# TARGET T0292 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.1358 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 R 0.032 0.025 0.016 0.091 0.010 0.032 0.795 3 A 0.039 0.009 0.103 0.347 0.102 0.143 0.256 4 E 0.047 0.003 0.125 0.233 0.113 0.275 0.206 5 D 0.118 0.005 0.081 0.397 0.061 0.108 0.231 6 Y 0.419 0.007 0.010 0.204 0.041 0.014 0.304 7 E 0.606 0.013 0.006 0.209 0.016 0.012 0.137 8 V 0.680 0.008 0.005 0.219 0.016 0.011 0.061 9 L 0.737 0.004 0.007 0.147 0.024 0.008 0.072 10 Y 0.680 0.004 0.013 0.180 0.027 0.021 0.074 11 T 0.541 0.013 0.021 0.265 0.028 0.057 0.074 12 I 0.279 0.013 0.033 0.183 0.069 0.190 0.233 13 G 0.162 0.007 0.013 0.026 0.203 0.307 0.283 14 T 0.152 0.026 0.015 0.012 0.298 0.154 0.344 15 G 0.152 0.011 0.014 0.005 0.362 0.071 0.385 16 S 0.157 0.010 0.018 0.006 0.273 0.175 0.360 17 Y 0.383 0.022 0.019 0.009 0.166 0.101 0.300 18 G 0.660 0.005 0.005 0.010 0.089 0.024 0.208 19 R 0.908 0.005 0.001 0.004 0.013 0.005 0.064 20 C 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 21 Q 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 22 K 0.983 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 23 I 0.967 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.024 24 R 0.972 0.002 0.001 0.003 0.006 0.002 0.014 25 R 0.915 0.003 0.002 0.004 0.010 0.009 0.057 26 K 0.620 0.009 0.020 0.019 0.071 0.076 0.185 27 S 0.254 0.006 0.030 0.022 0.183 0.323 0.182 28 D 0.016 0.001 0.007 0.002 0.285 0.651 0.039 29 G 0.067 0.001 0.002 0.003 0.474 0.335 0.118 30 K 0.685 0.011 0.001 0.009 0.055 0.006 0.234 31 I 0.975 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.015 32 L 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 33 V 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 34 W 0.948 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.040 35 K 0.916 0.001 0.003 0.004 0.023 0.004 0.050 36 E 0.933 0.004 0.003 0.007 0.010 0.006 0.038 37 L 0.808 0.023 0.001 0.008 0.029 0.004 0.126 38 D 0.367 0.013 0.002 0.010 0.022 0.011 0.574 39 Y 0.032 0.004 0.206 0.303 0.047 0.358 0.050 40 G 0.013 0.001 0.220 0.188 0.053 0.487 0.038 41 S 0.032 0.007 0.257 0.168 0.095 0.241 0.200 42 M 0.070 0.067 0.022 0.157 0.112 0.036 0.537 43 T 0.045 0.015 0.012 0.168 0.060 0.030 0.669 44 E 0.004 0.001 0.041 0.842 0.023 0.065 0.023 45 A 0.003 0.001 0.043 0.834 0.021 0.074 0.025 46 E 0.005 0.002 0.053 0.789 0.020 0.066 0.064 47 K 0.004 0.002 0.010 0.926 0.008 0.017 0.034 48 Q 0.003 0.001 0.007 0.953 0.007 0.015 0.014 49 M 0.003 0.001 0.004 0.961 0.005 0.013 0.012 50 L 0.002 0.001 0.001 0.979 0.002 0.006 0.010 51 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.003 52 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 53 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 54 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 55 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 57 L 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.013 0.002 58 R 0.001 0.001 0.012 0.906 0.003 0.076 0.002 59 E 0.001 0.001 0.028 0.697 0.008 0.258 0.008 60 L 0.005 0.010 0.031 0.336 0.149 0.251 0.217 61 K 0.007 0.014 0.025 0.151 0.208 0.271 0.325 62 H 0.007 0.005 0.007 0.016 0.415 0.027 0.522 63 P 0.004 0.002 0.089 0.108 0.111 0.627 0.059 64 N 0.020 0.004 0.072 0.097 0.127 0.622 0.058 65 I 0.266 0.026 0.072 