# TARGET T0292 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4523 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.660 0.228 0.078 0.027 0.006 0.001 0.001 2 R 0.390 0.285 0.155 0.110 0.048 0.011 0.001 3 A 0.238 0.166 0.187 0.207 0.148 0.050 0.004 4 E 0.437 0.318 0.126 0.075 0.033 0.010 0.001 5 D 0.334 0.354 0.194 0.085 0.024 0.007 0.001 6 Y 0.103 0.117 0.160 0.277 0.242 0.092 0.009 7 E 0.232 0.361 0.241 0.122 0.038 0.006 0.001 8 V 0.218 0.246 0.216 0.195 0.099 0.024 0.001 9 L 0.201 0.214 0.198 0.220 0.128 0.037 0.002 10 Y 0.335 0.361 0.181 0.086 0.029 0.007 0.001 11 T 0.285 0.285 0.202 0.150 0.062 0.015 0.001 12 I 0.130 0.117 0.156 0.224 0.229 0.130 0.013 13 G 0.269 0.238 0.185 0.176 0.098 0.031 0.003 14 T 0.353 0.322 0.192 0.089 0.033 0.010 0.001 15 G 0.198 0.196 0.173 0.209 0.146 0.067 0.011 16 S 0.093 0.163 0.169 0.221 0.200 0.125 0.028 17 Y 0.059 0.127 0.160 0.230 0.227 0.164 0.034 18 G 0.055 0.120 0.178 0.242 0.233 0.143 0.030 19 R 0.045 0.130 0.230 0.262 0.190 0.115 0.027 20 C 0.019 0.038 0.084 0.235 0.345 0.250 0.029 21 Q 0.023 0.072 0.150 0.285 0.317 0.140 0.012 22 K 0.035 0.184 0.326 0.280 0.141 0.032 0.002 23 I 0.015 0.056 0.114 0.294 0.387 0.128 0.006 24 R 0.108 0.293 0.313 0.205 0.067 0.012 0.001 25 R 0.318 0.354 0.185 0.111 0.028 0.003 0.001 26 K 0.513 0.305 0.133 0.042 0.007 0.001 0.001 27 S 0.793 0.140 0.043 0.018 0.005 0.001 0.001 28 D 0.796 0.152 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 29 G 0.700 0.213 0.059 0.023 0.005 0.001 0.001 30 K 0.281 0.427 0.205 0.072 0.014 0.002 0.001 31 I 0.072 0.279 0.308 0.245 0.083 0.012 0.001 32 L 0.011 0.045 0.124 0.285 0.360 0.165 0.009 33 V 0.009 0.033 0.074 0.182 0.331 0.339 0.032 34 W 0.010 0.022 0.066 0.198 0.321 0.340 0.042 35 K 0.017 0.076 0.162 0.271 0.286 0.174 0.015 36 E 0.014 0.057 0.149 0.276 0.315 0.172 0.016 37 L 0.013 0.033 0.099 0.272 0.406 0.170 0.008 38 D 0.115 0.307 0.319 0.188 0.062 0.009 0.001 39 Y 0.249 0.298 0.236 0.153 0.055 0.009 0.001 40 G 0.489 0.286 0.138 0.065 0.018 0.004 0.001 41 S 0.620 0.245 0.087 0.036 0.011 0.002 0.001 42 M 0.434 0.226 0.183 0.119 0.034 0.004 0.001 43 T 0.811 0.141 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 44 E 0.885 0.095 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.820 0.147 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 46 E 0.315 0.334 0.211 0.115 0.024 0.002 0.001 47 K 0.107 0.311 0.321 0.198 0.057 0.006 0.001 48 Q 0.334 0.452 0.157 0.047 0.009 0.001 0.001 49 M 0.071 0.243 0.347 0.256 0.072 0.010 0.001 50 L 0.008 0.023 0.059 0.202 0.448 0.249 0.012 51 V 0.036 0.177 0.300 0.297 0.148 0.038 0.003 52 S 0.070 0.294 0.312 0.217 0.079 0.024 0.003 53 E 0.009 0.023 0.043 0.123 0.318 0.420 0.065 54 V 0.006 0.016 0.051 0.170 0.346 0.359 