# TARGET T0291 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0291.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4685 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.096 0.155 0.185 0.229 0.193 0.118 0.025 2 Y 0.021 0.035 0.058 0.147 0.263 0.339 0.138 3 V 0.018 0.022 0.037 0.086 0.164 0.312 0.360 4 D 0.028 0.033 0.045 0.074 0.120 0.258 0.443 5 P 0.017 0.022 0.034 0.059 0.109 0.274 0.485 6 H 0.023 0.040 0.055 0.097 0.149 0.300 0.337 7 T 0.035 0.061 0.083 0.137 0.206 0.280 0.199 8 Y 0.054 0.089 0.125 0.179 0.212 0.227 0.114 9 E 0.128 0.187 0.179 0.197 0.170 0.104 0.036 10 D 0.204 0.246 0.212 0.174 0.099 0.051 0.015 11 P 0.277 0.238 0.182 0.159 0.094 0.041 0.008 12 T 0.263 0.246 0.194 0.155 0.089 0.042 0.011 13 Q 0.266 0.230 0.178 0.152 0.104 0.057 0.012 14 A 0.162 0.194 0.197 0.186 0.148 0.093 0.019 15 V 0.082 0.107 0.147 0.225 0.233 0.167 0.037 16 H 0.203 0.259 0.209 0.167 0.101 0.051 0.010 17 E 0.171 0.174 0.187 0.208 0.163 0.085 0.012 18 F 0.337 0.279 0.159 0.118 0.069 0.034 0.006 19 A 0.310 0.271 0.193 0.129 0.067 0.026 0.004 20 K 0.222 0.197 0.190 0.202 0.130 0.054 0.006 21 E 0.363 0.280 0.162 0.109 0.059 0.025 0.003 22 L 0.248 0.244 0.214 0.170 0.090 0.031 0.003 23 D 0.278 0.223 0.183 0.177 0.103 0.034 0.002 24 A 0.314 0.247 0.193 0.145 0.072 0.026 0.003 25 T 0.565 0.266 0.096 0.048 0.019 0.005 0.001 26 N 0.345 0.348 0.184 0.087 0.028 0.007 0.001 27 I 0.105 0.117 0.189 0.297 0.224 0.064 0.003 28 S 0.320 0.363 0.191 0.091 0.029 0.005 0.001 29 I 0.278 0.262 0.210 0.168 0.068 0.013 0.001 30 D 0.298 0.280 0.181 0.151 0.072 0.016 0.001 31 K 0.313 0.340 0.193 0.104 0.040 0.010 0.001 32 V 0.237 0.288 0.225 0.167 0.067 0.015 0.001 33 V 0.136 0.125 0.159 0.223 0.223 0.122 0.010 34 G 0.213 0.225 0.190 0.205 0.122 0.040 0.004 35 A 0.321 0.328 0.200 0.100 0.038 0.012 0.002 36 G 0.197 0.220 0.187 0.198 0.131 0.057 0.009 37 E 0.098 0.197 0.191 0.219 0.173 0.100 0.021 38 F 0.056 0.138 0.180 0.245 0.225 0.131 0.025 39 G 0.044 0.110 0.171 0.255 0.240 0.149 0.030 40 E 0.050 0.164 0.271 0.252 0.163 0.084 0.016 41 V 0.014 0.052 0.151 0.345 0.309 0.118 0.010 42 C 0.010 0.033 0.093 0.247 0.401 0.201 0.015 43 S 0.021 0.151 0.382 0.310 0.118 0.018 0.001 44 G 0.014 0.058 0.118 0.302 0.387 0.118 0.004 45 R 0.072 0.317 0.376 0.176 0.052 0.007 0.001 46 L 0.060 0.146 0.247 0.376 0.154 0.018 0.001 47 K 0.540 0.324 0.105 0.025 0.004 0.001 0.001 48 L 0.748 0.153 0.060 0.030 0.008 0.001 0.001 49 P 0.871 0.099 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 50 S 0.828 0.130 