# TARGET T0291 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0291.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13482 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.018 0.005 0.006 0.016 0.152 0.803 2 Y 0.049 0.020 0.009 0.017 0.221 0.684 3 V 0.045 0.039 0.013 0.016 0.259 0.629 4 D 0.028 0.020 0.014 0.008 0.432 0.498 5 P 0.021 0.006 0.071 0.019 0.482 0.402 6 H 0.045 0.024 0.082 0.026 0.417 0.406 7 T 0.079 0.052 0.065 0.025 0.494 0.284 8 Y 0.054 0.029 0.041 0.036 0.443 0.397 9 E 0.067 0.046 0.027 0.055 0.348 0.457 10 D 0.037 0.013 0.017 0.030 0.535 0.367 11 P 0.017 0.005 0.106 0.110 0.512 0.250 12 T 0.036 0.012 0.148 0.137 0.406 0.261 13 Q 0.050 0.012 0.165 0.283 0.332 0.159 14 A 0.089 0.011 0.061 0.382 0.182 0.275 15 V 0.157 0.020 0.043 0.394 0.124 0.262 16 H 0.214 0.012 0.037 0.322 0.119 0.297 17 E 0.171 0.006 0.056 0.476 0.130 0.161 18 F 0.187 0.008 0.051 0.495 0.129 0.129 19 A 0.217 0.005 0.057 0.411 0.164 0.146 20 K 0.387 0.006 0.049 0.323 0.107 0.128 21 E 0.244 0.021 0.033 0.475 0.075 0.152 22 L 0.216 0.022 0.030 0.321 0.098 0.313 23 D 0.096 0.010 0.028 0.123 0.176 0.567 24 A 0.026 0.006 0.351 0.177 0.337 0.102 25 T 0.021 0.002 0.251 0.101 0.511 0.114 26 N 0.025 0.002 0.081 0.022 0.621 0.250 27 I 0.276 0.040 0.007 0.012 0.240 0.426 28 S 0.484 0.040 0.003 0.009 0.062 0.401 29 I 0.612 0.017 0.029 0.040 0.118 0.185 30 D 0.592 0.004 0.040 0.042 0.165 0.158 31 K 0.742 0.005 0.034 0.033 0.104 0.082 32 V 0.768 0.012 0.011 0.032 0.079 0.099 33 V 0.697 0.018 0.010 0.030 0.108 0.138 34 G 0.533 0.012 0.009 0.022 0.191 0.233 35 A 0.357 0.017 0.011 0.020 0.259 0.336 36 G 0.260 0.019 0.018 0.011 0.409 0.283 37 E 0.244 0.016 0.022 0.012 0.429 0.277 38 F 0.359 0.018 0.027 0.024 0.394 0.178 39 G 0.546 0.007 0.013 0.012 0.241 0.181 40 E 0.860 0.004 0.005 0.007 0.053 0.071 41 V 0.949 0.003 0.002 0.004 0.016 0.026 42 C 0.957 0.001 0.001 0.004 0.013 0.023 43 S 0.958 0.001 0.001 0.003 0.010 0.027 44 G 0.950 0.001 0.001 0.004 0.011 0.034 45 R 0.946 0.002 0.001 0.004 0.013 0.035 46 L 0.902 0.003 0.001 0.004 0.027 0.064 47 K 0.743 0.009 0.003 0.005 0.088 0.152 48 L 0.497 0.017 0.010 0.006 0.217 0.253 49 P 0.166 0.020 0.020 0.007 0.527 0.260 50 S 0.047 0.008 0.064 0.008 0.802 0.072 51 K 0.039 0.006 0.079 0.009 0.789 0.078 52 K 0.035 0.004 0.056 0.015 0.767 0.123 53 E 0.164 0.011 0.008 0.003 0.526 0.289 54 I 0.604 0.006 0.001 0.001 0.068 0.322 55 S 0.934 0.002 0.001 0.001 0.010 0.054 56 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 57 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 58 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 60 T 0.933 0.001 0.001 0.002 0.013 0.052 61 L 0.666 0.006 0.002 0.007 0.057 0.262 62 K 0.363 0.011 0.011 0.016 0.317 0.283 63 V 0.131 0.006 0.050 0.069 0.487 0.257 64 G 0.059 0.007 0.052 0.071 0.533 0.277 65 Y 0.067 0.020 0.045 0.099 0.490 0.278 66 T 0.034 0.015 0.019 0.124 0.246 0.562 67 E 0.006 0.002 0.037 0.752 0.115 0.088 68 K 0.006 0.001 0.046 0.784 0.111 0.051 69 Q 0.011 0.003 0.046 0.777 0.108 0.056 70 R 0.006 0.001 0.023 0.896 0.036 0.038 71 R 0.003 0.001 0.024 0.928 0.019 0.025 72 D 0.002 0.001 0.020 0.939 0.016 0.022 73 F 0.001 0.001 0.009 0.982 0.004 0.004 74 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 75 G 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 76 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 77 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 