0.051 55 N 0.047 0.258 0.339 0.238 0.089 0.026 0.004 56 L 0.011 0.041 0.106 0.250 0.387 0.196 0.010 57 L 0.008 0.022 0.048 0.163 0.368 0.351 0.040 58 R 0.087 0.316 0.308 0.207 0.064 0.017 0.001 59 E 0.199 0.406 0.236 0.116 0.037 0.006 0.001 60 L 0.013 0.053 0.151 0.371 0.326 0.081 0.004 61 K 0.256 0.458 0.205 0.065 0.014 0.003 0.001 62 H 0.067 0.101 0.169 0.266 0.275 0.110 0.012 63 P 0.160 0.377 0.244 0.158 0.049 0.012 0.001 64 N 0.013 0.073 0.181 0.296 0.283 0.139 0.014 65 I 0.002 0.010 0.036 0.121 0.302 0.435 0.093 66 V 0.005 0.038 0.075 0.183 0.319 0.332 0.047 67 R 0.004 0.055 0.230 0.348 0.224 0.114 0.025 68 Y 0.002 0.005 0.013 0.055 0.235 0.547 0.143 69 Y 0.007 0.045 0.129 0.291 0.320 0.185 0.023 70 D 0.036 0.143 0.227 0.267 0.216 0.100 0.010 71 R 0.017 0.049 0.126 0.260 0.327 0.206 0.016 72 I 0.035 0.094 0.143 0.267 0.309 0.144 0.008 73 I 0.215 0.306 0.236 0.165 0.065 0.013 0.001 74 D 0.420 0.309 0.165 0.081 0.020 0.004 0.001 75 R 0.612 0.235 0.090 0.044 0.014 0.003 0.001 76 T 0.706 0.190 0.067 0.026 0.009 0.003 0.001 77 N 0.454 0.209 0.150 0.118 0.054 0.015 0.002 78 T 0.351 0.272 0.180 0.115 0.062 0.018 0.002 79 T 0.081 0.178 0.247 0.275 0.158 0.055 0.006 80 L 0.025 0.064 0.114 0.229 0.310 0.226 0.032 81 Y 0.006 0.020 0.046 0.140 0.303 0.396 0.089 82 I 0.004 0.007 0.017 0.061 0.173 0.449 0.289 83 V 0.005 0.007 0.013 0.036 0.106 0.391 0.442 84 M 0.009 0.014 0.028 0.071 0.152 0.389 0.337 85 E 0.022 0.035 0.063 0.121 0.211 0.361 0.187 86 Y 0.021 0.040 0.076 0.170 0.277 0.342 0.074 87 C 0.020 0.046 0.086 0.198 0.317 0.277 0.055 88 E 0.208 0.321 0.229 0.145 0.063 0.029 0.006 89 G 0.186 0.303 0.217 0.162 0.087 0.039 0.007 90 G 0.229 0.307 0.234 0.140 0.065 0.023 0.003 91 D 0.107 0.301 0.301 0.189 0.075 0.024 0.003 92 L 0.011 0.022 0.053 0.164 0.393 0.334 0.024 93 A 0.018 0.093 0.256 0.360 0.218 0.053 0.002 94 S 0.138 0.355 0.251 0.157 0.071 0.027 0.002 95 V 0.020 0.080 0.198 0.358 0.268 0.074 0.002 96 I 0.016 0.034 0.072 0.232 0.413 0.226 0.007 97 T 0.131 0.360 0.271 0.162 0.060 0.015 0.001 98 K 0.348 0.411 0.166 0.058 0.014 0.003 0.001 99 G 0.221 0.279 0.243 0.174 0.067 0.015 0.001 100 T 0.462 0.305 0.140 0.067 0.022 0.004 0.001 101 K 0.588 0.234 0.105 0.054 0.016 0.003 0.001 102 E 0.652 0.214 0.084 0.037 0.011 0.002 0.001 103 R 0.515 0.280 0.128 0.058 0.016 0.003 0.001 104 Q 0.306 0.303 0.191 0.137 0.051 0.011 0.001 105 Y 0.207 0.322 0.212 0.162 0.074 0.020 0.002 106 L 0.028 0.056 0.126 0.288 0.354 0.135 0.013 107 D 0.164 0.376 0.260 0.149 0.043 0.008 0.001 108 E 0.038 0.181 0.284 0.306 0.160 0.028 0.002 109 E 0.100 0.349 0.267 0.190 0.076 0.016 0.001 110 F 0.004 0.038 0.137 0.289 0.345 0.164 0.024 111 V 0.001 0.001 0.004 0.028 0.202 0.594 0.171 112 L 0.001 0.012 0.057 0.201 0.403 