# TARGET T0292 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13116 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.838 0.121 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 2 R 0.736 0.194 0.053 0.014 0.002 0.001 0.001 3 A 0.520 0.253 0.152 0.062 0.012 0.001 0.001 4 E 0.752 0.186 0.046 0.013 0.003 0.001 0.001 5 D 0.445 0.332 0.155 0.054 0.012 0.002 0.001 6 Y 0.145 0.155 0.246 0.294 0.137 0.023 0.001 7 E 0.383 0.396 0.157 0.052 0.011 0.002 0.001 8 V 0.144 0.191 0.226 0.252 0.140 0.045 0.002 9 L 0.116 0.145 0.195 0.275 0.195 0.071 0.004 10 Y 0.309 0.317 0.208 0.118 0.037 0.009 0.001 11 T 0.216 0.244 0.244 0.180 0.082 0.031 0.003 12 I 0.133 0.090 0.096 0.175 0.248 0.225 0.033 13 G 0.178 0.200 0.191 0.182 0.130 0.095 0.023 14 T 0.205 0.226 0.189 0.167 0.113 0.077 0.022 15 G 0.119 0.140 0.142 0.189 0.194 0.159 0.058 16 S 0.107 0.155 0.180 0.196 0.172 0.147 0.042 17 Y 0.070 0.129 0.186 0.220 0.190 0.153 0.051 18 G 0.054 0.116 0.139 0.192 0.217 0.205 0.078 19 R 0.017 0.082 0.203 0.286 0.231 0.145 0.035 20 C 0.004 0.013 0.027 0.092 0.277 0.446 0.141 21 Q 0.015 0.082 0.162 0.247 0.257 0.201 0.036 22 K 0.020 0.100 0.216 0.299 0.239 0.117 0.010 23 I 0.006 0.014 0.038 0.167 0.444 0.309 0.022 24 R 0.030 0.164 0.332 0.319 0.127 0.026 0.001 25 R 0.146 0.333 0.287 0.173 0.052 0.008 0.001 26 K 0.376 0.403 0.165 0.049 0.007 0.001 0.001 27 S 0.833 0.122 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 28 D 0.822 0.140 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 29 G 0.659 0.253 0.068 0.018 0.003 0.001 0.001 30 K 0.220 0.363 0.263 0.124 0.027 0.002 0.001 31 I 0.026 0.116 0.244 0.307 0.238 0.067 0.003 32 L 0.004 0.019 0.068 0.173 0.347 0.352 0.037 33 V 0.001 0.008 0.033 0.110 0.291 0.471 0.087 34 W 0.001 0.005 0.022 0.084 0.254 0.497 0.138 35 K 0.002 0.011 0.031 0.114 0.312 0.436 0.095 36 E 0.009 0.075 0.188 0.307 0.279 0.134 0.008 37 L 0.005 0.021 0.090 0.289 0.420 0.169 0.007 38 D 0.276 0.443 0.208 0.061 0.011 0.001 0.001 39 Y 0.247 0.325 0.266 0.129 0.030 0.003 0.001 40 G 0.723 0.202 0.052 0.018 0.005 0.001 0.001 41 S 0.575 0.256 0.113 0.045 0.010 0.001 0.001 42 M 0.352 0.228 0.236 0.141 0.038 0.005 0.001 43 T 0.735 0.206 0.046 0.011 0.002 0.001 0.001 44 E 0.812 0.148 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 45 A 0.753 0.162 0.052 0.023 0.008 0.001 0.001 46 E 0.429 0.293 0.167 0.086 0.021 0.002 0.001 47 K 0.285 0.314 0.254 0.122 0.022 0.002 0.001 48 Q 0.538 0.327 0.099 0.029 0.006 0.001 0.001 49 M 0.080 0.217 0.316 0.259 0.104 0.022 0.001 50 L 0.009 0.023 0.069 0.228 0.401 0.256 0.014 51 V 0.038 0.169 0.282 0.310 0.155 0.043 0.003 52 S 0.040 0.221 0.316 0.268 0.114 0.038 0.003 53 E 0.003 0.010 0.027 0.098 0.296 0.498 0.068 54 V 0.010 0.037 0.108 