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 51 K 0.641 0.256 0.074 0.023 0.005 0.001 0.001 52 K 0.373 0.383 0.167 0.064 0.012 0.001 0.001 53 E 0.061 0.211 0.282 0.290 0.132 0.024 0.001 54 I 0.022 0.084 0.157 0.290 0.306 0.135 0.007 55 S 0.022 0.082 0.170 0.314 0.283 0.121 0.007 56 V 0.045 0.173 0.243 0.267 0.185 0.083 0.004 57 A 0.012 0.044 0.115 0.291 0.357 0.172 0.009 58 I 0.015 0.034 0.086 0.242 0.378 0.231 0.013 59 K 0.075 0.236 0.290 0.253 0.115 0.029 0.002 60 T 0.123 0.280 0.275 0.207 0.096 0.018 0.001 61 L 0.163 0.268 0.271 0.202 0.081 0.014 0.001 62 K 0.422 0.307 0.169 0.076 0.022 0.003 0.001 63 V 0.627 0.241 0.086 0.037 0.008 0.001 0.001 64 G 0.754 0.173 0.052 0.017 0.004 0.001 0.001 65 Y 0.674 0.191 0.085 0.039 0.010 0.001 0.001 66 T 0.775 0.160 0.045 0.017 0.004 0.001 0.001 67 E 0.784 0.154 0.041 0.017 0.004 0.001 0.001 68 K 0.742 0.200 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 69 Q 0.325 0.338 0.198 0.111 0.025 0.002 0.001 70 R 0.119 0.287 0.310 0.207 0.068 0.009 0.001 71 R 0.415 0.406 0.131 0.039 0.008 0.001 0.001 72 D 0.125 0.319 0.328 0.182 0.041 0.005 0.001 73 F 0.013 0.029 0.067 0.212 0.435 0.233 0.010 74 L 0.048 0.191 0.305 0.284 0.139 0.031 0.002 75 G 0.126 0.380 0.277 0.151 0.050 0.014 0.001 76 E 0.013 0.033 0.075 0.206 0.358 0.289 0.026 77 A 0.007 0.016 0.041 0.145 0.333 0.395 0.062 78 S 0.064 0.257 0.314 0.235 0.096 0.030 0.005 79 I 0.030 0.078 0.146 0.245 0.323 0.168 0.010 80 M 0.011 0.020 0.038 0.131 0.326 0.416 0.059 81 G 0.059 0.216 0.285 0.279 0.119 0.038 0.004 82 Q 0.159 0.362 0.267 0.144 0.055 0.012 0.001 83 F 0.015 0.054 0.118 0.309 0.357 0.135 0.011 84 D 0.177 0.370 0.261 0.139 0.042 0.010 0.001 85 H 0.068 0.097 0.139 0.226 0.296 0.153 0.020 86 P 0.140 0.356 0.264 0.179 0.048 0.011 0.002 87 N 0.020 0.091 0.184 0.286 0.258 0.142 0.020 88 I 0.004 0.014 0.042 0.121 0.299 0.421 0.099 89 I 0.011 0.052 0.084 0.189 0.296 0.313 0.057 90 R 0.008 0.080 0.250 0.325 0.188 0.111 0.038 91 L 0.002 0.006 0.012 0.047 0.187 0.519 0.226 92 E 0.004 0.028 0.075 0.203 0.331 0.297 0.061 93 G 0.011 0.066 0.131 0.219 0.276 0.245 0.052 94 V 0.005 0.030 0.104 0.225 0.306 0.289 0.040 95 V 0.009 0.040 0.081 0.226 0.379 0.250 0.014 96 T 0.067 0.219 0.266 0.288 0.135 0.023 0.001 97 K 0.352 0.364 0.189 0.079 0.014 0.002 0.001 98 S 0.478 0.365 0.115 0.035 0.006 0.001 0.001 99 K 0.447 0.409 0.114 0.025 0.003 0.001 0.001 100 P 0.050 0.248 0.339 0.272 0.081 0.009 0.001 101 V 0.004 0.033 0.124 0.325 0.378 0.132 0.004 102 M 0.001 0.004 0.018 0.084 0.292 0.522 0.078 103 I 0.001 0.001 0.005 