.224 0.193 0.183 0.124 0.063 0.010 185 C 0.135 0.184 0.204 0.217 0.171 0.077 0.012 186 S 0.151 0.216 0.210 0.199 0.139 0.070 0.014 187 L 0.029 0.078 0.161 0.264 0.267 0.179 0.022 188 A 0.268 0.343 0.211 0.111 0.049 0.016 0.002 189 P 0.061 0.248 0.331 0.237 0.094 0.026 0.003 190 L 0.007 0.010 0.032 0.171 0.450 0.315 0.016 191 K 0.046 0.194 0.347 0.287 0.106 0.019 0.001 192 E 0.276 0.524 0.163 0.032 0.004 0.001 0.001 193 E 0.034 0.124 0.264 0.354 0.185 0.038 0.001 194 L 0.009 0.031 0.117 0.354 0.386 0.102 0.002 195 R 0.201 0.426 0.260 0.091 0.019 0.002 0.001 196 I 0.548 0.308 0.104 0.032 0.007 0.001 0.001 197 Q 0.250 0.268 0.244 0.162 0.062 0.012 0.001 198 G 0.391 0.298 0.174 0.095 0.033 0.008 0.001 199 V 0.108 0.144 0.240 0.292 0.179 0.036 0.001 200 P 0.291 0.371 0.206 0.094 0.031 0.007 0.001 201 K 0.241 0.347 0.221 0.135 0.046 0.010 0.001 202 V 0.037 0.074 0.166 0.309 0.296 0.111 0.007 203 T 0.085 0.296 0.325 0.202 0.071 0.020 0.002 204 Y 0.039 0.066 0.119 0.266 0.333 0.164 0.013 205 T 0.072 0.157 0.251 0.298 0.174 0.046 0.003 206 E 0.254 0.426 0.204 0.081 0.025 0.009 0.002 207 F 0.044 0.090 0.163 0.285 0.240 0.156 0.022 208 C 0.058 0.124 0.188 0.248 0.232 0.131 0.020 209 Q 0.350 0.308 0.170 0.096 0.048 0.022 0.007 210 G 0.378 0.267 0.169 0.108 0.049 0.022 0.006 211 R 0.221 0.238 0.224 0.167 0.095 0.046 0.008 212 T 0.257 0.251 0.189 0.146 0.092 0.052 0.011 213 M 0.148 0.148 0.177 0.209 0.189 0.110 0.020 214 R 0.123 0.128 0.156 0.212 0.205 0.144 0.031 215 W 0.081 0.078 0.108 0.192 0.225 0.249 0.066 216 A 0.102 0.098 0.115 0.165 0.200 0.236 0.083 217 L 0.121 0.097 0.116 0.180 0.227 0.202 0.057 218 A 0.137 0.169 0.178 0.199 0.168 0.122 0.027 219 W 0.132 0.136 0.179 0.225 0.208 0.105 0.015 220 S 0.290 0.307 0.197 0.126 0.060 0.019 0.002 221 F 0.329 0.253 0.187 0.137 0.070 0.022 0.002 222 Y 0.470 0.224 0.154 0.099 0.041 0.011 0.001 223 D 0.733 0.177 0.058 0.024 0.007 0.002 0.001