# TARGET T0292 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0292.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.1358 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.829 0.132 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 2 R 0.742 0.174 0.059 0.021 0.004 0.001 0.001 3 A 0.618 0.227 0.108 0.039 0.007 0.001 0.001 4 E 0.780 0.173 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 5 D 0.482 0.309 0.149 0.049 0.010 0.001 0.001 6 Y 0.070 0.107 0.246 0.344 0.204 0.028 0.001 7 E 0.361 0.391 0.171 0.063 0.012 0.002 0.001 8 V 0.181 0.199 0.217 0.219 0.143 0.039 0.002 9 L 0.113 0.142 0.208 0.261 0.199 0.070 0.006 10 Y 0.249 0.258 0.200 0.173 0.085 0.031 0.004 11 T 0.186 0.230 0.228 0.193 0.111 0.046 0.006 12 I 0.124 0.111 0.121 0.198 0.231 0.181 0.035 13 G 0.212 0.190 0.174 0.183 0.130 0.089 0.022 14 T 0.226 0.277 0.226 0.150 0.073 0.038 0.010 15 G 0.180 0.190 0.191 0.187 0.152 0.076 0.023 16 S 0.080 0.184 0.208 0.202 0.178 0.117 0.031 17 Y 0.039 0.094 0.154 0.249 0.248 0.171 0.045 18 G 0.029 0.097 0.147 0.221 0.262 0.202 0.042 19 R 0.004 0.065 0.240 0.380 0.235 0.068 0.007 20 C 0.001 0.004 0.014 0.090 0.336 0.477 0.078 21 Q 0.017 0.148 0.280 0.318 0.176 0.057 0.004 22 K 0.019 0.184 0.346 0.299 0.119 0.030 0.002 23 I 0.006 0.014 0.052 0.223 0.430 0.261 0.014 24 R 0.041 0.221 0.341 0.276 0.103 0.017 0.001 25 R 0.195 0.356 0.234 0.141 0.057 0.015 0.001 26 K 0.247 0.339 0.275 0.112 0.023 0.003 0.001 27 S 0.711 0.199 0.061 0.023 0.005 0.001 0.001 28 D 0.756 0.171 0.051 0.018 0.004 0.001 0.001 29 G 0.518 0.264 0.145 0.057 0.014 0.002 0.001 30 K 0.396 0.379 0.163 0.051 0.010 0.001 0.001 31 I 0.041 0.165 0.285 0.291 0.174 0.042 0.002 32 L 0.006 0.021 0.083 0.239 0.401 0.231 0.019 33 V 0.006 0.019 0.044 0.127 0.277 0.452 0.075 34 W 0.004 0.026 0.076 0.194 0.317 0.324 0.058 35 K 0.008 0.024 0.051 0.150 0.307 0.376 0.085 36 E 0.025 0.136 0.242 0.303 0.195 0.088 0.011 37 L 0.011 0.042 0.120 0.302 0.359 0.158 0.007 38 D 0.274 0.444 0.200 0.064 0.015 0.003 0.001 39 Y 0.151 0.212 0.286 0.245 0.094 0.013 0.001 40 G 0.710 0.205 0.062 0.017 0.004 0.001 0.001 41 S 0.477 0.325 0.140 0.048 0.009 0.001 0.001 42 M 0.181 0.231 0.285 0.224 0.071 0.008 0.001 43 T 0.552 0.304 0.105 0.033 0.006 0.001 0.001 44 E 0.838 0.133 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 45 A 0.769 0.162 0.045 0.018 0.004 0.001 0.001 46 E 0.637 0.256 0.076 0.025 0.005 0.001 0.001 47 K 0.281 0.365 0.251 0.089 0.013 0.001 0.001 48 Q 0.664 0.272 0.051 0.011 0.002 0.001 0.001 49 M 0.149 0.252 0.304 0.220 0.066 0.008 0.001 50 L 0.047 0.072 0.135 0.323 0.312 0.107 0.004 51 V 0.164 0.325 0.298 0.158 0.046 0.009 0.001 52 S 0.094 0.209 0.288 0.260 0.114 0.032 0.002 53 E 0.015 0.022 0.042 0.113 