0.021 0.094 0.481 0.398 104 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.318 0.627 105 T 0.002 0.007 0.020 0.059 0.133 0.364 0.415 106 E 0.004 0.016 0.038 0.092 0.200 0.417 0.233 107 Y 0.003 0.017 0.040 0.119 0.293 0.417 0.110 108 M 0.008 0.032 0.083 0.208 0.340 0.278 0.052 109 E 0.134 0.321 0.266 0.168 0.072 0.032 0.006 110 N 0.092 0.267 0.248 0.208 0.120 0.056 0.009 111 G 0.056 0.197 0.270 0.255 0.161 0.056 0.006 112 S 0.044 0.267 0.345 0.226 0.089 0.027 0.003 113 L 0.002 0.004 0.015 0.084 0.389 0.468 0.038 114 D 0.004 0.055 0.205 0.394 0.276 0.063 0.002 115 S 0.053 0.356 0.269 0.164 0.106 0.049 0.003 116 F 0.003 0.036 0.217 0.446 0.246 0.051 0.001 117 L 0.004 0.013 0.043 0.236 0.482 0.218 0.004 118 R 0.164 0.448 0.268 0.098 0.020 0.002 0.001 119 K 0.586 0.323 0.073 0.016 0.002 0.001 0.001 120 H 0.519 0.315 0.120 0.040 0.006 0.001 0.001 121 D 0.616 0.297 0.069 0.014 0.002 0.001 0.001 122 A 0.310 0.298 0.202 0.148 0.038 0.004 0.001 123 Q 0.274 0.416 0.201 0.084 0.022 0.003 0.001 124 F 0.030 0.058 0.141 0.321 0.360 0.087 0.003 125 T 0.134 0.357 0.285 0.165 0.050 0.008 0.001 126 V 0.025 0.126 0.223 0.341 0.233 0.048 0.003 127 I 0.045 0.235 0.271 0.275 0.140 0.032 0.002 128 Q 0.006 0.046 0.132 0.260 0.344 0.190 0.023 129 L 0.001 0.003 0.010 0.053 0.258 0.546 0.130 130 V 0.001 0.014 0.055 0.191 0.403 0.302 0.036 131 G 0.002 0.024 0.101 0.316 0.341 0.195 0.022 132 M 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.528 0.376 133 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.330 0.643 134 R 0.001 0.003 0.024 0.156 0.349 0.385 0.083 135 G 0.001 0.001 0.009 0.090 0.356 0.464 0.081 136 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.140 0.856 137 A 0.001 0.001 0.001 0.012 0.085 0.473 0.429 138 S 0.001 0.008 0.047 0.229 0.368 0.293 0.055 139 G 0.001 0.001 0.003 0.024 0.125 0.453 0.394 140 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.415 0.545 141 K 0.001 0.012 0.052 0.204 0.371 0.320 0.041 142 Y 0.001 0.009 0.051 0.242 0.423 0.255 0.019 143 L 0.001 0.004 0.010 0.043 0.245 0.598 0.099 144 S 0.006 0.041 0.142 0.350 0.326 0.126 0.008 145 D 0.084 0.364 0.297 0.179 0.063 0.012 0.001 146 M 0.027 0.182 0.344 0.327 0.105 0.014 0.001 147 G 0.031 0.201 0.259 0.263 0.179 0.062 0.004 148 Y 0.002 0.006 0.030 0.123 0.352 0.420 0.066 149 V 0.001 0.004 0.011 0.055 0.211 0.529 0.189 150 H 0.001 0.003 0.009 0.027 0.083 0.374 0.503 151 R 0.001 0.004 0.008 0.024 0.066 0.262 0.636 152 D 0.002 0.010 0.030 0.073 0.148 0.284 0.453 153 L 0.001 0.003 0.005 0.019 0.092 0.305 0.574 154 A 