# TARGET T0292 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13116 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.002 0.002 0.013 0.078 0.902 2 R 0.012 0.004 0.006 0.013 0.127 0.837 3 A 0.020 0.012 0.086 0.040 0.405 0.438 4 E 0.029 0.005 0.137 0.035 0.520 0.274 5 D 0.055 0.003 0.119 0.063 0.524 0.236 6 Y 0.363 0.016 0.027 0.074 0.285 0.235 7 E 0.708 0.008 0.007 0.055 0.069 0.152 8 V 0.863 0.005 0.006 0.043 0.033 0.050 9 L 0.881 0.003 0.005 0.046 0.028 0.037 10 Y 0.886 0.002 0.004 0.041 0.026 0.041 11 T 0.845 0.005 0.004 0.046 0.039 0.061 12 I 0.660 0.015 0.006 0.041 0.110 0.169 13 G 0.420 0.009 0.008 0.020 0.267 0.276 14 T 0.274 0.016 0.016 0.024 0.356 0.314 15 G 0.185 0.017 0.024 0.015 0.483 0.276 16 S 0.222 0.017 0.025 0.016 0.466 0.254 17 Y 0.367 0.019 0.026 0.031 0.361 0.195 18 G 0.557 0.008 0.015 0.018 0.227 0.176 19 R 0.858 0.006 0.006 0.009 0.052 0.070 20 C 0.938 0.005 0.003 0.006 0.018 0.030 21 Q 0.939 0.001 0.002 0.009 0.018 0.031 22 K 0.955 0.001 0.001 0.006 0.011 0.026 23 I 0.955 0.002 0.001 0.006 0.011 0.025 24 R 0.964 0.002 0.001 0.003 0.008 0.022 25 R 0.910 0.009 0.001 0.003 0.031 0.046 26 K 0.306 0.011 0.017 0.006 0.645 0.014 27 S 0.032 0.001 0.017 0.002 0.938 0.010 28 D 0.004 0.001 0.014 0.001 0.973 0.007 29 G 0.064 0.006 0.003 0.001 0.898 0.028 30 K 0.556 0.008 0.001 0.001 0.069 0.366 31 I 0.979 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 32 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 33 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 34 W 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 K 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 36 E 0.885 0.001 0.001 0.001 0.021 0.091 37 L 0.560 0.013 0.003 0.003 0.076 0.345 38 D 0.311 0.015 0.010 0.009 0.369 0.287 39 Y 0.056 0.005 0.161 0.050 0.565 0.163 40 G 0.035 0.002 0.138 0.042 0.635 0.148 41 S 0.053 0.012 0.116 0.033 0.615 0.171 42 M 0.033 0.032 0.012 0.034 0.266 0.624 43 T 0.011 0.009 0.001 0.022 0.095 0.862 44 E 0.001 0.001 0.006 0.975 0.012 0.006 45 A 0.001 0.001 0.007 0.975 0.013 0.003 46 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.010 0.003 47 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 48 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 49 M 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 50 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 51 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 52 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 58 R 0.001 0.001 0.010 0.971 0.013 0.006 59 E 0.001 0.001 0.018 0.937 0.028 0.016 60 L 0.001 0.003 0.034 0.684 0.106 0.172 61 K 0.003 0.008 0.024 0.143 0.170 0.652 62 H 0.004 0.006 0.041 0.046 0.727 0.177 63 P 0.002 0.001 0.093 0.127 0.732 0.046 64 N 0.007 0.002 0.100 0.255 0.600 0.036 65 I 0.194 0.053 0.054 0.410 0.245 0.044 66 V 0.323 0.011 0.026 0.530 0.039 0.071 67 