# TARGET T0292 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.1358 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.009 0.005 0.003 0.005 0.146 0.831 2 R 0.019 0.016 0.017 0.021 0.238 0.689 3 A 0.014 0.012 0.306 0.076 0.339 0.252 4 E 0.031 0.006 0.378 0.079 0.355 0.151 5 D 0.085 0.004 0.321 0.115 0.308 0.167 6 Y 0.322 0.012 0.045 0.130 0.206 0.284 7 E 0.570 0.008 0.011 0.118 0.107 0.186 8 V 0.783 0.007 0.006 0.104 0.039 0.060 9 L 0.844 0.004 0.004 0.085 0.026 0.038 10 Y 0.864 0.003 0.005 0.071 0.022 0.035 11 T 0.809 0.004 0.005 0.062 0.051 0.069 12 I 0.569 0.015 0.009 0.048 0.150 0.209 13 G 0.328 0.013 0.013 0.020 0.299 0.327 14 T 0.216 0.015 0.025 0.030 0.382 0.333 15 G 0.164 0.014 0.043 0.015 0.478 0.285 16 S 0.305 0.013 0.052 0.013 0.369 0.247 17 Y 0.577 0.019 0.042 0.025 0.193 0.144 18 G 0.738 0.005 0.024 0.013 0.107 0.111 19 R 0.909 0.003 0.009 0.008 0.030 0.041 20 C 0.951 0.002 0.005 0.009 0.012 0.021 21 Q 0.949 0.001 0.002 0.012 0.013 0.023 22 K 0.967 0.001 0.001 0.007 0.010 0.015 23 I 0.962 0.001 0.001 0.010 0.010 0.016 24 R 0.972 0.001 0.001 0.005 0.008 0.013 25 R 0.937 0.004 0.001 0.003 0.019 0.035 26 K 0.593 0.013 0.005 0.008 0.363 0.019 27 S 0.189 0.006 0.007 0.006 0.764 0.028 28 D 0.021 0.002 0.005 0.005 0.942 0.025 29 G 0.148 0.007 0.003 0.001 0.782 0.058 30 K 0.820 0.011 0.001 0.002 0.035 0.132 31 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 32 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 33 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 34 W 0.984 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 35 K 0.946 0.001 0.001 0.006 0.016 0.031 36 E 0.852 0.004 0.004 0.009 0.047 0.085 37 L 0.576 0.014 0.020 0.018 0.148 0.223 38 D 0.345 0.020 0.036 0.033 0.254 0.312 39 Y 0.119 0.008 0.233 0.074 0.403 0.163 40 G 0.152 0.006 0.182 0.054 0.393 0.213 41 S 0.105 0.011 0.162 0.077 0.393 0.252 42 M 0.061 0.030 0.030 0.056 0.254 0.569 43 T 0.036 0.015 0.008 0.052 0.178 0.711 44 E 0.006 0.002 0.032 0.689 0.122 0.148 45 A 0.002 0.001 0.013 0.939 0.029 0.017 46 E 0.004 0.001 0.012 0.953 0.020 0.010 47 K 0.003 0.001 0.004 0.982 0.005 0.005 48 Q 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.002 49 M 0.002 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 50 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 51 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 52 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 53 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 57 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 58 R 0.001 0.001 0.014 0.958 0.014 0.011 59 E 0.001 0.001 0.012 0.925 0.035 0.026 60 L 0.002 0.004 0.013 0.741 0.086 0.154 61 K 0.002 0.006 0.011 0.221 0.134 0.626 62 H 0.005 0.007 0.013 0.070 0.424 0.481 63 P 0.005 0.002 0.051 0.288 0.462 0.193 64 N 0.016 0.005 0.075 0.392 0.354 0.158 65 I 0.128 0.018 0.045 0.658 0.100 0.049 66 V 0.242 0.006 0.017 0.674 0.026 