0.213 0.073 0.042 0.308 66 V 0.548 0.015 0.014 0.185 0.035 0.014 0.190 67 R 0.760 0.006 0.013 0.142 0.018 0.015 0.045 68 Y 0.836 0.007 0.009 0.078 0.010 0.009 0.051 69 Y 0.800 0.005 0.015 0.087 0.016 0.016 0.060 70 D 0.730 0.002 0.023 0.074 0.054 0.035 0.082 71 R 0.701 0.006 0.026 0.073 0.041 0.039 0.114 72 I 0.688 0.006 0.015 0.078 0.039 0.032 0.141 73 I 0.712 0.058 0.009 0.062 0.033 0.032 0.094 74 D 0.478 0.013 0.014 0.041 0.044 0.074 0.336 75 R 0.125 0.004 0.036 0.061 0.186 0.375 0.213 76 T 0.083 0.008 0.045 0.024 0.130 0.474 0.237 77 N 0.034 0.002 0.030 0.007 0.329 0.422 0.176 78 T 0.121 0.001 0.006 0.003 0.355 0.174 0.339 79 T 0.850 0.004 0.001 0.001 0.023 0.010 0.111 80 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 81 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 84 M 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 85 E 0.805 0.001 0.003 0.004 0.029 0.003 0.153 86 Y 0.584 0.011 0.013 0.016 0.062 0.032 0.283 87 C 0.158 0.021 0.008 0.014 0.357 0.046 0.395 88 E 0.065 0.017 0.009 0.022 0.374 0.176 0.338 89 G 0.028 0.008 0.025 0.098 0.332 0.297 0.212 90 G 0.024 0.011 0.044 0.333 0.265 0.168 0.155 91 D 0.037 0.016 0.057 0.385 0.110 0.098 0.296 92 L 0.017 0.008 0.063 0.794 0.012 0.055 0.052 93 A 0.011 0.001 0.051 0.867 0.009 0.027 0.034 94 S 0.014 0.001 0.037 0.903 0.012 0.018 0.016 95 V 0.034 0.001 0.020 0.919 0.005 0.013 0.009 96 I 0.082 0.008 0.009 0.867 0.005 0.019 0.009 97 T 0.051 0.003 0.011 0.857 0.006 0.055 0.017 98 K 0.031 0.002 0.010 0.689 0.019 0.214 0.035 99 G 0.017 0.005 0.013 0.222 0.063 0.575 0.105 100 T 0.019 0.009 0.020 0.046 0.220 0.295 0.392 101 K 0.036 0.011 0.069 0.049 0.206 0.169 0.459 102 E 0.045 0.022 0.108 0.045 0.134 0.329 0.317 103 R 0.041 0.008 0.164 0.022 0.173 0.158 0.434 104 Q 0.074 0.009 0.124 0.024 0.209 0.194 0.365 105 Y 0.105 0.033 0.069 0.024 0.109 0.204 0.456 106 L 0.037 0.016 0.001 0.004 0.053 0.003 0.886 107 D 0.019 0.013 0.001 0.010 0.011 0.002 0.945 108 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.005 0.003 109 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 110 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 111 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 123 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 124 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 125 C 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.024 0.002 126 H 0.001 0.002 0.018 0.883 0.005 0.083 0.009 127 R 0.003 0.002 0.032 0.666 0.020 0.248 0.029 128 R 0.005 0.004 0.034 0.320 0.118 0.344 0.177 129 S 0.005 0.004 0.028 0.036 0.279 0.153 0.494 130 D 0.011 0.005 0.071 0.016 0.282 0.381 0.235 131 G 0.016 0.003 0.044 0.003 0.360 0.424 0.149 132 G 0.085 0.008 0.023 0.002 0.381 0.171 0.330 133 H 0.299 0.008 0.006 0.002 0.104 0.026 0.555 134 T 0.843 0.009 0.002 0.002 0.023 0.004 0.117 135 V 0.966 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 136 L 0.959 0.005 0.001 0.003 0.004 0.001 0.026 137 H 0.838 0.003 0.006 0.006 0.013 0.008 0.126 138 R 0.476 0.005 0.031 0.010 0.129 0.072 0.279 139 D 0.242 0.022 0.028 0.008 0.150 0.094 0.456 140 L 0.158 0.039 0.027 0.019 0.276 0.079 0.402 141 K 0.066 0.016 0.006 0.006 0.188 0.015 0.702 142 P 0.050 0.014 0.198 0.085 0.071 0.195 0.388 143 A 0.052 0.006 0.370 0.093 0.099 0.282 0.098 144 N 0.075 