0.289 0.037 113 R 0.001 0.019 0.087 0.288 0.358 0.222 0.025 114 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.080 0.564 0.348 115 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.282 0.700 116 T 0.001 0.004 0.032 0.187 0.348 0.350 0.079 117 Q 0.001 0.001 0.009 0.098 0.361 0.459 0.072 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.136 0.860 119 T 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.445 0.484 120 L 0.001 0.004 0.026 0.147 0.362 0.383 0.079 121 A 0.001 0.001 0.002 0.019 0.104 0.442 0.431 122 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.421 0.539 123 K 0.001 0.008 0.055 0.211 0.336 0.343 0.046 124 E 0.001 0.008 0.044 0.245 0.437 0.245 0.020 125 C 0.001 0.003 0.010 0.049 0.290 0.561 0.086 126 H 0.006 0.043 0.131 0.289 0.387 0.136 0.008 127 R 0.037 0.226 0.317 0.302 0.102 0.016 0.001 128 R 0.186 0.319 0.256 0.179 0.050 0.008 0.001 129 S 0.262 0.318 0.212 0.130 0.058 0.018 0.001 130 D 0.493 0.274 0.138 0.063 0.026 0.006 0.001 131 G 0.423 0.246 0.181 0.109 0.035 0.006 0.001 132 G 0.560 0.255 0.115 0.050 0.017 0.003 0.001 133 H 0.343 0.321 0.184 0.109 0.036 0.006 0.001 134 T 0.137 0.254 0.230 0.227 0.115 0.033 0.003 135 V 0.061 0.052 0.086 0.192 0.269 0.265 0.074 136 L 0.036 0.043 0.063 0.148 0.262 0.324 0.124 137 H 0.098 0.067 0.085 0.121 0.168 0.266 0.195 138 R 0.037 0.061 0.078 0.150 0.197 0.252 0.226 139 D 0.036 0.061 0.102 0.149 0.198 0.246 0.208 140 L 0.024 0.033 0.044 0.091 0.209 0.323 0.276 141 K 0.032 0.071 0.107 0.169 0.194 0.259 0.168 142 P 0.054 0.082 0.109 0.163 0.191 0.239 0.163 143 A 0.058 0.108 0.115 0.163 0.180 0.225 0.151 144 N 0.042 0.056 0.062 0.127 0.250 0.364 0.099 145 V 0.014 0.023 0.051 0.130 0.254 0.407 0.121 146 F 0.019 0.050 0.088 0.171 0.250 0.348 0.074 147 L 0.018 0.033 0.070 0.208 0.380 0.266 0.025 148 D 0.083 0.174 0.250 0.295 0.166 0.029 0.002 149 G 0.500 0.347 0.119 0.031 0.003 0.001 0.001 150 K 0.574 0.360 0.055 0.009 0.002 0.001 0.001 151 Q 0.052 0.195 0.310 0.319 0.110 0.015 0.001 152 N 0.008 0.079 0.196 0.350 0.277 0.087 0.003 153 V 0.001 0.001 0.005 0.034 0.191 0.589 0.180 154 K 0.001 0.005 0.020 0.077 0.243 0.439 0.216 155 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.228 0.739 156 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.204 0.751 157 D 0.001 0.001 0.003 0.012 0.039 0.230 0.714 158 F 0.001 0.001 0.004 0.015 0.061 0.330 0.590 159 G 0.002 0.007 0.022 0.066 0.156 0.368 0.379 160 L 0.003 0.007 0.018 0.053 0.154 0.438 0.326 161 A 0.004 0.009 0.021 0.070 0.233 0.491 0.173 162 R 0.012 0.065 0.152 0.260 0.280 0.192 0.039 163 I 0.029 0.109 0.218 0.285 0.233 0.114 0.012 164 L 0.036 0.101 0.191 0.317 0.274 0.078 0.003 165 N 0.304 0.345 0.207 0.107 0.031 0.006 0.001 166 H 0.595 0.250 0.100 0.040 0.012 