0.268 0.344 0.216 0.017 55 N 0.049 0.348 0.378 0.176 0.041 0.008 0.001 56 L 0.011 0.042 0.118 0.311 0.344 0.166 0.009 57 L 0.003 0.010 0.025 0.111 0.372 0.446 0.033 58 R 0.122 0.348 0.301 0.171 0.048 0.009 0.001 59 E 0.147 0.399 0.302 0.123 0.025 0.004 0.001 60 L 0.017 0.046 0.118 0.280 0.345 0.182 0.012 61 K 0.211 0.394 0.243 0.107 0.034 0.010 0.001 62 H 0.050 0.119 0.207 0.314 0.229 0.075 0.007 63 P 0.132 0.359 0.265 0.162 0.062 0.018 0.003 64 N 0.011 0.046 0.117 0.247 0.320 0.232 0.027 65 I 0.007 0.022 0.048 0.100 0.220 0.439 0.165 66 V 0.009 0.033 0.075 0.151 0.282 0.345 0.106 67 R 0.008 0.045 0.152 0.275 0.275 0.186 0.060 68 Y 0.001 0.003 0.006 0.031 0.172 0.550 0.235 69 Y 0.005 0.026 0.081 0.219 0.340 0.299 0.031 70 D 0.027 0.137 0.203 0.267 0.215 0.135 0.016 71 R 0.014 0.044 0.156 0.318 0.310 0.147 0.011 72 I 0.016 0.035 0.086 0.219 0.343 0.273 0.027 73 I 0.095 0.239 0.296 0.227 0.112 0.030 0.002 74 D 0.346 0.380 0.180 0.073 0.018 0.003 0.001 75 R 0.604 0.261 0.085 0.037 0.011 0.002 0.001 76 T 0.705 0.206 0.060 0.023 0.005 0.001 0.001 77 N 0.549 0.300 0.108 0.036 0.007 0.001 0.001 78 T 0.193 0.409 0.265 0.110 0.021 0.002 0.001 79 T 0.020 0.152 0.298 0.320 0.172 0.036 0.002 80 L 0.001 0.002 0.014 0.085 0.337 0.503 0.059 81 Y 0.001 0.001 0.006 0.031 0.150 0.550 0.262 82 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.229 0.755 83 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.211 0.761 84 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.288 0.666 85 E 0.001 0.008 0.031 0.107 0.246 0.405 0.201 86 Y 0.003 0.038 0.118 0.275 0.329 0.219 0.019 87 C 0.013 0.067 0.139 0.277 0.342 0.152 0.010 88 E 0.224 0.376 0.221 0.128 0.041 0.008 0.001 89 G 0.185 0.336 0.274 0.143 0.048 0.012 0.001 90 G 0.219 0.376 0.254 0.109 0.034 0.008 0.001 91 D 0.061 0.231 0.340 0.256 0.096 0.016 0.001 92 L 0.003 0.009 0.026 0.125 0.407 0.407 0.023 93 A 0.010 0.101 0.298 0.347 0.187 0.055 0.003 94 S 0.077 0.419 0.285 0.142 0.057 0.019 0.001 95 V 0.007 0.032 0.145 0.368 0.331 0.113 0.005 96 I 0.013 0.026 0.067 0.230 0.440 0.216 0.008 97 T 0.103 0.323 0.343 0.176 0.048 0.007 0.001 98 K 0.416 0.379 0.143 0.050 0.010 0.001 0.001 99 G 0.235 0.303 0.249 0.154 0.049 0.009 0.001 100 T 0.579 0.259 0.104 0.045 0.011 0.002 0.001 101 K 0.661 0.209 0.081 0.037 0.010 0.002 0.001 102 E 0.703 0.199 0.066 0.025 0.006 0.001 0.001 103 R 0.529 0.288 0.124 0.046 0.011 0.002 0.001 104 Q 0.339 0.283 0.197 0.124 0.046 0.010 0.001 105 Y 0.156 0.282 0.277 0.188 0.077 0.019 0.001 106 L 0.028 0.043 0.104 0.256 0.361 0.193 0.015 107 D 0.071 0.318 0.317 0.188 0.076 0.028 0.003 108 E 0.029 0.083 0.173 0.311 0.281 0.109 0.012 109 E 0.121 0.351 0.262 0.162 0.074 0.026 0.004 110 F 0.009 0.065 0.180 0.334 0.276 0.124 0.012 