0.003 0.013 0.032 0.075 0.131 0.315 0.431 155 A 0.005 0.014 0.036 0.082 0.140 0.318 0.404 156 R 0.010 0.032 0.047 0.085 0.169 0.348 0.309 157 N 0.010 0.017 0.025 0.069 0.191 0.464 0.225 158 I 0.003 0.009 0.026 0.073 0.182 0.456 0.252 159 L 0.007 0.027 0.061 0.140 0.229 0.399 0.138 160 I 0.006 0.014 0.033 0.124 0.351 0.398 0.073 161 N 0.080 0.161 0.230 0.293 0.187 0.044 0.004 162 S 0.399 0.371 0.168 0.053 0.007 0.001 0.001 163 N 0.422 0.431 0.110 0.028 0.008 0.001 0.001 164 L 0.022 0.100 0.233 0.379 0.218 0.047 0.001 165 V 0.009 0.064 0.163 0.306 0.302 0.148 0.007 166 C 0.001 0.002 0.006 0.036 0.179 0.556 0.221 167 K 0.001 0.006 0.018 0.063 0.200 0.420 0.291 168 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.227 0.729 169 S 0.001 0.001 0.003 0.010 0.036 0.200 0.750 170 D 0.001 0.001 0.004 0.013 0.042 0.241 0.697 171 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.060 0.311 0.610 172 G 0.002 0.008 0.022 0.062 0.153 0.350 0.403 173 L 0.004 0.010 0.023 0.058 0.145 0.412 0.348 174 G 0.006 0.014 0.030 0.092 0.249 0.450 0.159 175 R 0.018 0.065 0.145 0.242 0.282 0.206 0.042 176 V 0.034 0.091 0.189 0.275 0.258 0.137 0.017 177 L 0.039 0.096 0.169 0.279 0.290 0.120 0.007 178 E 0.216 0.310 0.241 0.155 0.060 0.016 0.001 179 D 0.449 0.267 0.149 0.088 0.037 0.010 0.001 180 D 0.599 0.204 0.106 0.061 0.024 0.007 0.001 181 P 0.689 0.187 0.068 0.034 0.015 0.005 0.001 182 E 0.614 0.208 0.100 0.052 0.020 0.006 0.001 183 A 0.517 0.228 0.129 0.084 0.033 0.009 0.001 184 A 0.394 0.247 0.153 0.123 0.063 0.018 0.002 185 Y 0.323 0.282 0.189 0.131 0.056 0.016 0.002 186 T 0.291 0.245 0.187 0.168 0.080 0.025 0.003 187 T 0.282 0.211 0.175 0.169 0.111 0.046 0.006 188 R 0.293 0.249 0.173 0.146 0.093 0.039 0.008 189 G 0.196 0.239 0.222 0.181 0.107 0.045 0.009 190 G 0.058 0.101 0.132 0.237 0.268 0.166 0.039 191 K 0.050 0.120 0.180 0.236 0.214 0.150 0.049 192 I 0.024 0.025 0.039 0.103 0.239 0.381 0.188 193 P 0.024 0.062 0.094 0.171 0.232 0.278 0.138 194 I 0.009 0.021 0.040 0.106 0.211 0.348 0.265 195 R 0.014 0.040 0.067 0.125 0.217 0.291 0.246 196 W 0.006 0.011 0.019 0.044 0.116 0.362 0.441 197 T 0.005 0.011 0.020 0.053 0.112 0.310 0.488 198 S 0.008 0.019 0.035 0.064 0.086 0.276 0.512 199 P 0.023 0.033 0.041 0.093 0.177 0.343 0.290 200 E 0.016 0.040 0.060 0.115 0.213 0.351 0.205 201 A 0.028 0.071 0.107 0.184 0.265 0.274 0.070 202 I 0.021 0.043 0.091 0.188 0.277 0.297 0.082 203 A 0.102 0.195 0.213 0.251 0.164 0.064 0.010 204 Y 0.179 0.294 0.232 0.173 0.088 0.030 0.005 205 R 0.100 0.227 0.261 0.232 0.132 0.042 0.006 