0.003 0.001 167 D 0.739 0.173 0.055 0.024 0.007 0.002 0.001 168 T 0.617 0.222 0.095 0.047 0.016 0.003 0.001 169 S 0.564 0.254 0.114 0.050 0.015 0.003 0.001 170 F 0.366 0.283 0.171 0.120 0.048 0.012 0.001 171 A 0.194 0.211 0.216 0.207 0.129 0.040 0.004 172 K 0.166 0.265 0.236 0.198 0.098 0.032 0.005 173 A 0.097 0.160 0.185 0.233 0.201 0.102 0.022 174 F 0.035 0.073 0.105 0.203 0.281 0.227 0.077 175 V 0.026 0.048 0.086 0.166 0.226 0.280 0.169 176 G 0.024 0.030 0.039 0.083 0.174 0.332 0.318 177 T 0.018 0.039 0.057 0.103 0.166 0.300 0.318 178 P 0.009 0.023 0.039 0.092 0.164 0.296 0.379 179 Y 0.014 0.039 0.063 0.110 0.172 0.273 0.328 180 Y 0.009 0.017 0.028 0.062 0.134 0.363 0.387 181 M 0.010 0.025 0.047 0.103 0.185 0.318 0.312 182 S 0.012 0.028 0.053 0.100 0.129 0.308 0.369 183 P 0.039 0.061 0.076 0.161 0.241 0.293 0.130 184 E 0.031 0.084 0.113 0.165 0.239 0.277 0.090 185 Q 0.031 0.107 0.179 0.271 0.251 0.145 0.015 186 M 0.023 0.054 0.117 0.258 0.329 0.195 0.024 187 N 0.186 0.300 0.242 0.178 0.072 0.019 0.002 188 R 0.262 0.368 0.197 0.115 0.046 0.011 0.001 189 M 0.163 0.324 0.288 0.161 0.053 0.011 0.001 190 S 0.251 0.338 0.227 0.127 0.046 0.010 0.001 191 Y 0.044 0.109 0.191 0.313 0.268 0.072 0.003 192 N 0.124 0.235 0.243 0.216 0.138 0.042 0.002 193 E 0.054 0.177 0.223 0.296 0.187 0.059 0.004 194 K 0.030 0.135 0.217 0.272 0.240 0.100 0.006 195 S 0.001 0.006 0.027 0.130 0.319 0.433 0.083 196 D 0.001 0.002 0.011 0.054 0.195 0.497 0.240 197 I 0.001 0.001 0.002 0.009 0.054 0.390 0.543 198 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.259 0.704 199 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 0.150 0.812 200 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.108 0.873 201 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.169 0.793 202 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.254 0.697 203 L 0.001 0.001 0.006 0.017 0.046 0.193 0.738 204 L 0.001 0.001 0.006 0.013 0.020 0.119 0.840 205 Y 0.001 0.002 0.005 0.020 0.072 0.357 0.542 206 E 0.002 0.004 0.009 0.039 0.176 0.408 0.361 207 L 0.002 0.009 0.017 0.033 0.103 0.396 0.439 208 C 0.010 0.023 0.042 0.113 0.176 0.439 0.198 209 A 0.039 0.067 0.112 0.240 0.318 0.186 0.038 210 L 0.050 0.087 0.155 0.250 0.278 0.152 0.028 211 M 0.050 0.133 0.238 0.262 0.208 0.094 0.015 212 P 0.033 0.079 0.161 0.249 0.255 0.190 0.032 213 P 0.020 0.042 0.079 0.188 0.318 0.306 0.048 214 F 0.027 0.042 0.081 0.170 0.336 0.301 0.042 215 T 0.179 0.283 0.242 0.187 0.080 0.026 0.003 216 A 0.269 0.272 0.217 0.140 0.070 0.028 0.004 217 F 0.478 0.237 0.121 0.084 0.048 0.026 0.006 218 S 0.419 0.286 0.160 0.081 0.037 0.014 0.004 219 Q 0.118 0.151 0.190 0.220 0.198 0.105 0.018 220 K 0.152 0.277 0.264 0.184 0.089 0.030 0.004 221 E 0.209 0.406 0.234 