111 V 0.001 0.004 0.012 0.062 0.272 0.542 0.107 112 L 0.001 0.012 0.070 0.255 0.415 0.227 0.019 113 R 0.002 0.027 0.147 0.332 0.311 0.163 0.019 114 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.094 0.564 0.328 115 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.472 0.468 116 T 0.001 0.005 0.062 0.261 0.385 0.256 0.032 117 Q 0.001 0.001 0.008 0.091 0.354 0.476 0.070 118 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.232 0.758 119 T 0.001 0.001 0.004 0.048 0.270 0.585 0.093 120 L 0.001 0.010 0.151 0.424 0.325 0.081 0.008 121 A 0.001 0.001 0.001 0.014 0.157 0.552 0.276 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.420 0.559 123 K 0.001 0.016 0.109 0.337 0.350 0.168 0.019 124 E 0.001 0.013 0.156 0.403 0.339 0.083 0.006 125 C 0.001 0.001 0.002 0.016 0.134 0.611 0.235 126 H 0.002 0.018 0.090 0.278 0.388 0.215 0.010 127 R 0.051 0.297 0.350 0.218 0.073 0.011 0.001 128 R 0.080 0.266 0.299 0.249 0.088 0.016 0.002 129 S 0.334 0.268 0.174 0.137 0.061 0.024 0.002 130 D 0.504 0.254 0.126 0.075 0.032 0.008 0.001 131 G 0.545 0.273 0.113 0.050 0.015 0.003 0.001 132 G 0.244 0.328 0.230 0.130 0.052 0.015 0.002 133 H 0.114 0.207 0.237 0.235 0.147 0.052 0.008 134 T 0.031 0.097 0.203 0.293 0.239 0.121 0.016 135 V 0.015 0.024 0.048 0.115 0.248 0.396 0.155 136 L 0.006 0.012 0.029 0.075 0.163 0.394 0.320 137 H 0.005 0.011 0.018 0.033 0.085 0.336 0.511 138 R 0.004 0.011 0.023 0.065 0.152 0.306 0.440 139 D 0.001 0.009 0.028 0.077 0.165 0.326 0.394 140 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.064 0.325 0.587 141 K 0.001 0.006 0.021 0.071 0.151 0.350 0.400 142 P 0.002 0.010 0.021 0.044 0.123 0.372 0.428 143 A 0.005 0.025 0.066 0.169 0.263 0.307 0.164 144 N 0.002 0.009 0.032 0.084 0.192 0.405 0.277 145 V 0.004 0.007 0.011 0.024 0.085 0.418 0.452 146 F 0.010 0.027 0.050 0.116 0.232 0.412 0.152 147 L 0.013 0.045 0.114 0.259 0.328 0.207 0.033 148 D 0.090 0.241 0.259 0.245 0.128 0.034 0.003 149 G 0.419 0.373 0.142 0.054 0.010 0.001 0.001 150 K 0.581 0.325 0.074 0.018 0.003 0.001 0.001 151 Q 0.061 0.229 0.317 0.285 0.094 0.013 0.001 152 N 0.023 0.107 0.255 0.326 0.224 0.061 0.003 153 V 0.001 0.003 0.009 0.038 0.197 0.615 0.138 154 K 0.001 0.002 0.015 0.080 0.240 0.414 0.247 155 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.038 0.294 0.655 156 G 0.001 0.001 0.003 0.014 0.053 0.241 0.688 157 D 0.001 0.001 0.006 0.018 0.060 0.286 0.629 158 F 0.001 0.001 0.005 0.018 0.080 0.315 0.580 159 G 0.002 0.008 0.020 0.050 0.128 0.402 0.391 160 L 0.001 0.005 0.014 0.049 0.158 0.426 0.348 161 A 0.003 0.010 0.021 0.069 0.220 0.502 0.175 162 R 0.011 0.048 0.109 0.233 0.312 0.239 0.048 163 I 0.018 0.082 0.185 0.272 0.250 0.166 0.028 164 L 0.018 0.053 0.119 0.258 0.324 0.203 0.025 