206 K 0.143 0.337 0.274 0.159 0.064 0.020 0.003 207 F 0.019 0.055 0.124 0.272 0.343 0.172 0.015 208 T 0.056 0.130 0.178 0.239 0.251 0.133 0.013 209 S 0.057 0.152 0.187 0.259 0.213 0.117 0.015 210 A 0.046 0.143 0.202 0.245 0.227 0.121 0.016 211 S 0.004 0.018 0.051 0.160 0.291 0.370 0.106 212 D 0.002 0.011 0.030 0.100 0.239 0.428 0.191 213 V 0.003 0.004 0.009 0.026 0.098 0.430 0.431 214 W 0.005 0.006 0.011 0.026 0.093 0.390 0.468 215 S 0.001 0.004 0.012 0.032 0.067 0.228 0.656 216 Y 0.001 0.002 0.005 0.016 0.032 0.159 0.786 217 G 0.001 0.001 0.003 0.019 0.068 0.213 0.695 218 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.070 0.280 0.635 219 V 0.001 0.003 0.013 0.030 0.070 0.232 0.652 220 L 0.002 0.005 0.020 0.032 0.042 0.179 0.721 221 W 0.004 0.006 0.014 0.043 0.104 0.345 0.485 222 E 0.006 0.008 0.016 0.049 0.178 0.419 0.325 223 V 0.005 0.014 0.022 0.048 0.136 0.430 0.345 224 M 0.024 0.041 0.058 0.125 0.182 0.409 0.161 225 S 0.089 0.109 0.123 0.236 0.264 0.153 0.026 226 Y 0.131 0.137 0.196 0.247 0.209 0.072 0.009 227 G 0.117 0.200 0.250 0.220 0.151 0.055 0.007 228 E 0.109 0.185 0.242 0.231 0.152 0.072 0.009 229 R 0.062 0.096 0.142 0.241 0.271 0.168 0.020 230 P 0.105 0.126 0.165 0.215 0.234 0.140 0.016 231 Y 0.215 0.229 0.195 0.183 0.116 0.055 0.008 232 W 0.368 0.247 0.170 0.113 0.066 0.032 0.004 233 E 0.395 0.238 0.149 0.114 0.066 0.033 0.005 234 M 0.403 0.222 0.158 0.117 0.066 0.029 0.005 235 S 0.399 0.239 0.154 0.113 0.064 0.028 0.005 236 N 0.353 0.253 0.170 0.125 0.068 0.027 0.004 237 Q 0.383 0.286 0.169 0.104 0.042 0.014 0.002 238 D 0.240 0.241 0.202 0.171 0.103 0.039 0.004 239 V 0.123 0.152 0.177 0.225 0.208 0.105 0.010 240 I 0.176 0.199 0.212 0.213 0.139 0.056 0.004 241 K 0.294 0.281 0.197 0.138 0.065 0.023 0.002 242 A 0.164 0.189 0.205 0.221 0.156 0.061 0.004 243 V 0.189 0.173 0.201 0.235 0.155 0.045 0.002 244 D 0.527 0.263 0.126 0.060 0.019 0.004 0.001 245 E 0.627 0.220 0.092 0.045 0.013 0.003 0.001 246 G 0.608 0.250 0.088 0.038 0.012 0.003 0.001 247 Y 0.237 0.243 0.232 0.187 0.084 0.017 0.001 248 R 0.334 0.295 0.200 0.118 0.044 0.009 0.001 249 L 0.223 0.198 0.200 0.231 0.119 0.028 0.001 250 P 0.425 0.307 0.155 0.080 0.029 0.005 0.001 251 P 0.213 0.264 0.240 0.189 0.080 0.014 0.001 252 P 0.246 0.269 0.217 0.174 0.074 0.020 0.001 253 M 0.460 0.270 0.125 0.087 0.043 0.013 0.001 254 D 0.395 0.340 0.163 0.071 0.025 0.006 0.001 255 C 0.087 0.177 0.235 0.309 0.159 0.032 0.002 256 P 0.057 0.240 0.333 0.244 0.106 0.020 0.001 257 A 0.311 0.436 0.166 0.066 0.017 0.003 0.001 258 A 0.023 