0.036 67 R 0.343 0.005 0.021 0.581 0.026 0.024 68 Y 0.228 0.003 0.019 0.680 0.033 0.036 69 Y 0.154 0.003 0.022 0.750 0.035 0.036 70 D 0.133 0.002 0.051 0.654 0.102 0.058 71 R 0.098 0.004 0.041 0.608 0.151 0.099 72 I 0.101 0.013 0.039 0.479 0.301 0.066 73 I 0.088 0.009 0.042 0.415 0.368 0.077 74 D 0.027 0.003 0.033 0.373 0.470 0.094 75 R 0.087 0.022 0.019 0.120 0.598 0.153 76 T 0.094 0.025 0.018 0.120 0.471 0.272 77 N 0.053 0.014 0.046 0.069 0.674 0.144 78 T 0.090 0.003 0.030 0.014 0.680 0.182 79 T 0.752 0.004 0.007 0.002 0.135 0.100 80 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 81 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 82 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 84 M 0.938 0.001 0.002 0.004 0.012 0.044 85 E 0.854 0.002 0.006 0.009 0.040 0.088 86 Y 0.527 0.012 0.028 0.036 0.154 0.244 87 C 0.208 0.035 0.031 0.040 0.431 0.255 88 E 0.083 0.018 0.038 0.054 0.618 0.189 89 G 0.024 0.004 0.045 0.102 0.654 0.170 90 G 0.029 0.010 0.063 0.230 0.505 0.163 91 D 0.101 0.048 0.027 0.377 0.171 0.277 92 L 0.008 0.002 0.016 0.950 0.012 0.012 93 A 0.007 0.001 0.007 0.971 0.009 0.006 94 S 0.005 0.001 0.009 0.971 0.010 0.003 95 V 0.009 0.001 0.009 0.968 0.009 0.004 96 I 0.006 0.001 0.006 0.972 0.010 0.005 97 T 0.007 0.001 0.006 0.948 0.031 0.008 98 K 0.006 0.001 0.005 0.885 0.068 0.034 99 G 0.015 0.006 0.013 0.380 0.324 0.262 100 T 0.030 0.020 0.020 0.079 0.517 0.334 101 K 0.060 0.018 0.037 0.059 0.529 0.297 102 E 0.047 0.012 0.048 0.089 0.577 0.227 103 R 0.050 0.006 0.067 0.061 0.572 0.244 104 Q 0.157 0.018 0.033 0.052 0.364 0.375 105 Y 0.245 0.051 0.018 0.032 0.194 0.459 106 L 0.107 0.068 0.002 0.016 0.132 0.675 107 D 0.028 0.008 0.001 0.014 0.052 0.897 108 E 0.001 0.001 0.008 0.986 0.002 0.003 109 E 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 110 F 0.001 0.001 0.005 0.995 0.001 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 123 K 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 124 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 125 C 0.001 0.001 0.011 0.970 0.007 0.011 126 H 0.001 0.001 0.038 0.893 0.028 0.038 127 R 0.002 0.002 0.034 0.856 0.044 0.061 128 R 0.004 0.006 0.030 0.524 0.093 0.344 129 S 0.002 0.004 0.003 0.014 0.146 0.831 130 D 0.016 0.008 0.013 0.027 0.410 0.528 131 G 0.042 0.015 0.016 0.017 0.540 0.371 132 G 0.097 0.031 0.013 0.019 0.498 0.342 133 H 0.163 0.008 0.010 0.017 0.227 0.575 134 T 0.451 0.059 0.011 0.029 0.093 0.357 135 V 0.608 0.069 0.009 0.018 0.076 0.220 136 L 0.624 0.039 0.021 0.039 0.085 0.191 137 H 0.435 0.030 0.093 0.050 0.220 0.172 138 R 0.238 0.013 0.162 0.037 0.357 0.193 139 D 0.160 0.021 0.188 0.065 0.382 0.183 140 L 0.090 0.034 0.078 0.097 0.433 0.268 141 K 0.060 0.016 0.045 0.071 0.374 0.434 142 P 0.050 0.005 0.388 0.166 0.273 0.118 143 A 0.109 0.016 0.424 0.105 0.220 0.126 144 N 0.153 0.012 0.561 0.067 0.134 0.072 145 V 0.499 0.015 0.133 0.061 0.122 0.170 