0.107 0.033 0.009 0.001 222 L 0.021 0.069 0.150 0.264 0.326 0.158 0.012 223 A 0.012 0.031 0.073 0.202 0.349 0.298 0.035 224 G 0.083 0.253 0.288 0.218 0.109 0.044 0.004 225 K 0.057 0.208 0.305 0.265 0.127 0.037 0.002 226 I 0.013 0.028 0.055 0.172 0.364 0.338 0.030 227 R 0.052 0.102 0.211 0.300 0.236 0.092 0.006 228 E 0.325 0.356 0.195 0.091 0.027 0.006 0.001 229 G 0.277 0.275 0.206 0.161 0.066 0.015 0.001 230 K 0.376 0.297 0.175 0.096 0.042 0.013 0.001 231 F 0.201 0.197 0.197 0.219 0.142 0.041 0.002 232 R 0.299 0.293 0.208 0.141 0.048 0.009 0.001 233 R 0.310 0.232 0.186 0.161 0.088 0.021 0.001 234 I 0.300 0.273 0.199 0.148 0.067 0.013 0.001 235 P 0.259 0.241 0.224 0.182 0.076 0.017 0.001 236 Y 0.482 0.295 0.117 0.074 0.026 0.006 0.001 237 R 0.313 0.358 0.192 0.089 0.038 0.010 0.001 238 Y 0.057 0.131 0.220 0.354 0.199 0.037 0.001 239 S 0.081 0.303 0.345 0.195 0.064 0.011 0.001 240 D 0.470 0.366 0.113 0.040 0.009 0.002 0.001 241 E 0.047 0.247 0.336 0.265 0.090 0.014 0.001 242 L 0.002 0.012 0.042 0.166 0.454 0.305 0.019 243 N 0.005 0.119 0.316 0.340 0.182 0.035 0.002 244 E 0.026 0.316 0.391 0.208 0.048 0.010 0.001 245 I 0.001 0.005 0.023 0.123 0.406 0.409 0.033 246 I 0.001 0.001 0.003 0.027 0.197 0.619 0.152 247 T 0.006 0.088 0.304 0.396 0.161 0.041 0.004 248 R 0.014 0.112 0.296 0.345 0.188 0.045 0.001 249 M 0.002 0.006 0.011 0.050 0.244 0.590 0.098 250 L 0.009 0.030 0.108 0.299 0.378 0.165 0.011 251 N 0.159 0.417 0.266 0.120 0.031 0.006 0.001 252 L 0.174 0.316 0.286 0.180 0.039 0.005 0.001 253 K 0.230 0.313 0.237 0.151 0.057 0.010 0.001 254 D 0.420 0.245 0.168 0.115 0.044 0.008 0.001 255 Y 0.600 0.288 0.074 0.030 0.008 0.001 0.001 256 H 0.277 0.343 0.212 0.117 0.042 0.009 0.001 257 R 0.068 0.213 0.300 0.248 0.133 0.037 0.002 258 P 0.127 0.188 0.195 0.231 0.179 0.072 0.007 259 S 0.080 0.239 0.287 0.240 0.117 0.033 0.004 260 V 0.042 0.078 0.130 0.282 0.340 0.121 0.007 261 E 0.121 0.428 0.286 0.129 0.030 0.006 0.001 262 E 0.098 0.228 0.267 0.234 0.126 0.044 0.003 263 I 0.031 0.085 0.140 0.244 0.300 0.190 0.010 264 L 0.062 0.175 0.246 0.310 0.167 0.037 0.002 265 E 0.210 0.437 0.217 0.095 0.031 0.009 0.001 266 N 0.036 0.125 0.258 0.327 0.205 0.046 0.002 267 P 0.163 0.379 0.268 0.139 0.041 0.010 0.001 268 L 0.029 0.087 0.249 0.365 0.226 0.044 0.001 269 I 0.024 0.028 0.069 0.243 0.429 0.200 0.008 270 L 0.167 0.336 0.247 0.160 0.073 0.016 0.001 271 E 0.348 0.395 0.193 0.051 0.011 0.002 0.001 272 H 0.097 0.179 0.291 0.287 0.123 0.021 0.001 273 H 0.417 0.332 0.167 0.066 0.016 0.002 0.001 274 H 0.497 0.281 0.136 0.064 0.020 0.003 0.001 275 H 0.692 0.155 0.074 0.053 0.021 0.005 0.001 276 H 0.841 0.109 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 277 H 0.705 0.165 0.068 0.040 0.017 0.005 0.001