0.160 0.345 0.320 0.127 0.023 0.002 259 L 0.001 0.005 0.019 0.100 0.403 0.434 0.038 260 Y 0.002 0.063 0.219 0.363 0.281 0.069 0.004 261 Q 0.010 0.170 0.366 0.331 0.101 0.021 0.001 262 L 0.001 0.003 0.010 0.063 0.317 0.552 0.054 263 M 0.001 0.001 0.002 0.017 0.141 0.638 0.199 264 L 0.004 0.054 0.243 0.446 0.200 0.051 0.003 265 D 0.005 0.056 0.217 0.385 0.273 0.063 0.001 266 C 0.001 0.004 0.008 0.042 0.237 0.609 0.100 267 W 0.005 0.020 0.085 0.274 0.394 0.208 0.015 268 Q 0.142 0.432 0.271 0.121 0.029 0.005 0.001 269 K 0.192 0.344 0.266 0.161 0.034 0.003 0.001 270 D 0.286 0.373 0.212 0.095 0.027 0.005 0.001 271 R 0.378 0.235 0.188 0.139 0.053 0.008 0.001 272 N 0.608 0.284 0.071 0.027 0.007 0.001 0.001 273 N 0.305 0.345 0.199 0.109 0.035 0.007 0.001 274 R 0.071 0.200 0.302 0.262 0.131 0.031 0.002 275 P 0.247 0.284 0.205 0.145 0.082 0.034 0.003 276 K 0.090 0.292 0.294 0.237 0.074 0.012 0.001 277 F 0.025 0.062 0.134 0.280 0.361 0.132 0.006 278 E 0.169 0.441 0.276 0.092 0.019 0.003 0.001 279 Q 0.099 0.396 0.321 0.141 0.035 0.006 0.001 280 I 0.017 0.025 0.053 0.191 0.428 0.276 0.011 281 V 0.015 0.087 0.250 0.379 0.217 0.050 0.002 282 S 0.250 0.539 0.160 0.039 0.009 0.002 0.001 283 I 0.063 0.171 0.326 0.298 0.118 0.023 0.001 284 L 0.037 0.047 0.100 0.277 0.363 0.167 0.008 285 D 0.261 0.395 0.216 0.090 0.030 0.007 0.001 286 K 0.426 0.329 0.152 0.068 0.021 0.005 0.001 287 L 0.155 0.206 0.247 0.234 0.122 0.035 0.002 288 I 0.304 0.252 0.191 0.147 0.082 0.023 0.002 289 R 0.541 0.250 0.112 0.066 0.024 0.006 0.001 290 N 0.437 0.272 0.157 0.091 0.034 0.008 0.001 291 P 0.482 0.233 0.141 0.093 0.039 0.011 0.001 292 G 0.559 0.236 0.111 0.062 0.025 0.007 0.001 293 S 0.500 0.241 0.137 0.084 0.031 0.007 0.001 294 L 0.376 0.255 0.169 0.123 0.059 0.017 0.001 295 K 0.310 0.249 0.185 0.146 0.081 0.027 0.003 296 I 0.294 0.223 0.188 0.166 0.093 0.032 0.004 297 I 0.403 0.218 0.148 0.126 0.074 0.028 0.003 298 T 0.419 0.219 0.143 0.117 0.069 0.029 0.004 299 S 0.457 0.190 0.123 0.112 0.076 0.036 0.005 300 A 0.461 0.195 0.128 0.112 0.069 0.031 0.006 301 A 0.608 0.206 0.092 0.055 0.026 0.010 0.002 302 A 0.513 0.230 0.123 0.082 0.038 0.013 0.001 303 R 0.439 0.213 0.148 0.116 0.060 0.022 0.002 304 P 0.637 0.201 0.090 0.046 0.019 0.006 0.001 305 S 0.592 0.211 0.107 0.058 0.025 0.007 0.001 306 N 0.560 0.222 0.112 0.071 0.028 0.007 0.001 307 L 0.500 0.264 0.133 0.071 0.027 0.006 0.001 308 L 0.444 0.223 0.156 0.110 0.050 0.016 0.001 309 L 0.440 0.195 0.145 0.128 0.070 0.021 0.002 310 D 0.481 0.187 0.124 0.105 0.072 0.027 0.003