78 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 79 I 0.001 0.001 0.005 0.981 0.009 0.003 80 M 0.002 0.001 0.021 0.937 0.034 0.006 81 G 0.002 0.002 0.054 0.803 0.098 0.041 82 Q 0.003 0.004 0.084 0.651 0.162 0.097 83 F 0.008 0.017 0.067 0.231 0.311 0.367 84 D 0.008 0.010 0.019 0.036 0.225 0.702 85 H 0.009 0.012 0.086 0.044 0.753 0.097 86 P 0.005 0.001 0.080 0.029 0.847 0.038 87 N 0.012 0.001 0.082 0.032 0.838 0.035 88 I 0.574 0.095 0.020 0.024 0.236 0.051 89 I 0.861 0.016 0.008 0.022 0.026 0.068 90 R 0.928 0.007 0.010 0.013 0.012 0.030 91 L 0.880 0.004 0.023 0.034 0.035 0.024 92 E 0.689 0.002 0.016 0.083 0.136 0.074 93 G 0.644 0.002 0.019 0.101 0.160 0.073 94 V 0.832 0.007 0.006 0.063 0.053 0.038 95 V 0.826 0.013 0.004 0.086 0.026 0.045 96 T 0.755 0.012 0.007 0.043 0.130 0.052 97 K 0.400 0.005 0.012 0.040 0.383 0.160 98 S 0.117 0.008 0.014 0.019 0.598 0.243 99 K 0.136 0.011 0.002 0.001 0.551 0.299 100 P 0.194 0.001 0.001 0.001 0.240 0.562 101 V 0.845 0.003 0.001 0.001 0.027 0.125 102 M 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 106 E 0.934 0.001 0.001 0.001 0.015 0.048 107 Y 0.677 0.012 0.011 0.006 0.083 0.211 108 M 0.235 0.037 0.024 0.005 0.627 0.071 109 E 0.083 0.008 0.025 0.005 0.811 0.069 110 N 0.012 0.002 0.021 0.007 0.886 0.072 111 G 0.056 0.043 0.006 0.006 0.704 0.185 112 S 0.041 0.035 0.001 0.011 0.088 0.825 113 L 0.004 0.004 0.065 0.859 0.041 0.028 114 D 0.001 0.001 0.074 0.893 0.025 0.006 115 S 0.001 0.001 0.083 0.890 0.023 0.003 116 F 0.003 0.001 0.043 0.925 0.018 0.009 117 L 0.003 0.003 0.020 0.945 0.016 0.013 118 R 0.006 0.004 0.021 0.885 0.040 0.045 119 K 0.006 0.004 0.016 0.759 0.097 0.118 120 H 0.005 0.006 0.024 0.523 0.203 0.239 121 D 0.004 0.001 0.021 0.038 0.440 0.496 122 A 0.025 0.004 0.031 0.019 0.420 0.501 123 Q 0.082 0.027 0.020 0.015 0.211 0.645 124 F 0.095 0.049 0.006 0.022 0.111 0.718 125 T 0.037 0.012 0.001 0.024 0.036 0.890 126 V 0.001 0.001 0.012 0.981 0.002 0.003 127 I 0.001 0.001 0.009 0.987 0.003 0.001 128 Q 0.001 0.001 0.011 0.986 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 130 V 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 131 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 132 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 134 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 136 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 137 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 138 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 139 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 140 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 141 K 0.001 0.001 0.007 0.987 0.005 0.001 142 Y 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 143 L 0.001 0.001 0.009 0.955 0.015 0.021 144 S 0.001 0.002 0.021 0.891 0.038 0.047 145 D 0.001 0.002 0.022 0.809 0.088 0.077 146 M 0.002 0.002 0.037 0.651 0.115 0.194 147 G 0.002 0.001 0.002 0.004 0.105 0.887 148 Y 0.098 0.044 0.017 0.018 0.178 0.644 149 V 0.214 0.084 0.031 0.031 0.190 0.451 150 H 0.246 0.058 0.089 0.034 0.302 0.271 151 R 0.203 0.010 0.106 0.046 0.361 0.273 152 D 0.091 0.017 0.102 0.057 0.434 0.299 153 L 0.080 0.050 0.036 0.064 0.388 0.382 154 A 0.068 0.035 0.045 0.033 0.418 0.401 155 A 0.027 0.003 0.432 0.061 0.371 0.106 156 R 0.049 0.003 0.591 0.062 0.231 0.065 157 N 0.162 0.008 0.552 0.056 0.177 0.045 158 I 0.629 0.018 0.040 0.029 0.138 0.147 