146 F 0.603 0.012 0.069 0.043 0.134 0.140 147 L 0.541 0.161 0.011 0.022 0.100 0.165 148 D 0.165 0.025 0.010 0.016 0.750 0.033 149 G 0.011 0.002 0.133 0.018 0.813 0.022 150 K 0.004 0.001 0.087 0.012 0.876 0.019 151 Q 0.035 0.007 0.034 0.004 0.870 0.051 152 N 0.120 0.007 0.001 0.001 0.098 0.772 153 V 0.836 0.051 0.001 0.001 0.016 0.095 154 K 0.960 0.007 0.001 0.001 0.006 0.025 155 L 0.952 0.006 0.005 0.004 0.009 0.024 156 G 0.808 0.004 0.028 0.015 0.038 0.108 157 D 0.406 0.004 0.159 0.059 0.148 0.223 158 F 0.177 0.010 0.113 0.094 0.266 0.340 159 G 0.127 0.015 0.112 0.099 0.252 0.395 160 L 0.172 0.021 0.152 0.330 0.162 0.163 161 A 0.095 0.008 0.174 0.415 0.181 0.127 162 R 0.087 0.008 0.160 0.474 0.177 0.095 163 I 0.104 0.011 0.051 0.637 0.126 0.072 164 L 0.065 0.011 0.028 0.636 0.128 0.132 165 N 0.039 0.011 0.024 0.323 0.325 0.277 166 H 0.027 0.007 0.033 0.115 0.517 0.301 167 D 0.020 0.006 0.038 0.074 0.570 0.293 168 T 0.043 0.009 0.048 0.071 0.637 0.192 169 S 0.099 0.011 0.050 0.068 0.482 0.291 170 F 0.259 0.032 0.040 0.064 0.321 0.284 171 A 0.404 0.021 0.026 0.047 0.232 0.271 172 K 0.519 0.012 0.018 0.033 0.131 0.287 173 A 0.668 0.018 0.009 0.026 0.078 0.201 174 F 0.710 0.015 0.007 0.026 0.085 0.157 175 V 0.692 0.037 0.005 0.031 0.079 0.156 176 G 0.343 0.036 0.007 0.064 0.235 0.316 177 T 0.115 0.022 0.012 0.155 0.360 0.336 178 P 0.040 0.010 0.134 0.428 0.255 0.135 179 Y 0.019 0.005 0.331 0.447 0.156 0.042 180 Y 0.039 0.009 0.382 0.393 0.121 0.055 181 M 0.048 0.025 0.099 0.571 0.102 0.156 182 S 0.048 0.011 0.027 0.564 0.097 0.253 183 P 0.012 0.001 0.036 0.865 0.056 0.030 184 E 0.007 0.001 0.021 0.942 0.023 0.005 185 Q 0.003 0.001 0.010 0.976 0.009 0.002 186 M 0.002 0.001 0.011 0.973 0.011 0.003 187 N 0.001 0.001 0.009 0.955 0.018 0.017 188 R 0.005 0.003 0.024 0.435 0.129 0.403 189 M 0.014 0.009 0.009 0.082 0.234 0.652 190 S 0.033 0.018 0.010 0.086 0.424 0.429 191 Y 0.028 0.032 0.005 0.083 0.419 0.433 192 N 0.019 0.010 0.002 0.043 0.296 0.628 193 E 0.043 0.006 0.014 0.632 0.185 0.120 194 K 0.080 0.010 0.018 0.704 0.089 0.099 195 S 0.063 0.012 0.017 0.805 0.057 0.046 196 D 0.059 0.004 0.022 0.831 0.045 0.039 197 I 0.022 0.002 0.018 0.932 0.012 0.014 198 W 0.010 0.001 0.012 0.963 0.007 0.007 199 S 0.002 0.001 0.007 0.985 0.002 0.003 200 L 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 201 G 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.002 202 C 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 203 L 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 204 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 206 E 0.001 0.001 0.010 0.982 0.006 0.001 207 L 0.002 0.001 0.014 0.977 0.005 0.002 208 C 0.004 0.001 0.027 0.943 0.011 0.015 209 A 0.009 0.002 0.033 0.873 0.022 0.061 210 L 0.024 0.013 0.024 0.485 0.064 0.390 211 M 0.029 0.022 0.013 0.142 0.114 0.680 212 P 0.034 0.012 0.009 0.018 0.184 0.743 213 P 0.039 0.017 0.034 