# TARGET T0292 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13116 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 2 R 0.037 0.027 0.025 0.057 0.011 0.048 0.795 3 A 0.053 0.012 0.161 0.131 0.137 0.175 0.331 4 E 0.041 0.003 0.161 0.058 0.163 0.400 0.174 5 D 0.126 0.006 0.114 0.093 0.139 0.296 0.226 6 Y 0.436 0.009 0.006 0.028 0.047 0.010 0.464 7 E 0.770 0.023 0.002 0.023 0.008 0.005 0.168 8 V 0.890 0.009 0.002 0.021 0.011 0.003 0.064 9 L 0.849 0.002 0.004 0.016 0.021 0.004 0.104 10 Y 0.833 0.002 0.007 0.023 0.028 0.010 0.097 11 T 0.818 0.013 0.009 0.040 0.022 0.018 0.080 12 I 0.646 0.013 0.014 0.036 0.040 0.050 0.201 13 G 0.428 0.007 0.010 0.008 0.140 0.142 0.264 14 T 0.342 0.032 0.013 0.006 0.223 0.124 0.261 15 G 0.209 0.011 0.013 0.002 0.338 0.087 0.339 16 S 0.193 0.012 0.016 0.001 0.225 0.170 0.383 17 Y 0.309 0.016 0.018 0.002 0.247 0.110 0.298 18 G 0.641 0.003 0.006 0.002 0.116 0.021 0.211 19 R 0.910 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.069 20 C 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 21 Q 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 22 K 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 23 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 24 R 0.981 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 25 R 0.912 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.070 26 K 0.379 0.009 0.013 0.003 0.092 0.180 0.324 27 S 0.068 0.003 0.020 0.002 0.176 0.636 0.095 28 D 0.005 0.001 0.005 0.001 0.273 0.699 0.017 29 G 0.051 0.001 0.003 0.001 0.424 0.380 0.141 30 K 0.517 0.015 0.001 0.001 0.045 0.003 0.419 31 I 0.978 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 32 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 33 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 34 W 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 35 K 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 36 E 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 37 L 0.818 0.014 0.001 0.004 0.026 0.004 0.134 38 D 0.397 0.012 0.004 0.007 0.053 0.017 0.510 39 Y 0.042 0.007 0.196 0.071 0.118 0.417 0.149 40 G 0.013 0.002 0.187 0.031 0.124 0.566 0.078 41 S 0.020 0.007 0.166 0.032 0.172 0.315 0.288 42 M 0.022 0.036 0.007 0.024 0.199 0.021 0.690 43 T 0.008 0.010 0.002 0.037 0.046 0.006 0.891 44 E 0.001 0.001 0.011 0.956 0.003 0.028 0.002 45 A 0.001 0.001 0.012 0.961 0.002 0.023 0.002 46 E 0.001 0.001 0.016 0.963 0.002 0.011 0.008 47 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.003 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 49 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 50 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 51 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 52 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 53 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 57 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.002 58 R 0.001 0.001 0.007 0.928 0.002 0.060 0.002 59 E 0.001 0.001 0.022 0.727 0.008 0.234 0.009 60 L 0.003 0.010 0.033 0.413 0.109 0.266 0.167 61 K 0.005 0.017 0.024 0.189 0.194 0.291 0.280 62 H 0.004 0.004 0.005 0.011 0.342 0.014 0.620 63 P 0.001 0.001 0.076 0.082 0.079 0.738 0.023 64 N 0.006 0.003 0.056 