0.008 0.467 0.063 0.115 0.136 0.136 145 V 0.318 0.020 0.176 0.121 0.077 0.109 0.180 146 F 0.544 0.049 0.049 0.120 0.037 0.077 0.124 147 L 0.437 0.070 0.035 0.079 0.051 0.082 0.246 148 D 0.193 0.014 0.038 0.057 0.100 0.228 0.370 149 G 0.027 0.004 0.047 0.019 0.133 0.703 0.068 150 K 0.018 0.003 0.037 0.005 0.153 0.702 0.082 151 Q 0.038 0.002 0.025 0.003 0.412 0.237 0.282 152 N 0.284 0.031 0.008 0.003 0.147 0.043 0.484 153 V 0.751 0.039 0.001 0.001 0.016 0.004 0.189 154 K 0.917 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.061 155 L 0.920 0.005 0.003 0.003 0.006 0.003 0.059 156 G 0.731 0.003 0.005 0.006 0.034 0.014 0.208 157 D 0.573 0.018 0.009 0.017 0.085 0.025 0.273 158 F 0.313 0.014 0.026 0.099 0.138 0.125 0.285 159 G 0.156 0.009 0.039 0.108 0.166 0.275 0.247 160 L 0.248 0.024 0.072 0.206 0.092 0.134 0.225 161 A 0.363 0.021 0.075 0.231 0.080 0.081 0.149 162 R 0.468 0.008 0.071 0.204 0.057 0.093 0.099 163 I 0.505 0.014 0.036 0.252 0.038 0.070 0.085 164 L 0.444 0.045 0.020 0.254 0.040 0.065 0.132 165 N 0.209 0.013 0.017 0.148 0.075 0.113 0.426 166 H 0.049 0.004 0.035 0.129 0.172 0.438 0.172 167 D 0.029 0.005 0.049 0.073 0.122 0.594 0.127 168 T 0.045 0.006 0.066 0.055 0.291 0.306 0.230 169 S 0.124 0.019 0.054 0.045 0.206 0.187 0.365 170 F 0.362 0.053 0.068 0.072 0.096 0.111 0.239 171 A 0.497 0.016 0.052 0.077 0.082 0.067 0.209 172 K 0.591 0.010 0.040 0.081 0.078 0.059 0.142 173 A 0.636 0.015 0.015 0.053 0.065 0.034 0.181 174 F 0.616 0.039 0.009 0.037 0.066 0.035 0.199 175 V 0.411 0.027 0.009 0.040 0.096 0.159 0.259 176 G 0.104 0.014 0.007 0.021 0.251 0.198 0.405 177 T 0.058 0.030 0.010 0.026 0.206 0.057 0.614 178 P 0.043 0.015 0.136 0.263 0.130 0.259 0.155 179 Y 0.053 0.010 0.218 0.222 0.104 0.299 0.093 180 Y 0.069 0.025 0.209 0.270 0.103 0.162 0.162 181 M 0.096 0.067 0.072 0.225 0.125 0.108 0.307 182 S 0.044 0.019 0.011 0.074 0.074 0.024 0.754 183 P 0.004 0.001 0.093 0.790 0.008 0.066 0.038 184 E 0.004 0.001 0.120 0.816 0.009 0.039 0.011 185 Q 0.009 0.003 0.121 0.815 0.006 0.032 0.015 186 M 0.017 0.018 0.079 0.769 0.015 0.078 0.024 187 N 0.007 0.006 0.033 0.519 0.016 0.394 0.024 188 R 0.003 0.001 0.044 0.207 0.059 0.631 0.054 189 M 0.013 0.007 0.036 0.090 0.366 0.140 0.349 190 S 0.026 0.014 0.049 0.040 0.158 0.231 0.482 191 Y 0.043 0.039 0.033 0.031 0.204 0.102 0.548 192 N 0.038 0.026 0.019 0.030 0.118 0.038 0.730 193 E 0.028 0.003 0.077 0.259 0.182 0.309 0.142 194 K 0.027 0.004 0.052 0.595 0.045 0.173 0.104 195 S 0.078 0.018 0.026 0.593 0.057 0.037 0.193 196 D 0.070 0.009 0.007 0.632 0.064 0.022 0.197 197 I 0.022 0.001 0.008 0.928 0.003 0.034 0.004 198 W 0.017 0.001 0.008 0.951 0.001 0.017 0.005 199 S 0.017 0.001 0.012 0.945 0.002 0.013 0.011 200 L 0.019 0.001 0.009 0.937 0.004 0.020 0.011 201 G 0.005 0.001 0.005 0.978 0.001 0.008 0.003 202 C 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.005 0.002 203 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 204 L 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 205 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 206 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 208 C 0.004 0.001 0.007 0.928 0.002 0.055 0.003 209 A 0.013 0.002 0.014 0.702 0.026 0.213 0.031 210 L 0.025 0.010 0.020 0.276 0.173 0.315 0.180 211 M 0.017 0.014 