0.330 0.432 0.046 54 V 0.031 0.075 0.163 0.298 0.282 0.142 0.010 55 N 0.084 0.376 0.338 0.156 0.038 0.008 0.001 56 L 0.017 0.032 0.091 0.294 0.399 0.159 0.007 57 L 0.014 0.034 0.069 0.183 0.363 0.309 0.029 58 R 0.264 0.428 0.202 0.078 0.022 0.005 0.001 59 E 0.228 0.366 0.266 0.115 0.022 0.002 0.001 60 L 0.035 0.062 0.151 0.323 0.319 0.104 0.006 61 K 0.385 0.424 0.136 0.041 0.011 0.003 0.001 62 H 0.099 0.140 0.227 0.291 0.198 0.044 0.002 63 P 0.167 0.279 0.263 0.177 0.087 0.025 0.003 64 N 0.029 0.069 0.110 0.225 0.293 0.248 0.028 65 I 0.020 0.041 0.067 0.150 0.269 0.352 0.102 66 V 0.015 0.041 0.076 0.178 0.294 0.320 0.077 67 R 0.018 0.095 0.229 0.324 0.203 0.108 0.023 68 Y 0.007 0.013 0.028 0.092 0.277 0.487 0.096 69 Y 0.032 0.094 0.195 0.283 0.261 0.122 0.014 70 D 0.155 0.300 0.233 0.166 0.102 0.041 0.004 71 R 0.146 0.202 0.257 0.230 0.122 0.039 0.005 72 I 0.071 0.121 0.188 0.281 0.234 0.098 0.007 73 I 0.254 0.300 0.215 0.141 0.066 0.021 0.002 74 D 0.511 0.311 0.117 0.047 0.012 0.002 0.001 75 R 0.682 0.196 0.068 0.037 0.014 0.003 0.001 76 T 0.660 0.222 0.078 0.032 0.008 0.001 0.001 77 N 0.403 0.326 0.183 0.073 0.014 0.001 0.001 78 T 0.236 0.433 0.234 0.080 0.015 0.002 0.001 79 T 0.035 0.134 0.289 0.341 0.169 0.031 0.001 80 L 0.001 0.003 0.017 0.092 0.372 0.483 0.033 81 Y 0.001 0.003 0.014 0.071 0.272 0.502 0.138 82 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.357 0.593 83 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.070 0.349 0.566 84 M 0.001 0.002 0.007 0.024 0.085 0.358 0.524 85 E 0.002 0.014 0.045 0.152 0.277 0.382 0.128 86 Y 0.013 0.055 0.115 0.225 0.287 0.275 0.030 87 C 0.063 0.091 0.141 0.219 0.266 0.192 0.029 88 E 0.289 0.307 0.192 0.113 0.055 0.037 0.007 89 G 0.142 0.179 0.221 0.236 0.140 0.066 0.017 90 G 0.152 0.198 0.196 0.216 0.149 0.076 0.013 91 D 0.082 0.208 0.235 0.217 0.166 0.080 0.012 92 L 0.007 0.013 0.033 0.100 0.328 0.449 0.071 93 A 0.015 0.074 0.191 0.322 0.269 0.115 0.012 94 S 0.080 0.373 0.284 0.158 0.077 0.026 0.003 95 V 0.010 0.053 0.210 0.437 0.248 0.039 0.002 96 I 0.008 0.013 0.034 0.175 0.454 0.304 0.012 97 T 0.066 0.275 0.360 0.235 0.057 0.005 0.001 98 K 0.359 0.450 0.146 0.038 0.006 0.001 0.001 99 G 0.234 0.311 0.254 0.150 0.044 0.007 0.001 100 T 0.629 0.225 0.086 0.045 0.013 0.001 0.001 101 K 0.675 0.198 0.081 0.036 0.009 0.001 0.001 102 E 0.765 0.175 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 103 R 0.640 0.238 0.087 0.029 0.005 0.001 0.001 104 Q 0.355 0.388 0.177 0.064 0.014 0.002 0.001 105 Y 0.087 0.218 0.293 0.257 0.119 0.026 0.001 106 L 0.008 0.019 0.070 0.259 0.453 0.182 0.008 107 D 0.091 0.396 0.301 0.141 0.053 0.016 0.002 108 E 0.010 0.067 0.195 0.367 0.270 0.086 0.005 109 E 0.130 0.405 0.270 0.125 