R 0.334 0.007 0.029 0.546 0.038 0.046 68 Y 0.362 0.004 0.041 0.502 0.048 0.044 69 Y 0.317 0.003 0.026 0.523 0.087 0.043 70 D 0.282 0.002 0.057 0.484 0.131 0.043 71 R 0.364 0.003 0.032 0.413 0.129 0.058 72 I 0.428 0.016 0.020 0.375 0.120 0.041 73 I 0.295 0.028 0.015 0.352 0.216 0.095 74 D 0.113 0.005 0.017 0.179 0.587 0.099 75 R 0.100 0.010 0.022 0.055 0.730 0.082 76 T 0.101 0.014 0.036 0.053 0.676 0.120 77 N 0.059 0.006 0.037 0.011 0.794 0.094 78 T 0.115 0.004 0.015 0.003 0.621 0.242 79 T 0.594 0.008 0.002 0.001 0.172 0.224 80 L 0.932 0.002 0.001 0.001 0.013 0.052 81 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 83 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 84 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 85 E 0.945 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 86 Y 0.742 0.009 0.006 0.004 0.062 0.177 87 C 0.301 0.030 0.014 0.003 0.544 0.107 88 E 0.105 0.009 0.019 0.004 0.751 0.112 89 G 0.020 0.003 0.016 0.007 0.836 0.118 90 G 0.092 0.054 0.007 0.008 0.630 0.209 91 D 0.074 0.061 0.002 0.028 0.092 0.743 92 L 0.003 0.002 0.042 0.924 0.018 0.011 93 A 0.002 0.001 0.038 0.941 0.015 0.004 94 S 0.002 0.001 0.049 0.930 0.016 0.002 95 V 0.005 0.001 0.022 0.950 0.013 0.008 96 I 0.005 0.002 0.009 0.962 0.011 0.010 97 T 0.009 0.002 0.008 0.916 0.040 0.025 98 K 0.009 0.002 0.006 0.829 0.072 0.082 99 G 0.016 0.009 0.015 0.319 0.311 0.329 100 T 0.024 0.011 0.042 0.070 0.531 0.322 101 K 0.040 0.014 0.098 0.059 0.478 0.311 102 E 0.031 0.017 0.158 0.109 0.462 0.223 103 R 0.044 0.006 0.122 0.062 0.477 0.290 104 Q 0.140 0.009 0.079 0.055 0.341 0.376 105 Y 0.210 0.072 0.038 0.036 0.233 0.411 106 L 0.088 0.070 0.006 0.025 0.164 0.648 107 D 0.019 0.007 0.001 0.016 0.064 0.893 108 E 0.001 0.001 0.011 0.984 0.003 0.002 109 E 0.001 0.001 0.008 0.989 0.002 0.001 110 F 0.001 0.001 0.009 0.989 0.002 0.001 111 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 124 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 125 C 0.001 0.001 0.006 0.975 0.008 0.010 126 H 0.001 0.001 0.020 0.926 0.029 0.024 127 R 0.001 0.001 0.022 0.871 0.057 0.048 128 R 0.001 0.005 0.039 0.541 0.175 0.239 129 S 0.002 0.004 0.012 0.025 0.402 0.555 130 D 0.006 0.005 0.023 0.010 0.576 0.380 131 G 0.010 0.015 0.031 0.011 0.606 0.327 132 G 0.019 0.014 0.029 0.013 0.604 0.322 133 H 0.063 0.011 0.028 0.023 0.419 0.455 134 T 0.225 0.059 0.024 0.035 0.213 0.443 135 V 0.426 0.092 0.021 0.027 0.150 0.285 136 L 0.453 0.054 0.029 0.035 0.150 0.279 137 H 0.291 0.041 0.122 0.041 0.282 0.222 138 R 0.232 0.017 0.149 0.040 0.322 0.240 139 D 0.128 0.041 0.139 0.054 0.398 0.240 140 L 0.075 0.072 0.039 0.043 0.412 0.360 141 K 0.054 0.027 0.039 0.036 0.461 0.383 142 P 0.020 0.004 0.432 0.054 0.393 0.098 143 A 0.040 0.003 0.591 0.050 0.260 0.056 144 N 0.118 0.007 0.636 0.044 0.162 0.033 145 V 0.597 0.017 0.079 