165 N 0.237 0.309 0.233 0.143 0.058 0.018 0.002 166 H 0.466 0.276 0.143 0.076 0.030 0.008 0.001 167 D 0.624 0.250 0.081 0.032 0.010 0.003 0.001 168 T 0.452 0.267 0.155 0.086 0.031 0.009 0.001 169 S 0.411 0.265 0.161 0.100 0.048 0.014 0.002 170 F 0.262 0.234 0.201 0.174 0.095 0.031 0.003 171 A 0.221 0.172 0.177 0.202 0.150 0.069 0.009 172 K 0.319 0.280 0.197 0.126 0.053 0.020 0.004 173 A 0.221 0.224 0.198 0.177 0.111 0.058 0.011 174 F 0.109 0.100 0.125 0.198 0.222 0.193 0.053 175 V 0.079 0.105 0.125 0.169 0.181 0.228 0.113 176 G 0.067 0.072 0.085 0.141 0.189 0.274 0.171 177 T 0.053 0.074 0.091 0.155 0.206 0.261 0.159 178 P 0.080 0.104 0.121 0.158 0.173 0.204 0.161 179 Y 0.050 0.071 0.101 0.148 0.173 0.259 0.198 180 Y 0.030 0.038 0.054 0.102 0.175 0.321 0.279 181 M 0.024 0.040 0.063 0.111 0.164 0.309 0.289 182 S 0.033 0.049 0.061 0.095 0.160 0.316 0.287 183 P 0.032 0.054 0.076 0.125 0.178 0.269 0.265 184 E 0.070 0.131 0.153 0.187 0.185 0.182 0.093 185 Q 0.081 0.149 0.194 0.232 0.190 0.123 0.032 186 M 0.073 0.118 0.165 0.264 0.250 0.118 0.013 187 N 0.380 0.310 0.165 0.095 0.037 0.011 0.002 188 R 0.574 0.282 0.092 0.039 0.010 0.002 0.001 189 M 0.285 0.337 0.222 0.116 0.031 0.007 0.001 190 S 0.391 0.333 0.165 0.080 0.026 0.005 0.001 191 Y 0.043 0.092 0.174 0.295 0.281 0.110 0.005 192 N 0.195 0.252 0.218 0.177 0.107 0.043 0.008 193 E 0.156 0.288 0.245 0.177 0.093 0.036 0.006 194 K 0.053 0.129 0.192 0.255 0.235 0.119 0.017 195 S 0.026 0.050 0.079 0.161 0.284 0.312 0.088 196 D 0.010 0.022 0.057 0.136 0.241 0.335 0.199 197 I 0.007 0.016 0.023 0.038 0.093 0.299 0.524 198 W 0.005 0.007 0.015 0.046 0.118 0.262 0.547 199 S 0.004 0.009 0.016 0.027 0.068 0.228 0.647 200 L 0.008 0.012 0.017 0.040 0.087 0.204 0.633 201 G 0.003 0.007 0.018 0.041 0.093 0.231 0.607 202 C 0.003 0.010 0.026 0.056 0.076 0.188 0.640 203 L 0.001 0.005 0.015 0.039 0.066 0.207 0.666 204 L 0.001 0.004 0.011 0.026 0.052 0.215 0.690 205 Y 0.001 0.003 0.007 0.025 0.091 0.328 0.544 206 E 0.005 0.011 0.025 0.058 0.120 0.358 0.424 207 L 0.009 0.013 0.017 0.035 0.095 0.395 0.436 208 C 0.012 0.018 0.032 0.093 0.206 0.406 0.234 209 A 0.018 0.038 0.069 0.156 0.286 0.331 0.101 210 L 0.030 0.058 0.105 0.216 0.285 0.243 0.063 211 M 0.034 0.120 0.211 0.278 0.212 0.123 0.022 212 P 0.077 0.135 0.180 0.229 0.217 0.136 0.026 213 P 0.081 0.103 0.140 0.210 0.234 0.195 0.036 214 F 0.090 0.109 0.153 0.219 0.235 0.165 0.029 215 T 0.200 0.252 0.231 0.174 0.097 0.040 0.007 216 A 0.302 0.288 0.181 0.129 0.068 0.027 0.005 217 F 0.297 0.228 0.188 0.147 0.087 0.044 0.010 218 S 0.413 0.275 0.158 0.094 0.042 0.016 0.003 219 Q 0.235 0.235 0.219 0.175 0.093 0.037 0.005 220 K 0.383 0.277 0.172 0.106 0.046 0.015 0.002 221 E 0.250 0.393 0.210 0.097 0.037 