159 L 0.837 0.008 0.009 0.010 0.055 0.081 160 I 0.822 0.038 0.003 0.006 0.037 0.094 161 N 0.440 0.014 0.005 0.005 0.504 0.032 162 S 0.078 0.005 0.035 0.006 0.848 0.028 163 N 0.013 0.001 0.019 0.003 0.929 0.036 164 L 0.102 0.006 0.008 0.001 0.837 0.046 165 V 0.610 0.009 0.001 0.001 0.063 0.317 166 C 0.958 0.007 0.001 0.001 0.005 0.030 167 K 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 168 V 0.978 0.003 0.001 0.001 0.004 0.014 169 S 0.868 0.005 0.005 0.003 0.033 0.087 170 D 0.533 0.008 0.032 0.015 0.194 0.218 171 F 0.161 0.006 0.053 0.023 0.477 0.280 172 G 0.133 0.012 0.087 0.055 0.500 0.213 173 L 0.214 0.027 0.111 0.137 0.351 0.161 174 G 0.221 0.014 0.181 0.195 0.254 0.135 175 R 0.329 0.016 0.171 0.205 0.165 0.114 176 V 0.372 0.031 0.100 0.240 0.147 0.111 177 L 0.368 0.030 0.038 0.168 0.243 0.153 178 E 0.279 0.017 0.020 0.099 0.345 0.239 179 D 0.143 0.024 0.013 0.063 0.384 0.373 180 D 0.058 0.012 0.013 0.014 0.722 0.181 181 P 0.023 0.004 0.140 0.029 0.717 0.087 182 E 0.040 0.006 0.183 0.038 0.660 0.073 183 A 0.140 0.015 0.164 0.049 0.570 0.062 184 A 0.351 0.027 0.043 0.072 0.266 0.241 185 Y 0.503 0.037 0.031 0.066 0.174 0.189 186 T 0.443 0.025 0.040 0.069 0.252 0.171 187 T 0.364 0.012 0.042 0.077 0.259 0.246 188 R 0.344 0.037 0.035 0.048 0.253 0.282 189 G 0.223 0.009 0.016 0.012 0.382 0.358 190 G 0.389 0.004 0.006 0.003 0.217 0.381 191 K 0.729 0.054 0.002 0.003 0.049 0.163 192 I 0.628 0.085 0.002 0.004 0.050 0.230 193 P 0.436 0.029 0.012 0.012 0.165 0.347 194 I 0.033 0.002 0.602 0.071 0.223 0.068 195 R 0.035 0.001 0.566 0.071 0.256 0.071 196 W 0.069 0.010 0.567 0.100 0.189 0.064 197 T 0.061 0.066 0.031 0.104 0.248 0.489 198 S 0.038 0.018 0.006 0.211 0.149 0.578 199 P 0.002 0.001 0.014 0.944 0.025 0.014 200 E 0.007 0.001 0.024 0.937 0.025 0.005 201 A 0.009 0.002 0.048 0.907 0.030 0.004 202 I 0.017 0.003 0.035 0.889 0.046 0.009 203 A 0.020 0.003 0.020 0.843 0.084 0.029 204 Y 0.017 0.004 0.019 0.459 0.213 0.289 205 R 0.034 0.005 0.011 0.064 0.296 0.590 206 K 0.093 0.026 0.013 0.035 0.255 0.578 207 F 0.073 0.042 0.011 0.028 0.248 0.597 208 T 0.039 0.028 0.006 0.036 0.255 0.636 209 S 0.016 0.003 0.060 0.397 0.182 0.342 210 A 0.007 0.001 0.088 0.817 0.052 0.034 211 S 0.005 0.002 0.071 0.856 0.048 0.019 212 D 0.005 0.002 0.086 0.840 0.041 0.025 213 V 0.008 0.002 0.028 0.942 0.012 0.009 214 W 0.003 0.001 0.011 0.975 0.007 0.003 215 S 0.002 0.001 0.008 0.984 0.004 0.002 216 Y 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 217 G 0.001 0.001 0.009 0.986 0.004 0.001 218 I 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 219 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 220 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 221 W 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 222 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 223 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 224 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 225 S 0.001 0.001 0.003 0.969 0.013 0.013 226 Y 0.001 0.001 0.010 0.732 0.089 0.168 227 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.160 0.827 228 E 0.017 0.017 0.006 0.004 0.214 0.743 229 R 0.046 0.028 0.014 0.007 0.193 0.711 230 P 0.051 0.049 0.034 0.017 0.259 0.590 231 Y 0.041 0.018 0.172 0.030 0.523 0.215 232 W 0.017 0.004 0.200 0.042 0.593 0.144 233 E 0.013 0.004 0.132 0.040 0.656 0.155 234 M 0.028 0.033 0.023 0.022 0.548 0.346 235 S 0.013 