0.051 0.017 0.003 110 F 0.002 0.041 0.208 0.382 0.278 0.082 0.007 111 V 0.001 0.001 0.003 0.028 0.201 0.630 0.137 112 L 0.001 0.025 0.141 0.369 0.327 0.128 0.010 113 R 0.005 0.066 0.213 0.329 0.243 0.131 0.012 114 V 0.001 0.002 0.009 0.039 0.209 0.604 0.136 115 M 0.001 0.001 0.002 0.013 0.100 0.575 0.309 116 T 0.001 0.022 0.153 0.359 0.332 0.122 0.012 117 Q 0.001 0.005 0.038 0.212 0.457 0.268 0.019 118 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.378 0.595 119 T 0.001 0.003 0.011 0.080 0.295 0.514 0.096 120 L 0.001 0.030 0.194 0.383 0.304 0.072 0.016 121 A 0.001 0.001 0.004 0.037 0.198 0.566 0.194 122 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.454 0.510 123 K 0.001 0.026 0.133 0.311 0.351 0.163 0.016 124 E 0.001 0.027 0.194 0.457 0.271 0.047 0.003 125 C 0.001 0.003 0.009 0.055 0.258 0.601 0.073 126 H 0.002 0.022 0.098 0.337 0.432 0.108 0.002 127 R 0.126 0.452 0.305 0.094 0.021 0.002 0.001 128 R 0.256 0.347 0.251 0.121 0.022 0.003 0.001 129 S 0.651 0.207 0.078 0.046 0.015 0.003 0.001 130 D 0.757 0.155 0.054 0.024 0.008 0.001 0.001 131 G 0.649 0.221 0.089 0.033 0.007 0.001 0.001 132 G 0.389 0.341 0.167 0.075 0.024 0.004 0.001 133 H 0.103 0.205 0.277 0.264 0.125 0.024 0.002 134 T 0.029 0.098 0.204 0.303 0.254 0.101 0.011 135 V 0.007 0.016 0.041 0.113 0.297 0.398 0.128 136 L 0.002 0.008 0.025 0.099 0.239 0.429 0.197 137 H 0.002 0.005 0.010 0.032 0.106 0.397 0.448 138 R 0.001 0.006 0.017 0.065 0.169 0.377 0.364 139 D 0.001 0.007 0.030 0.089 0.187 0.349 0.338 140 L 0.001 0.001 0.003 0.020 0.097 0.389 0.490 141 K 0.001 0.007 0.025 0.093 0.203 0.400 0.270 142 P 0.001 0.008 0.020 0.051 0.131 0.412 0.377 143 A 0.003 0.018 0.056 0.129 0.213 0.376 0.205 144 N 0.001 0.005 0.020 0.068 0.218 0.485 0.203 145 V 0.001 0.003 0.006 0.023 0.120 0.541 0.306 146 F 0.001 0.005 0.012 0.047 0.203 0.583 0.149 147 L 0.002 0.015 0.060 0.210 0.391 0.293 0.029 148 D 0.045 0.183 0.306 0.304 0.135 0.025 0.002 149 G 0.233 0.408 0.246 0.093 0.018 0.001 0.001 150 K 0.627 0.286 0.068 0.016 0.003 0.001 0.001 151 Q 0.109 0.295 0.322 0.201 0.064 0.009 0.001 152 N 0.019 0.116 0.320 0.341 0.166 0.036 0.002 153 V 0.001 0.004 0.013 0.071 0.315 0.516 0.080 154 K 0.001 0.005 0.023 0.110 0.304 0.424 0.134 155 L 0.001 0.002 0.004 0.012 0.040 0.336 0.606 156 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.052 0.264 0.669 157 D 0.001 0.001 0.004 0.013 0.044 0.229 0.710 158 F 0.001 0.002 0.006 0.024 0.083 0.287 0.599 159 G 0.002 0.008 0.019 0.053 0.134 0.439 0.344 160 L 0.001 0.005 0.016 0.057 0.192 0.487 0.242 161 A 0.004 0.010 0.027 0.094 0.282 0.479 0.104 162 R 0.023 0.095 0.176 0.277 0.268 0.141 0.019 163 I 0.038 0.135 0.214 0.276 0.218 0.108 0.012 164 L 0.029 0.079 0.165 0.282 0.295 0.140 