0.038 0.153 0.116 146 F 0.846 0.008 0.017 0.015 0.055 0.059 147 L 0.844 0.046 0.004 0.007 0.032 0.067 148 D 0.478 0.020 0.004 0.005 0.472 0.020 149 G 0.044 0.003 0.040 0.006 0.889 0.019 150 K 0.007 0.001 0.033 0.004 0.933 0.023 151 Q 0.063 0.009 0.018 0.001 0.882 0.028 152 N 0.306 0.009 0.001 0.001 0.124 0.560 153 V 0.904 0.013 0.001 0.001 0.011 0.072 154 K 0.967 0.004 0.001 0.001 0.005 0.024 155 L 0.963 0.006 0.001 0.001 0.006 0.023 156 G 0.809 0.008 0.007 0.005 0.041 0.130 157 D 0.442 0.010 0.035 0.025 0.195 0.294 158 F 0.140 0.007 0.047 0.042 0.430 0.334 159 G 0.111 0.010 0.083 0.072 0.489 0.235 160 L 0.195 0.021 0.124 0.176 0.337 0.147 161 A 0.181 0.009 0.200 0.271 0.246 0.093 162 R 0.249 0.011 0.166 0.313 0.173 0.089 163 I 0.279 0.023 0.074 0.398 0.131 0.095 164 L 0.216 0.029 0.026 0.332 0.183 0.214 165 N 0.142 0.013 0.018 0.125 0.412 0.291 166 H 0.064 0.010 0.026 0.085 0.541 0.274 167 D 0.036 0.006 0.030 0.053 0.606 0.268 168 T 0.099 0.010 0.050 0.054 0.590 0.197 169 S 0.194 0.017 0.049 0.062 0.370 0.308 170 F 0.323 0.049 0.058 0.078 0.269 0.224 171 A 0.430 0.016 0.046 0.071 0.228 0.211 172 K 0.502 0.014 0.037 0.058 0.182 0.206 173 A 0.568 0.012 0.026 0.037 0.162 0.196 174 F 0.624 0.012 0.012 0.018 0.139 0.194 175 V 0.633 0.039 0.005 0.018 0.092 0.212 176 G 0.341 0.049 0.005 0.016 0.147 0.441 177 T 0.156 0.031 0.011 0.025 0.291 0.486 178 P 0.026 0.006 0.392 0.097 0.339 0.140 179 Y 0.030 0.003 0.473 0.097 0.308 0.089 180 Y 0.066 0.016 0.482 0.121 0.228 0.088 181 M 0.066 0.066 0.035 0.136 0.250 0.447 182 S 0.034 0.024 0.005 0.148 0.148 0.641 183 P 0.001 0.001 0.020 0.949 0.020 0.010 184 E 0.003 0.001 0.037 0.935 0.021 0.004 185 Q 0.004 0.001 0.056 0.913 0.023 0.003 186 M 0.006 0.003 0.029 0.916 0.039 0.007 187 N 0.005 0.002 0.017 0.873 0.078 0.024 188 R 0.006 0.002 0.014 0.386 0.276 0.317 189 M 0.025 0.006 0.009 0.057 0.334 0.570 190 S 0.064 0.021 0.010 0.027 0.285 0.593 191 Y 0.067 0.039 0.011 0.034 0.297 0.553 192 N 0.038 0.017 0.005 0.033 0.255 0.652 193 E 0.018 0.002 0.077 0.602 0.154 0.148 194 K 0.024 0.003 0.092 0.744 0.083 0.054 195 S 0.013 0.003 0.078 0.794 0.080 0.031 196 D 0.014 0.003 0.066 0.815 0.058 0.044 197 I 0.015 0.002 0.029 0.926 0.015 0.013 198 W 0.005 0.001 0.012 0.970 0.008 0.004 199 S 0.002 0.001 0.009 0.981 0.005 0.003 200 L 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.001 201 G 0.001 0.001 0.014 0.978 0.006 0.001 202 C 0.001 0.001 0.008 0.988 0.004 0.001 203 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 204 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 206 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 207 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 208 C 0.001 0.001 0.007 0.978 0.008 0.005 209 A 0.001 0.001 0.008 0.921 0.018 0.051 210 L 0.003 0.003 0.011 0.197 0.103 0.684 211 M 0.007 0.008 0.003 0.011 0.107 