0.016 0.001 0.008 0.106 0.856 236 N 0.001 0.001 0.014 0.915 0.038 0.032 237 Q 0.001 0.001 0.007 0.966 0.019 0.007 238 D 0.001 0.001 0.005 0.977 0.014 0.003 239 V 0.002 0.001 0.005 0.982 0.006 0.004 240 I 0.002 0.001 0.007 0.984 0.004 0.003 241 K 0.002 0.001 0.009 0.978 0.005 0.005 242 A 0.003 0.001 0.010 0.966 0.008 0.013 243 V 0.007 0.007 0.009 0.938 0.017 0.021 244 D 0.008 0.003 0.022 0.831 0.107 0.029 245 E 0.005 0.001 0.043 0.708 0.180 0.063 246 G 0.009 0.005 0.050 0.286 0.365 0.286 247 Y 0.028 0.024 0.041 0.102 0.419 0.386 248 R 0.041 0.024 0.016 0.018 0.235 0.667 249 L 0.048 0.035 0.006 0.007 0.174 0.729 250 P 0.022 0.024 0.004 0.004 0.132 0.814 251 P 0.009 0.016 0.002 0.002 0.141 0.831 252 P 0.006 0.014 0.049 0.009 0.605 0.316 253 M 0.002 0.003 0.234 0.049 0.542 0.169 254 D 0.003 0.005 0.255 0.058 0.517 0.162 255 C 0.003 0.008 0.028 0.086 0.384 0.491 256 P 0.001 0.005 0.002 0.147 0.072 0.773 257 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 258 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.002 259 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.004 0.001 260 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 261 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 262 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 263 M 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 264 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 265 D 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.005 266 C 0.001 0.001 0.028 0.915 0.023 0.032 267 W 0.003 0.003 0.068 0.782 0.086 0.058 268 Q 0.004 0.004 0.045 0.593 0.194 0.160 269 K 0.006 0.019 0.023 0.495 0.154 0.302 270 D 0.003 0.004 0.016 0.034 0.702 0.241 271 R 0.001 0.001 0.630 0.040 0.310 0.019 272 N 0.001 0.001 0.669 0.015 0.300 0.015 273 N 0.003 0.003 0.591 0.015 0.359 0.030 274 R 0.018 0.017 0.017 0.015 0.185 0.749 275 P 0.084 0.066 0.006 0.020 0.094 0.731 276 K 0.048 0.027 0.002 0.021 0.045 0.857 277 F 0.001 0.001 0.020 0.973 0.003 0.003 278 E 0.001 0.001 0.016 0.979 0.004 0.001 279 Q 0.001 0.001 0.016 0.979 0.004 0.001 280 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.003 281 V 0.002 0.001 0.005 0.984 0.005 0.004 282 S 0.002 0.001 0.005 0.974 0.008 0.011 283 I 0.002 0.001 0.005 0.963 0.009 0.020 284 L 0.002 0.001 0.007 0.974 0.007 0.008 285 D 0.001 0.001 0.020 0.966 0.008 0.005 286 K 0.001 0.001 0.017 0.966 0.009 0.007 287 L 0.001 0.001 0.017 0.957 0.012 0.013 288 I 0.001 0.003 0.009 0.910 0.035 0.042 289 R 0.002 0.003 0.011 0.729 0.079 0.175 290 N 0.003 0.002 0.006 0.055 0.408 0.527 291 P 0.002 0.001 0.051 0.054 0.546 0.346 292 G 0.005 0.003 0.078 0.024 0.543 0.347 293 S 0.015 0.011 0.134 0.058 0.513 0.269 294 L 0.040 0.012 0.130 0.170 0.263 0.384 295 K 0.133 0.016 0.141 0.187 0.205 0.318 296 I 0.230 0.019 0.127 0.171 0.176 0.277 297 I 0.217 0.029 0.057 0.160 0.148 0.389 298 T 0.145 0.041 0.029 0.127 0.135 0.523 299 S 0.067 0.018 0.025 0.075 0.281 0.535 300 A 0.016 0.004 0.288 0.185 0.319 0.187 301 A 0.020 0.007 0.232 0.189 0.342 0.209 302 A 0.017 0.012 0.221 0.209 0.323 0.218 303 R 0.008 0.008 0.022 0.054 0.256 0.652 304 P 0.011 0.008 0.068 0.106 0.272 0.534 305 S 0.019 0.009 0.107 0.158 0.271 0.437 306 N 0.049 0.006 0.213 0.175 0.286 0.270 307 L 0.111 0.014 0.122 0.201 0.175 0.377 308 L 0.156 0.021 0.058 0.153 0.126 0.486 309 L 0.074 0.019 0.014 0.115 0.080 0.697 310 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.986