0.072 0.066 0.771 0.026 65 I 0.150 0.027 0.085 0.290 0.077 0.048 0.323 66 V 0.358 0.015 0.029 0.258 0.047 0.024 0.269 67 R 0.714 0.009 0.028 0.155 0.023 0.023 0.047 68 Y 0.804 0.008 0.023 0.102 0.011 0.012 0.041 69 Y 0.806 0.007 0.019 0.102 0.012 0.018 0.036 70 D 0.721 0.002 0.024 0.098 0.046 0.043 0.067 71 R 0.670 0.006 0.027 0.104 0.041 0.048 0.104 72 I 0.690 0.011 0.014 0.087 0.041 0.042 0.115 73 I 0.656 0.064 0.010 0.052 0.056 0.035 0.127 74 D 0.424 0.018 0.016 0.027 0.058 0.053 0.405 75 R 0.073 0.004 0.069 0.049 0.190 0.425 0.189 76 T 0.042 0.005 0.069 0.019 0.136 0.608 0.121 77 N 0.027 0.002 0.038 0.004 0.331 0.439 0.159 78 T 0.111 0.003 0.007 0.001 0.309 0.135 0.435 79 T 0.684 0.008 0.001 0.001 0.050 0.010 0.247 80 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 81 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 84 M 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 85 E 0.791 0.002 0.002 0.002 0.031 0.006 0.166 86 Y 0.535 0.023 0.006 0.007 0.062 0.036 0.332 87 C 0.123 0.016 0.008 0.003 0.308 0.029 0.514 88 E 0.046 0.010 0.019 0.006 0.318 0.433 0.167 89 G 0.015 0.006 0.016 0.004 0.248 0.532 0.180 90 G 0.022 0.020 0.003 0.004 0.363 0.017 0.570 91 D 0.021 0.037 0.002 0.005 0.026 0.003 0.905 92 L 0.001 0.001 0.070 0.897 0.001 0.023 0.007 93 A 0.001 0.001 0.048 0.937 0.001 0.011 0.003 94 S 0.001 0.001 0.040 0.951 0.001 0.005 0.003 95 V 0.002 0.001 0.016 0.972 0.001 0.007 0.002 96 I 0.006 0.004 0.010 0.949 0.004 0.023 0.005 97 T 0.004 0.002 0.010 0.866 0.005 0.105 0.008 98 K 0.003 0.002 0.007 0.561 0.016 0.389 0.022 99 G 0.006 0.005 0.010 0.136 0.112 0.514 0.218 100 T 0.008 0.010 0.023 0.041 0.242 0.120 0.557 101 K 0.015 0.016 0.115 0.082 0.231 0.217 0.323 102 E 0.016 0.015 0.140 0.067 0.131 0.399 0.232 103 R 0.020 0.010 0.230 0.033 0.134 0.193 0.381 104 Q 0.046 0.010 0.142 0.029 0.214 0.169 0.390 105 Y 0.060 0.031 0.068 0.022 0.100 0.165 0.554 106 L 0.018 0.017 0.001 0.002 0.066 0.002 0.895 107 D 0.006 0.010 0.001 0.005 0.006 0.001 0.973 108 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 123 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 124 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 125 C 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.016 0.001 126 H 0.001 0.001 0.013 0.911 0.003 0.068 0.004 127 R 0.001 0.001 0.018 0.588 0.009 0.372 0.012 128 R 0.001 0.002 0.019 0.279 0.061 0.537 0.101 129 S 0.002 0.003 0.016 0.026 0.231 0.096 0.626 130 D 0.006 0.005 0.082 0.017 0.249 0.302 0.338 131 G 0.011 0.005 0.075 0.006 0.269 0.417 0.218 132 G 0.041 0.007 0.045 0.004 0.344 0.153 0.406 133 H 0.138 0.008 0.017 0.003 0.166 0.053 0.615 134 T 0.656 0.023 0.007 0.004 0.055 0.015 0.241 135 V 0.909 0.010 0.003 0.003 0.006 0.003 0.067 136 L 0.916 0.012 0.004 0.005 0.008 0.003 0.051 137 H 0.770 0.005 0.014 0.008 0.022 0.016 0.166 138 R 0.434 0.007 0.037 0.010 0.148 0.085 0.280 139 D 0.216 0.027 0.026 0.006 0.156 0.083 0.486 140 L 0.163 0.049 0.024 0.013 0.287 0.082 0.382 141 K 0.064 0.014 0.005 0.002 0.165 0.013 0.737 142 P 0.054 0.011 0.248 0.042 0.079 0.226 0.339 143 A 0.069 0.005 0.369 0.039 0.160 0.269 0.089 144 N 0.178 0.009 0.410 0.034 0.115 0.117 0.138 145 V 0.646 0.021 0.061 0.057 