0.005 0.021 0.436 0.015 0.493 212 P 0.017 0.011 0.010 0.010 0.198 0.023 0.730 213 P 0.029 0.025 0.037 0.018 0.138 0.190 0.564 214 F 0.033 0.030 0.102 0.035 0.200 0.188 0.411 215 T 0.039 0.010 0.121 0.053 0.203 0.163 0.411 216 A 0.032 0.016 0.085 0.087 0.254 0.163 0.363 217 F 0.034 0.021 0.020 0.085 0.354 0.120 0.366 218 S 0.024 0.024 0.005 0.067 0.233 0.040 0.606 219 Q 0.001 0.001 0.008 0.948 0.007 0.018 0.016 220 K 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.007 0.003 221 E 0.002 0.001 0.012 0.972 0.001 0.006 0.007 222 L 0.002 0.001 0.007 0.976 0.001 0.007 0.006 223 A 0.002 0.001 0.004 0.973 0.003 0.013 0.005 224 G 0.002 0.001 0.003 0.953 0.003 0.035 0.004 225 K 0.005 0.001 0.003 0.950 0.004 0.024 0.013 226 I 0.021 0.007 0.005 0.906 0.014 0.018 0.029 227 R 0.015 0.004 0.010 0.839 0.014 0.085 0.032 228 E 0.007 0.002 0.015 0.446 0.039 0.466 0.025 229 G 0.009 0.002 0.015 0.102 0.133 0.608 0.132 230 K 0.041 0.015 0.018 0.031 0.188 0.180 0.527 231 F 0.099 0.043 0.022 0.014 0.124 0.028 0.669 232 R 0.172 0.041 0.021 0.013 0.125 0.050 0.577 233 R 0.168 0.051 0.033 0.014 0.149 0.071 0.514 234 I 0.072 0.020 0.016 0.009 0.144 0.025 0.715 235 P 0.036 0.019 0.049 0.012 0.061 0.067 0.755 236 Y 0.028 0.011 0.178 0.023 0.124 0.213 0.422 237 R 0.031 0.024 0.179 0.035 0.141 0.234 0.355 238 Y 0.013 0.026 0.028 0.026 0.285 0.054 0.570 239 S 0.003 0.008 0.002 0.021 0.101 0.007 0.858 240 D 0.001 0.001 0.035 0.822 0.021 0.110 0.011 241 E 0.001 0.001 0.028 0.879 0.009 0.075 0.008 242 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.004 0.002 243 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 244 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 246 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 247 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 248 R 0.001 0.001 0.002 0.971 0.001 0.026 0.001 249 M 0.001 0.001 0.010 0.897 0.002 0.086 0.004 250 L 0.002 0.002 0.025 0.811 0.023 0.122 0.015 251 N 0.008 0.004 0.040 0.599 0.034 0.259 0.056 252 L 0.013 0.014 0.030 0.367 0.216 0.120 0.240 253 K 0.010 0.009 0.017 0.055 0.152 0.033 0.723 254 D 0.002 0.002 0.306 0.109 0.036 0.498 0.048 255 Y 0.003 0.003 0.312 0.038 0.062 0.547 0.035 256 H 0.011 0.005 0.318 0.049 0.167 0.341 0.109 257 R 0.028 0.031 0.013 0.011 0.356 0.036 0.526 258 P 0.028 0.056 0.003 0.006 0.118 0.028 0.762 259 S 0.018 0.067 0.002 0.012 0.070 0.017 0.813 260 V 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.007 0.004 261 E 0.001 0.001 0.023 0.972 0.001 0.003 0.001 262 E 0.001 0.001 0.039 0.957 0.001 0.003 0.001 263 I 0.001 0.001 0.058 0.921 0.001 0.018 0.001 264 L 0.001 0.003 0.037 0.774 0.004 0.178 0.003 265 E 0.001 0.001 0.013 0.451 0.014 0.511 0.009 266 N 0.003 0.002 0.002 0.037 0.295 0.020 0.642 267 P 0.003 0.002 0.127 0.415 0.040 0.320 0.093 268 L 0.017 0.007 0.225 0.374 0.045 0.282 0.050 269 I 0.070 0.031 0.305 0.345 0.038 0.135 0.077 270 L 0.126 0.027 0.122 0.380 0.070 0.147 0.127 271 E 0.087 0.021 0.066 0.296 0.097 0.268 0.166 272 H 0.029 0.007 0.044 0.084 0.108 0.171 0.556 273 H 0.012 0.004 0.019 0.025 0.063 0.054 0.824 274 H 0.030 0.015 0.041 0.023 0.086 0.066 0.739 275 H 0.049 0.021 0.055 0.020 0.177 0.106 0.571 276 H 0.024 0.013 0.013 0.007 0.019 0.027 0.896 277 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995