0.034 0.343 0.532 214 F 0.051 0.040 0.090 0.040 0.480 0.298 215 T 0.036 0.022 0.092 0.055 0.577 0.218 216 A 0.012 0.010 0.116 0.086 0.563 0.213 217 F 0.014 0.018 0.044 0.102 0.502 0.319 218 S 0.012 0.013 0.010 0.132 0.212 0.621 219 Q 0.001 0.001 0.006 0.969 0.012 0.012 220 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 221 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 222 L 0.002 0.001 0.002 0.991 0.002 0.002 223 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 224 G 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 225 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 226 I 0.001 0.001 0.004 0.980 0.010 0.005 227 R 0.002 0.001 0.005 0.952 0.028 0.013 228 E 0.002 0.001 0.010 0.839 0.071 0.077 229 G 0.005 0.004 0.018 0.110 0.285 0.578 230 K 0.017 0.008 0.047 0.036 0.343 0.548 231 F 0.092 0.036 0.071 0.025 0.354 0.422 232 R 0.122 0.016 0.057 0.030 0.355 0.420 233 R 0.117 0.032 0.038 0.046 0.250 0.517 234 I 0.064 0.033 0.014 0.029 0.230 0.630 235 P 0.061 0.021 0.063 0.050 0.335 0.471 236 Y 0.055 0.016 0.162 0.059 0.415 0.292 237 R 0.054 0.030 0.187 0.076 0.377 0.276 238 Y 0.039 0.033 0.045 0.102 0.317 0.464 239 S 0.012 0.009 0.005 0.082 0.222 0.670 240 D 0.001 0.001 0.020 0.950 0.022 0.008 241 E 0.001 0.001 0.026 0.943 0.022 0.008 242 L 0.001 0.001 0.009 0.984 0.004 0.001 243 N 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.005 244 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.003 245 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 246 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 247 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 248 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 249 M 0.001 0.001 0.006 0.971 0.008 0.014 250 L 0.003 0.002 0.016 0.873 0.042 0.064 251 N 0.009 0.005 0.010 0.300 0.202 0.475 252 L 0.015 0.022 0.008 0.144 0.210 0.600 253 K 0.010 0.010 0.007 0.009 0.542 0.424 254 D 0.001 0.001 0.398 0.034 0.522 0.045 255 Y 0.002 0.001 0.458 0.026 0.478 0.034 256 H 0.018 0.008 0.350 0.034 0.537 0.053 257 R 0.038 0.029 0.034 0.051 0.290 0.558 258 P 0.054 0.102 0.006 0.047 0.131 0.660 259 S 0.037 0.021 0.005 0.066 0.082 0.789 260 V 0.001 0.001 0.016 0.980 0.002 0.002 261 E 0.001 0.001 0.031 0.964 0.004 0.001 262 E 0.001 0.001 0.031 0.964 0.004 0.001 263 I 0.002 0.001 0.021 0.956 0.017 0.004 264 L 0.001 0.001 0.008 0.952 0.027 0.010 265 E 0.001 0.001 0.009 0.910 0.040 0.039 266 N 0.005 0.007 0.014 0.370 0.240 0.364 267 P 0.004 0.003 0.086 0.403 0.287 0.217 268 L 0.041 0.012 0.190 0.180 0.414 0.164 269 I 0.082 0.015 0.179 0.371 0.267 0.085 270 L 0.115 0.013 0.089 0.366 0.270 0.148 271 E 0.095 0.013 0.039 0.221 0.321 0.310 272 H 0.057 0.021 0.015 0.077 0.400 0.430 273 H 0.022 0.008 0.021 0.024 0.388 0.536 274 H 0.030 0.017 0.030 0.016 0.285 0.622 275 H 0.031 0.023 0.034 0.024 0.222 0.667 276 H 0.021 0.017 0.013 0.021 0.109 0.819 277 H 0.009 0.003 0.001 0.004 0.037 0.947