0.012 0.001 222 L 0.037 0.078 0.153 0.279 0.286 0.152 0.014 223 A 0.038 0.083 0.161 0.285 0.298 0.126 0.009 224 G 0.168 0.406 0.268 0.117 0.033 0.007 0.001 225 K 0.036 0.170 0.331 0.314 0.123 0.026 0.001 226 I 0.012 0.024 0.051 0.180 0.415 0.302 0.016 227 R 0.067 0.208 0.317 0.283 0.106 0.019 0.001 228 E 0.509 0.354 0.100 0.031 0.006 0.001 0.001 229 G 0.211 0.312 0.271 0.157 0.043 0.006 0.001 230 K 0.233 0.380 0.249 0.109 0.026 0.004 0.001 231 F 0.062 0.112 0.194 0.313 0.252 0.065 0.002 232 R 0.190 0.288 0.238 0.177 0.084 0.022 0.001 233 R 0.197 0.286 0.244 0.171 0.078 0.022 0.002 234 I 0.055 0.108 0.194 0.317 0.245 0.078 0.003 235 P 0.129 0.258 0.272 0.214 0.099 0.026 0.002 236 Y 0.417 0.290 0.160 0.091 0.033 0.008 0.001 237 R 0.280 0.352 0.218 0.111 0.033 0.006 0.001 238 Y 0.034 0.070 0.170 0.355 0.285 0.084 0.002 239 S 0.097 0.326 0.328 0.179 0.057 0.013 0.001 240 D 0.460 0.358 0.117 0.044 0.016 0.004 0.001 241 E 0.085 0.260 0.297 0.248 0.092 0.018 0.001 242 L 0.003 0.007 0.028 0.160 0.441 0.340 0.021 243 N 0.017 0.130 0.360 0.351 0.119 0.023 0.001 244 E 0.059 0.360 0.365 0.162 0.043 0.009 0.001 245 I 0.003 0.006 0.025 0.129 0.396 0.404 0.036 246 I 0.002 0.006 0.012 0.049 0.239 0.599 0.093 247 T 0.033 0.151 0.294 0.313 0.150 0.055 0.005 248 R 0.021 0.121 0.257 0.358 0.186 0.054 0.002 249 M 0.003 0.007 0.021 0.109 0.342 0.466 0.053 250 L 0.008 0.027 0.097 0.265 0.375 0.213 0.014 251 N 0.153 0.423 0.280 0.113 0.026 0.004 0.001 252 L 0.055 0.199 0.332 0.298 0.100 0.014 0.001 253 K 0.331 0.357 0.174 0.094 0.033 0.009 0.001 254 D 0.401 0.264 0.162 0.113 0.047 0.013 0.001 255 Y 0.513 0.266 0.128 0.066 0.021 0.005 0.001 256 H 0.284 0.379 0.214 0.093 0.024 0.005 0.001 257 R 0.127 0.268 0.307 0.198 0.078 0.021 0.001 258 P 0.188 0.194 0.157 0.164 0.179 0.104 0.014 259 S 0.053 0.186 0.287 0.267 0.142 0.058 0.007 260 V 0.013 0.025 0.069 0.239 0.412 0.221 0.022 261 E 0.135 0.428 0.292 0.116 0.024 0.004 0.001 262 E 0.098 0.336 0.316 0.175 0.057 0.017 0.001 263 I 0.023 0.028 0.058 0.195 0.379 0.296 0.021 264 L 0.032 0.089 0.222 0.351 0.236 0.067 0.003 265 E 0.308 0.427 0.177 0.063 0.018 0.005 0.001 266 N 0.110 0.212 0.268 0.256 0.119 0.033 0.002 267 P 0.171 0.200 0.204 0.202 0.139 0.074 0.010 268 L 0.203 0.215 0.204 0.193 0.126 0.054 0.005 269 I 0.180 0.161 0.192 0.236 0.163 0.064 0.004 270 L 0.332 0.279 0.216 0.124 0.040 0.008 0.001 271 E 0.600 0.258 0.096 0.035 0.009 0.002 0.001 272 H 0.574 0.217 0.118 0.067 0.020 0.004 0.001 273 H 0.660 0.208 0.084 0.037 0.010 0.002 0.001 274 H 0.793 0.136 0.044 0.020 0.006 0.001 0.001 275 H 0.795 0.141 0.043 0.016 0.004 0.001 0.001 276 H 0.777 0.155 0.047 0.016 0.004 0.001 0.001 277 H 0.802 0.141 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001