0.035 0.048 0.133 146 F 0.840 0.027 0.011 0.032 0.012 0.018 0.059 147 L 0.768 0.041 0.007 0.022 0.018 0.024 0.118 148 D 0.319 0.008 0.014 0.013 0.079 0.079 0.489 149 G 0.031 0.003 0.036 0.008 0.137 0.742 0.043 150 K 0.018 0.002 0.027 0.002 0.140 0.746 0.066 151 Q 0.058 0.003 0.019 0.002 0.421 0.163 0.335 152 N 0.417 0.029 0.004 0.002 0.072 0.026 0.450 153 V 0.856 0.021 0.001 0.001 0.009 0.002 0.111 154 K 0.956 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 155 L 0.942 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.046 156 G 0.739 0.002 0.002 0.003 0.031 0.011 0.212 157 D 0.546 0.020 0.006 0.010 0.088 0.028 0.301 158 F 0.268 0.014 0.024 0.064 0.147 0.193 0.290 159 G 0.110 0.007 0.036 0.056 0.202 0.362 0.227 160 L 0.246 0.028 0.085 0.152 0.116 0.132 0.243 161 A 0.451 0.023 0.069 0.168 0.075 0.063 0.151 162 R 0.569 0.012 0.064 0.153 0.041 0.072 0.090 163 I 0.564 0.018 0.035 0.195 0.036 0.068 0.083 164 L 0.440 0.042 0.022 0.195 0.055 0.079 0.166 165 N 0.192 0.012 0.014 0.065 0.095 0.104 0.518 166 H 0.050 0.006 0.037 0.074 0.192 0.433 0.208 167 D 0.041 0.008 0.047 0.053 0.161 0.503 0.187 168 T 0.067 0.010 0.074 0.065 0.299 0.237 0.248 169 S 0.154 0.019 0.062 0.056 0.177 0.167 0.364 170 F 0.376 0.047 0.062 0.062 0.100 0.102 0.251 171 A 0.469 0.020 0.048 0.063 0.083 0.058 0.258 172 K 0.527 0.010 0.041 0.070 0.101 0.066 0.184 173 A 0.562 0.011 0.021 0.049 0.098 0.057 0.203 174 F 0.617 0.030 0.010 0.029 0.074 0.039 0.200 175 V 0.529 0.030 0.007 0.017 0.077 0.085 0.256 176 G 0.231 0.027 0.004 0.008 0.198 0.083 0.448 177 T 0.094 0.034 0.006 0.007 0.107 0.025 0.728 178 P 0.028 0.007 0.245 0.179 0.080 0.385 0.075 179 Y 0.028 0.005 0.315 0.139 0.075 0.382 0.057 180 Y 0.062 0.029 0.267 0.162 0.109 0.162 0.207 181 M 0.083 0.074 0.049 0.129 0.142 0.089 0.434 182 S 0.046 0.024 0.007 0.036 0.088 0.018 0.781 183 P 0.009 0.002 0.145 0.643 0.015 0.108 0.078 184 E 0.014 0.002 0.174 0.702 0.021 0.063 0.025 185 Q 0.028 0.006 0.186 0.677 0.013 0.049 0.042 186 M 0.036 0.020 0.090 0.674 0.025 0.106 0.050 187 N 0.016 0.008 0.032 0.397 0.028 0.468 0.050 188 R 0.008 0.002 0.036 0.106 0.099 0.641 0.108 189 M 0.028 0.006 0.021 0.041 0.403 0.113 0.389 190 S 0.076 0.022 0.019 0.030 0.135 0.114 0.603 191 Y 0.095 0.067 0.009 0.022 0.160 0.045 0.602 192 N 0.053 0.017 0.004 0.020 0.085 0.019 0.803 193 E 0.033 0.003 0.038 0.370 0.145 0.292 0.119 194 K 0.023 0.002 0.029 0.681 0.039 0.144 0.082 195 S 0.053 0.009 0.020 0.696 0.044 0.029 0.150 196 D 0.059 0.007 0.006 0.754 0.036 0.017 0.120 197 I 0.024 0.001 0.006 0.938 0.003 0.023 0.005 198 W 0.016 0.001 0.006 0.957 0.001 0.014 0.004 199 S 0.013 0.001 0.009 0.956 0.002 0.012 0.009 200 L 0.013 0.001 0.006 0.956 0.002 0.014 0.007 201 G 0.002 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 202 C 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 203 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 204 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 206 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 208 C 0.001 0.001 0.003 0.940 0.001 0.054 0.001 209 A 0.002 0.001 0.007 0.625 0.013 0.337 0.014 210 L 0.007 0.006 0.013 0.172 0.169 0.465 0.167 211 M 0.009 0.012 0.003 0.008 0.374 0.009 