0.010 165 N 0.337 0.300 0.189 0.116 0.046 0.011 0.001 166 H 0.559 0.273 0.107 0.046 0.013 0.003 0.001 167 D 0.703 0.192 0.067 0.028 0.009 0.002 0.001 168 T 0.538 0.249 0.125 0.061 0.021 0.005 0.001 169 S 0.406 0.329 0.160 0.070 0.026 0.007 0.001 170 F 0.115 0.170 0.216 0.257 0.177 0.059 0.006 171 A 0.065 0.109 0.167 0.277 0.251 0.117 0.014 172 K 0.081 0.190 0.274 0.254 0.133 0.058 0.011 173 A 0.036 0.060 0.106 0.176 0.240 0.288 0.093 174 F 0.020 0.030 0.050 0.112 0.226 0.354 0.207 175 V 0.032 0.059 0.087 0.129 0.183 0.278 0.232 176 G 0.023 0.040 0.061 0.123 0.193 0.312 0.249 177 T 0.011 0.027 0.046 0.100 0.198 0.329 0.290 178 P 0.017 0.040 0.066 0.130 0.217 0.307 0.223 179 Y 0.025 0.045 0.095 0.199 0.233 0.242 0.161 180 Y 0.031 0.030 0.044 0.087 0.193 0.371 0.245 181 M 0.012 0.018 0.026 0.050 0.101 0.347 0.445 182 S 0.014 0.018 0.032 0.083 0.156 0.330 0.366 183 P 0.018 0.048 0.067 0.106 0.172 0.310 0.280 184 E 0.033 0.072 0.107 0.191 0.236 0.250 0.110 185 Q 0.026 0.072 0.118 0.219 0.249 0.265 0.052 186 M 0.025 0.058 0.109 0.244 0.356 0.189 0.019 187 N 0.258 0.335 0.238 0.114 0.043 0.011 0.002 188 R 0.289 0.377 0.219 0.091 0.020 0.003 0.001 189 M 0.263 0.306 0.239 0.135 0.045 0.011 0.001 190 S 0.441 0.293 0.122 0.080 0.043 0.018 0.002 191 Y 0.086 0.125 0.228 0.303 0.215 0.042 0.002 192 N 0.233 0.318 0.244 0.142 0.050 0.011 0.001 193 E 0.246 0.328 0.217 0.133 0.056 0.018 0.002 194 K 0.065 0.192 0.293 0.241 0.153 0.051 0.005 195 S 0.009 0.028 0.081 0.238 0.372 0.244 0.028 196 D 0.006 0.017 0.042 0.120 0.304 0.396 0.116 197 I 0.002 0.007 0.017 0.053 0.156 0.436 0.328 198 W 0.002 0.003 0.007 0.023 0.090 0.336 0.537 199 S 0.001 0.002 0.004 0.009 0.028 0.170 0.786 200 L 0.001 0.003 0.007 0.019 0.049 0.179 0.741 201 G 0.001 0.003 0.007 0.021 0.059 0.227 0.682 202 C 0.003 0.005 0.010 0.027 0.063 0.214 0.679 203 L 0.003 0.006 0.009 0.023 0.046 0.217 0.696 204 L 0.008 0.018 0.027 0.055 0.079 0.239 0.574 205 Y 0.005 0.013 0.032 0.075 0.125 0.309 0.440 206 E 0.008 0.019 0.040 0.114 0.192 0.372 0.255 207 L 0.014 0.028 0.035 0.076 0.147 0.388 0.313 208 C 0.020 0.051 0.082 0.163 0.205 0.330 0.150 209 A 0.040 0.081 0.149 0.214 0.222 0.224 0.070 210 L 0.045 0.081 0.112 0.176 0.219 0.276 0.091 211 M 0.056 0.121 0.193 0.262 0.214 0.126 0.027 212 P 0.081 0.142 0.160 0.211 0.225 0.156 0.025 213 P 0.097 0.141 0.184 0.227 0.210 0.123 0.017 214 F 0.086 0.115 0.165 0.233 0.253 0.134 0.013 215 T 0.188 0.268 0.254 0.182 0.080 0.024 0.004 216 A 0.404 0.292 0.155 0.091 0.042 0.015 0.002 217 F 0.340 0.286 0.195 0.114 0.048 0.015 0.002 218 S 0.363 0.301 0.164 0.109 0.047 0.015 0.002 219 Q 0.125 0.166 0.224 0.259 0.169 0.053 0.004 220 K 0.336 0.330 0.203 0.090 0.031 0.008 0.001 221 E 0.167 0.412 