0.864 212 P 0.027 0.015 0.005 0.006 0.174 0.774 213 P 0.024 0.018 0.021 0.018 0.276 0.642 214 F 0.026 0.022 0.101 0.028 0.487 0.335 215 T 0.017 0.006 0.127 0.049 0.575 0.227 216 A 0.015 0.005 0.100 0.075 0.554 0.250 217 F 0.027 0.024 0.023 0.059 0.493 0.374 218 S 0.020 0.021 0.002 0.028 0.132 0.797 219 Q 0.001 0.001 0.011 0.956 0.019 0.013 220 K 0.001 0.001 0.010 0.970 0.013 0.006 221 E 0.001 0.001 0.009 0.974 0.013 0.003 222 L 0.002 0.001 0.007 0.976 0.008 0.006 223 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.005 224 G 0.001 0.001 0.008 0.977 0.007 0.006 225 K 0.002 0.001 0.008 0.956 0.015 0.019 226 I 0.004 0.004 0.011 0.944 0.024 0.013 227 R 0.004 0.002 0.013 0.905 0.054 0.023 228 E 0.004 0.001 0.020 0.818 0.091 0.066 229 G 0.008 0.003 0.024 0.391 0.207 0.367 230 K 0.031 0.007 0.038 0.192 0.257 0.475 231 F 0.110 0.036 0.048 0.081 0.220 0.506 232 R 0.117 0.033 0.034 0.068 0.189 0.558 233 R 0.060 0.033 0.031 0.082 0.153 0.642 234 I 0.010 0.007 0.003 0.007 0.105 0.868 235 P 0.020 0.013 0.028 0.016 0.332 0.592 236 Y 0.011 0.007 0.158 0.058 0.451 0.315 237 R 0.014 0.017 0.209 0.062 0.439 0.258 238 Y 0.008 0.014 0.050 0.101 0.373 0.454 239 S 0.003 0.004 0.003 0.075 0.133 0.782 240 D 0.001 0.001 0.012 0.963 0.017 0.008 241 E 0.001 0.001 0.016 0.961 0.018 0.004 242 L 0.001 0.001 0.009 0.984 0.006 0.001 243 N 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 244 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 247 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 248 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 249 M 0.001 0.001 0.010 0.963 0.011 0.015 250 L 0.001 0.001 0.023 0.902 0.033 0.040 251 N 0.002 0.002 0.015 0.367 0.186 0.429 252 L 0.004 0.019 0.012 0.217 0.163 0.585 253 K 0.003 0.003 0.006 0.007 0.589 0.392 254 D 0.001 0.001 0.516 0.024 0.416 0.043 255 Y 0.001 0.001 0.581 0.013 0.371 0.033 256 H 0.008 0.004 0.461 0.013 0.457 0.058 257 R 0.034 0.022 0.016 0.017 0.207 0.704 258 P 0.102 0.151 0.005 0.021 0.088 0.633 259 S 0.052 0.050 0.002 0.021 0.058 0.816 260 V 0.001 0.001 0.028 0.966 0.003 0.002 261 E 0.001 0.001 0.041 0.953 0.005 0.001 262 E 0.001 0.001 0.036 0.959 0.004 0.001 263 I 0.001 0.001 0.013 0.977 0.008 0.002 264 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.016 0.005 265 E 0.001 0.001 0.005 0.952 0.020 0.022 266 N 0.002 0.002 0.008 0.363 0.166 0.459 267 P 0.002 0.001 0.069 0.713 0.117 0.097 268 L 0.020 0.007 0.249 0.339 0.287 0.098 269 I 0.029 0.013 0.203 0.573 0.131 0.050 270 L 0.058 0.008 0.102 0.636 0.119 0.077 271 E 0.070 0.010 0.060 0.537 0.156 0.167 272 H 0.051 0.016 0.035 0.408 0.185 0.306 273 H 0.020 0.005 0.027 0.115 0.304 0.529 274 H 0.011 0.006 0.022 0.029 0.257 0.675 275 H 0.017 0.009 0.026 0.023 0.208 0.718 276 H 0.016 0.015 0.012 0.027 0.121 0.809 277 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.973