0.585 212 P 0.014 0.016 0.009 0.004 0.148 0.020 0.789 213 P 0.024 0.033 0.025 0.009 0.123 0.142 0.645 214 F 0.028 0.040 0.093 0.016 0.195 0.161 0.468 215 T 0.027 0.009 0.105 0.025 0.220 0.205 0.408 216 A 0.025 0.013 0.074 0.033 0.248 0.204 0.402 217 F 0.023 0.019 0.007 0.018 0.397 0.028 0.509 218 S 0.017 0.022 0.002 0.021 0.140 0.012 0.786 219 Q 0.001 0.001 0.012 0.945 0.008 0.022 0.011 220 K 0.001 0.001 0.007 0.978 0.002 0.009 0.003 221 E 0.001 0.001 0.020 0.960 0.002 0.007 0.010 222 L 0.002 0.001 0.010 0.968 0.002 0.009 0.008 223 A 0.002 0.001 0.008 0.958 0.003 0.020 0.007 224 G 0.003 0.001 0.007 0.922 0.005 0.055 0.006 225 K 0.008 0.001 0.007 0.927 0.007 0.032 0.019 226 I 0.027 0.009 0.008 0.871 0.017 0.026 0.041 227 R 0.018 0.004 0.013 0.817 0.017 0.095 0.036 228 E 0.008 0.001 0.016 0.450 0.036 0.460 0.028 229 G 0.012 0.002 0.020 0.139 0.134 0.541 0.152 230 K 0.048 0.016 0.023 0.056 0.212 0.169 0.475 231 F 0.104 0.034 0.027 0.028 0.137 0.046 0.625 232 R 0.137 0.038 0.022 0.020 0.107 0.046 0.630 233 R 0.116 0.045 0.031 0.018 0.118 0.060 0.611 234 I 0.039 0.014 0.012 0.009 0.097 0.018 0.812 235 P 0.019 0.015 0.056 0.014 0.039 0.050 0.807 236 Y 0.015 0.006 0.163 0.026 0.141 0.222 0.426 237 R 0.014 0.014 0.174 0.037 0.137 0.272 0.352 238 Y 0.006 0.014 0.011 0.017 0.269 0.018 0.664 239 S 0.002 0.005 0.003 0.029 0.032 0.007 0.923 240 D 0.001 0.001 0.034 0.859 0.018 0.080 0.008 241 E 0.001 0.001 0.024 0.917 0.006 0.046 0.007 242 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.002 243 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 244 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 247 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 248 R 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.027 0.001 249 M 0.001 0.001 0.010 0.885 0.002 0.097 0.005 250 L 0.001 0.002 0.029 0.791 0.021 0.140 0.014 251 N 0.004 0.003 0.051 0.519 0.031 0.333 0.060 252 L 0.005 0.009 0.043 0.310 0.263 0.130 0.241 253 K 0.005 0.008 0.023 0.046 0.184 0.033 0.701 254 D 0.001 0.002 0.388 0.090 0.027 0.449 0.044 255 Y 0.002 0.002 0.379 0.032 0.053 0.505 0.027 256 H 0.008 0.004 0.372 0.040 0.165 0.334 0.078 257 R 0.027 0.026 0.012 0.010 0.426 0.030 0.470 258 P 0.027 0.061 0.002 0.004 0.101 0.014 0.792 259 S 0.019 0.076 0.001 0.008 0.055 0.008 0.834 260 V 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.004 0.002 261 E 0.001 0.001 0.019 0.977 0.001 0.003 0.001 262 E 0.001 0.001 0.037 0.959 0.001 0.003 0.001 263 I 0.001 0.001 0.055 0.924 0.001 0.018 0.001 264 L 0.001 0.003 0.037 0.783 0.004 0.169 0.002 265 E 0.001 0.001 0.017 0.473 0.011 0.489 0.009 266 N 0.003 0.002 0.003 0.049 0.242 0.021 0.680 267 P 0.003 0.002 0.143 0.482 0.035 0.239 0.097 268 L 0.011 0.006 0.247 0.401 0.035 0.256 0.045 269 I 0.039 0.017 0.305 0.416 0.028 0.120 0.075 270 L 0.083 0.018 0.116 0.500 0.039 0.130 0.114 271 E 0.055 0.013 0.078 0.426 0.068 0.205 0.155 272 H 0.025 0.007 0.074 0.292 0.100 0.266 0.235 273 H 0.015 0.007 0.034 0.128 0.147 0.192 0.477 274 H 0.017 0.007 0.034 0.042 0.144 0.135 0.620 275 H 0.023 0.011 0.039 0.030 0.171 0.136 0.590 276 H 0.017 0.016 0.015 0.014 0.036 0.054 0.848 277 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991