0.284 0.105 0.027 0.005 0.001 222 L 0.012 0.023 0.063 0.224 0.428 0.240 0.010 223 A 0.017 0.073 0.197 0.366 0.272 0.072 0.003 224 G 0.194 0.496 0.224 0.069 0.014 0.003 0.001 225 K 0.021 0.130 0.351 0.372 0.112 0.014 0.001 226 I 0.007 0.014 0.048 0.201 0.473 0.249 0.008 227 R 0.093 0.307 0.339 0.202 0.053 0.006 0.001 228 E 0.553 0.343 0.082 0.019 0.003 0.001 0.001 229 G 0.294 0.317 0.244 0.113 0.028 0.003 0.001 230 K 0.437 0.378 0.136 0.041 0.007 0.001 0.001 231 F 0.079 0.122 0.240 0.344 0.189 0.025 0.001 232 R 0.381 0.379 0.169 0.056 0.013 0.002 0.001 233 R 0.237 0.326 0.237 0.143 0.048 0.009 0.001 234 I 0.079 0.109 0.183 0.312 0.239 0.076 0.004 235 P 0.150 0.279 0.274 0.185 0.084 0.026 0.002 236 Y 0.320 0.272 0.185 0.129 0.067 0.025 0.003 237 R 0.228 0.294 0.216 0.150 0.080 0.029 0.004 238 Y 0.052 0.105 0.189 0.303 0.253 0.091 0.007 239 S 0.117 0.274 0.283 0.211 0.087 0.025 0.002 240 D 0.377 0.380 0.167 0.056 0.016 0.003 0.001 241 E 0.197 0.318 0.277 0.156 0.044 0.008 0.001 242 L 0.017 0.025 0.061 0.224 0.417 0.245 0.011 243 N 0.074 0.251 0.353 0.232 0.076 0.014 0.001 244 E 0.199 0.440 0.251 0.089 0.017 0.002 0.001 245 I 0.021 0.036 0.104 0.271 0.357 0.201 0.011 246 I 0.021 0.042 0.078 0.203 0.351 0.284 0.020 247 T 0.150 0.351 0.298 0.152 0.041 0.007 0.001 248 R 0.158 0.274 0.269 0.203 0.078 0.017 0.001 249 M 0.041 0.070 0.119 0.226 0.319 0.209 0.016 250 L 0.077 0.087 0.152 0.284 0.280 0.112 0.007 251 N 0.343 0.369 0.186 0.077 0.022 0.004 0.001 252 L 0.269 0.300 0.240 0.140 0.043 0.008 0.001 253 K 0.566 0.254 0.098 0.052 0.022 0.007 0.001 254 D 0.542 0.252 0.120 0.058 0.022 0.005 0.001 255 Y 0.518 0.245 0.121 0.072 0.033 0.010 0.001 256 H 0.395 0.304 0.156 0.095 0.037 0.011 0.002 257 R 0.220 0.278 0.246 0.175 0.065 0.016 0.002 258 P 0.242 0.201 0.182 0.197 0.130 0.043 0.005 259 S 0.180 0.271 0.247 0.175 0.092 0.031 0.004 260 V 0.063 0.087 0.172 0.331 0.259 0.082 0.005 261 E 0.384 0.410 0.150 0.044 0.010 0.002 0.001 262 E 0.110 0.305 0.314 0.198 0.060 0.012 0.001 263 I 0.023 0.034 0.075 0.247 0.409 0.203 0.010 264 L 0.046 0.154 0.313 0.312 0.146 0.029 0.001 265 E 0.354 0.436 0.151 0.044 0.011 0.004 0.001 266 N 0.055 0.120 0.259 0.325 0.196 0.044 0.002 267 P 0.280 0.331 0.219 0.114 0.045 0.010 0.001 268 L 0.165 0.159 0.185 0.245 0.175 0.068 0.004 269 I 0.098 0.096 0.151 0.276 0.279 0.097 0.003 270 L 0.248 0.312 0.254 0.139 0.040 0.006 0.001 271 E 0.564 0.296 0.098 0.033 0.008 0.001 0.001 272 H 0.520 0.260 0.140 0.060 0.017 0.003 0.001 273 H 0.753 0.159 0.050 0.027 0.009 0.002 0.001 274 H 0.727 0.160 0.066 0.034 0.011 0.002 0.001 275 H 0.724 0.180 0.065 0.024 0.006 0.001 0.001 276 H 0.759 0.164 0.052 0.020 0.005 0.001 0.001 277 H 0.772 0.146 0.055 0.019 0.005 0.001 0.001